BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073F21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,512,133 - 118,622,484
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream geneSnx7, LOC100043260
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073F21.bB6Ng01-073F21.g
ACCDH890522DH890523
length1,1951,021
definitionDH890522|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073F21, 5' end.DH890523|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073F21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,621,283 - 118,622,484)(118,512,133 - 118,513,164)
sequence
gaattcaagccaatcaattataacagaaaacaacctatgttaagccccta
agggccttccccttcttctgtcttataaatggaagcacaaacaactacca
aatcccttgagtactttttcatatgtcctctctgctttcttacagagtaa
ggtctacactataatttacttggattaagatttcttactactttatgatc
tcctgcatgcctttacttcacttctgtgaataagacatcaataatctgga
aacttctagtctagacactgcccactggaaacaggaatgagtgcaggatg
ttgtttaacagcccagctattccagatgtgactcacttggaaactaccac
tttatccatgtgaaccctgagacaccatagtacaatacaagatgtattac
atcctatatgatttctaaacattgtgtgctgtgtcgaatcaggatagggc
aaacataccccactaaagcagcatgcattccttggtttctctaatggcca
tgggggaaaatccatgtgaactgtcacaagagacagacacggggaacaaa
atgcacagattctgacgtacacatagaattttaaaattaaacctatcaaa
ttcttcttctacctcataaactcaaaacgaagtactaaattacatccctc
actcatcaggtacatgtacataaattcagacatactctcataaatgaact
tggtctgccagtgcttgcctgtaatttcagctcatgagtaggagccggca
ggacttcaagtccaaaccaaagaatagcagaggtctcaaacaacaaccac
accaccactaacagcgacgatgacatcatcgtcatcatcaacaacaaact
cactaacacacacacacacacacacacacacacacacaacacacaaaata
agcctaaaaatccaagttttaaaaaaatctatttgttgtgatctgagcca
caagatatatgccttgattagaaaacaatactcttaaagatattaaggct
ttcaggtgtcactaataaattattggaccatgtaaattataatttgatag
atgactagtaagtagaatgcttcctgaaacatcatttgccacctcactgt
tttgcagagaaagaagtattttaaaataactgaccatgctttgccccatg
cctctgatcctaaactcagcctagtgaaacacaaagcaacctgtc
gaattcaatggagatttgatgggctccactaacatctcttgccatccttc
ctgcatactggatatgatatgctgattcagtctggtttctgatatttcaa
tgctgtcttcccagctgtgatagcttttcagctcctatttcacagaccag
agatacagttggggattacttaactgacaagtgtaacaatttcaattata
tgtttggagaagaggagaatgatcaccgacagggtcagtgtctctaatgg
tccactgggatacagactttagtcaggctccattttacctttcgtatagg
tccctactttgtgtctccaggtatcaatgtcaataaagatcatgtgccta
atagcccttgaaatgcctgattatccctatttcccttgtgcacagttgcc
tgggtaaatggccctcattccctatggggaaccagggtaattattgtagt
atttatttgccagggtactgcagagttctacctaggagcatggtgtcttt
cttgctcagcaggtttccactagggggaaaaaccgattcatgggtcaaag
agatggctctgtggtcagtggcacttaccactgaacctgacagtctgagt
cctatcccctggcccctcatggtcaaggagagaactgacttttaaaagtt
gtcctccatatatgtgacaccctcctccagtttctctccaaaaataagta
taatagtatttttacttaaataatttttgagaccaaccaaaatattgtga
cttacagacagagtgactactctgtctcattgatttcttcatgttgcatg
atcaacatcccctatggaaaccttatgtgttgtaaagatgttattgaata
ttacacttttgacttggctaaatgagtctttcctactggaactgcatgct
aatgcattatgttgttgtgtatttcccatgtaaatctctctcacttgaca
tttggatcttttgacttttgttcccttattatcttgtgttcaatattatc
tcagatactaaacagtgcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118621283_118622484
seq2: B6Ng01-073F21.b_42_1236 (reverse)

seq1  GACAGTTTGCTTTGTGTTTTCACTA-GCTGAGTTTATAAAGGAAACAAGA  49
      ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||    |||  |  |||
seq2  GACAGGTTGCTTTGTG-TTTCACTAGGCTGAGTTT----AGG--ATCAGA  43

seq1  AGCAT-GCGCAAAGCATGCTCAGTTA-TCTAAAATACACTCTTCTCTGCA  97
       |||| | |||||||||| ||||||| | ||||||||    |||||||||
seq2  GGCATGGGGCAAAGCATGGTCAGTTATTTTAAAATACTTCTTTCTCTGCA  93

seq1  AAACAGTGAGAT-GCCAATGATGTTTCAGTAGCAATCCTACTTACTAGTC  146
      |||||||||| | || ||||||||||||| |   || |||||||||||||
seq2  AAACAGTGAGGTGGCAAATGATGTTTCAGGAAGCATTCTACTTACTAGTC  143

