BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068C24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 30,330,196 - 30,365,206
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMds1
Upstream gene6130401L20Rik, LOC100040676, Evi1
Downstream geneLOC100040727, LOC100040734, LOC100040749, Arpm1, Mynn, Lrrc34, 4930558O21Rik, E230002P03Rik, Samd7, Tloc1, Gpr160, Phc3, LOC100040809, Prkci, Skil, Cldn11, Slc7a14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068C24.bB6Ng01-068C24.g
ACCDH886850DH886851
length1,1151,058
definitionDH886850|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C24, 5' end.DH886851|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,330,196 - 30,331,321)(30,364,121 - 30,365,206)
sequence
gaattctttagcaaaccccttactttgtcttaaatacttcaatcagctac
caacacactgcacaattgcctgtagactaattcaataagtctactattct
taaaattcctttgtaaataacatctaccatttcctcctaaagtctcaaca
gtaaagcaaagtacaagtccactgaagactccccccaacccacccatgga
gctggtgaatgtgctgggtttgtttatagagcttgggagaaaggtcaccc
ttaggatcatgagtgactctacaacagcaccctagaaaacttttgctcag
tacagacaatagcttccccatggctgcatagatggaacctcgtcttgact
ccaccccctccctgagcccccccccccaggccatgtgcaattagaccaga
attgcatacaactgtcgggaagggatggctgggtatcagatgagggtcca
caagggaaggtcaacagtcaacaagaccagctgggaaggttctttgcaag
cggacacagctggccttatgtacatcatggggaatggttctaagccacac
ccactatttggaaatgacactctgctttttaaggtcaaatatcctatcat
gttcctaaatgcaaatttcagtctatttattatcacctttctacagatgt
ttcccctacatctccacttaatttatttcccctttactctcacagccttc
tatggtaacaccgtcacgatgtcgggtggggaggggtacacacagatcat
tataaacatatttatatagatatatatacaccatagaatatgtacatcca
taaaacatagtatatgtgtttatatataaaactcacacgtgtatgcacaa
acataggtcattatgaatttatgtatttatttatttgctaaatgtttgcc
aagttactagcataggggaagaaaaagtcagcaatgcagcctcacccggc
agtccatagatggggacatcagacctagagaaattactttttaagcctac
attcgataggacagatatagatttggaaagcagctatcggagtcatcata
atccacagggaaacagcagaggatttccactggtccacaagaatgtggtg
ggacaaaatgctgaa
gaattctgtccccttctaagaataagccttccagtattcgcttcaggaag
tcccattgcttcagcttggatggcgaatatgaaaaacaaagcgattgttt
gttgacacgtattccagcaggtgcggttccattctaaacaagaagctgct
attgttttcaggaatctgggtgatgactgtcttagaacatgaagggctgg
ttccccagggggacaccagggcactgtttttcactttagtccttgggcct
gatggttctcctcctgtgtatctttaggactagtggcccctataggtgta
tgagagcttcgaaagagaagtgtaggctgagcctatagccgtgtaaaatt
tagtagagtgtttgccgagcatgtagaagatcctgggtttgattcagccc
tggataaacagagtgtgatggcgcacacctgtaattgcaaacacttctga
gataggggcaaggaggatcaggagtttaaggccaaactgggctacattag
actgtgccaaaaaagaaagggctgttcaaatatcccttgagaagtgactt
tggaattaagggtccagggtgacttgttcttggtgaaatcactggatact
tggggctcagtctttttcccaggtgacatagggaagggacagtgcaggag
gaggagcagagcaagcctccaggcttttcaaagctttatgagcatccaga
tggtagagccaggctgggcaaagggatgcaggatgccccttcgttctgtg
cagcagtgacacttctctagcctggccttatttgtgagatgcggagccct
gtggagggctgcatgacttatgggcggcatcaagcagtaatccctcccct
ggccttctcagccttctcagcacagaggcactaatatccagccggactgg
ggatgctcggctggtgcactaggaatgagggctgtgttggcctctcattt
gctttttccaaaccatgataattcagcacaatgcagcagatactgtgaaa
tgccaccatgtgtgacgtcgagctctgtgtcagatatgatatttttagag
gattggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_30330196_30331321
seq2: B6Ng01-068C24.b_44_1158

seq1  GAATTCTTTAGCAAACCCCTTACTTTGTCTTAAATACTTCAATCAGCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGCAAACCCCTTACTTTGTCTTAAATACTTCAATCAGCTAC  50

seq1  CAACACACTGCACAATTGCCTGTAGACTAATTCAATAAGTCTACTATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACACTGCACAATTGCCTGTAGACTAATTCAATAAGTCTACTATTCT  100

seq1  TAAAATTCCTTTGTAAATAACATCTACCATTTCCTCCTAAAGTCTCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCCTTTGTAAATAACATCTACCATTTCCTCCTAAAGTCTCAACA  150

seq1  GTAAAGCAAAGTACAAGTCCACTGAAGACTCCCCCCAACCCACCCATGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGCAAAGTACAAGTCCACTGAAGACTCCCCCCAACCCACCCATGGA  200

seq1  GCTGGTGAATGTGCTGGGTTTGTTTATAGAGCTTGGGAGAAAGGTCACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGAATGTGCTGGGTTTGTTTATAGAGCTTGGGAGAAAGGTCACCC  250

seq1  TTAGGATCATGAGTGACTCTACAACAGCACCCTAGAAAACTTTTGCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATCATGAGTGACTCTACAACAGCACCCTAGAAAACTTTTGCTCAG  300

seq1  TACAGACAATAGCTTCCCCATGGCTGCATAGATGGAACCTCGTCTTGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACAATAGCTTCCCCATGGCTGCATAGATGGAACCTCGTCTTGACT  350

seq1  CCACCCCCTCCCTGAGCCCCCCCCCCCAGGCCATGTGCAATTAGACCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCCTCCCTGAGCCCCCCCCCCCAGGCCATGTGCAATTAGACCAGA  400

seq1  ATTGCATACAACTGTCGGGAAGGGATGGCTGGGTATCAGATGAGGGTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATACAACTGTCGGGAAGGGATGGCTGGGTATCAGATGAGGGTCCA  450

seq1  CAAGGGAAGGTCAACAGTCAACAAGACCAGCTGGGAAGGTTCTTTGCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAAGGTCAACAGTCAACAAGACCAGCTGGGAAGGTTCTTTGCAAG  500

seq1  CGGACACAGCTGGCCTTATGTACATCATGGGGAATGGTTCTAAGCCACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACACAGCTGGCCTTATGTACATCATGGGGAATGGTTCTAAGCCACAC  550

seq1  CCACTATTTGGAAATGACACTCTGCTTTTTAAGGTCAAATATCCTATCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATTTGGAAATGACACTCTGCTTTTTAAGGTCAAATATCCTATCAT  600

seq1  GTTCCTAAATGCAAATTTCAGTCTATTTATTATCACCTTTCTACAGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTAAATGCAAATTTCAGTCTATTTATTATCACCTTTCTACAGATGT  650

seq1  TTCCCCTACATCTCCACTTAATTTATTTCCCCTTTACTCTCACAGCCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTACATCTCCACTTAATTTATTTCCCCTTTACTCTCACAGCCTTC  700

seq1  TATGGTAACACCGTCACGATGTCGGGTGGGGAGGGGTACACACAGATCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTAACACCGTCACGATGTCGGGTGGGGAGGGGTACACACAGATCAT  750

seq1  TATAAACATATTTATATAGATATATATACACCATAGAATATGTACATCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACATATTTATATAGATATATATACACCATAGAATATGTACATCCA  800

seq1  TAAAACATAGTATATGTGTTTATATATAAAACTCACACGTGTATGCACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACATAGTATATGTGTTTATATATAAAACTCACACGTGTATGCACAA  850

seq1  ACATAGGTCATTATGAATTTATGTATTTATTTATTTGCTAAATGTTTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGTCATTATGAATTTATGTATTTATTTATTTGCTAAATGTTTGCC  900

seq1  AAGTTACTAGCATAGGGGAAGAAAAAGTCAGCAATGCAGCCTCACCCGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACTAGCATAGGGGAAGAAAAAGTCAGCAATGCAGCCTCACCCGGC  950

seq1  AGTCCATAGATGGGGACATCAGACCTAGAGAAATTACTTTTTAAGCCTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATAGATGGGGACATCAGACCTAGAGAAATTACTTTTTAAGCCTAC  1000

seq1  ATTCGATAGGAACAGAATATAAGATTTGGAAAGCAGCTATCGAAGTTCAT  1050
      |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  ATTCGATAGG-ACAG-ATAT-AGATTTGGAAAGCAGCTATCGGAG-TCAT  1046

seq1  CATAAATTCCACAGGAAAACAGCAAGAGGATTTCCACTGGGCCACAAGGA  1100
      |||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||  
seq2  CATAA--TCCACAGGGAAACAGC-AGAGGATTTCCACTGGTCCACAAG--  1091

seq1  AATTGTGGTGGGACAAAAATGCTGAA  1126
       | ||||||||||| |||||||||||
seq2  -AATGTGGTGGGAC-AAAATGCTGAA  1115

seq1: chr3_30364121_30365206
seq2: B6Ng01-068C24.g_66_1123 (reverse)

seq1  ATCCAAAAACCCCCTCTAAAAAATATTAAACCATATCTGAACCAACCAGA  50
      ||||||      ||||| ||||||||     |||||||||  ||  ||||
seq2  ATCCAA-----TCCTCT-AAAAATAT-----CATATCTGA--CA--CAGA  35

seq1  GCTCGAACGTCCACACAATGGTGGCATTTTCACAGTTAATTCTGCTGCCA  100
      ||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||    ||||||||  
seq2  GCTCG-ACGT-CACAC-ATGGTGGCA-TTTCACAGT---ATCTGCTGC--  76

seq1  TTTGTGCCTGAATTTATCATGGTTTGGAAAAAGCAAATTGAGAGGCCAAC  150
       ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTGTG-CTGAA-TTATCATGGTTTGGAAAAAGCAAA-TGAGAGGCCAAC  123

seq1  ACAGCCCTCATTCCTAGTGCACCAGCCGAGCATCCCCAGTCCGGCTGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCTCATTCCTAGTGCACCAGCCGAGCATCCCCAGTCCGGCTGGAT  173

seq1  ATTTAGTGCCTCTGTGCTGAGAAGGCTGAGAAGGCCAGGGGAGGGATTAC  250
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTAGTGCCTCTGTGCTGAGAAGGCTGAGAAGGCCAGGGGAGGGATTAC  222

seq1  TGCTTGATGCCGCCCATAAGTCATGCAGCCCTCCACAGGGCTCCGCATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGATGCCGCCCATAAGTCATGCAGCCCTCCACAGGGCTCCGCATCT  272

seq1  CACAAATAAGGCCAGGCTAGAGAAGTGTCACTGCTGCACAGAACGAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATAAGGCCAGGCTAGAGAAGTGTCACTGCTGCACAGAACGAAGGG  322

seq1  GCATCCTGCATCCCTTTGCCCAGCCTGGCTCTACCATCTGGATGCTCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTGCATCCCTTTGCCCAGCCTGGCTCTACCATCTGGATGCTCATA  372

seq1  AAGCTTTGAAAAGCCTGGAGGCTTGCTCTGCTCCTCCTCCTGCACTGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTGAAAAGCCTGGAGGCTTGCTCTGCTCCTCCTCCTGCACTGTCC  422

seq1  CTTCCCTATGTCACCTGGGAAAAAGACTGAGCCCCAAGTATCCAGTGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTATGTCACCTGGGAAAAAGACTGAGCCCCAAGTATCCAGTGATT  472

seq1  TCACCAAGAACAAGTCACCCTGGACCCTTAATTCCAAAGTCACTTCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAGAACAAGTCACCCTGGACCCTTAATTCCAAAGTCACTTCTCAA  522

seq1  GGGATATTTGAACAGCCCTTTCTTTTTTGGCACAGTCTAATGTAGCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATATTTGAACAGCCCTTTCTTTTTTGGCACAGTCTAATGTAGCCCAG  572

seq1  TTTGGCCTTAAACTCCTGATCCTCCTTGCCCCTATCTCAGAAGTGTTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCTTAAACTCCTGATCCTCCTTGCCCCTATCTCAGAAGTGTTTGC  622

seq1  AATTACAGGTGTGCGCCATCACACTCTGTTTATCCAGGGCTGAATCAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAGGTGTGCGCCATCACACTCTGTTTATCCAGGGCTGAATCAAAC  672

seq1  CCAGGATCTTCTACATGCTCGGCAAACACTCTACTAAATTTTACACGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATCTTCTACATGCTCGGCAAACACTCTACTAAATTTTACACGGCT  722

seq1  ATAGGCTCAGCCTACACTTCTCTTTCGAAGCTCTCATACACCTATAGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTCAGCCTACACTTCTCTTTCGAAGCTCTCATACACCTATAGGGG  772

seq1  CCACTAGTCCTAAAGATACACAGGAGGAGAACCATCAGGCCCAAGGACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGTCCTAAAGATACACAGGAGGAGAACCATCAGGCCCAAGGACTA  822

seq1  AAGTGAAAAACAGTGCCCTGGTGTCCCCCTGGGGAACCAGCCCTTCATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAAAAACAGTGCCCTGGTGTCCCCCTGGGGAACCAGCCCTTCATGT  872

seq1  TCTAAGACAGTCATCACCCAGATTCCTGAAAACAATAGCAGCTTCTTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGACAGTCATCACCCAGATTCCTGAAAACAATAGCAGCTTCTTGTT  922

seq1  TAGAATGGAACCGCACCTGCTGGAATACGTGTCAACAAACAATCGCTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGGAACCGCACCTGCTGGAATACGTGTCAACAAACAATCGCTTTG  972

seq1  TTTTTCATATTCGCCATCCAAGCTGAAGCAATGGGACTTCCTGAAGCGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATATTCGCCATCCAAGCTGAAGCAATGGGACTTCCTGAAGCGAA  1022

seq1  TACTGGAAGGCTTATTCTTAGAAGGGGACAGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGAAGGCTTATTCTTAGAAGGGGACAGAATTC  1058