BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065P20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 17,728,085 - 17,841,633
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040059, EG383936, LOC622737, ENSMUSG00000074674, LOC100040120
Downstream geneCypt12, LOC545508, Bhlhb5, Cyp7b1, LOC622921, LOC100040153
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065P20.bB6Ng01-065P20.g
ACCDH885303DH885304
length1,0671,015
definitionDH885303|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065P20, 5' end.DH885304|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065P20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,840,557 - 17,841,633)(17,728,085 - 17,729,107)
sequence
gaattcaaaggtgttgacatgaggtggtgctcggatgattgttttaagaa
ctgctgcatctgctacattgtctcctctgattaaagaccattaagttaaa
atacaaattaaaaggcagcaagttgtcaatgtttaggcacagtagggatt
ctatgatagaagaagaggccacattcagtgttacccatgattattagagt
gttttataaatagcacatttctatttgtagcatgcatacatacgtataaa
tgaaaatttactaatcctacatactaaattagactaatagatgaggggga
cccactgttttagtatacagaaccttttggtaacagtacagacaaaaggg
aatctgataaaggaagataactcacattttgccctcttgtccttccatcc
tactgggaattgattcatcctattgctattgcttcctgaccagtgtttcc
aggattctgtcatggactgaagaccagcagctttctgggaatcatctagg
ttttcaacttcacagtgggacagctgagcacacacataggtagtgtgagc
aactaccagtcttgcagcctggtcatgaaaaactgttactctaaccaatt
ctaaacctttcaaatgtgattaggctgtaattactatttcaatataaaat
gacataatagcttctttagtatgcattatactatctatatgttcatctta
ttgattgcttctcaaaagaactctaatatacaatgggaccacaagttggc
ttttgagactagtgaggactgtctttcatttacttgaactttttactgta
gcttttcctttggagttttttttttttaattttttatacaaaatcacaag
tttctttctggcattgtcttatatatacaatgtagtcatatgtatagtaa
agctttatttctggctttaaatgaaatgtgtagtaaagcttttgagactg
gctttgagtgaatgtttcaccaatctttgctttgttgggtcatagtagag
gctgagaatgtcgagatgactttaccttgagaaaaatgttgactttaaag
aatctgcacttgttgtt
gaattcttctatgagtgagcatcattgcaggaataaaatctttctttaaa
attgatcatagtttagagtgatgaaaagatactccattatttaaagttat
cacttgactcagagaatcttgccttagtattatgtaagtgctttatagac
catctctatttcagagactttagtttgtgcataatcataaaaaggccctc
tttgacatcattccatctttactgtattagattgaagcatctattactca
aagtcacactgtcatggtattaccattaccaagaaatacggtctttgaga
ttcagtttctaaaatggcataaacgaacccatattggatggaacctgtaa
gtatcatatctagatgtggatacatgatagaaagttgcctagcatgtaga
aggctctgtttgattacccagcactaccaaagataacaataaaaacagta
catttaaataataacagtacatataaaaaacacagctctatattgctcca
catttgtatggttttaatagcttatatgaggatctgaggaaaaagctgga
tgccttacatgagtttacccttgtgtaagtgcaaagaggtttctgcacca
ttagaacacaattgattgggagaggctctcaagaagccagagagacaagt
taggaagaaaagcccttggaaaggtggaatatcaaagttgtcatcctgat
caatggatctgtgtctatcaacacatctgaaaaccatgcagtgccttttt
taacagtctcacacaggacactgggccatatgtgttctctgccctttggc
cagaaacttatggactcatcagggggaaagagagctcaaggcaaaaaaaa
aaaagggagtctggggactgagcacatatgtgaggaggctgctatcttga
atgccctgagcttgcaaagatgcccagcataatatgaaggaactacaaca
cagccactgagatctgccagtgactctttaaggttatatatgatgggtat
tacatatatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_17840557_17841633
seq2: B6Ng01-065P20.b_48_1114 (reverse)

seq1  AACAACAAGTGCAGATTCTCTAGAGTCAACATTTTTCTCAAGGTTAAAGT  50
      ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACAACAAGTGCAGATTCTTTAAAGTCAACATTTTTCTCAAGG-TAAAGT  49

seq1  CATCTCGAAACATTTCTCAGCCTCTACTAATTGACCCAAACATAGCAAAA  100
      |||||||| |   ||||||||||||||||  |||||| |||| ||| |||
seq2  CATCTCGACA---TTCTCAGCCTCTACTA--TGACCC-AACAAAGC-AAA  92