seq1  ATCTATCAAA-TATAATTTAACATGTTCAAATAATTTATAGTTGACAACT  195
      |||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||   ||||| ||
seq2  ATCTATCAAATTATAATTT-ACATGGTCCAATAATTTATTAGTGACACCT  192

seq1  GAAAGCC-TAATATCTTTAAGAGTATTGTTTTCTAATCAAGGCATAATAT  244
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAAGCCTTAATATCTTTAAGAGTATTGTTTTCTAATCAAGGCAT-ATAT  241

seq1  CTTGTGGCTCAGATCACAACAAATAGATTTTTTTTAAAAACTTGGATTTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  CTTGTGGCTCAGATCACAACAAATAGATTTTTTT--AAAACTTGGATTTT  289

seq1  TTAAGGCTTATTTTGTGTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  344
      |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T--AGGCTTATTTTGTGTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  337

seq1  TGTTAGTGAGTTTGTTGTTGATGATGACGATGATGTCATCGTCGCTGTTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTGAGTTTGTTGTTGATGATGACGATGATGTCATCGTCGCTGTTA  387

seq1  GTGGTGGTGTGGTTGTTGTTTGAGACCTCTGCTATTCTTTGGTTTGGACT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTGTGGTTGTTGTTTGAGACCTCTGCTATTCTTTGGTTTGGACT  437

seq1  TGAAGTCCTGCCGGCTCCTACTCATGAGCTGAAATTACAGGCAAGCACTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCCTGCCGGCTCCTACTCATGAGCTGAAATTACAGGCAAGCACTG  487

seq1  GCAGACCAAGTTCATTTATGAGAGTATGTCTGAATTTATGTACATGTACC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACCAAGTTCATTTATGAGAGTATGTCTGAATTTATGTACATGTACC  537

seq1  TGATGAGTGAGGGATGTAATTTAGTACTTCGTTTTGAGTTTATGAGGTAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGTGAGGGATGTAATTTAGTACTTCGTTTTGAGTTTATGAGGTAG  587

seq1  AAGAAGAATTTGATAGGTTTAATTTTAAAATTCTATGTGTACGTCAGAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAATTTGATAGGTTTAATTTTAAAATTCTATGTGTACGTCAGAAT  637

seq1  CTGTGCATTTTGTTCCCCGTGTCTGTCTCTTGTGACAGTTCACATGGATT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCATTTTGTTCCCCGTGTCTGTCTCTTGTGACAGTTCACATGGATT  687

seq1  TTCCCCCATGGCCATTAGAGAAACCAAGGAATGCATGCTGCTTTAGTGGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCATGGCCATTAGAGAAACCAAGGAATGCATGCTGCTTTAGTGGG  737

seq1  GTATGTTTGCCCTATCCTGATTCGACACAGCACACAATGTTTAGAAATCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTTGCCCTATCCTGATTCGACACAGCACACAATGTTTAGAAATCA  787

seq1  TATAGGATGTAATACATCTTGTATTGTACTATGGTGTCTCAGGGTTCACA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGATGTAATACATCTTGTATTGTACTATGGTGTCTCAGGGTTCACA  837

seq1  TGGATAAAGTGGTAGTTTCCAAGTGAGTCACATCTGGAATAGCTGGGCTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAAGTGGTAGTTTCCAAGTGAGTCACATCTGGAATAGCTGGGCTG  887

seq1  TTAAACAACATCCTGCACTCATTCCTGTTTCCAGTGGGCAGTGTCTAGAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAACATCCTGCACTCATTCCTGTTTCCAGTGGGCAGTGTCTAGAC  937

seq1  TAGAAGTTTCCAGATTATTGATGTCTTATTCACAGAAGTGAAGTAAAGGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTTCCAGATTATTGATGTCTTATTCACAGAAGTGAAGTAAAGGC  987

seq1  ATGCAGGAGATCATAAAGTAGTAAGAAATCTTAATCCAAGTAAATTATAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGAGATCATAAAGTAGTAAGAAATCTTAATCCAAGTAAATTATAG  1037

seq1  TGTAGACCTTACTCTGTAAGAAAGCAGAGAGGACATATGAAAAAGTACTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACCTTACTCTGTAAGAAAGCAGAGAGGACATATGAAAAAGTACTC  1087

seq1  AAGGGATTTGGTAGTTGTTTGTGCTTCCATTTATAAGACAGAAGAAGGGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATTTGGTAGTTGTTTGTGCTTCCATTTATAAGACAGAAGAAGGGG  1137

seq1  AAGGCCCTTAGGGGCTTAACATAGGTTGTTTTCTGTTATAATTGATTGGC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCTTAGGGGCTTAACATAGGTTGTTTTCTGTTATAATTGATTGGC  1187

