BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062J16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 32,823,834 - 32,930,465
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp13, Pex2
Upstream geneKcnmb2, LOC665514, Zmat3, 4930429B21Rik, Pik3ca, Kcnmb3, Zfp639, Mfn1, Gnb4, LOC100040977, Actl6a, Mrpl47, Ndufb5
Downstream geneEG545512, LOC100041058, Ttc14, Ccdc39, LOC100040232, LOC100041072, Fxr1h
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062J16.bB6Ng01-062J16.g
ACCDH882949DH882950
length1,1811,144
definitionDH882949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J16, 5' end.DH882950|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,823,834 - 32,825,041)(32,929,284 - 32,930,465)
sequence
gaattccagggacttgtctgtagtcctgccttgaggaattggcaaccaca
gagatttcttctattactgttaacaaccctacacggatacttgattgtgt
ggcagcctggcctgccttgggacaagcacaggccactggagctgtcagga
gaacaaacgggggagtgtggaaaacctagctctcttgtaacagactaaga
tgctgaggttagttttgccttcggacctttagggatcaatctcactttct
agtggcttgttcttggagacattatggcagaggcacttggcttttatgtt
tctgagttccatgactaagactgttgggagagtgagcaggtacagaagag
catgtgtggctctttaagtgggtaacaagctgtgagtcaaggctctggtg
acctgtccaggattgccagtgtcagtactctctgtctctaagggtctgca
tgttgtgaactaggttgaggtactcagttgtaattacaatgatgtaatgt
gaactgttagtattaggatacaaatgccaagggtggtgtagtataggtaa
tgggagtgaaccactgggctttacagcctcttaatggcctaccagctttt
ccttcttttctgtgcagacagaggtcatgccctcaggagacactggtgct
ggctgtatatagtaattgcttacgacagtgggttcatgtcaggtgctctg
atgctggagttgattggtgtaatgacatgtagttaaagtgtgatattcaa
gaaggcaaagttatgacttttaagaatatgaagtgaatgtatttcacaga
ttaactgattgacggagaacaagtcagacgccaccactgatataaacatg
tctgaataagtaggatattcacttttatttcttgttgactgactacttgc
agtgctcagtatagaacccaggaccttgtacacaccaggcagagatctat
actgagtcacagctctagtctaggatgctggtttattagggtcagttaac
aaaaatattaaggatgagcttgcctgggttagatcaaaatggaatatgtc
aaactgtatcttgacattgggtccatggaaagagactggttttatctcta
ttagtccaaggcaacttgcagtgcctcctaagttgggactctgcgataat
gtagataagctagtaacccttaatgcaggca
gaattccaattccttagctaatagtttgcctccagagtgaagacagatac
agagtgattctactaaataacatttaggtagatttgctaattctgattca
gtaatttggtaactatacattaagtttctttcaagaaaggagatggggag
gacctcaaattaaccttttctccagggtaacaatatccagcatttaaaag
ctgccactttgacagggggatgaaattctttctgatttgttctttgcttt
agagtgtatactagagtttggagcatgcatctcaaccctagcgttaaaaa
ggcccagtgacccaaaagaactttttctagtaactacatatttatctgta
gagattcacatttattctgtttatcttggaatatattccagttacagaca
atgtgggagataataaaagaccccacacaaaaaaagcaatccttttcctt
aaaactaactcccctcaaagtgtactcatttgcaaatgatctatgatatt
tgacaagaaatcaaaaacaataatagcactaccctgggattatgtctatg
ggatgcatacttcacacagcaatcaaagacctttcaaaatataacaggtt
tgatatttatcatacagaaatgtattctatatttacttaattatcaaata
cattatttacaccatcgccaatataaaaataagccaaaagaaaagaaata
ctttaaatcacttctccctaaataaagcaagttgcctgcagcctaatgaa
ggacttgctcttgagatgcagtgacaagtggtttccaggccccttagtca
taaggagcctgacactaaaacatttttaatccagaactggtggcaaggga
ggaggcctgtatatccactgtttccttgaccatctgtggagggtagacat
gtctgagacatggtgggagggaagcgagccatgtttgacttcagaacaca
aatagcatgctattgatgggcaaatgggtctgatatttaaaaaagttatg
atcagagcaacttcaggcacttacacaagaacttatatttaatgatgttt
attgcattcctgcagtcctcacatctaattaaactttcctgctactctga
tcacttctgcagctgaccgtttatgtattacagcatctaattag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_32823834_32825041
seq2: B6Ng01-062J16.b_49_1229

