BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074O10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 33,778,958 - 33,944,378
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040232, LOC100041072, Fxr1h
Upstream geneUsp13, Pex2, EG545512, LOC100041058, Ttc14, Ccdc39
Downstream geneDnajc19, LOC435727, EG665636, EG622074, Sox2, LOC100041108
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074O10.bB6Ng01-074O10.g
ACCDH891620DH891621
length1,1721,163
definitionDH891620|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074O10, 5' end.DH891621|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074O10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,778,958 - 33,780,165)(33,943,191 - 33,944,378)
sequence
gaattctgttactcacaggatgcttctttctcatgaggcttgatcaagag
tttcctcaggttggccctagatggcttatgtcacataagagattgtaatt
gaccactatggagtcgggaaagagtaaggctggcaggagccaagtgttca
tgaataatatcctcccccattttaccaaccacttccattttacgtgctct
aatagagtaacttactcaatgtcccagtgaacgagtcactgagatggaag
gagatgcttcagtcatggatggtaactgtcaaagtgatgacaaggtgact
aaggtccctaccacatagaccacagcccatcatgtggccatatacaggtg
cagtggtggttaagaagtcagtcaggaagcatcagaaaccaaggaggctc
atccaagtcaagggtttggaaacagcacactatgtggacaggtagaccta
gtctcctaccaatccctaactcaaaacagttcagatggcctgtgtcaact
attaaatataaaattgtgaaaatccctatggattttaagaagtaatgctt
ctgctcttcctagataaatgtttgaagacaatactgtagaagtactggga
tgtagagcgctgaacataatggatggcactagttctcactctactcattt
aaaagtgcacactgcagcctgagctagaagctttctcccaggcacagtgt
atcagaacactggcgccctagctggggaattgtttttgaaaagttgtggg
agtttaggacgaaatggggcattgcaggcaaggactggggttgcatggtc
tgtgcccacctgttcgccttcttcttcctgactgcatatacaatgtgatt
agccacctcacactccagtctctctctgtgctttcccgctgtgatggctg
gtagcccctttaactgtaagctcaaataatctcttctagtaaacgttttg
tcacaacaacaagaaagtgactgtgacactgtttgaaagcacacaatatt
aacagacataagacaaacagttggtgtttatatttaatatgcactgttcc
catagacaaaaaaaaataggaaagatgactcacttgaatgcccctgattc
atagccaagtgcaagtgcaaaccttagcatagcaggtcctgatacagatg
tccttccgtgaaactcattcaa
gaattcctgatcctcctgcctgtacttctgcaggccatttttataatttc
aactatttggactaaaacagaaaacaccacaattcagatagttgttctgt
ttctgtatttgaatctgtgaaatccttatcctgaaggttctggcttgact
aattagcttggcaggcacaatcagtcacctgtctattaattactcagcct
cttgtgggtacaacttatgtactgaagttctgattgctgggttcttatcc
ctaaaccttccatttggctgtccatgatcccttacaattaaccagtaaat
caacaagccttcctatctatcctagaaggatattcaaagaatgtcagcta
ccctctactaacatgcaaaaagtcaagatttaaaagaacatccattaaaa
aatgcatttcataaaactatcaaatacaggactgagcatatcattcagga
gtagatgtatgttcttttgttttcataaataactttcacaaacagcacac
acacacagcttttctaattctgtgtttctgtggtatgtatgccaagtgtt
cttctctattactctctgaacctagaactcctatttctttgagggagatt
ggtgacacgtgagtacctgtctcctcttcctaccaaccagtgagaagctg
ggattaaggtacatgctagcactgttacctgagtgctgggacccaagctg
aagtcttcactgtgcaaccactgctcttctaagtcattctccctaacaag
tgaccctcttaaaaagatttggcataagcacattactgctttttgttgta
aaagtagcaattctgatctcagttttggatacatccataccacggaattg
tatgtttgattaaaataaaacatgtgtgagcaaacataacaatctctttg
atgccctcatcagtagttacaattagtacatacaaaatcacaaatattta
atatagtcaaagttcttacatcctaaaattatttatatatgcaaaggaaa
tctaaaacacactcactctagccatatattggttaatattattataaatt
tactataatacttaaacatatttaacttaacttttcctaaatttcagtaa
caaagattgattacacttagtgtggattttccaaagcggtaagagccatt
ttactaggactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_33778958_33780165
seq2: B6Ng01-074O10.b_42_1213

