BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062D07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 78,956,818 - 79,168,070
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef2, LOC100041741
Upstream geneLOC100041691, LOC383883, LOC100041748, LOC100041716, LOC100041725, LOC100041766
Downstream geneLOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik, Rxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062D07.bB6Ng01-062D07.g
ACCDH882674DH882675
length1,1411,105
definitionDH882674|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062D07, 5' end.DH882675|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062D07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,166,913 - 79,168,070)(78,956,818 - 78,957,931)
sequence
gaattcaagtcctcaggcttgattacaagtgcctttgtcctctgtgatgc
ttcccgaggccaacatctgtattttgacttccaataaagtttacaatttt
atttaagagattatactgagaaaacaataaatcctcaaccatggtgcatt
gctattgtacttcctgcaactgagtacttcccccaaattatcttattttg
gaaagtgttaccccaaataaatgatctaaccaccttgctgacttgacatc
tccttcaatatcaatagtcttgaaaatgttggcagtctatccctgacaga
tgatctgtgggatatgttttactaaaaggcaataaccgtggtcaatgaag
cccttttgacacttttagtaggtgttgggaaaggatctacctgttttgag
ataattgccagaaaccggggctagcaagacaaggaggcattttgttcctt
atctctcactgtgaatgaaactgactgggattacaggcagcacactgggt
tctgtgtatgctggttctccccccatcctgacccctggaagaaaagaagg
acgggaaatgaacccagagtggcaagcaagatgctgcctgtaagaagatg
tctcaccttgaacacctaaagatatccgactagaagatggtaggatttct
atcaaccaagattctaaaacctgcctttctctcctaagatattttaatgg
agcctgttttcctttagtcttcttaggatcatatggtaaggaatgggttt
gtggcgtccttaacagcatcacaaatcacctatcttcaggcctgataatc
aggtgcttacctgagtcactagtaataggtgtcagatgacagacaggcca
acatgtatacagagctcagcatgtgctagcgtgcttagctcatgctaagc
tcattgcagataataacaggtgctttgaggcatgacatctgtccaagtca
catggtagtgtacagtgtcctggactgtgagttcccagtactctaatctg
tgtggaccctgagaggagacagaggcaccacttgagcctgaccacatctt
gggcttgtagctacagatcaagtccatagagatgtaatcattacttagat
gatcttaggggttttctctctgcttttcttgccctttaaaa
gaattctctagtggagtacacatcaagatggcccagtcctcggcgacata
ctctgaaggaatctttactttgggtggtttctctcttcaataaataaaac
ttcctgacaacaaacgatttatgctgcatgtgactcatgattgagaaatt
agtgtagcaaccaatgtgtaattactatgttccacagtcatacacagcac
tgaaaagaaaaaggttaaaagatgacaaggtgtggagctgcagagaaaca
ggaacaaagcccgtgagtcaccagaaattgcgacactggactttcagaaa
ggcacttatttgaaaagtgagcagactctaatagcagattgaatagggct
tacttcatttccttgaacctattttaagaaaaggccagacctcaaccttg
cagtgttcaaggattcagagatggagtcctttagcgctgactgaaaatgc
ctcggtgcctcttctcaagcagagctctcacacagcacttcctgttatag
ctcataaagcaacactccaaacatagacaactatacgctcactgctaatg
tgctataatgtagtcctctgtgactaattcatttgcatgaagacaatggg
ctgctaatgctccctcatttatttaacaaaaacaggaaatactgcattat
gaactatagtataggttagctgagatcctagatcatctgaggattttatt
tctgataatgatcccagaacttgatatattgtagttgttgaaataaagca
taaacacccaaaggattccacttgatgctttaaaactagagtgtgaagtt
actccatcctttaacgtgaggaaacagacataaatggtttggtaactata
aacagaactcatttgctcttttaataacattaggggtcttatattgtgat
aggtaaagagtgtatgaaatcccaatttcacacagatgaacataaagaag
tgcacatagagaaggaagagttaaggaggcagacagggctctctaaaact
gatctagccaaacgttctgcatgtgtcaagcatgatcctggaacctactg
taatttcagggtctatcgtcgatatatgaaggcagagttctgctgtgatc
tgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_79166913_79168070
seq2: B6Ng01-062D07.b_43_1183 (reverse)

seq1  TTTTAAAGGGCAAAGGAAAGCAGGAGGAAAAACCCCTAAGATCATCTAAG  50
      ||||||||||| ||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGGGC-AAGAAAAGCA-GAGAGAAAACCCCTAAGATCATCTAAG  48

seq1  TAAATGATTTTACATCCTCTATGTGACTTTGATTCCTGTGGGCCTACAAG  100
      | |||||  |||||| ||||||| ||| |||||  |||| |  |||||||
seq2  T-AATGA--TTACAT-CTCTATG-GAC-TTGAT--CTGTAG--CTACAAG  88