seq1  GAATTCCAGGGACTTGTCTGTAGTCCTGCCTTGAGGAATTGGCAACCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGACTTGTCTGTAGTCCTGCCTTGAGGAATTGGCAACCACA  50

seq1  GAGATTTCTTCTATTACTGTTAACAACCCTACACGGATACTTGATTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTCTTCTATTACTGTTAACAACCCTACACGGATACTTGATTGTGT  100

seq1  GGCAGCCTGGCCTGCCTTGGGACAAGCACAGGCCACTGGAGCTGTCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCTGGCCTGCCTTGGGACAAGCACAGGCCACTGGAGCTGTCAGGA  150

seq1  GAACAAACGGGGGAGTGTGGAAAACCTAGCTCTCTTGTAACAGACTAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACGGGGGAGTGTGGAAAACCTAGCTCTCTTGTAACAGACTAAGA  200

seq1  TGCTGAGGTTAGTTTTGCCTTCGGACCTTTAGGGATCAATCTCACTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGTTAGTTTTGCCTTCGGACCTTTAGGGATCAATCTCACTTTCT  250

seq1  AGTGGCTTGTTCTTGGAGACATTATGGCAGAGGCACTTGGCTTTTATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTTGTTCTTGGAGACATTATGGCAGAGGCACTTGGCTTTTATGTT  300

seq1  TCTGAGTTCCATGACTAAGACTGTTGGGAGAGTGAGCAGGTACAGAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCCATGACTAAGACTGTTGGGAGAGTGAGCAGGTACAGAAGAG  350

seq1  CATGTGTGGCTCTTTAAGTGGGTAACAAGCTGTGAGTCAAGGCTCTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGGCTCTTTAAGTGGGTAACAAGCTGTGAGTCAAGGCTCTGGTG  400

seq1  ACCTGTCCAGGATTGCCAGTGTCAGTACTCTCTGTCTCTAAGGGTCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCCAGGATTGCCAGTGTCAGTACTCTCTGTCTCTAAGGGTCTGCA  450

seq1  TGTTGTGAACTAGGTTGAGGTACTCAGTTGTAATTACAATGATGTAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAACTAGGTTGAGGTACTCAGTTGTAATTACAATGATGTAATGT  500

seq1  GAACTGTTAGTATTAGGATACAAATGCCAAGGGTGGTGTAGTATAGGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTTAGTATTAGGATACAAATGCCAAGGGTGGTGTAGTATAGGTAA  550

seq1  TGGGAGTGAACCACTGGGCTTTACAGCCTCTTAATGGCCTACCAGCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTGAACCACTGGGCTTTACAGCCTCTTAATGGCCTACCAGCTTTT  600

seq1  CCTTCTTTTCTGTGCAGACAGAGGTCATGCCCTCAGGAGACACTGGTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTTCTGTGCAGACAGAGGTCATGCCCTCAGGAGACACTGGTGCT  650

seq1  GGCTGTATATAGTAATTGCTTACGACAGTGGGTTCATGTCAGGTGCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTATATAGTAATTGCTTACGACAGTGGGTTCATGTCAGGTGCTCTG  700

seq1  ATGCTGGAGTTGATTGGTGTAATGACATGTAGTTAAAGTGTGATATTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGAGTTGATTGGTGTAATGACATGTAGTTAAAGTGTGATATTCAA  750

seq1  GAAGGCAAAGTTATGACTTTTAAGAATATGAAGTGAATGTATTTCACAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAAAGTTATGACTTTTAAGAATATGAAGTGAATGTATTTCACAGA  800

