BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062F15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 144,209,691 - 144,335,845
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHs2st1, Sep15, LOC435761
Upstream geneEG668889, EG621809, LOC100039938, LOC100039952, Lmo4, LOC545572
Downstream geneSh3glb1, LOC668890, Clca1, Clca2, Clca4, EG622139, AI747448, Clca6, Clca3, Clca5, Odf2l, Col24a1, 2410019A14Rik, Cyr61
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062F15.bB6Ng01-062F15.g
ACCDH882776DH882777
length1,069863
definitionDH882776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062F15, 5' end.DH882777|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062F15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,209,691 - 144,210,769)(144,334,984 - 144,335,845)
sequence
gaattcttatccttctgcagaggactgcacagtgccaatagcccattagc
agatgagtgcaaggtctgcaaactaaacaggttaacagggatgccaggca
atgactgttgtgcatctaactgtacccactgcatgtgttgtgcatctacc
tgtacccactgcatgtgttgtgcatctacctgtacccactgcatgtgttg
tgcatctacctgtacccactgcatgtgttgtgcatctagctgtacccact
gcatgtgttgtgcatctagctgtatccactgcatgtgttgtgcatctacc
tgtacccactgcatgtgttgtgcatctagctgtacccactgcatgtgttg
tgcatctagctgtacccactgcatgtgttgtgcatctagctgtacccact
gcatgtgttgtgcatctacctgtacccactgcatgtgttgtgcatctacc
tgtaccactgcatgtgttgtgaatctacctgtacccactgcatgtgttgt
acatctacctgtacccactgcatgtgttgtgtatctacctgtatccactg
catgtgttgtgcatctacctgtatccactgcatgtgttgtgcatctacct
atacccactgcatgtgttgtgcatctagctgtacctactgcatgtgttgt
acatctacctgtacccattgcatgtgttgtgcatctacctgtaccactgc
atgtgttgtgaatctacctgtacccactgcatgtgttgtgcatctacctg
tatccactgcatgtgttgtgcatctacctatacccactgcatgtgttgtg
catctagctgtacctactgcatgtgttgtacatctacgtgtacccactgc
atgtgttgtgcatctacctgtaccactgcatgtgttgtgaatctacctgt
accactgcatgtgttgtacatctacctgtacccactgcatgtgttgtgta
tctacctgtatccactgcatgtgtgtgatctacctgtatccctgcaggtg
ttgtgcatctaccatacccatgcatgtgtgggccactagtgtacctactg
aatgggttacatctacttg
gaattctcataatagacatgatgaatctgaatatgactcccacacacacc
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagatgaaggtctcccggatagatggtaagacaccgagctcata
aaacagagattgttattcacatgtctgtaacatctgcactctaggctcaa
gatggaacctggacaagttttactcacagaacgagtgagatgcaaaagtg
gtctgtcctgcagactcatggagaaagcaaaacagttagggcaaagacta
gggccaggatgaacatccttagaatttcaagaacataggcatgctcgacc
cagaagcttgagcaagccctccagtgcggtccctcacacttggttttgaa
cacagtgccagcttcagacatgaggaaacaggtaacctagtaactgctgt
gccactgtccttgtcccttcactttctggggttgtgagggcttcagcagg
acccaatgccttcctccttctcctcccagaatgcagccgttttccctcat
gaccacgatcacccctggcctaaaactacccttcacctcatttccctcca
aaacgtaatctcacaaatttccgtctccttaggcttagcccactctccag
caaaaccagatggatgcatctgggattcagggctgatgataagttaccct
gttaaggaccatttgtatcgtaatagcactgtctacgccctcaagctctc
gagacctagcatatgctaaaccttcgatagaaaaccctcaggagtacttt
gtaatattttttaaaattccaagggaacactgaggcatctgttagattgt
catcaattactac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_144209691_144210769
seq2: B6Ng01-062F15.b_45_1113

seq1  GAATTCTTATCCTTCTGCAGAGGACTGCACAGTGCCAATAGCCCATTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCCTTCTGCAGAGGACTGCACAGTGCCAATAGCCCATTAGC  50

seq1  AGATGAGTGCAAGGTCTGCAAACTAAACAGGTTAACAGGGATGCCAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGTGCAAGGTCTGCAAACTAAACAGGTTAACAGGGATGCCAGGCA  100

seq1  ATGACTGTTGTGCATCTAACTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTTGTGCATCTAACTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACC  150

seq1  TGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTG  200

seq1  TGCATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTACCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTACCCACT  250

seq1  GCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTATCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTATCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACC  300

seq1  TGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTACCCACTGCATGTGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTACCCACTGCATGTGTTG  350

seq1  TGCATCTAGCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTACCCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTAGCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTACCCACT  400

seq1  GCATGTGTTGTGCATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTTGTGCATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACC  450

seq1  TGTACCACTGCATGTGTTGTGAATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCACTGCATGTGTTGTGAATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGT  500

seq1  ACATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGTATCTACCTGTATCCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGTATCTACCTGTATCCACTG  550

seq1  CATGTGTTGTGCATCTACCTGTATCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTTGTGCATCTACCTGTATCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCT  600

seq1  ATACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTACCTACTGCATGTGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGTACCTACTGCATGTGTTGT  650

seq1  ACATCTACCTGTACCCATTGCATGTGTTGTGCATCTACCTGTACCACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTACCTGTACCCATTGCATGTGTTGTGCATCTACCTGTACCACTGC  700

seq1  ATGTGTTGTGAATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGTGAATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCTG  750

