BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066M19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 73,713,009 - 73,823,221
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667425
Upstream gene2010204N08Rik, Slitrk3, Bche
Downstream geneLOC619764, LOC667434, LOC100041551, EG667459
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066M19.bB6Ng01-066M19.g
ACCDH885875DH885876
length1,1491,059
definitionDH885875|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066M19, 5' end.DH885876|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066M19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,713,009 - 73,714,183)(73,822,161 - 73,823,221)
sequence
gaattcatcttttagtaaatcagattaaatttaagcaaacacttggtgat
tcttcttttaaagtaactaaaatctttatattgtatgttcactaaaaaag
tataagacaaaattattatgtcagagagcttctcactgaaaaatcaacta
attgagcatttttttcttcattatcaaaattgacaagttcttaattattc
ataaataagtgtgtcaccagatgatttttatatcaatctgacatatattt
tctaaaaaaaagttgttacaagtgtgctaagtaaggagtaacaggcattt
taagtaagtgaagaaaataaattgatcatgcaacatattttggcattgga
attaatgtgaaatttattatgtatggaaaaatctgtatcattttaatttc
tatctacttttagttctttctcctaatttcagcctcttatggagacattg
atagagttccttttatcagtctgttcttttccttctccagtcctcttcat
tgtcctcagtcattctgtcttactctcttacataacaaaaggaatttcaa
ttctgtgcaggaaaaaaatgctacatgtgttacttttgctatagaataaa
tgtaggagaaaaattctagaaatgctaacctgtaggagaagaatgtgcat
attgctagcatatatatatgaaaaacattaaattgtgcattcagcatcac
ttgattgatattaaataaagataaataatagtagttaaactttttagtgg
agccagagacatctacaaaaccctcgttaataaacaaaagctgacatggt
gctttaacttgagatcagagaaatattttttttttcttaagttagatgaa
tctccttctcttccagtctcctacttgtagctcaacctagcaatggttta
ttattcatttataatcctgtcttcatctgatttatgttattacttcccag
aaaattgcactttagagaaatgagaataaattgtctcttattgtaaagca
gatgatatgcatggctggaaaacatacataagcatgatatactctcttgt
agaaaaatgttaattctcttagtgctgcagtcatgccatattcatactta
gatggacattgactgatgcagatgattcttcccaaataaggattgatga
gaattcccctgtattggggcatagaatcttcacaggaccaaatgcctctc
ctcccattggtgaccaactaggccatcttctgctacatatgcagctggag
ccatgagtcacaccacgtgttttctttggtgggcggtttagtcctaggga
gctctggagatactggttagttcatattgttgttcctcctatggggctgc
aaaccccttcatctccttgggccctttctccagttcctccattggggacc
ctgtgctcagtccaatggttggctgagagcatccacctctgtatttgtca
gtcactggtagctgaaatgtgtgtgtgtgtgtgtatacataggtacatgt
atacatgtgtgaatacatatatacatatatgtgtgtatatatgtccatgt
gcatatatatatatattcatacacatatacctatgcatatgtatacatac
atgcatatacataaatacacacacacacacacatatatatatacacacac
acacagacacacacacatatgtgcatgcacagacagacacattacacaca
cacatttcagagcaaaataactattataaaatccattaaagaatatggtc
tttgtgagtaacccttttggcatcatcatactctgcaattatgttggctt
agatcaactttagtgaccactatttgttgttgtaaatggtattaatttat
tctattagttcttattatgacatgggcacaaataattgttctataatatt
taatgcctttagtaattcttttttttttaaatacttacttgtttaatata
cattccctacactgtagctgtcttcagatgcaccagaagagggcatcaga
ttccataacagatggttgtgggccactttgaactctcttctattagttct
tattaagaccagaccagcttccccattattgggcaattatgcttaaacta
ttttatgctacactgcctatgcccaattgcattcccaatatttgctattt
gatctccctggctgtttgatctgttgtgtgttgtgatttgttggtttttt
ttttttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_73713009_73714183
seq2: B6Ng01-066M19.b_44_1192

seq1  GAATTCATCTTTTAGTAAATCAGATTAAATTTAAGCAAACACTTGGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTTTTAGTAAATCAGATTAAATTTAAGCAAACACTTGGTGAT  50

seq1  TCTTCTTTTAAAGTAACTAAAATCTTTATATTGTATGTTCACTAAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTAAAGTAACTAAAATCTTTATATTGTATGTTCACTAAAAAAG  100

seq1  TATAAGACAAAATTATTATGTCAGAGAGCTTCTCACTGAAAAATCAACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACAAAATTATTATGTCAGAGAGCTTCTCACTGAAAAATCAACTA  150

seq1  ATTGAGCATTTTTTTCTTCATTATCAAAATTGACAAGTTCTTAATTATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCATTTTTTTCTTCATTATCAAAATTGACAAGTTCTTAATTATTC  200

seq1  ATAAATAAGTGTGTCACCAGATGATTTTTATATCAATCTGACATATATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAGTGTGTCACCAGATGATTTTTATATCAATCTGACATATATTT  250

seq1  TCTAAAAAAAAGTTGTTACAAGTGTGCTAAGTAAGGAGTAACAGGCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAAAAAGTTGTTACAAGTGTGCTAAGTAAGGAGTAACAGGCATTT  300

seq1  TAAGTAAGTGAAGAAAATAAATTGATCATGCAACATATTTTGGCATTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAGTGAAGAAAATAAATTGATCATGCAACATATTTTGGCATTGGA  350

seq1  ATTAATGTGAAATTTATTATGTATGGAAAAATCTGTATCATTTTAATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGTGAAATTTATTATGTATGGAAAAATCTGTATCATTTTAATTTC  400

seq1  TATCTACTTTTAGTTCTTTCTCCTAATTTCAGCCTCTTATGGAGACATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACTTTTAGTTCTTTCTCCTAATTTCAGCCTCTTATGGAGACATTG  450

seq1  ATAGAGTTCCTTTTATCAGTCTGTTCTTTTCCTTCTCCAGTCCTCTTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTTCCTTTTATCAGTCTGTTCTTTTCCTTCTCCAGTCCTCTTCAT  500

seq1  TGTCCTCAGTCATTCTGTCTTACTCTCTTACATAACAAAAGGAATTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCAGTCATTCTGTCTTACTCTCTTACATAACAAAAGGAATTTCAA  550

seq1  TTCTGTGCAGGAAAAAAATGCTACATGTGTTACTTTTGCTATAGAATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGCAGGAAAAAAATGCTACATGTGTTACTTTTGCTATAGAATAAA  600

seq1  TGTAGGAGAAAAATTCTAGAAATGCTAACCTGTAGGAGAAGAATGTGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAGAAAAATTCTAGAAATGCTAACCTGTAGGAGAAGAATGTGCAT  650

seq1  ATTGCTAGCATATATATATGAAAAACATTAAATTGTGCATTCAGCATCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAGCATATATATATGAAAAACATTAAATTGTGCATTCAGCATCAC  700

seq1  TTGATTGATATTAAATAAAGATAAATAATAGTAGTTAAACTTTTTAGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGATATTAAATAAAGATAAATAATAGTAGTTAAACTTTTTAGTGG  750

seq1  AGCCAGAGACATCTACAAAACCCTCGTTAATAAACAAAAGCTGACATGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGACATCTACAAAACCCTCGTTAATAAACAAAAGCTGACATGGT  800

seq1  GCTTTAACTTGAGATCAGAGAAATATTTTTTTTTTCTTAAGTTAGATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAACTTGAGATCAGAGAAATATTTTTTTTTTCTTAAGTTAGATGAA  850

seq1  TCTCCTTCTCTTCCAGTCTCCTACTTGTAGCTCAACCTAGCAATGGTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTCTCTTCCAGTCTCCTACTTGTAGCTCAACCTAGCAATGGTTTA  900

seq1  TTATTCATTTATAATCCTGTCTTCATCTGATTTATGTTATTACTTCCCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCATTTATAATCCTGTCTTCATCTGATTTATGTTATTACTTCCCAG  950

seq1  AAAATTGCACTTTAGGAGAAATGAAGAATAAAATTGTCTCTTATTGTAAA  1000
      |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGCACTTTA-GAGAAATG-AGAAT-AAATTGTCTCTTATTGTAAA  997

seq1  AGGCAGATGAATATGCATGGCTGGAATACATACATACAGCAATGAATATT  1050
        ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||| |
seq2  --GCAGATG-ATATGCATGGCTGGAAAACATACATA-AGC-ATG-ATA-T  1040

seq1  ACTCTCATGTTAGAAAAAAATGTTAATTCTCTTAAGGTGCTTGCAGTCAT  1100
      |||||| |||   | |||||||||||||||||||  |||| |||||||||
seq2  ACTCTCTTGT---AGAAAAATGTTAATTCTCTTA--GTGC-TGCAGTCAT  1084

seq1  GGCATATTTCATACTTAGATGGACAATTGACATGAATTGCAGTAGTGATT  1150
      | |||| ||||||||||||||||| |||||| |||  |||||   |||||
seq2  GCCATA-TTCATACTTAGATGGAC-ATTGAC-TGA--TGCAG--ATGATT  1127

seq1  CTTTCACAAAATAAAAGATTGATGA  1175
      | ||| ||||   || |||||||||
seq2  C-TTCCCAAA--TAAGGATTGATGA  1149

seq1: chr3_73822161_73823221
seq2: B6Ng01-066M19.g_90_1127 (reverse)

seq1  AAAAAAAAAAAAAAACCAAAAACAAAAAATCAAACAAACAAACAAACAAA  50
      ||||||||||||||||      ||| ||||||        |||| |||| 
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAC------CAACAAATCA-------CAACACACAA-  36

seq1  CAAGATCAAAACAGCCCAGGGGAGAATCAAATAGCAAATAATTTGGGGAA  100
        ||||| ||||||||   ||||| |||||||||||||||   | |||||
seq2  -CAGATC-AAACAGCC--AGGGAG-ATCAAATAGCAAATA---TTGGGAA  78

seq1  TGCAATTGGGCAATAGGCAGTGTAGCATAAAAATAGTTTAAGCATAATTG  150
      ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTGGGC-ATAGGCAGTGTAGCAT-AAAATAGTTTAAGCATAATTG  126

seq1  CCCAATAATGGGGAAGCTGGTCTGGTCTTAATAAGAACTAATAGAAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATAATGGGGAAGCTGGTCTGGTCTTAATAAGAACTAATAGAAGAGA  176

seq1  GTTCAAAGTGGCCCACAACCATCTGTTATGGAATCTGATGCCCTCTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAGTGGCCCACAACCATCTGTTATGGAATCTGATGCCCTCTTCTG  226

seq1  GTGCATCTGAAGACAGCTACAGTGTA-GGAATGTATATTAAACAAGTAAG  299
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCTGAAGACAGCTACAGTGTAGGGAATGTATATTAAACAAGTAAG  276

seq1  TATTTAAAAAAAAAAGAATTACTAAAGGCATTAAATATTATAGAACAATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAAAAAAAAAGAATTACTAAAGGCATTAAATATTATAGAACAATT  326

seq1  ATTTGTGCCCATGTCATAATAAGAACTAATAGAATAAATTAATACCATTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGCCCATGTCATAATAAGAACTAATAGAATAAATTAATACCATTT  376

seq1  ACAACAACAAATAGTGGTCACTAAAGTTGATCTAAGCCAACATAATTGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAAATAGTGGTCACTAAAGTTGATCTAAGCCAACATAATTGCA  426

seq1  GAGTATGATGATGCCAAAAGGGTTACTCACAAAGACCATATTCTTTAATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGATGATGCCAAAAGGGTTACTCACAAAGACCATATTCTTTAATG  476

seq1  GATTTTATAATAGTTATTTTGCTCTGAAATGTGTGTGTGTAATGTGTCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTATAATAGTTATTTTGCTCTGAAATGTGTGTGTGTAATGTGTCTG  526

seq1  TCTGTGCATGCACATATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTATATATATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCATGCACATATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTATATATATA  576

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTATTTATGTATATGCATGTATGTATACATATGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTATTTATGTATATGCATGTATGTATACATATGCA  626

seq1  TAGGTATATGTGTATGAATATATATATATATGCACATGGACATATATACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATATGTGTATGAATATATATATATATGCACATGGACATATATACA  676

seq1  CACATATATGTATATATGTATTCACACATGTATACATGTACCTATGTATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATATGTATATATGTATTCACACATGTATACATGTACCTATGTATA  726

seq1  CACACACACACACACATTTCAGCTACCAGTGACTGACAAATACAGAGGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACATTTCAGCTACCAGTGACTGACAAATACAGAGGTG  776

seq1  GATGCTCTCAGCCAACCATTGGACTGAGCACAGGGTCCCCAATGGAGGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCTCAGCCAACCATTGGACTGAGCACAGGGTCCCCAATGGAGGAA  826

seq1  CTGGAGAAAGGGCCCAAGGAGATGAAGGGGTTTGCAGCCCCATAGGAGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAAAGGGCCCAAGGAGATGAAGGGGTTTGCAGCCCCATAGGAGGA  876

seq1  ACAACAATATGAACTAACCAGTATCTCCAGAGCTCCCTAGGACTAAACCG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATATGAACTAACCAGTATCTCCAGAGCTCCCTAGGACTAAACCG  926

seq1  CCCACCAAAGAAAACACGTGGTGTGACTCATGGCTCCAGCTGCATATGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAAAGAAAACACGTGGTGTGACTCATGGCTCCAGCTGCATATGTA  976

seq1  GCAGAAGATGGCCTAGTTGGTCACCAATGGGAGGAGAGGCATTTGGTCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGATGGCCTAGTTGGTCACCAATGGGAGGAGAGGCATTTGGTCCT  1026

seq1  GTGAAGATTCTA  1061
      ||||||||||||
seq2  GTGAAGATTCTA  1038