BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062J24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,262,477 - 83,412,209
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700028M03Rik, LOC100042007
Upstream geneNpy2r, LOC100041940, EG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2
Downstream geneLOC100042091, Sfrp2, LOC633522, Tlr2, D930015E06Rik, Mnd1, Trim2, EG624713, 6330505N24Rik, Arfip1, EG667788, EG627369, Tigd4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062J24.bB6Ng01-062J24.g
ACCDH882963DH882964
length1,0951,113
definitionDH882963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J24, 5' end.DH882964|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,262,477 - 83,263,585)(83,411,086 - 83,412,209)
sequence
gaattccagttaacattgtcagaaaagggtacaaaaaagaccatgaatca
ccatgatctcactctagaggagatgagcacaggtttgttaaacagctact
taggtatgtgggttggaatttatgacatcctatatgcaaaactcttatgc
agcaattgggaagctagtcatggagcaggcacgagggaagcacacttgct
ttttgatattctgcaaggcaaatatcatgacataatgaggattaagggtt
atacaggttagttacccacacccaccaccatcaactgtaagttgaatact
agacgtgttgtttattttattcataggtacagccagccacacatgctaaa
ccacttagagcagtttattgacactggcaaaaagcaaatgacgcaaacag
agccttgtggaattctcagggactctcttcccaactgctgccaccaaatt
ttctttagaaaatttctttctacattgaaaacatgcccagattttggaaa
gcaacaagcaatcaggtatatttttttcctctgttttttgccaatctcag
ttgactatttaaagtaaactaatttttcccacttaaattgtaaaggtcta
tccaacagtggtttctctctctctctctctctctctgtttatataattta
ggtgtgtgcgtatgtgtagatggtatgtatgtttggtgtgtgcatattca
agcatatgatatgttttgtgctaagtgatatatataagatatatatttaa
atatacatatatataatgtgtgtgtgtatgcatgtaaactgtgaaatgtg
tgtaaacaattcttaagcctagactggtgagcacaaattaagctagagcc
ttatcatcaccaaatttcaagcagataactaaaacaatgatgttactatt
ttatacataaaaaattaaattatcctctgactagaagctctatctggagt
ttcctctcaaagaagcagatgtgaatttccaaagcatgtgaggactagca
cgggaccgtggcatggctatcacttatggtatcataatgcatgtcgatcc
tacgtggaaaggtaggaagagaagccatgttcctgtgaataagaa
gaattcaaggaattattttgtttaaaaatgcagagcctcctttacaaaag
atggttcattgtaaaaatggccgctgtacagagtttgttctgttcttaga
gtcagcccagcagaccttgagaaagggcattacatggaataaaagcaaag
gcttattgtttttcacccattcattgaattccaaacatagaagaataaac
acacacacacacacacacaccaatctgagggtggcaaaaataaagctgag
agggaattgagagacacaatgacagcctcattgaggaatctttgaaaaag
attagtgtggtggttgttgtctttcttttttttcaggatttgtttaaatc
tattgtgttaaaaaaatagggctcacaattccttgctgaagtgaagactc
aggcaacacttttacatttaaccgacctctcaagtccttgcagaataaca
ctagccttgcattattaccactgtgtctccttctacccaaacacaaaagc
ttcactgatggtcatggaaccaaaaggtcaaagtatatcatgtcaacatt
ttcatttttaatcataaatggataaacccaacaataccttttttcatcat
agaggcaagaaacaaggataatacattttttcttaatttcaattctgttg
aaatgttttttgttttgttttgttctgttttattttgttgtgtttcgttt
ttttaatttatttttttaaattaggtattttcttcatttacattttctaa
caggttacaacttggtttttcagctttgaggtagggagtttcttttgagt
tgaagtggcatcaacaacagtggtatggctcagtcagtatagtgcttgtc
atattaagcatgagggtcttgggttagaaagatgggtgcctgtactctta
gttgtggggagatgagtactcttagttgtggggagatgagaaaggcagat
ccctggaagcttgctggccatctgtctagccaaaattggtaagctccaga
tttgttgagaaaccctgcctcagaaataaggtagagattatgaaaagaat
ctgatgttgagttccagctctctgcacattacatttatcatatttgtatc
tgcagccatgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83262477_83263585
seq2: B6Ng01-062J24.b_49_1143

seq1  GAATTCCAGTTAACATTGTCAGAAAAGGGTACAAAAAAGACCATGAATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTTAACATTGTCAGAAAAGGGTACAAAAAAGACCATGAATCA  50

seq1  CCATGATCTCACTCTAGAGGAGATGAGCACAGGTTTGTTAAACAGCTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATCTCACTCTAGAGGAGATGAGCACAGGTTTGTTAAACAGCTACT  100

seq1  TAGGTATGTGGGTTGGAATTTATGACATCCTATATGCAAAACTCTTATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATGTGGGTTGGAATTTATGACATCCTATATGCAAAACTCTTATGC  150

seq1  AGCAATTGGGAAGCTAGTCATGGAGCAGGCACGAGGGAAGCACACTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTGGGAAGCTAGTCATGGAGCAGGCACGAGGGAAGCACACTTGCT  200

seq1  TTTTGATATTCTGCAAGGCAAATATCATGACATAATGAGGATTAAGGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATATTCTGCAAGGCAAATATCATGACATAATGAGGATTAAGGGTT  250

seq1  ATACAGGTTAGTTACCCACACCCACCACCATCAACTGTAAGTTGAATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGTTAGTTACCCACACCCACCACCATCAACTGTAAGTTGAATACT  300

seq1  AGACGTGTTGTTTATTTTATTCATAGGTACAGCCAGCCACACATGCTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTGTTGTTTATTTTATTCATAGGTACAGCCAGCCACACATGCTAAA  350

seq1  CCACTTAGAGCAGTTTATTGACACTGGCAAAAAGCAAATGACGCAAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAGAGCAGTTTATTGACACTGGCAAAAAGCAAATGACGCAAACAG  400

seq1  AGCCTTGTGGAATTCTCAGGGACTCTCTTCCCAACTGCTGCCACCAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGTGGAATTCTCAGGGACTCTCTTCCCAACTGCTGCCACCAAATT  450

seq1  TTCTTTAGAAAATTTCTTTCTACATTGAAAACATGCCCAGATTTTGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAGAAAATTTCTTTCTACATTGAAAACATGCCCAGATTTTGGAAA  500

seq1  GCAACAAGCAATCAGGTATATTTTTTTCCTCTGTTTTTTGCCAATCTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAGCAATCAGGTATATTTTTTTCCTCTGTTTTTTGCCAATCTCAG  550

seq1  TTGACTATTTAAAGTAAACTAATTTTTCCCACTTAAATTGTAAAGGTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTATTTAAAGTAAACTAATTTTTCCCACTTAAATTGTAAAGGTCTA  600

seq1  TCCAACAGTGGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTTATATAATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACAGTGGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTTATATAATTTA  650

seq1  GGTGTGTGCGTATGTGTAGATGGTATGTATGTTTGGTGTGTGCATATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTGCGTATGTGTAGATGGTATGTATGTTTGGTGTGTGCATATTCA  700

seq1  AGCATATGATATGTTTTGTGCTAAGTGATATATAT-AGATATATATTTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCATATGATATGTTTTGTGCTAAGTGATATATATAAGATATATATTTAA  750

seq1  ATATACATATATATAATGTGTGTGTGTATGCATGT-AACTGTG-AATGTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  ATATACATATATATAATGTGTGTGTGTATGCATGTAAACTGTGAAATGTG  800

seq1  TGTAAACAATTCTTCAAGCCTAGACTGGTGAGCACAAATTAAGCTAGAGC  847
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACAATTCTT-AAGCCTAGACTGGTGAGCACAAATTAAGCTAGAGC  849

seq1  CTTATCATCACCAAATTTCAAAGCAGATAACT-AAACAATGATGTTACTA  896
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTTATCATCACCAAATTTC-AAGCAGATAACTAAAACAATGATGTTACTA  898

seq1  TTTTATACATAAAAAATTAAAATTATCCTCTGACTAGAAGCTCTATCTGG  946
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATACATAAAAAATT-AAATTATCCTCTGACTAGAAGCTCTATCTGG  947

seq1  AGTTTCTTCTCAAAGGAGGCAAGATGTGAATTTCAGAAGGCATGTAGAGG  996
      |||||| |||||||| ||   |||||||||||||  || |||||| ||||
seq2  AGTTTCCTCTCAAAGAAG--CAGATGTGAATTTC-CAAAGCATGT-GAGG  993

seq1  ACCAGCACAGGACCCGTGGCATGGCTATCACTCTAATGGTTATCATTACT  1046
      || ||||| ||| |||||||||||||||||  || |||| ||||| || |
seq2  ACTAGCACGGGA-CCGTGGCATGGCTATCA--CTTATGG-TATCA-TAAT  1038

seq1  GCATTGTCAGATCTCACTGTGAAAGGTTTGGGAGGAGAGGCCATGTTGCA  1096
      ||| |||| ||||  ||   ||||||  | ||| |||| ||||||||   
seq2  GCA-TGTC-GATCCTACGTGGAAAGG--TAGGAAGAGAAGCCATGTT--C  1082

seq1  CTGTGAATAAGAA  1109
      |||||||||||||
seq2  CTGTGAATAAGAA  1095

seq1: chr3_83411086_83412209
seq2: B6Ng01-062J24.g_68_1180 (reverse)

seq1  TTTCATGTGCCTGCAGATACAAATATGATAGATGTGTATGTGTGCATGTA  50
      |||||  || |||||||||||||||||||| ||||  |||      || |
seq2  TTTCA--TGGCTGCAGATACAAATATGATAAATGT-AATG------TGCA  41