seq1  TATCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCTATACCCACTGCATGTGTTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCTATACCCACTGCATGTGTTGTG  800

seq1  CATCTAGCTGTACCTACTGCATGTGTTGTACATCTACGTGTACCCACTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGCTGTACCTACTGCATGTGTTGTACATCTACGTGTACCCACTGC  850

seq1  ATGTGTTGTGCATCTACCTGTACCACTGCATGTGTTGTGAATCTACCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGTGCATCTACCTGTACCACTGCATGTGTTGTGAATCTACCTGT  900

seq1  ACCCACTGCATGTGTTGTACATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGT  950
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CCACTGCATGTGTTGTACATCTACCTGTACCCACTGCATGTGTTGTGT  949

seq1  ATCTACCTGTATCCACTGCATGTGTTGTGCATCTACCTGTATCCACTGCA  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||
seq2  ATCTACCTGTATCCACTGCATGTG-TGTG-ATCTACCTGTATCC-CTGCA  996

seq1  TGTGTTGTGCATCTACCTATACCCACTGCATGTGTTGTGCATCTAGCTGT  1050
       |||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||  |||| |||
seq2  GGTGTTGTGCATCTACC-ATACCCA-TGCATGTG-TGGGCCACTAG-TGT  1042

seq1  ACCTACTGCATGTGTTGTACATCTACCTG  1079
      |||||||| ||| ||  ||||||||| ||
seq2  ACCTACTGAATGGGT--TACATCTACTTG  1069

seq1: chr3_144334984_144335845
seq2: B6Ng01-062F15.g_68_930 (reverse)

seq1  GTAGTAATTTGTGCACAATCTGACAGATGCCTCTGTGTTTCCCTTGGAAT  50
      |||||||||  || ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  GTAGTAATTGATG-ACAATCTAACAGATGCCTCAGTG-TTCCCTTGGAAT  48

seq1  TTT-AAAAATATTCCAAAGTACTCCTGTGGGTTTTCTATCGAGGGCTTAG  99
      ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
seq2  TTTAAAAAATATTACAAAGTACTCCTGAGGGTTTTCTATCGAAGGTTTAG  98

seq1  CATATGCTTGGTCTCGAGGGCTTGA-GGCGTAGACAGTGCTATTACGATA  148
      |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCTAGGTCTCGAGAGCTTGAGGGCGTAGACAGTGCTATTACGATA  148

seq1  CAAATGGTCCTTAACAGGGTAACTTATCATCAGCCCTGAATGCCAGATGC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAATGGTCCTTAACAGGGTAACTTATCATCAGCCCTGAATCCCAGATGC  198

seq1  ATCCATCTGG-TTTGCTGGAGAGTGGGCTAAGCCTAAGGAGACGGAAATT  247
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCTGGTTTTGCTGGAGAGTGGGCTAAGCCTAAGGAGACGGAAATT  248

seq1  TGTGAGATTACGTTTTGGAGGGAAATGAGGTGAAGGGTAGTTTTAGGCCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGATTACGTTTTGGAGGGAAATGAGGTGAAGGGTAGTTTTAGGCCA  298

seq1  GGGGTGATCGTGGTCATGAGGGAAAACGGCTGCATTCTGGGAGGAGAAGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGATCGTGGTCATGAGGGAAAACGGCTGCATTCTGGGAGGAGAAGG  348

seq1  AGGAAGGCATTGGGTCCTGCTGAAGCCCTCACAACCCCAGAAAGTGAAGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGCATTGGGTCCTGCTGAAGCCCTCACAACCCCAGAAAGTGAAGG  398

seq1  GACAAGGACAGTGGCACAGCAGTTACTAGGTTACCTGTTTCCTCATGTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGACAGTGGCACAGCAGTTACTAGGTTACCTGTTTCCTCATGTCT  448

seq1  GAAGCTGGCACTGTGTTCAAAACCAAGTGTGAGGGACCGCACTGGAGGGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGGCACTGTGTTCAAAACCAAGTGTGAGGGACCGCACTGGAGGGC  498

seq1  TTGCTCAAGCTTCTGGGTCGAGCATGCCTATGTTCTTGAAATTCTAAGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAAGCTTCTGGGTCGAGCATGCCTATGTTCTTGAAATTCTAAGGA  548

seq1  TGTTCATCCTGGCCCTAGTCTTTGCCCTAACTGTTTTGCTTTCTCCATGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATCCTGGCCCTAGTCTTTGCCCTAACTGTTTTGCTTTCTCCATGA  598

seq1  GTCTGCAGGACAGACCACTTTTGCATCTCACTCGTTCTGTGAGTAAAACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGGACAGACCACTTTTGCATCTCACTCGTTCTGTGAGTAAAACT  648

seq1  TGTCCAGGTTCCATCTTGAGCCTAGAGTGCAGATGTTACAGACATGTGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGGTTCCATCTTGAGCCTAGAGTGCAGATGTTACAGACATGTGAA  698

seq1  TAACAATCTCTGTTTTATGAGCTCGGTGTCTTACCATCTATCCGGGAGAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATCTCTGTTTTATGAGCTCGGTGTCTTACCATCTATCCGGGAGAC  748

seq1  CTTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  798

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCGGTGTGTGTGGGAGTCATATTCAGATTCATCATGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCGGTGTGTGTGGGAGTCATATTCAGATTCATCATGT  848

seq1  CTATTATGAGAATTC  862
      |||||||||||||||
seq2  CTATTATGAGAATTC  863