BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062E10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 51,830,376 - 51,962,637
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433587
Upstream geneCcrn4l, Elf2, A630062H14, 4930583H14Rik, LOC669130, Ndufc1, Narg1, Rab33b, Setd7, LOC100039684, Mgst2, Maml3
Downstream geneLOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1, LOC100039762, LOC100039832, Cog6, Lhfp, LOC100039808
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062E10.bB6Ng01-062E10.g
ACCDH882725DH882726
length1,159468
definitionDH882725|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E10, 5' end.DH882726|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,961,469 - 51,962,637)(51,830,376 - 51,830,849)
sequence
gaattcatcagccgtcatacaggtctggaagatttcaagctccaggaagg
aatgtagttgggtgacatgcaaattacagctttctgaggctctcaggaga
ggatccagctacactgtgcccttactcctggcccacagaggctgagatca
tgaatgggtacaatttaaagccaagcctgagacaatttataatgcaacca
tagaacatccacatatctactggtggccagctctttccccatgaagcctt
cttcccaagagccacaaacatccctatcagaccgaccccacctccacact
ctggttgccaggctcaaaactaatgatgcctgttaacaaaatctgaatga
tatatattgtcttgaaaaaaaggaaggcagatatgatacactgaacatct
atcaagtccaaaagttagctctaaactaactaccagcagatgctaggaga
gatccccaggattagatggtgaaagagattgaccaatcaaattaagtgga
ggacaggataaacaagaatttcttaccttatgagacttttcttcctattc
agtgctctagcaagggcctcagggcacagaatcggtcgtaggagcctaga
gaaagtgccaggtaatgttaaggaaagggcaaattctcacaattttttcg
tggcgatggtagaggacagaggctgagagacctggttatataataaagtc
actgaccaatacatttgtctggaaatactaccagggaatcatatcaggta
tgaggggcccaaagaacctcacgctgcttctcaaaattagcctagctttg
gtcatgcaatttgtcaatgacaaagcatatgccgatccctaatatggcac
attttatcagtggcaatagctggctagttggtgacaccggaacttcccta
ttctggaatagtcagctgtttgccatccctaacatgaggtctcttctgta
gttggactcatattcttcacagagagccttagttggcacaaactgatggc
ttactcagacataacatctcaaaccacaggtcagtggttcagtccagaac
aacaggtagagtatgtatctgtgacagaggtggagtatgagtttgtgggc
atctagtacgcagtattcatggagtctcattgagtgtcagagcagtcagc
ctctatttc
tcagctcctcctgcaccatgccaacctggacgctgccatgctcccgcctt
gataataacggactgaacctctgaatctgtaagccagcgtcttagtttat
tgctgtgaacagataccatgaccaaagtaactctttggtcatggtcaaag
gacaacatttaattggtggactggcaagatggctcactgggtagaggcac
ccactagagccaactgactcctgcacgtggtcatctgaccttcaatatgt
gcagtggcatgtgcatgcacgcacacaccaaataaaatgtacaaacaagg
caaaaagcaataggaagacaaatgtatgaacacccaaacatgtttaagta
catacatatgagagagagagagagaaagagagagagagagagagaatatg
tgtagtaaaatcagactgtggggaaagaaaacactgggattggttggttt
tgttttgtttgggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_51961469_51962637
seq2: B6Ng01-062E10.b_48_1206 (reverse)

seq1  GAAATTAGAGAGCTGACTGCTCTGGCACTCAATGAGACTCCATGATATAC  50
      |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAA-TAGAG-GCTGACTGCTCTGACACTCAATGAGACTCCATGA-ATAC  47

seq1  TGCGTAACTATGATGGCCACAAACCTCATACTCCACCTCTTGGTCACAGA  100
      ||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TGCGT-ACTA-GATGCCCACAAA-CTCATACTCCACCTCT--GTCACAGA  92

seq1  TACATACTCTACCTGTTGTTCTGGGACTGGACCACTGACCTGTGGTTTGA  150
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACATACTCTACCTGTTGTTCT-GGACTGAACCACTGACCTGTGGTTTGA  141

seq1  GATGTTATGTCTGAGTAAGCCATCAGTTTGTGCCAACTAAGGCTCTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTATGTCTGAGTAAGCCATCAGTTTGTGCCAACTAAGGCTCTCTGT  191

seq1  GAAGAATATTGAGTCCAACTACAGAAGAGACCTCATGTTAGGGATGGCAA  250
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATA-TGAGTCCAACTACAGAAGAGACCTCATGTTAGGGATGGCAA  240

seq1  ACAGCTGACTATTCCAGAATAGGGAAGTTCCGGTGTCACCAACTAGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGACTATTCCAGAATAGGGAAGTTCCGGTGTCACCAACTAGCCAG  290

seq1  CTATTGCCACTGATAAAATGTGCCATATTAGGGATCGGCATATGCTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCCACTGATAAAATGTGCCATATTAGGGATCGGCATATGCTTTGT  340

seq1  CATTGACAAATTGCATGACCAAAGCTAGGCTAATTTTGAGAAGCAGCGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACAAATTGCATGACCAAAGCTAGGCTAATTTTGAGAAGCAGCGTG  390

