BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071J18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 52,389,459 - 52,553,891
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039762
Upstream geneMgst2, Maml3, LOC433587, LOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1
Downstream geneLOC100039832, Cog6, Lhfp, LOC100039808, LOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071J18.bB6Ng01-071J18.g
ACCDH889260DH889261
length1,1821,177
definitionDH889260|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071J18, 5' end.DH889261|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071J18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,389,459 - 52,390,653)(52,552,698 - 52,553,891)
sequence
gaattcatggcttgaattcagcgagcatctgtgtgtattgtcatctctgt
tccagagcaagcctccttcagtgctcctgtttcctccgaaacacaatgtc
tagaactttgctgttttttttttgttgttgttgttgttttgtttttataa
atgattgtgtgtgagagatgtgccggtgtcatagcattcttgtgaaaatc
aggggaccactgtgaggcagtttctcagcttttatatggacgccaggttt
gaactctagtctttacctgctgcaccaacccgtcagctccaggattaggg
atgtgtgtacatgtgcctgcttcctcttgcagactgcatctgtagagagt
ttgtgtgttctctcacattacctactgcatgattttattatcacacgaca
tgttaacttagtgaagtgagtgtggtcaggcgctggcagctctgtgctag
gttgatcagagagataggtgataacttctcactgaatttgctgagatgtc
atcttgaagatcagttcctgtccctaggctccgaaaactgttacatatag
gcggtgcaataaaaccaaaggcaatcagaagctcagacagtcctagcaga
agcgagtgaccatgtgactcacacagatgtgtgtctctgtccctctaata
tcacttaaagcagctttagcaaaggttgaattttccaaatctgactagct
tccactaagacaagcatgctcattggaaatttggattgatgaagaaaaga
aagccaggcattctattttccccctttaaagtgcttgtgagtcacatgcc
tataaaatctgatacaagtttttaaaaatttaatggtagcccataacaaa
aagtcatggtaagaagtttttaaatattttttatttattttatgtctcca
tttcttttctttttttttaaatgcatgtatgtgggcctgtgtgatgtgta
tataagtgctggtgtatgcctgccacaacacttgtgttggtggtcagaga
caaactcattgccagcctcacttccgtatcgtttgtccttgtcatcctga
gacaccacaccagactaactggtctggaagcttccaggcctccagctgct
ctgcttccaataacttgtcgggacatgagctgcaaaggatatgccacctc
tatccttttacttcggagttgaacttagagcc
gaattcttcacttttaactgtctcttaaatctgactacacacaaatacat
gcacatgcacacaactataactgcagcaaatagttattttgtctttgtta
tatgttaggctctaagttaaatacatgaagcttctcaggtaagcctcact
atcttatacatttctgataactaattataattattcatttattgttgtta
tcaatctgtggttttatttataatttagaccaaacaatataaattatcaa
taatttgtttgtgattgttatttatttataattattataaatttatattt
ttagataaagacccatctacttatatgttatggttgaaaaatggtaccta
gttaggaggcattagagcagagacaaatccagtcatggtttgcctcctaa
acaaataagaccaacttcgacatcgcctgtcttaacccttgtgttcatga
aacattagctctcggtactaccgttattattgttgtggtgttcagctcat
taagatcacaatattcatctgtggctccagagaaacttgattatttcata
atctagcatcttttcacatggctaccaataaacccaaagccatccattta
agttagtgattgatagacacaagttctcaaattattcatgggctttgttc
agtgccactcttacaagttacttgttcagcgaaaaatcattttgacactg
aaatgatgttttaaaaatgagcacatcacaaaaaattcacatacagttga
aatcgtaaactctaagcccattataatttacagcaacagcttttgcctac
acattcttctctcttgaactctgttcagaactaaatacagccatgtcatc
actggagcccatccgtactgaaggcatgtgttcttgaggtcctataatta
tttttatatacattttttattaaaatagagctaatagattcttgtttaca
gctcaacctgagcacacccataataaatacatcatggatgagtgaaatgc
ttagcggtgaaatgttagggaagcctacatcctgggggtggaaaagtgaa
tgctgggaggagaggctgaatagatcagacagttgtctcaacttctaatg
caggcttttaataaaggtccttgtacttggtctatcccaccatacaatga
tcactgtacctcgccaccttagctagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_52389459_52390653
seq2: B6Ng01-071J18.b_45_1226

seq1  GAATTCATGGCTTGAATTCAGCGAGCATCTGTGTGTATTGTCATCTCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGCTTGAATTCAGCGAGCATCTGTGTGTATTGTCATCTCTGT  50

seq1  TCCAGAGCAAGCCTCCTTCAGTGCTCCTGTTTCCTCCGAAACACAATGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGCAAGCCTCCTTCAGTGCTCCTGTTTCCTCCGAAACACAATGTC  100

seq1  TAGAACTTTGCTGTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTTATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTTTGCTGTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTTATAA  150

seq1  ATGATTGTGTGTGAGAGATGTGCCGGTGTCATAGCATTCTTGTGAAAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGTGTGTGAGAGATGTGCCGGTGTCATAGCATTCTTGTGAAAATC  200

seq1  AGGGGACCACTGTGAGGCAGTTTCTCAGCTTTTATATGGACGCCAGGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACCACTGTGAGGCAGTTTCTCAGCTTTTATATGGACGCCAGGTTT  250

seq1  GAACTCTAGTCTTTACCTGCTGCACCAACCCGTCAGCTCCAGGATTAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTAGTCTTTACCTGCTGCACCAACCCGTCAGCTCCAGGATTAGGG  300

seq1  ATGTGTGTACATGTGCCTGCTTCCTCTTGCAGACTGCATCTGTAGAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTACATGTGCCTGCTTCCTCTTGCAGACTGCATCTGTAGAGAGT  350

seq1  TTGTGTGTTCTCTCACATTACCTACTGCATGATTTTATTATCACACGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTTCTCTCACATTACCTACTGCATGATTTTATTATCACACGACA  400

seq1  TGTTAACTTAGTGAAGTGAGTGTGGTCAGGCGCTGGCAGCTCTGTGCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACTTAGTGAAGTGAGTGTGGTCAGGCGCTGGCAGCTCTGTGCTAG  450

seq1  GTTGATCAGAGAGATAGGTGATAACTTCTCACTGAATTTGCTGAGATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCAGAGAGATAGGTGATAACTTCTCACTGAATTTGCTGAGATGTC  500

seq1  ATCTTGAAGATCAGTTCCTGTCCCTAGGCTCCGAAAACTGTTACATATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAAGATCAGTTCCTGTCCCTAGGCTCCGAAAACTGTTACATATAG  550

seq1  GCGGTGCAATAAAACCAAAGGCAATCAGAAGCTCAGACAGTCCTAGCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTGCAATAAAACCAAAGGCAATCAGAAGCTCAGACAGTCCTAGCAGA  600

seq1  AGCGAGTGACCATGTGACTCACACAGATGTGTGTCTCTGTCCCTCTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGTGACCATGTGACTCACACAGATGTGTGTCTCTGTCCCTCTAATA  650

seq1  TCACTTAAAGCAGCTTTAGCAAAGGTTGAATTTTCCAAATCTGACTAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAAAGCAGCTTTAGCAAAGGTTGAATTTTCCAAATCTGACTAGCT  700

seq1  TCCACTAAGACAAGCATGCTCATTGGAAATTTGGATTGATGAAGAAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTAAGACAAGCATGCTCATTGGAAATTTGGATTGATGAAGAAAAGA  750

seq1  AAGCCAGGCATTCTATTTTCCCCCTTTAAAGTGCTTGTGAGTCACATGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGGCATTCTATTTTCCCCCTTTAAAGTGCTTGTGAGTCACATGCC  800

seq1  TATAAAATCTGATACAAGTTTTTAAAAATTTAATGGTAGCCCATAACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATCTGATACAAGTTTTTAAAAATTTAATGGTAGCCCATAACAAA  850

seq1  AAGTCATGGTAAGAAGTTTTTAAATATTTTTTATTTATTTTATGTCTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATGGTAAGAAGTTTTTAAATATTTTTTATTTATTTTATGTCTCCA  900

seq1  TTTCTTTTCTTTTTTTTTTAAATGCATGTATGTGGGCCTGTGTGATGTGT  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTC-TTTTTTTTTAAATGCATGTATGTGGGCCTGTGTGATGTGT  949

seq1  ATATAAGTGCTGGTGTATGCCTGCCACAACACTTGTGTTGGTGGTCAGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATATAAGTGCTGGTGTATGCCTGCCACAACACTTGTGTTGGTGGTCAGA-  998

seq1  GACAAACTCCATGCCAAGCCTCACTTCCGTATCGTTTGTCCCTGTCAT-C  1049
      |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  GACAAACTCATTGCC-AGCCTCACTTCCGTATCGTTTGTCCTTGTCATCC  1047

seq1  TGAGACACCACACCAGACTAACTGGTCTGGAAGCTTCCAGGCCTCCAGCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACACCACACCAGACTAACTGGTCTGGAAGCTTCCAGGCCTCCAGCT  1097

seq1  GCCTCTGCCTTCCAAATGAC-TGTCGGGACATGAGGCCTGCAGACAGGTA  1148
      | ||||| ||||| ||| || ||||||||||||||  ||||  | |||  
seq2  G-CTCTG-CTTCC-AATAACTTGTCGGGACATGAG--CTGC--AAAGGAT  1140

seq1  TTGCCACTTCTATCTTTTTTACCTTCTGGAGGTTTGAACTTAGAGCC  1195
       |||||| |||||| ||||   |||| ||||  ||||||||||||||
seq2  ATGCCACCTCTATCCTTTT--ACTTC-GGAG--TTGAACTTAGAGCC  1182

seq1: chr3_52552698_52553891
seq2: B6Ng01-071J18.g_67_1243 (reverse)

seq1  GCTAGCTTAGAGTTGCGAGGTAACAGTGAAATCATTGTATGGTTGGGGAT  50
      ||||||| || || ||||||| ||||||  |||||||||||||  |||||
seq2  GCTAGCTAAG-GTGGCGAGGT-ACAGTG--ATCATTGTATGGT--GGGAT  44

seq1  -GACCACAGTACAAGGGACTTTATTAAAAGGCCCCTGCATTAGGAAGGTT  99
       ||||| |||||||||  ||||||||||||   ||||||||||  | |||
seq2  AGACCA-AGTACAAGGACCTTTATTAAAAG---CCTGCATTAG--AAGTT  88

seq1  GAGAACCACTGGTCTGGAATCCTATTCAGCCTCT-CTCCCAGCATTCCAC  148
      ||| || ||| |||||  || ||||||||||||| ||||||||||||   
seq2  GAG-ACAACT-GTCTG--AT-CTATTCAGCCTCTCCTCCCAGCATTC--A  131

seq1  CTTTTCCA-CCCCAGGATGTAGGCTTCCCTAACATCTCACCGCTAAGCAT  197
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  CTTTTCCACCCCCAGGATGTAGGCTTCCCTAACATTTCACCGCTAAGCA-  180

seq1  TTTCACTCATCCATGATGTATTTATTATGGGTGTGCTCAGGTTGAGCTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTCATCCATGATGTATTTATTATGGGTGTGCTCAGGTTGAGCTGT  230

seq1  AAACAAGAATCTATTAGCTCTATTTTAATAAAAAATGTATATAAAAATAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGAATCTATTAGCTCTATTTTAATAAAAAATGTATATAAAAATAA  280

seq1  TTATAGGACCTCAAGAACACATGCCTTCAGTACGGATGGGCTCCAGTGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGACCTCAAGAACACATGCCTTCAGTACGGATGGGCTCCAGTGAT  330

seq1  GACATGGCTGTATTTAGTTCTGAACAGAGTTCAAGAGAGAAGAATGTGTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGCTGTATTTAGTTCTGAACAGAGTTCAAGAGAGAAGAATGTGTA  380

seq1  GGCAAAAGCTGTTGCTGTAAATTATAATGGGCTTAGAGTTTACGATTTCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAAGCTGTTGCTGTAAATTATAATGGGCTTAGAGTTTACGATTTCA  430

seq1  ACTGTATGTGAATTTTTTGTGATGTGCTCATTTTTAAAACATCATTTCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATGTGAATTTTTTGTGATGTGCTCATTTTTAAAACATCATTTCAG  480

seq1  TGTCAAAATGATTTTTCGCTGAACAAGTAACTTGTAAGAGTGGCACTGAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAAATGATTTTTCGCTGAACAAGTAACTTGTAAGAGTGGCACTGAA  530

seq1  CAAAGCCCATGAATAATTTGAGAACTTGTGTCTATCAATCACTAACTTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCCATGAATAATTTGAGAACTTGTGTCTATCAATCACTAACTTAA  580

seq1  ATGGATGGCTTTGGGTTTATTGGTAGCCATGTGAAAAGATGCTAGATTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGCTTTGGGTTTATTGGTAGCCATGTGAAAAGATGCTAGATTAT  630

seq1  GAAATAATCAAGTTTCTCTGGAGCCACAGATGAATATTGTGATCTTAATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATCAAGTTTCTCTGGAGCCACAGATGAATATTGTGATCTTAATG  680

seq1  AGCTGAACACCACAACAATAATAACGGTAGTACCGAGAGCTAATGTTTCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAACACCACAACAATAATAACGGTAGTACCGAGAGCTAATGTTTCA  730

seq1  TGAACACAAGGGTTAAGACAGGCGATGTCGAAGTTGGTCTTATTTGTTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACAAGGGTTAAGACAGGCGATGTCGAAGTTGGTCTTATTTGTTTA  780

seq1  GGAGGCAAACCATGACTGGATTTGTCTCTGCTCTAATGCCTCCTAACTAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAAACCATGACTGGATTTGTCTCTGCTCTAATGCCTCCTAACTAG  830

seq1  GTACCATTTTTCAACCATAACATATAAGTAGATGGGTCTTTATCTAAAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATTTTTCAACCATAACATATAAGTAGATGGGTCTTTATCTAAAAA  880

seq1  TATAAATTTATAATAATTATAAATAAATAACAATCACAAACAAATTATTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATTTATAATAATTATAAATAAATAACAATCACAAACAAATTATTG  930

seq1  ATAATTTATATTGTTTGGTCTAAATTATAAATAAAACCACAGATTGATAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTATATTGTTTGGTCTAAATTATAAATAAAACCACAGATTGATAA  980

seq1  CAACAATAAATGAATAATTATAATTAGTTATCAGAAATGTATAAGATAGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATAAATGAATAATTATAATTAGTTATCAGAAATGTATAAGATAGT  1030

seq1  GAGGCTTACCTGAGAAGCTTCATGTATTTAACTTAGAGCCTAACATATAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTACCTGAGAAGCTTCATGTATTTAACTTAGAGCCTAACATATAA  1080

seq1  CAAAGACAAAATAACTATTTGCTGCAGTTATAGTTGTGTGCATGTGCATG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACAAAATAACTATTTGCTGCAGTTATAGTTGTGTGCATGTGCATG  1130

seq1  TATTTGTGTGTAGTCAGATTTAAGAGACAGTTAAAAGTGAAGAATTC  1194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGTGTAGTCAGATTTAAGAGACAGTTAAAAGTGAAGAATTC  1177