seq1  TTAACTGATTGACGGAGAACAAGTCAGACGCCACCACTGATATAAACATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGATTGACGGAGAACAAGTCAGACGCCACCACTGATATAAACATG  850

seq1  TCTGAATAAGTAGGATATTCACTTTTATTTCTTGTTGACTGACTACTTTG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCTGAATAAGTAGGATATTCACTTTTATTTCTTGTTGACTGACTAC-TTG  899

seq1  CAGTGCTCAGTATAGAACCCAGGACCTTGTACACACCAGGCAGAGATCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTCAGTATAGAACCCAGGACCTTGTACACACCAGGCAGAGATCTA  949

seq1  TTACTGAGTCACAGCTCTAGTCTAGGATGCTGGTTTATTTAGGGTCAAGT  1000
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  -TACTGAGTCACAGCTCTAGTCTAGGATGCTGGTTTA-TTAGGGTC-AGT  996

seq1  TAACAAAAAAATATTAGGATGAGCTTGCCTGGGTTAGATCAAAAGTGGAT  1050
      ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||  | ||
seq2  TAACAAAAATAT-TAAGGATGAGCTTGCCTGGGTTAGATCAAAATGGAAT  1045

seq1  ATGTTCAAACTGTATCCTTGAACATATGGGTCCCATGGGACAGAGACTGG  1100
      ||| ||||||||||| |||| |||| ||||| |||| ||| |||||||||
seq2  ATG-TCAAACTGTAT-CTTG-ACAT-TGGGT-CCAT-GGAAAGAGACTGG  1089

seq1  TTTTTATCTCTATTAGCCAAAAGGTGCAACTTGGCAGTTGCTTCCTAAGT  1150
       ||||||||||||||| | ||    ||||||| |||| ||| ||||||| 
seq2  -TTTTATCTCTATTAGTCCAA---GGCAACTT-GCAG-TGCCTCCTAAG-  1132

seq1  TTGGGACTTCTGCAGTAAATGGTAAGATGAGCCTAGTTAACCCTTAAGAT  1200
      ||||||| ||||| |  ||||   |||| || |||| ||||||||||   
seq2  TTGGGAC-TCTGC-GATAATG--TAGATAAG-CTAG-TAACCCTTAA---  1173

seq1  TGCAGGCA  1208
      ||||||||
seq2  TGCAGGCA  1181

seq1: chr3_32929284_32930465
seq2: B6Ng01-062J16.g_65_1208 (reverse)

seq1  CTAATTATTTAAGATGCTGGTAATACATAACACGGTCAGCTTTGGCAGAA  50
      ||||||     ||||||| ||||||||||| ||||||||||   ||||||
seq2  CTAATT-----AGATGCT-GTAATACATAA-ACGGTCAGCT---GCAGAA  40

seq1  GGTGATCAGCAGTTAGCAGGGAAAGTTTTAATTAGATGTTTGAGGAACTG  100
       |||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||  ||||| ||||
seq2  -GTGATCAG-AG-TAGCA-GGAAAG-TTTAATTAGATG--TGAGG-ACTG  82

seq1  CACGCATGCAAATAAACATTCATTAAAATTAATAAAGTATCTTGTGGTAA  150
      || | |||| |||||||| ||||||||  |    |||| |||||| ||||
seq2  CAGGAATGC-AATAAACA-TCATTAAATAT----AAGT-TCTTGT-GTAA  124

seq1  AGTTGCCTGAAGTTTGCTCTGAATCATAAACTTTTTTTTAAATTATCAGG  200
         ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||   || ||||| |
seq2  --GTGCCTGAAG-TTGCTCTG-ATCAT-AACTTTTTT---AAATATCA-G  165

seq1  ACCCATTTTGCCCATCAATAGCATGCTATTTGTTGTTCTGAAGTCAAACA  250
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCCA-TTTGCCCATCAATAGCATGCTATTTG-TGTTCTGAAGTCAAACA  213