seq1  AGGTTCTTTGGGCCCCTCATACCTGATATGATTCCCTGGTAGTATTTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTTTGGGCCCCTCATACCTGATATGATTCCCTGGTAGTATTTCCA  440

seq1  GACAAATGTATTGGTCAGTGACTTTATTATATAACCAGGTCTCTCAGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATGTATTGGTCAGTGACTTTATTATATAACCAGGTCTCTCAGCCT  490

seq1  CTGTCCTCTACCATCGCCACGAAAAAATTGTGAGAATTTGCCCTTTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCTACCATCGCCACGAAAAAATTGTGAGAATTTGCCCTTTCCTT  540

seq1  AACATTACCTGGCACTTTCTCTAGGCTCCTACGACCGATTCTGTGCCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTACCTGGCACTTTCTCTAGGCTCCTACGACCGATTCTGTGCCCTG  590

seq1  AGGCCCTTGCTAGAGCACTGAATAGGAAGAAAAGTCTCATAAGGTAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTTGCTAGAGCACTGAATAGGAAGAAAAGTCTCATAAGGTAAGAA  640

seq1  ATTCTTGTTTATCCTGTCCTCCACTTAATTTGATTGGTCAATCTCTTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGTTTATCCTGTCCTCCACTTAATTTGATTGGTCAATCTCTTTCA  690

seq1  CCATCTAATCCTGGGGATCTCTCCTAGCATCTGCTGGTAGTTAGTTTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTAATCCTGGGGATCTCTCCTAGCATCTGCTGGTAGTTAGTTTAGA  740

seq1  GCTAACTTTTGGACTTGATAGATGTTCAGTGTATCATATCTGCCTTCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTTTTGGACTTGATAGATGTTCAGTGTATCATATCTGCCTTCCTT  790

seq1  TTTTTCAAGACAATATATATCATTCAGATTTTGTTAACAGGCATCATTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAAGACAATATATATCATTCAGATTTTGTTAACAGGCATCATTAG  840

seq1  TTTTGAGCCTGGCAACCAGAGTGTGGAGGTGGGGTCGGTCTGATAGGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGCCTGGCAACCAGAGTGTGGAGGTGGGGTCGGTCTGATAGGGAT  890

seq1  GTTTGTGGCTCTTGGGAAGAAGGCTTCATGGGGAAAGAGCTGGCCACCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGGCTCTTGGGAAGAAGGCTTCATGGGGAAAGAGCTGGCCACCAG  940

seq1  TAGATATGTGGATGTTCTATGGTTGCATTATAAATTGTCTCAGGCTTGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATGTGGATGTTCTATGGTTGCATTATAAATTGTCTCAGGCTTGGC  990

seq1  TTTAAATTGTACCCATTCATGATCTCAGCCTCTGTGGGCCAGGAGTAAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTGTACCCATTCATGATCTCAGCCTCTGTGGGCCAGGAGTAAGG  1040

seq1  GCACAGTGTAGCTGGATCCTCTCCTGAGAGCCTCAGAAAGCTGTAATTTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGTAGCTGGATCCTCTCCTGAGAGCCTCAGAAAGCTGTAATTTG  1090

seq1  CATGTCACCCAACTACATTCCTTCCTGGAGCTTGAAATCTTCCAGACCTG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCACCCAACTACATTCCTTCCTGGAGCTTGAAATCTTCCAGACCTG  1140

seq1  TATGACGGCTGATGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||
seq2  TATGACGGCTGATGAATTC  1159

seq1: chr3_51830376_51830849
seq2: B6Ng01-062E10.g_66_539

seq1  GAATTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCAACCTGGACGCTGCCATGCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCAACCTGGACGCTGCCATGCTCC  50

seq1  CGCCTTGATAATAACGGACTGAACCTCTGAATCTGTAAGCCAGCGTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTTGATAATAACGGACTGAACCTCTGAATCTGTAAGCCAGCGTCTTA  100

seq1  GTTTATTGCTGTGAACAGATACCATGACCAAAGTAACTCTTTGGTCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTGCTGTGAACAGATACCATGACCAAAGTAACTCTTTGGTCATGG  150

seq1  TCAAAGGACAACATTTAATTGGTGGACTGGCAAGATGGCTCACTGGGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGACAACATTTAATTGGTGGACTGGCAAGATGGCTCACTGGGTAG  200

seq1  AGGCACCCACTAGAGCCAACTGACTCCTGCACGTGGTCATCTGACCTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACCCACTAGAGCCAACTGACTCCTGCACGTGGTCATCTGACCTTCA  250

seq1  ATATGTGCAGTGGCATGTGCATGCACGCACACACCAAATAAAATGTACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGCAGTGGCATGTGCATGCACGCACACACCAAATAAAATGTACAA  300

seq1  ACAAGGCAAAAAGCAATAGGAAGACAAATGTATGAACACCCAAACATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCAAAAAGCAATAGGAAGACAAATGTATGAACACCCAAACATGTT  350

seq1  TAAGTACATACATATGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACATACATATGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAG  400

seq1  AATATGTGTAGTAAAATCAGACTGTGGGGAAAGAAAACACTGGGATTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGTAGTAAAATCAGACTGTGGGGAAAGAAAACACTGGGATTGGT  450

seq1  TGGTTTTGTTTTGTTTGGGGGGGG  474
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTGTTTTGTTTGGGGGGGG  474