BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072M21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,240,538 - 83,418,085
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700028M03Rik, LOC100042007
Upstream geneNpy2r, LOC100041940, EG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2
Downstream geneLOC100042091, Sfrp2, LOC633522, Tlr2, D930015E06Rik, Mnd1, Trim2, EG624713, 6330505N24Rik, Arfip1, EG667788, EG627369, Tigd4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072M21.bB6Ng01-072M21.g
ACCDH890113DH890114
length1,0871,102
definitionDH890113|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072M21, 5' end.DH890114|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,416,997 - 83,418,085)(83,240,538 - 83,241,631)
sequence
gaattctcaagaggacatcctctctataaatgacggaagcaggagctact
agtgcatgctactagttgcactagcagcatgttaaataaattgtgtcaaa
ttggaggcatataccctaatgagaattttgagaaaatataaatcaacatt
tccatcatgacagaaatcagggaactctgtttcatggggccacctaagaa
cagcatctatctgtgttctgttcccacctccattgccccacatctgaatg
gtaatgtcactttcacagagtacatttcttttggtgctcatattggaaaa
gactctgctgagatgtgaaaggtggggggaaggttatatatcacacagac
agagaatccacaggtaaaccagagggcagttaaaaaaaaaagactgtcca
ctgtgactgacatgtgaagagaaaaattacattgaaagatgatttcattt
gtgtggcaatcaaagaccatgtgtcaggattttacttagatataattgta
taattgaaagttatgttgctgtttcccctaagttttaatctttaaagatt
ttcttttctccttttgaactgttatagatctgtttccccagcgtggctct
gagtgtttgtttgcttaggggcagaataacgatgcttgaaaaggcatgaa
gacaaagttgaataaccctctggcaatcctgacatgaatgctttgattca
ttggggtcaggaagatgccttcctgtacacaaggacttgtctgtagggag
aatgttactatacatcttttagacatcttggcaagacattaatttttaat
taagtaaactggttggttgtagcatataagtaaacaaagctgccttatac
cctgtccattaatggtcaatttaatgtaagaatttcagataactaatgaa
gagcagtttttctcaaatcaagccaaccatcaaactctttatgaagaata
catttccctcttttctttgagagtgatcattgatggattgcattgttttt
tgtttgtaagctcatagaaactttagacgcaagccctttagtattggtca
tctttgtaagatcaaatcttgcatgcggggtagtgtg
gaattccatccttggacaagggctgaccttgagtagagcaaaagagaggc
agtgaagccagcagagctttaggcgatcttatgggctcaggacacataag
ttatagtggagatgccaaaacatctaggacttcagagaccaagatcttgg
agataggaaatccaaataaataagcccagcatttagtggttttcccctca
gaggaatttcccaaatattaatatgttcagacaaggactctgtaaccaag
taactttttaaaaacagagcagtatttctagaagtctccgaagggagggg
tgggactgactgaaggcttaaagattcagaaaccttaaagaacaggatct
gagaaatatccccggttctctgtaagacttctaaaaaggtacaatgtggg
acggaatcaaccaaacccctgagaactgaaagtcagactagagtgactaa
tactgactgaagtaaagttacagattcatcttgttgcccatgaaatcatg
aaaagccccagccatggacaacatgccgtcatctagaccagtggattgca
accccttcgacaaacctctgtctccaaaaatatttacattgaccttcatg
ttagtatcaaaattacagctatgaagtagcaataaaaaaacgatttgatg
gttgggtcaccacagtatgagatattatactaaagggtcacagcatcagg
aaagttgagaagcactggcttagaacttttggttttacaacctaacattt
gtttaaaactgtgaggtgagggaacccttatctattaatggtaggattta
agtaggtccaaccactacggaatttcatacttaacctcctgaattcaaag
caaaaactaaaactaaaaatagagttactgtactagccagctgtaccact
caaaggactatgtatacatggttaaggtttgcttgtacctcgagggctct
gagtcaacatatcgcaaagatacctacacattccatggcttgctgtagca
ctgatcatagagcaaagttatgaatggttatgaggctaggtgagcattgg
caacggaagtccaaaaaatgaaggcacaatataccacgtgaaagttttac
tc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83416997_83418085
seq2: B6Ng01-072M21.b_46_1133 (reverse)

seq1  CACACTACCCCGCTTGC-AGGTTTGATCTTAC-AAGATGGCC-ATACTGT  47
      ||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||| || |||||  
seq2  CACACTACCCCGCATGCAAGATTTGATCTTACAAAGATGACCAATACT-A  49

seq1  ATGGGCTTGCTTCTTATGTTTCTATGAGCTTACAAAACAAAAACAATGCA  97
      | |||||||| ||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  AAGGGCTTGCGTCTAAAGTTTCTATGAGCTTACAAACAAAAAACAATGCA  99

seq1  GT-CATCAATGATCACTCTCAAAGAAAAGAGGGAAATGTATTCTTCATAA  146
       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCAATGATCACTCTCAAAGAAAAGAGGGAAATGTATTCTTCATAA  149

seq1  AGAGTTTGATGGTTGGCTTGATTTGAGAAAAACTGCTCTTCATTAGTTTA  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAGTTTGATGGTTGGCTTGATTTGAGAAAAACTGCTCTTCATTAG-TTA  198

seq1  TCTTGAAATTCTTACATTTAAATTGACCATTAATGGACAGGGTATAAGGC  246
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-TGAAATTCTTACA-TTAAATTGACCATTAATGGACAGGGTATAAGGC  246

seq1  AGCTTTGTTTACTTATATGCTACAACCAACCAGTTTACTTAATTAAAAAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGTTTACTTATATGCTACAACCAACCAGTTTACTTAATTAAAAAT  296

seq1  TAATGTCTTGCCAAAGATGTCTAAAAGATGTATAGTAACATTCTCCCTAC  346
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTCTTGCC-AAGATGTCTAAAAGATGTATAGTAACATTCTCCCTAC  345

seq1  AGACAAGTCCTTGTGTACAGGAAGGCATCTTCCTGACCCCAATGAATCAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGTCCTTGTGTACAGGAAGGCATCTTCCTGACCCCAATGAATCAA  395

seq1  AGCATTCATGTCAGGATTGCCAGAGGGTTATTCAACTTTGTCTTCATGCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCATGTCAGGATTGCCAGAGGGTTATTCAACTTTGTCTTCATGCC  445

seq1  TTTTCAAGCATCGTTATTCTGCCCCTAAGCAAACAAACACTCAGAGCCAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAGCATCGTTATTCTGCCCCTAAGCAAACAAACACTCAGAGCCAC  495

seq1  GCTGGGGAAACAGATCTATAACAGTTCAAAAGGAGAAAAGAAAATCTTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGAAACAGATCTATAACAGTTCAAAAGGAGAAAAGAAAATCTTTA  545

seq1  AAGATTAAAACTTAGGGGAAACAGCAACATAACTTTCAATTATACAATTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAAAACTTAGGGGAAACAGCAACATAACTTTCAATTATACAATTA  595

seq1  TATCTAAGTAAAATCCTGACACATGGTCTTTGATTGCCACACAAATGAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAAGTAAAATCCTGACACATGGTCTTTGATTGCCACACAAATGAAA  645

seq1  TCATCTTTCAATGTAATTTTTCTCTTCACATGTCAGTCACAGTGGACAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTTCAATGTAATTTTTCTCTTCACATGTCAGTCACAGTGGACAGT  695

seq1  CTTTTTTTTTTAACTGCCCTCTGGTTTACCTGTGGATTCTCTGTCTGTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTTTTAACTGCCCTCTGGTTTACCTGTGGATTCTCTGTCTGTGT  745

seq1  GATATATAACCTTCCCCCCACCTTTCACATCTCAGCAGAGTCTTTTCCAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATAACCTTCCCCCCACCTTTCACATCTCAGCAGAGTCTTTTCCAA  795

seq1  TATGAGCACCAAAAGAAATGTACTCTGTGAAAGTGACATTACCATTCAGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCACCAAAAGAAATGTACTCTGTGAAAGTGACATTACCATTCAGA  845

seq1  TGTGGGGCAATGGAGGTGGGAACAGAACACAGATAGATGCTGTTCTTAGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGCAATGGAGGTGGGAACAGAACACAGATAGATGCTGTTCTTAGG  895

seq1  TGGCCCCATGAAACAGAGTTCCCTGATTTCTGTCATGATGGAAATGTTGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCCATGAAACAGAGTTCCCTGATTTCTGTCATGATGGAAATGTTGA  945

seq1  TTTATATTTTCTCAAAATTCTCATTAGGGTATATGCCTCCAATTTGACAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTTCTCAAAATTCTCATTAGGGTATATGCCTCCAATTTGACAC  995

seq1  AATTTATTTAACATGCTGCTAGTGCAACTAGTAGCATGCACTAGTAGCTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTTAACATGCTGCTAGTGCAACTAGTAGCATGCACTAGTAGCTC  1045

seq1  CTGCTTCCGTCATTTATAGAGAGGATGTCCTCTTGAGAATTCC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCGTCATTTATAGAGAGGATGTCCTCTTGAGAATTCC  1088

seq1: chr3_83240538_83241631
seq2: B6Ng01-072M21.g_66_1167

seq1  GAATTCCATCCTTGGACAAGGGCTGACCTTGAGTAGAGCAAAAGAGAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCTTGGACAAGGGCTGACCTTGAGTAGAGCAAAAGAGAGGC  50

seq1  AGTGAAGCCAGCAGAGCTTTAGGCGATCTTATGGGCTCAGGACACATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGCCAGCAGAGCTTTAGGCGATCTTATGGGCTCAGGACACATAAG  100

seq1  TTATAGTGGAGATGCCAAAACATCTAGGACTTCAGAGACCAAGATCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTGGAGATGCCAAAACATCTAGGACTTCAGAGACCAAGATCTTGG  150

seq1  AGATAGGAAATCCAAATAAATAAGCCCAGCATTTAGTGGTTTTCCCCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGAAATCCAAATAAATAAGCCCAGCATTTAGTGGTTTTCCCCTCA  200

seq1  GAGGAATTTCCCAAATATTAATATGTTCAGACAAGGACTCTGTAACCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATTTCCCAAATATTAATATGTTCAGACAAGGACTCTGTAACCAAG  250

seq1  TAACTTTTTAAAAACAGAGCAGTATTTCTAGAAGTCTCCGAAGGGAGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTTTAAAAACAGAGCAGTATTTCTAGAAGTCTCCGAAGGGAGGGG  300

seq1  TGGGACTGACTGAAGGCTTAAAGATTCAGAAACCTTAAAGAACAGGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGACTGAAGGCTTAAAGATTCAGAAACCTTAAAGAACAGGATCT  350

seq1  GAGAAATATCCCCGGTTCTCTGTAAGACTTCTAAAAAGGTACAATGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATATCCCCGGTTCTCTGTAAGACTTCTAAAAAGGTACAATGTGGG  400

seq1  ACGGAATCAACCAAACCCCTGAGAACTGAAAGTCAGACTAGAGTGACTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAATCAACCAAACCCCTGAGAACTGAAAGTCAGACTAGAGTGACTAA  450

seq1  TACTGACTGAAGTAAAGTTACAGATTCATCTTGTTGCCCATGAAATCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACTGAAGTAAAGTTACAGATTCATCTTGTTGCCCATGAAATCATG  500

seq1  AAAAGCCCCAGCCATGGACAACATGCCGTCATCTAGACCAGTGGATTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCCCAGCCATGGACAACATGCCGTCATCTAGACCAGTGGATTGCA  550

seq1  ACCCCTTCGACAAACCTCTGTCTCCAAAAATATTTACATTGACCTTCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTCGACAAACCTCTGTCTCCAAAAATATTTACATTGACCTTCATG  600

seq1  TTAGTATCAAAATTACAGCTATGAAGTAGCAAT-AAAAAACGATTTGATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAGTATCAAAATTACAGCTATGAAGTAGCAATAAAAAAACGATTTGATG  650

seq1  GTTGGGTCACCACAGTATGAGATATTATACTAAAGGGTCACAGCATCAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTCACCACAGTATGAGATATTATACTAAAGGGTCACAGCATCAGG  700

seq1  AAAGTTGAGAAGCACTGGCTTAGAACTTTTGGTTTTACAACCTAACATTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGAGAAGCACTGGCTTAGAACTTTTGGTTTTACAACCTAACATTT  750

seq1  GTTTAAAACTGTGAGGTGAGGGAACCCTTATCTATTAATGGTAGGATTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAACTGTGAGGTGAGGGAACCCTTATCTATTAATGGTAGGATTTA  800

seq1  AGTAGGTCCAACCACTACGGAA-TTCATACTTAACCTCCTGAATTCAAAG  848
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTCCAACCACTACGGAATTTCATACTTAACCTCCTGAATTCAAAG  850

seq1  CAAAAACTAAAACTAAAAATAGAGTTACTGTACTAGCCAGCTGTACCACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACTAAAACTAAAAATAGAGTTACTGTACTAGCCAGCTGTACCACT  900

seq1  CAAAGGACTATGTATACATGGTTAAGGTTTGCTTGTA-CTCGAAGGGCTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CAAAGGACTATGTATACATGGTTAAGGTTTGCTTGTACCTCG-AGGGCTC  949

seq1  TGAAGTCAACATATCACAAAGATACCCACACA-TCCAT-GCTTGCTGTAG  995
      || |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
seq2  TG-AGTCAACATATCGCAAAGATACCTACACATTCCATGGCTTGCTGTAG  998

seq1  CACTGATCATAAGAGCAAAGTTATGAAT-GTTATGA-GCTAGGTGAGCAT  1043
      |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  CACTGATCAT-AGAGCAAAGTTATGAATGGTTATGAGGCTAGGTGAGCAT  1047

seq1  TGGCAACTG-AGTCCAAAAAATG-AGGCAC-ATATA-CACAGTAGAGTTT  1089
      ||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||| |||   | |||||
seq2  TGGCAACGGAAGTCCAAAAAATGAAGGCACAATATACCACGTGAAAGTTT  1097

seq1  TACTC  1094
      |||||
seq2  TACTC  1102