seq1  TGGCTCGCTTCCCTCCCACCATGTCCTCAGACATGTCTACCCTCCACAGA  300
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCGCTTCCCTCCCACCATGT-CTCAGACATGTCTACCCTCCACAGA  262

seq1  TGGTCAAGGAAACAGTGGATATACAGGCCTCCTCCCTTGCCACCAGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAAGGAAACAGTGGATATACAGGCCTCCTCCCTTGCCACCAGTTCT  312

seq1  GGATTAAAAATGTTTTAGTGTCAGGCTCCTTATGACTAAGGGGCCTGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAAAATGTTTTAGTGTCAGGCTCCTTATGACTAAGGGGCCTGGAA  362

seq1  ACCACTTGTCACTGCATCTCAAGAGCAAGTCCTTCATTAGGCTGCAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTGTCACTGCATCTCAAGAGCAAGTCCTTCATTAGGCTGCAGGCA  412

seq1  ACTTGCTTTATTTAGGGAGAAGTGATTTAAAGTATTTCTTTTCTTTTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTTTATTTAGGGAGAAGTGATTTAAAGTATTTCTTTTCTTTTGGC  462

seq1  TTATTTTTATATTGGCGATGGTGTAAATAATGTATTTGATAATTAAGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTATATTGGCGATGGTGTAAATAATGTATTTGATAATTAAGTAA  512

seq1  ATATAGAATACATTTCTGTATGATAAATATCAAACCTGTTATATTTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGAATACATTTCTGTATGATAAATATCAAACCTGTTATATTTTGAA  562

seq1  AGGTCTTTGATTGCTGTGTGAAGTATGCATCCCATAGACATAATCCCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTTGATTGCTGTGTGAAGTATGCATCCCATAGACATAATCCCAGG  612

seq1  GTAGTGCTATTATTGTTTTTGATTTCTTGTCAAATATCATAGATCATTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGCTATTATTGTTTTTGATTTCTTGTCAAATATCATAGATCATTTG  662

seq1  CAAATGAGTACACTTTGAGGGGAGTTAGTTTTAAGGAAAAGGATTGCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAGTACACTTTGAGGGGAGTTAGTTTTAAGGAAAAGGATTGCTTT  712

seq1  TTTTGTGTGGGGTCTTTTATTATCTCCCACATTGTCTGTAACTGGAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTGGGGTCTTTTATTATCTCCCACATTGTCTGTAACTGGAATAT  762

seq1  ATTCCAAGATAAACAGAATAAATGTGAATCTCTACAGATAAATATGTAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAGATAAACAGAATAAATGTGAATCTCTACAGATAAATATGTAGT  812

seq1  TACTAGAAAAAGTTCTTTTGGGTCACTGGGCCTTTTTAACGCTAGGGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGAAAAAGTTCTTTTGGGTCACTGGGCCTTTTTAACGCTAGGGTTG  862

seq1  AGATGCATGCTCCAAACTCTAGTATACACTCTAAAGCAAAGAACAAATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCATGCTCCAAACTCTAGTATACACTCTAAAGCAAAGAACAAATCA  912

seq1  GAAAGAATTTCATCCCCCTGTCAAAGTGGCAGCTTTTAAATGCTGGATAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATTTCATCCCCCTGTCAAAGTGGCAGCTTTTAAATGCTGGATAT  962

seq1  TGTTACCCTGGAGAAAAGGTTAATTTGAGGTCCTCCCCATCTCCTTTCTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCCTGGAGAAAAGGTTAATTTGAGGTCCTCCCCATCTCCTTTCTT  1012

seq1  GAAAGAAACTTAATGTATAGTTACCAAATTACTGAATCAGAATTAGCAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAACTTAATGTATAGTTACCAAATTACTGAATCAGAATTAGCAAA  1062

seq1  TCTACCTAAATGTTATTTAGTAGAATCACTCTGTATCTGTCTTCACTCTG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTAAATGTTATTTAGTAGAATCACTCTGTATCTGTCTTCACTCTG  1112

seq1  GAGGCAAACTATTAGCTAAGGAATTGGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAACTATTAGCTAAGGAATTGGAATTC  1144