seq1  TTGAATTC  1202
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  1195

seq1: chr3_118512133_118513164
seq2: B6Ng01-073F21.g_68_1088

seq1  GAATTCAATGGAGATTTGATGGGCTCCACTAACATCTCTTGCCATCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGAGATTTGATGGGCTCCACTAACATCTCTTGCCATCCTTC  50

seq1  CTGCATACTGGATATGATATGCTGATTCAGTCTGGTTTCTGATATTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATACTGGATATGATATGCTGATTCAGTCTGGTTTCTGATATTTCAA  100

seq1  TGCTGTCTTCCCAGCTGTGATAGCTTTTCAGCTCCTATTTCACAGACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCTTCCCAGCTGTGATAGCTTTTCAGCTCCTATTTCACAGACCAG  150

seq1  AGATACAGTTGGGGATTACTTAACTGACAAGTGTAACAATTTCAATTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGTTGGGGATTACTTAACTGACAAGTGTAACAATTTCAATTATA  200

seq1  TGTTTGGAGAAGAGGAGAATGATCACCGACAGGGTCAGTGTCTCTAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGAGAAGAGGAGAATGATCACCGACAGGGTCAGTGTCTCTAATGG  250

seq1  TCCACTGGGATACAGACTTTAGTCAGGCTCCATTTTACCTTTCGTATAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGGGATACAGACTTTAGTCAGGCTCCATTTTACCTTTCGTATAGG  300

seq1  TCCCTACTTTGTGTCTCCAGGTATCAATGTCAATAAAGATCATGTGCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACTTTGTGTCTCCAGGTATCAATGTCAATAAAGATCATGTGCCTA  350

seq1  ATAGCCCTTGAAATGCCTGATTATCCCTATTTCCCTTGTGCACAGTTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCCTTGAAATGCCTGATTATCCCTATTTCCCTTGTGCACAGTTGCC  400

seq1  TGGGTAAATGGCCCTCATTCCCTATGGGGAACCAGGGTAATTATTGTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAATGGCCCTCATTCCCTATGGGGAACCAGGGTAATTATTGTAGT  450

seq1  ATTTATTTGCCAGGGTACTGCAGAGTTCTACCTAGGAGCATGGTGTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTGCCAGGGTACTGCAGAGTTCTACCTAGGAGCATGGTGTCTTT  500

seq1  CTTGCTCAGCAGGTTTCCACTAGGGGGAAAAACCGATTCATGGGTCAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCAGCAGGTTTCCACTAGGGGGAAAAACCGATTCATGGGTCAAAG  550

seq1  AGATGGCTCTGTGGTCAGTGGCACTTACCACTGAACCTGACAGTCTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTCTGTGGTCAGTGGCACTTACCACTGAACCTGACAGTCTGAGT  600

seq1  CCTATCCCCTGGCCCCTCATGGTCAAGGAGAGAACTGACTTTTAAAAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCCCTGGCCCCTCATGGTCAAGGAGAGAACTGACTTTTAAAAGTT  650

seq1  GTCCTCCATATATGTGACACCCTCCTCCAGTTTCTCTCCAAAAATAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCATATATGTGACACCCTCCTCCAGTTTCTCTCCAAAAATAAGTA  700

seq1  TAATAGTATTTTTACTTAAATAATTTTTGAGACCAACCAAAATATTGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGTATTTTTACTTAAATAATTTTTGAGACCAACCAAAATATTGTGA  750

seq1  CTTACAGACAGAGTGACTACTCTGTCTCATTGATTTCTTCATGTTGCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGACAGAGTGACTACTCTGTCTCATTGATTTCTTCATGTTGCATG  800

seq1  ATCAACATCCCCTATGGAAACCTTATGTGTTGTAAAGATGTTATTGAAAT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATCAACATCCCCTATGGAAACCTTATGTGTTGTAAAGATGTTATTG-AAT  849

seq1  ATTACACTTTTGACTTTGGCTAAAATGAGTCTTTCCTACTGGAACTGCAT  900
      |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACTTTTGAC-TTGGCT-AAATGAGTCTTTCCTACTGGAACTGCAT  897

seq1  GCTAATTGCATTATGTTGTTGTGTAATTTCCCATGTAAATCTTCTCTCAC  950
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCTAA-TGCATTATGTTGTTGTGT-ATTTCCCATGTAAATC-TCTCTCAC  944

seq1  TTGACATTTTGGATCCTTTTGACTTTTGTTTCCCTTATTATCTTGTTGTT  1000
      |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  TTGACA-TTTGGAT-CTTTTGACTTTTG-TTCCCTTATTATCTTG-TGTT  990

seq1  CAAATATTATCTCAGATACTAAACAGTGCTTT  1032
      | ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AATATTATCTCAGATACTAAACAGTGCTTT  1021