seq1  GAG-GCTGGAACTCAACATCAGATGTCTTTTTCAATAATTCTCTACCTTA  99
      ||| |||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||||||||
seq2  GAGAGCTGGAACTCAACATCAGAT-TCTTTT--CATAA-TCTCTACCTTA  87

seq1  TTTTCTGAGGCAGGGTTTCTCACCAAATCTGGAGCTTACCAATTTTGGCT  149
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTCTGAGGCAGGGTTTCTCAACAAATCTGGAGCTTACCAATTTTGGCT  136

seq1  AGACAGATGGCCAGCAAGC-TCCAGGGATCTGCCTTTCTCATCTCCCCAC  198
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATGGCCAGCAAGCTTCCAGGGATCTGCCTTTCTCATCTCCCCAC  186

seq1  AACTAAGAGTACTCATCTCCCCACAACTAAGAGTACAGGCACCCATCTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGAGTACTCATCTCCCCACAACTAAGAGTACAGGCACCCATCTTT  236

seq1  CTAACCCAAGA-CCTCATGCTTAATATGACAAGCACTATACTGACTGAGC  297
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCAAGACCCTCATGCTTAATATGACAAGCACTATACTGACTGAGC  286

seq1  CATACCACTGTTGTTGATGCCACTTCAACTCAAAAGAAACTCCCTACCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCACTGTTGTTGATGCCACTTCAACTCAAAAGAAACTCCCTACCTC  336

seq1  AAAGCTGAAAAACCAAGTTGTAACCTGTTAGAAAATGTAAATGAAGAAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAAAAACCAAGTTGTAACCTGTTAGAAAATGTAAATGAAGAAAA  386

seq1  TACCTAATTTAAAAAAATAAATTAAAAAAACGAAACACAACAAAATAAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAATTTAAAAAAATAAATTAAAAAAACGAAACACAACAAAATAAAA  436

seq1  CAGAACAAAACAAAACAAAAAACATTTCAACAGAATTGAAATTAAGAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAAAACAAAACAAAAAACATTTCAACAGAATTGAAATTAAGAAAA  486

seq1  AATGTATTATCCTTGTTTCTTGCCTCTATGATGAAAAAAGGTATTGTTGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATTATCCTTGTTTCTTGCCTCTATGATGAAAAAAGGTATTGTTGG  536

seq1  GTTTATCCATTTATGATTAAAAATGAAAATGTTGACATGATATACTTTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCCATTTATGATTAAAAATGAAAATGTTGACATGATATACTTTGA  586

seq1  CCTTTTGGTTCCATGACCATCAGTGAAGCTTTTGTGTTTGGGTAGAAGGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGGTTCCATGACCATCAGTGAAGCTTTTGTGTTTGGGTAGAAGGA  636

seq1  GACACAGTGGTAATAATGCAAGGCTAGTGTTATTCTGCAAGGACTTGAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGTGGTAATAATGCAAGGCTAGTGTTATTCTGCAAGGACTTGAGA  686

seq1  GGTCGGTTAAATGTAAAAGTGTTGCCTGAGTCTTCACTTCAGCAAGGAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGGTTAAATGTAAAAGTGTTGCCTGAGTCTTCACTTCAGCAAGGAAT  736

seq1  TGTGAGCCCTATTTTTTTAACACAATAGATTTAAACAAATCCTGAAAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCCCTATTTTTTTAACACAATAGATTTAAACAAATCCTGAAAAAA  786

seq1  AAGAAAGACAACAACCACCACACTAATCTTTTTCAAAGATTCCTCAATGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGACAACAACCACCACACTAATCTTTTTCAAAGATTCCTCAATGA  836

seq1  GGCTGTCATTGTGTCTCTCAATTCCCTCTCAGCTTTATTTTTGCCACCCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCATTGTGTCTCTCAATTCCCTCTCAGCTTTATTTTTGCCACCCT  886

seq1  CAGATTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTATTCTTCTATGTTTGGAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTATTCTTCTATGTTTGGAAT  936

seq1  TCAATGAATGGGTGAAAAACAATAAGCCTTTGCTTTTATTCCATGTAATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGAATGGGTGAAAAACAATAAGCCTTTGCTTTTATTCCATGTAATG  986

seq1  CCCTTTCTCAAGGTCTGCTGGGCTGACTCTAAGAACAGAACAAACTCTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTCAAGGTCTGCTGGGCTGACTCTAAGAACAGAACAAACTCTGT  1036

seq1  ACAGCGGCCATTTTTACAATGAACCATCTTTTGTAAAGGAGGCTCTGCAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGGCCATTTTTACAATGAACCATCTTTTGTAAAGGAGGCTCTGCAT  1086

seq1  TTTTAAACAAAATAATTCCTTGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACAAAATAATTCCTTGAATTC  1113