BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066A21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 76,144,025 - 76,270,602
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFstl5
Upstream geneWdr49, Pdcd10, Serpini1, Golph4
Downstream geneLOC100041625, LOC100041635
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066A21.bB6Ng01-066A21.g
ACCDH885344DH885345
length1,1521,129
definitionDH885344|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066A21, 5' end.DH885345|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066A21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,269,439 - 76,270,602)(76,144,025 - 76,145,173)
sequence
gaattccctaatgtgctttaaaccctaaggtgctttaaactcacttggag
tctttctgttttggtaatgggagatctcagcttgctggacttctgtagac
taaaacactctgagtttaaatactatttgactctggggtatcattcttca
gcgaataatggaccattgcattctgggacatcttactccaaaggtcctgt
ggcactctgtaaaatttaatcattagggaaattggtgcctgtcatttcag
tctctattagagggcaagagtctctctttaatgaccatcctactttaatg
attagcagtcacaagtgacccagacccatcatgctaactgatctcactca
cctcatccacagtgcctgccaggacttacacactttccaaccaaaacagt
gagtatccttaagtcttataatgcagggcagtctacagccttgatgtggt
tatctcaccaaagaatcctgagcttctttactttttctgctctgggacac
ttctttgacagtaagtaattaggttctacttctgaaaactcacccttttt
gcccccctcaatgtcttcccttcactcatacttcagtgggagtttaaaaa
caattaatgagaaactgggaacattcatctaagccctgttactctaaaaa
gacccaggacactgagaattacaaatgtgtactgctagttttacattata
cactgcaaataattgctacacaacaatgagtaactgtgcaattggttcat
gtacatttctgtctacatatattgtatcactgcatagccttctatttgca
tctgtaagacataattttaagcaatattactactttgagactatggatct
ttaaaatcttatgtcaatacagaatcattatacgcactccagaaaattaa
atgctatcaaaatgtcaaataaattacactcattttcatctatcgccatc
acccagagaaggtctgtgaaccactgtgacatcaagaatgtgaacagatt
gtctaaattgtgtaaattaaaacacctgggagtaagtatggagaaataag
ttgcattggaataaataaacatggttgatttctccagataaacaaggatt
gccaatgatggtcatcacctgaagacggtcagataataaatctaacttct
tg
gaattcttttggaaaattgttttaatattggcttctcagaaataaagatg
tggctttaccaactattctgggacaaaataaaaacctttactaactagaa
tagaagaaatacatataaataaatctgttgatgatttcaaagacagaaaa
attttaaggagtaactgttgatggcacaaggagcacactgccattttcat
ttgctcttcctttttttttttaattattttattttatttcttttacttat
ttagtttacatgttgctagcttgctacctcctggccagccccttccacaa
tccttagctcctcatcccttcccctttcctcctctgaatgaatgggggct
gtctatgtatccaccctccctggcacatcaaggctctaaagagctagata
catcctctcccactgagactagacaaggcaacccagctagaacatatcct
atgtacaggcaacaagtattgggatagccccctttccagttgtttgtgac
ccacatgaagaccaagctgcatatcttctacatatgcatggggaggccta
gcttcaattagtatatgctatttgattggtggttcagactcaaagagtct
caaaggcccaggttagttgattctgttgttcttgtggagttcctatcccc
tttgggaccggaatccttcctcctatacttccataaaagtccccaagctc
catccgctatttggctgtgggtgtctgtatctgagtttgctcactttaat
aggtcttgtcagttcattaggaattactcttttaacagggaccacagtaa
ctatacagtgtccagagacagttattaagttaccagataagagaaactgc
tcactttttcatgttgaaatactttagtcattatcattctattgttctat
tgatcataattggcttaattttagtgtgcattgatgacaccattatgaca
cagccaaaactatacagatataccaaagtataagcttagggtatatagta
tggaatacagactaaaatttgagcttctctttaataggttcttgttatgc
aatggtaccataatgttttattcattctaaggagtgccaggtcagctgta
cctcgaatggaagtctggcctctgtcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_76269439_76270602
seq2: B6Ng01-066A21.b_30_1181 (reverse)

seq1  CAAGAAAGTTTTAGATTTATTATACTGGACCGTACTTTCAGGTGAATGAC  50
      ||||||    ||||||||||||| || ||||||   |||||||| |||||
seq2  CAAGAA---GTTAGATTTATTAT-CT-GACCGT--CTTCAGGTG-ATGAC  42

seq1  CATCATTTGCAAATCCCTTGTCTATACTGAGAGAATCACACATGTGTAAT  100
      ||||||| ||||   |||||| |||   |||| |||||  ||||| | ||
seq2  CATCATTGGCAA--TCCTTGTTTATCTGGAGA-AATCAACCATGT-TTAT  88

seq1  TTATTCCAATGCAACTTAATTTCT-CATACTTTAACTCC--AGTGTTTTA  147
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||   ||||||||
seq2  TTATTCCAATGCAACTT-ATTTCTCCATACTT--ACTCCCAGGTGTTTTA  135