seq1  GATTGGTGAAACATTTCACTCAAAGCCAGTCTCAAAAGCTTTACTACACA  150
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGTGAAACA-TTCACTCAAAGCCAGTCTCAAAAGCTTTACTACACA  141

seq1  TTTCATTTAAAGCCAGAAATAAAGGCTTTACTATACATATGACTACATTG  200
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTAAAGCCAGAAATAAA-GCTTTACTATACATATGACTACATTG  190

seq1  TATATATAAGACAATGCCAGAAAGAAACTTGTGATTTTGTATAAAAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATAAGACAATGCCAGAAAGAAACTTGTGATTTTGTATAAAAAATT  240

seq1  AAAAAAAAAAAACTCCAAAGGAAAAGCTACAGTAAAAAGTTCAAGTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAACTCCAAAGGAAAAGCTACAGTAAAAAGTTCAAGTAAAT  290

seq1  GAAAGACAGTCCTCACTAGTCTCAAAAGCCAACTTGTGGTCCCATTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACAGTCCTCACTAGTCTCAAAAGCCAACTTGTGGTCCCATTGTAT  340

seq1  ATTAGAGTTCTTTTGAGAAGCAATCAATAAGATGAACATATAGATAGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGTTCTTTTGAGAAGCAATCAATAAGATGAACATATAGATAGTAT  390

seq1  AATGCATACTAAAGAAGCTATTATGTCATTTTATATTGAAATAGTAATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATACTAAAGAAGCTATTATGTCATTTTATATTGAAATAGTAATTA  440

seq1  CAGCCTAATCACATTTGAAAGGTTTAGAATTGGTTAGAGTAACAGTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTAATCACATTTGAAAGGTTTAGAATTGGTTAGAGTAACAGTTTTT  490

seq1  CATGACCAGGCTGCAAGACTGGTAGTTGCTCACACTACCTATGTGTGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCAGGCTGCAAGACTGGTAGTTGCTCACACTACCTATGTGTGTGC  540

seq1  TCAGCTGTCCCACTGTGAAGTTGAAAACCTAGATGATTCCCAGAAAGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGTCCCACTGTGAAGTTGAAAACCTAGATGATTCCCAGAAAGCTG  590

seq1  CTGGTCTTCAGTCCATGACAGAATCCTGGAAACACTGGTCAGGAAGCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTTCAGTCCATGACAGAATCCTGGAAACACTGGTCAGGAAGCAAT  640

seq1  AGCAATAGGATGAATCAATTCCCAGTAGGATGGAAGGACAAGAGGGCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAGGATGAATCAATTCCCAGTAGGATGGAAGGACAAGAGGGCAAA  690

seq1  ATGTGAGTTATCTTCCTTTATCAGATTCCCTTTTGTCTGTACTGTTACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGTTATCTTCCTTTATCAGATTCCCTTTTGTCTGTACTGTTACCA  740

seq1  AAAGGTTCTGTATACTAAAACAGTGGGTCCCCCTCATCTATTAGTCTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTCTGTATACTAAAACAGTGGGTCCCCCTCATCTATTAGTCTAAT  790

seq1  TTAGTATGTAGGATTAGTAAATTTTCATTTATACGTATGTATGCATGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATGTAGGATTAGTAAATTTTCATTTATACGTATGTATGCATGCTA  840

seq1  CAAATAGAAATGTGCTATTTATAAAACACTCTAATAATCATGGGTAACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGAAATGTGCTATTTATAAAACACTCTAATAATCATGGGTAACAC  890

seq1  TGAATGTGGCCTCTTCTTCTATCATAGAATCCCTACTGTGCCTAAACATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTGGCCTCTTCTTCTATCATAGAATCCCTACTGTGCCTAAACATT  940

seq1  GACAACTTGCTGCCTTTTAATTTGTATTTTAACTTAATGGTCTTTAATCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTTGCTGCCTTTTAATTTGTATTTTAACTTAATGGTCTTTAATCA  990

seq1  GAGGAGACAATGTAGCAGATGCAGCAGTTCTTAAAACAATCATCCGAGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGACAATGTAGCAGATGCAGCAGTTCTTAAAACAATCATCCGAGCA  1040

seq1  CCACCTCATGTCAACACCTTTGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCATGTCAACACCTTTGAATTC  1067

seq1: chr3_17728085_17729107
seq2: B6Ng01-065P20.g_69_1083

seq1  GAATTCTTCTATGAGTGAGCATCATTGCAGGAATAAAATCTTTCTTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTATGAGTGAGCATCATTGCAGGAATAAAATCTTTCTTTAAA  50

seq1  ATTGATCATAGTTTAGAGTGATGAAAAGATACTCCATTATTTAAAGTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCATAGTTTAGAGTGATGAAAAGATACTCCATTATTTAAAGTTAT  100

seq1  CACTTGACTCAGAGAATCTTGCCTTAGTATTATGTAAGTGCTTTATAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGACTCAGAGAATCTTGCCTTAGTATTATGTAAGTGCTTTATAGAC  150

seq1  CATCTCTATTTCAGAGACTTTAGTTTGTGCATAATCATAAAAAGGCCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTATTTCAGAGACTTTAGTTTGTGCATAATCATAAAAAGGCCCTC  200

seq1  TTTGACATCATTCCATCTTTACTGTATTAGATTGAAGCATCTATTACTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACATCATTCCATCTTTACTGTATTAGATTGAAGCATCTATTACTCA  250

seq1  AAGTCACACTGTCATGGTATTACCATTACCAAGAAATACGGTCTTTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACACTGTCATGGTATTACCATTACCAAGAAATACGGTCTTTGAGA  300

seq1  TTCAGTTTCTAAAATGGCATAAACGAACCCATATTGGATGGAACCTGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTCTAAAATGGCATAAACGAACCCATATTGGATGGAACCTGTAA  350

seq1  GTATCATATCTAGATGTGGATACATGATAGAAAGTTGCCTAGCATGTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATATCTAGATGTGGATACATGATAGAAAGTTGCCTAGCATGTAGA  400

seq1  AGGCTCTGTTTGATTACCCAGCACTACCAAAGATAACAATAAAAACAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTGTTTGATTACCCAGCACTACCAAAGATAACAATAAAAACAGTA  450

seq1  CATTTAAATAATAACAGTACATATAAAAAACACAGCTCTATATTGCTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAATAATAACAGTACATATAAAAAACACAGCTCTATATTGCTCCA  500

seq1  CATTTGTATGGTTTTAATAGCTTATATGAGGATCTGAGGAAAAAGCTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTATGGTTTTAATAGCTTATATGAGGATCTGAGGAAAAAGCTGGA  550

seq1  TGCCTTACATGAGTTTACCCTTGTGTAAGTGCAAAGAGGTTTCTGCACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTACATGAGTTTACCCTTGTGTAAGTGCAAAGAGGTTTCTGCACCA  600

seq1  TTAGAACACAATTGATTGGGAGAGGCTCTCAAGAAGCCAGAGAGACAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACACAATTGATTGGGAGAGGCTCTCAAGAAGCCAGAGAGACAAGT  650

seq1  TAGGAAGAAAAGCCCTTGGAAAGGTGGAATATCAAAGTTGTCATCCTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGAAAAGCCCTTGGAAAGGTGGAATATCAAAGTTGTCATCCTGAT  700

seq1  CAATGGATCTGTGTCTATCAACACATCTGAAAACCATGCAGTGCCTTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGATCTGTGTCTATCAACACATCTGAAAACCATGCAGTGCCTTTTT  750

seq1  TAACAGTCTCACACAGGACACTGGGCCATATGTGTTCTCTGCCCTTTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTCTCACACAGGACACTGGGCCATATGTGTTCTCTGCCCTTTGGC  800

seq1  CAGAAACTTATGGACTCATCAGGGGGAAAGAGAGCTCAAGGCAAAAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTTATGGACTCATCAGGGGGAAAGAGAGCTCAAGGCAAAAAAAA  850

seq1  AAAAGGGAGTCTGGGGACTGAGCACATATGTGAGGAGGCTGCTATCTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGAGTCTGGGGACTGAGCACATATGTGAGGAGGCTGCTATCTTGA  900

seq1  ATGCCCTGAGCTTGCAAAGATGCCCAGCATAAATATGAAGGAACTACAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  ATGCCCTGAGCTTGCAAAGATGCCCAGCAT-AATATGAAGGAACTAC-AA  948

seq1  CACAGCCACTGAGATCTGCCAGGTGACTCTTTAGGGTATATATATTTGTA  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    |
seq2  CACAGCCACTGAGATCTGCCA-GTGACTCTTTAAGGT-TATATAT---GA  993

seq1  TGTGTATATACATATATATATAT  1023
      || |||| |||||||||||||||
seq2  TGGGTAT-TACATATATATATAT  1015