seq1  CCC-AGATGTGGTCAGGCTTCCAGTGGTGCCTCTGTTCTCCTCTCAGGGT  149
      ||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCCAAGATGTGGTCAGGC-TCAAGTGGTGCCTCTG-TCTCCTCTCAGGGT  136

seq1  CCACACAGATTAGAGTACTGGGAACTCACAGTCCCAGGACACTGTACACC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  CCACACAGATTAGAGTACTGGGAACTCACAGT-CCAGGACACTGTACA-C  184

seq1  TACCATGTGACCTTGGACAGGATGTCATGCCTCAAAGCACCTGTTATTAT  249
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGTGA-CTTGGACA-GATGTCATGCCTCAAAGCACCTGTTATTAT  232

seq1  CTGCAATGAGCTTAGCATGAGCTAAGCACGCTAGCACATGCTGAGCTCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATGAGCTTAGCATGAGCTAAGCACGCTAGCACATGCTGAGCTCTG  282

seq1  TATACATGTTGGCCTGTCTGTCATCTGACACCTATTACTAGTGACTCAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGTTGGCCTGTCTGTCATCTGACACCTATTACTAGTGACTCAGG  332

seq1  TAAGCACCTGATTATCAGGCCTGAAGATAGGTGATTTGTGATGCTGTTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACCTGATTATCAGGCCTGAAGATAGGTGATTTGTGATGCTGTTAA  382

seq1  GGACGCCACAAACCCATTCCTTACCATATGATCCTAAGAAGACTAAAGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCCACAAACCCATTCCTTACCATATGATCCTAAGAAGACTAAAGGA  432

seq1  AAACAGGCTCCATTAAAATATCTTAGGAGAGAAAGGCAGGTTTTAGAATC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGCTCCATTAAAATATCTTAGGAGAGAAAGGCAGGTTTTAGAATC  482

seq1  TTGGTTGATAGAAATCCTACCATCTTCTAGTCGGATATCTTTAGGTGTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGATAGAAATCCTACCATCTTCTAGTCGGATATCTTTAGGTGTTC  532

seq1  AAGGTGAGACATCTTCTTACAGGCAGCATCTTGCTTGCCACTCTGGGTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAGACATCTTCTTACAGGCAGCATCTTGCTTGCCACTCTGGGTTC  582

seq1  ATTTCCCGTCCTTCTTTTCTTCCAGGGGTCAGGATGGGGGGAGAACCAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCGTCCTTCTTTTCTTCCAGGGGTCAGGATGGGGGGAGAACCAGC  632

seq1  ATACACAGAACCCAGTGTGCTGCCTGTAATCCCAGTCAGTTTCATTCACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAGAACCCAGTGTGCTGCCTGTAATCCCAGTCAGTTTCATTCACA  682

seq1  GTGAGAGATAAGGAACAAAATGCCTCCTTGTCTTGCTAGCCCCGGTTTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGATAAGGAACAAAATGCCTCCTTGTCTTGCTAGCCCCGGTTTCT  732

seq1  GGCAATTATCTCAAAACAGGTAGATCCTTTCCCAACACCTACTAAAAGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTATCTCAAAACAGGTAGATCCTTTCCCAACACCTACTAAAAGTG  782

seq1  TCAAAAGGGCTTCATTGACCACGGTTATTGCCTTTTAGTAAAACATATCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGGGCTTCATTGACCACGGTTATTGCCTTTTAGTAAAACATATCC  832

seq1  CACAGATCATCTGTCAGGGATAGACTGCCAACATTTTCAAGACTATTGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATCATCTGTCAGGGATAGACTGCCAACATTTTCAAGACTATTGAT  882

seq1  ATTGAAGGAGATGTCAAGTCAGCAAGGTGGTTAGATCATTTATTTGGGGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGGAGATGTCAAGTCAGCAAGGTGGTTAGATCATTTATTTGGGGT  932

seq1  AACACTTTCCAAAATAAGATAATTTGGGGGAAGTACTCAGTTGCAGGAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTTCCAAAATAAGATAATTTGGGGGAAGTACTCAGTTGCAGGAAG  982

seq1  TACAATAGCAATGCACCATGGTTGAGGATTTATTGTTTTCTCAGTATAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAGCAATGCACCATGGTTGAGGATTTATTGTTTTCTCAGTATAAT  1032

seq1  CTCTTAAATAAAATTGTAAACTTTATTGGAAGTCAAAATACAGATGTTGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAATAAAATTGTAAACTTTATTGGAAGTCAAAATACAGATGTTGG  1082

seq1  CCTCGGGAAGCATCACAGAGGACAAAGGCACTTGTAATCAAGCCTGAGGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGGGAAGCATCACAGAGGACAAAGGCACTTGTAATCAAGCCTGAGGA  1132

seq1  CTTGAATTC  1158
      |||||||||
seq2  CTTGAATTC  1141

seq1: chr3_78956818_78957931
seq2: B6Ng01-062D07.g_66_1170

seq1  GAATTCTCTAGTGGAGTACACATCAAGATGGCCCAGTCCTCGGCGACATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGTGGAGTACACATCAAGATGGCCCAGTCCTCGGCGACATA  50

seq1  CTCTGAAGGAATCTTTACTTTGGGTGGTTTCTCTCTTCAATAAATAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAGGAATCTTTACTTTGGGTGGTTTCTCTCTTCAATAAATAAAAC  100

seq1  TTCCTGACAACAAACGATTTATGCTGCATGTGACTCATGATTGAGAAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGACAACAAACGATTTATGCTGCATGTGACTCATGATTGAGAAATT  150

seq1  AGTGTAGCAACCAATGTGTAATTACTATGTTCCACAGTCATACACAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGCAACCAATGTGTAATTACTATGTTCCACAGTCATACACAGCAC  200

seq1  TGAAAAGAAAAAGGTTAAAAGATGACAAGGTGTGGAGCTGCAGAGAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGAAAAAGGTTAAAAGATGACAAGGTGTGGAGCTGCAGAGAAACA  250

seq1  GGAACAAAGCCCGTGAGTCACCAGAAATTGCGACACTGGACTTTCAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAAGCCCGTGAGTCACCAGAAATTGCGACACTGGACTTTCAGAAA  300

seq1  GGCACTTATTTGAAAAGTGAGCAGACTCTAATAGCAGATTGAATAGGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTATTTGAAAAGTGAGCAGACTCTAATAGCAGATTGAATAGGGCT  350

seq1  TACTTCATTTCCTTGAACCTATTTTAAGAAAAGGCCAGACCTCAACCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATTTCCTTGAACCTATTTTAAGAAAAGGCCAGACCTCAACCTTG  400

seq1  CAGTGTTCAAGGATTCAGAGATGGAGTCCTTTAGCGCTGACTGAAAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTCAAGGATTCAGAGATGGAGTCCTTTAGCGCTGACTGAAAATGC  450

seq1  CTCGGTGCCTCTTCTCAAGCAGAGCTCTCACACAGCACTTCCTGTTATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGTGCCTCTTCTCAAGCAGAGCTCTCACACAGCACTTCCTGTTATAG  500

seq1  CTCATAAAGCAACACTCCAAACATAGACAACTATACGCTCACTGCTAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAAAGCAACACTCCAAACATAGACAACTATACGCTCACTGCTAATG  550

seq1  TGCTATAATGTAGTCCTCTGTGACTAATTCATTTGCATGAAGACAATGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAATGTAGTCCTCTGTGACTAATTCATTTGCATGAAGACAATGGG  600

seq1  CTGCTAATGCTCCCTCATTTATTTAACAAAAACAGGAAATACTGCATTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAATGCTCCCTCATTTATTTAACAAAAACAGGAAATACTGCATTAT  650

seq1  GAACTATAGTATAGGTTAGCTGAGATCCTAGATCATCTGAGGATTTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATAGTATAGGTTAGCTGAGATCCTAGATCATCTGAGGATTTTATT  700

seq1  TCTGATAATGATCCCAGAACTTGATATATTGTAGTTGTTGAAATAAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATAATGATCCCAGAACTTGATATATTGTAGTTGTTGAAATAAAGCA  750

seq1  TAAACACCCAAAGGATTCCACTTGATGCTTTAAAACTAGAGTGTGAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACCCAAAGGATTCCACTTGATGCTTTAAAACTAGAGTGTGAAGTT  800

seq1  ACTCCATCCTTTAACGTGAGGAAACAGACATAAATGGTTTGGTAACTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATCCTTTAACGTGAGGAAACAGACATAAATGGTTTGGTAACTATA  850

seq1  AACAGAACTCATTTGCTC-TTTAATAACATTAGGGGTCTTATATTGTGAT  899
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAACTCATTTGCTCTTTTAATAACATTAGGGGTCTTATATTGTGAT  900

seq1  AGGTAAAGAGTGTAATGAAACCCAAATTTCACACAGATGAACATAAAGAA  949
      ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAGAGTGT-ATGAAATCCCAATTTCACACAGATGAACATAAAGAA  949

seq1  GTGCACATAGAGAAGGAAAGAGTTAGGGAGGCAGACAGGGGCTCTCTAAA  999
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGCACATAGAGAAGG-AAGAGTTAAGGAGGCAGACA-GGGCTCTCTAAA  997

seq1  ACTGATCTAGCCAAAACGTTCTGCATGTGTCAAGCATGATTCCTGGGAAC  1049
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  ACTGATCTAGCC-AAACGTTCTGCATGTGTCAAGCATGA-TCCT-GGAAC  1044

seq1  CTACTGTAATTTCAGGGTCTATCGTCAGATATATGGAAGGCAGGAAGTTC  1099
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||
seq2  CTACTGTAATTTCAGGGTCTATCGTC-GATATAT-GAAGGCAG--AGTTC  1090

seq1  TGCTGTGATCTGTGT  1114
      |||||||||||||||
seq2  TGCTGTGATCTGTGT  1105