seq1  TTTTACACAATTTAGACAATCTGTTCACATTCTTGATGTCACAGTGGTTC  197
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACACAATTTAGACAATCTGTTCACATTCTTGATGTCACAGTGGTTC  185

seq1  ACAGACCTTCTCTGGGTGATGGCGATAGATGAAAATGAGTGTAATTTATT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCTTCTCTGGGTGATGGCGATAGATGAAAATGAGTGTAATTTATT  235

seq1  TGACATTTTGATAGCATTTAATTTTCTGGAGTGCGTATAATGATTCTGTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTTGATAGCATTTAATTTTCTGGAGTGCGTATAATGATTCTGTA  285

seq1  TTGACATAAGATTTTAAAGATCCATAGTCTCAAAGTAGTAATATTGCTTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATAAGATTTTAAAGATCCATAGTCTCAAAGTAGTAATATTGCTTA  335

seq1  AAATTATGTCTTACAGATGCAAATAGAAGGCTATGCAGTGATACAATATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATGTCTTACAGATGCAAATAGAAGGCTATGCAGTGATACAATATA  385

seq1  TGTAGACAGAAATGTACATGAACCAATTGCACAGTTACTCATTGTTGTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACAGAAATGTACATGAACCAATTGCACAGTTACTCATTGTTGTGT  435

seq1  AGCAATTATTTGCAGTGTATAATGTAAAACTAGCAGTACACATTTGTAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTATTTGCAGTGTATAATGTAAAACTAGCAGTACACATTTGTAAT  485

seq1  TCTCAGTGTCCTGGGTCTTTTTAGAGTAACAGGGCTTAGATGAATGTTCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGTCCTGGGTCTTTTTAGAGTAACAGGGCTTAGATGAATGTTCC  535

seq1  CAGTTTCTCATTAATTGTTTTTAAACTCCCACTGAAGTATGAGTGAAGGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCTCATTAATTGTTTTTAAACTCCCACTGAAGTATGAGTGAAGGG  585

seq1  AAGACATTGAGGGGGGCAAAAAGGGTGAGTTTTCAGAAGTAGAACCTAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATTGAGGGGGGCAAAAAGGGTGAGTTTTCAGAAGTAGAACCTAAT  635

seq1  TACTTACTGTCAAAGAAGTGTCCCAGAGCAGAAAAAGTAAAGAAGCTCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACTGTCAAAGAAGTGTCCCAGAGCAGAAAAAGTAAAGAAGCTCAG  685

seq1  GATTCTTTGGTGAGATAACCACATCAAGGCTGTAGACTGCCCTGCATTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTTGGTGAGATAACCACATCAAGGCTGTAGACTGCCCTGCATTAT  735

seq1  AAGACTTAAGGATACTCACTGTTTTGGTTGGAAAGTGTGTAAGTCCTGGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTAAGGATACTCACTGTTTTGGTTGGAAAGTGTGTAAGTCCTGGC  785

seq1  AGGCACTGTGGATGAGGTGAGTGAGATCAGTTAGCATGATGGGTCTGGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTGTGGATGAGGTGAGTGAGATCAGTTAGCATGATGGGTCTGGGT  835

seq1  CACTTGTGACTGCTAATCATTAAAGTAGGATGGTCATTAAAGAGAGACTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTGACTGCTAATCATTAAAGTAGGATGGTCATTAAAGAGAGACTC  885

seq1  TTGCCCTCTAATAGAGACTGAAATGACAGGCACCAATTTCCCTAATGATT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTCTAATAGAGACTGAAATGACAGGCACCAATTTCCCTAATGATT  935

seq1  AAATTTTACAGAGTGCCACAGGACCTTTGGAGTAAGATGTCCCAGAATGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTACAGAGTGCCACAGGACCTTTGGAGTAAGATGTCCCAGAATGC  985

seq1  AATGGTCCATTATTCGCTGAAGAATGATACCCCAGAGTCAAATAGTATTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCCATTATTCGCTGAAGAATGATACCCCAGAGTCAAATAGTATTT  1035

seq1  AAACTCAGAGTGTTTTAGTCTACAGAAGTCCAGCAAGCTGAGATCTCCCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCAGAGTGTTTTAGTCTACAGAAGTCCAGCAAGCTGAGATCTCCCA  1085

seq1  TTACCAAAACAGAAAGACTCCAAGTGAGTTTAAAGCACCTTAGGGTTTAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAAAACAGAAAGACTCCAAGTGAGTTTAAAGCACCTTAGGGTTTAA  1135

seq1  AGCACATTAGGGAATTC  1164
      |||||||||||||||||
seq2  AGCACATTAGGGAATTC  1152

seq1: chr3_76144025_76145173
seq2: B6Ng01-066A21.g_64_1192

seq1  GAATTCTTTTGGAAAATTGTTTTAATATTGGCTTCTCAGAAATAAAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGGAAAATTGTTTTAATATTGGCTTCTCAGAAATAAAGATG  50

seq1  TGGCTTTACCAACTATTCTGGGACAAAATAAAAACCTTTACTAACTAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTACCAACTATTCTGGGACAAAATAAAAACCTTTACTAACTAGAA  100

seq1  TAGAAGAAATACATATAAATAAATCTGTTGATGATTTCAAAGACAGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAAATACATATAAATAAATCTGTTGATGATTTCAAAGACAGAAAA  150

seq1  ATTTTAAGGAGTAACTGTTGATGGCACAAGGAGCACACTGCCATTTTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGGAGTAACTGTTGATGGCACAAGGAGCACACTGCCATTTTCAT  200

seq1  TTGCTCTTCCTTTTTTTTTTTAATTATTTTATTTTATTTCTTTTACTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTTCCTTTTTTTTTTTAATTATTTTATTTTATTTCTTTTACTTAT  250

seq1  TTAGTTTACATGTTGCTAGCTTGCTACCTCCTGGCCAGCCCCTTCCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTACATGTTGCTAGCTTGCTACCTCCTGGCCAGCCCCTTCCACAA  300

seq1  TCCTTAGCTCCTCATCCCTTCCCCTTTCCTCCTCTGAATGAATGGGGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGCTCCTCATCCCTTCCCCTTTCCTCCTCTGAATGAATGGGGGCT  350

seq1  GTCTATGTATCCACCCTCCCTGGCACATCAAGGCTCTAAAGAGCTAGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGTATCCACCCTCCCTGGCACATCAAGGCTCTAAAGAGCTAGATA  400

seq1  CATCCTCTCCCACTGAGACTAGACAAGGCAACCCAGCTAGAACATATCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTCCCACTGAGACTAGACAAGGCAACCCAGCTAGAACATATCCT  450

seq1  ATGTACAGGCAACAAGTATTGGGATAGCCCCCTTTCCAGTTGTTTGTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAGGCAACAAGTATTGGGATAGCCCCCTTTCCAGTTGTTTGTGAC  500

seq1  CCACATGAAGACCAAGCTGCATATCTTCTACATATGCATGGGGAGGCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGAAGACCAAGCTGCATATCTTCTACATATGCATGGGGAGGCCTA  550

seq1  GCTTCAATTAGTATATGCTATTTGATTGGTGGTTCAGACTCAAAGAGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAATTAGTATATGCTATTTGATTGGTGGTTCAGACTCAAAGAGTCT  600

seq1  CAAAGGCCCAGGTTAGTTGATTCTGTTGTTCTTGTGGAGTTCCTATCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCCCAGGTTAGTTGATTCTGTTGTTCTTGTGGAGTTCCTATCCCC  650

seq1  TTTGGGACCGGAATCCTTCCTCCTATACTTCCATAAAAGTCCCCAAGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGACCGGAATCCTTCCTCCTATACTTCCATAAAAGTCCCCAAGCTC  700

seq1  CATCCGCTATTTGGCTGTGGGTGTCTGTATCTGAGTTTGCTCACTTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCGCTATTTGGCTGTGGGTGTCTGTATCTGAGTTTGCTCACTTTAAT  750

seq1  AGGTCTTGTCAGTTCATTAGGAATTACTCTTTTAACAGGGACCACAGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTGTCAGTTCATTAGGAATTACTCTTTTAACAGGGACCACAGTAA  800

seq1  CTATACAGTGTCCAGAGACAGTTATTAAGTTACCAGATAAGAGAAACTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACAGTGTCCAGAGACAGTTATTAAGTTACCAGATAAGAGAAACTGC  850

seq1  TCACTTTTTCATGTTGAAATACTTTAGTCATTATCATTCTATTGTTCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTTTCATGTTGAAATACTTTAGTCATTATCATTCTATTGTTCTAT  900

seq1  TGATCATAATTGGCTTAATTTTAGTGTGCATTGATGACACCATTATGACC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGATCATAATTGGCTTAATTTTAGTGTGCATTGATGACACCATTATGA-C  949

seq1  ACAAGCCAAAAACTATACAAGAATAATACCAAAGTATTAAGCTTAGGGTT  1000
      || |||| |||||||||| |||   ||||||||||| |||||||||||| 
seq2  AC-AGCC-AAAACTATAC-AGA--TATACCAAAGTA-TAAGCTTAGGGT-  992

seq1  AATATTAGTATGGAATACAGAACTTAAAATTTGAGCTTCTCTTTAATTAG  1050
       ||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||   
seq2  -ATA-TAGTATGGAATACAGA--CTAAAATTTGAGCTTCTCTTTAAT--A  1036

seq1  GGTTCTTGTTATGCAAATGGTACATAAATGTTTTATTCATTCTTAAGAGT  1100
      |||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||| | ||||
seq2  GGTTCTTGTTATGC-AATGGTACCATAATGTTTTATTCATTCTAAGGAGT  1085

seq1  GCCAAGTTCAGCTGTACACTCAGAATTGTAGAGTCCTGCCTCTGTCTTT  1149
      ||| || |||||||||| ||| |||| |   ||||  ||||||||||||
seq2  GCC-AGGTCAGCTGTAC-CTC-GAATGG--AAGTCTGGCCTCTGTCTTT  1129