seq1  GAATTCTGTTACTCACAGGATGCTTCTTTCTCATGAGGCTTGATCAAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTACTCACAGGATGCTTCTTTCTCATGAGGCTTGATCAAGAG  50

seq1  TTTCCTCAGGTTGGCCCTAGATGGCTTATGTCACATAAGAGATTGTAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCAGGTTGGCCCTAGATGGCTTATGTCACATAAGAGATTGTAATT  100

seq1  GACCACTATGGAGTCGGGAAAGAGTAAGGCTGGCAGGAGCCAAGTGTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTATGGAGTCGGGAAAGAGTAAGGCTGGCAGGAGCCAAGTGTTCA  150

seq1  TGAATAATATCCTCCCCCATTTTACCAACCACTTCCATTTTACGTGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAATATCCTCCCCCATTTTACCAACCACTTCCATTTTACGTGCTCT  200

seq1  AATAGAGTAACTTACTCAATGTCCCAGTGAACGAGTCACTGAGATGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGTAACTTACTCAATGTCCCAGTGAACGAGTCACTGAGATGGAAG  250

seq1  GAGATGCTTCAGTCATGGATGGTAACTGTCAAAGTGATGACAAGGTGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCTTCAGTCATGGATGGTAACTGTCAAAGTGATGACAAGGTGACT  300

seq1  AAGGTCCCTACCACATAGACCACAGCCCATCATGTGGCCATATACAGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCCTACCACATAGACCACAGCCCATCATGTGGCCATATACAGGTG  350

seq1  CAGTGGTGGTTAAGAAGTCAGTCAGGAAGCATCAGAAACCAAGGAGGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGGTTAAGAAGTCAGTCAGGAAGCATCAGAAACCAAGGAGGCTC  400

seq1  ATCCAAGTCAAGGGTTTGGAAACAGCACACTATGTGGACAGGTAGACCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGTCAAGGGTTTGGAAACAGCACACTATGTGGACAGGTAGACCTA  450

seq1  GTCTCCTACCAATCCCTAACTCAAAACAGTTCAGATGGCCTGTGTCAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTACCAATCCCTAACTCAAAACAGTTCAGATGGCCTGTGTCAACT  500

seq1  ATTAAATATAAAATTGTGAAAATCCCTATGGATTTTAAGAAGTAATGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATATAAAATTGTGAAAATCCCTATGGATTTTAAGAAGTAATGCTT  550

seq1  CTGCTCTTCCTAGATAAATGTTTGAAGACAATACTGTAGAAGTACTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTCCTAGATAAATGTTTGAAGACAATACTGTAGAAGTACTGGGA  600

seq1  TGTAGAGCGCTGAACATAATGGATGGCACTAGTTCTCACTCTACTCATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGCGCTGAACATAATGGATGGCACTAGTTCTCACTCTACTCATTT  650

seq1  AAAAGTGCACACTGCAGCCTGAGCTAGAAGCTTTCTCCCAGGCACAGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGCACACTGCAGCCTGAGCTAGAAGCTTTCTCCCAGGCACAGTGT  700

seq1  ATCAGAACACTGGCGCCCTAGCTGGGGAATTGTTTTTGAAAAGTTGTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAACACTGGCGCCCTAGCTGGGGAATTGTTTTTGAAAAGTTGTGGG  750

seq1  AGTTTAGGACGAAATGGGGCATTGCAGGCAAGGACTGGGGTTGCATGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGGACGAAATGGGGCATTGCAGGCAAGGACTGGGGTTGCATGGTC  800

seq1  TGTGCCCACCTGTTCGCCTTCTTCTTCCTGACTGCATATACAATGTGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCACCTGTTCGCCTTCTTCTTCCTGACTGCATATACAATGTGATT  850

seq1  AGCCACCTCACACTCCAGTCTCTCTCTGTGCTTTCCCGCTGTGATGGCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCTCACACTCCAGTCTCTCTCTGTGCTTTCCCGCTGTGATGGCTG  900

seq1  GTAGCCCCTTTAACTGTAAGCTCAAATAATCTCTTCTAGTAAAACGTTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTAGCCCCTTTAACTGTAAGCTCAAATAATCTCTTCTAGT-AAACGTTTT  949

seq1  GTCACAACAACAAGAAAGTGACTGTGACACTGTTTGAAAAGCACCACAAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GTCACAACAACAAGAAAGTGACTGTGACACTGTTTG-AAAGCA-CACAAT  997

seq1  ATTAACAGACCAATAAGAACAAAACAGTTGGTGTTTATATTTAATATGCC  1050
      ||||||||||  ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTAACAGAC--ATAAGA--CAAACAGTTGGTGTTTATATTTAATATGC-  1042

seq1  AACTGTTCCCATAAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAGATGACT  1100
       ||||||||||| ||||||||||||| |          | ||||||||||
seq2  -ACTGTTCCCAT-AGACAAAAAAAAATA----------GGAAAGATGACT  1080

seq1  CACT--GATGCCACATGATTCCAATAGCCAAAGTGCAAAAGTGCAAACCT  1148
      ||||   ||||| | ||||||  |||||| ||||||  ||||||||||||
seq2  CACTTGAATGCC-CCTGATTC--ATAGCC-AAGTGC--AAGTGCAAACCT  1124

seq1  AAAGCAATAGCAAAGTCCTGATAAAAACAAGTATGTCTTTCGGTTTAAAA  1198
        ||| ||||| | ||||||||| |       ||||| ||| ||    ||
seq2  -TAGC-ATAGC-AGGTCCTGATACA------GATGTCCTTCCGT---GAA  1162

seq1  ACTCATTCAA  1208
      ||||||||||
seq2  ACTCATTCAA  1172

seq1: chr3_33943191_33944378
seq2: B6Ng01-074O10.g_69_1231 (reverse)

seq1  TCAGTCCTAGTAAAAATTTGCTCTTTACGGTTTTGTGAAATATCACAAAT  50
      |||||||||||||||  | |||| |||| | |||| |||| ||| || | 
seq2  TCAGTCCTAGTAAAA--TGGCTC-TTACCGCTTTG-GAAA-ATC-CACAC  44

seq1  TAAGTTGTAATCATACTTTGTTAACTTGAAATTTTAAGGAAAAAGTTTAA  100
      |||| ||||||||  ||||||||   ||||||||  |||||||   ||||
seq2  TAAG-TGTAATCAATCTTTGTTA--CTGAAATTT--AGGAAAA--GTTAA  87

seq1  GTTAAATATGTTTTAAGTATTTAATAGTAAAATATTATAATAATTATATA  150
      |||||||||| ||||||||||  ||||||||   ||||||||| |||  |
seq2  GTTAAATATG-TTTAAGTATT--ATAGTAAA--TTTATAATAA-TATTAA  131

seq1  CAAATATAATTGGCTAGAGTTGAGTGTGTTTTAGATTTTCCTTTGCATAT  200
      | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCAATATA--TGGCTAGAG-TGAGTGTGTTTTAGA-TTTCCTTTGCATAT  177

seq1  ATAAATAATTTTAGGATGTAAGAACTTTGACTATATTAAATATTTGTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATAAATAATTTTAGGATGTAAGAACTTTGACTATATTAAATATTTGTGA-  226

seq1  TTTTGTATGTACTAATTGTAACTACTGATGAGGGCATCAAAGAGATTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTATGTACTAATTGTAACTACTGATGAGGGCATCAAAGAGATTGTT  276

seq1  ATGTTTGCTCACACATGTTTTATTTTTAATCAAACATACAATTCCGTGGT  350
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGCTCACACATGTTTTA-TTTTAATCAAACATACAATTCCGTGGT  325

seq1  ATGGATGTATCCAAAACTGAGATCAGAATTGCTACTTTTACAACAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTATCCAAAACTGAGATCAGAATTGCTACTTTTACAACAAAAAG  375

seq1  CAGTAATGTGCTTATGCCAAATCTTTTTAAGAGGGTCACTTGTTAGGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAATGTGCTTATGCCAAATCTTTTTAAGAGGGTCACTTGTTAGGGAG  425

seq1  AATGACTTAGAAGAGCAGTGGTTGCACAGTGAAGACTTCAGCTTGGGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTTAGAAGAGCAGTGGTTGCACAGTGAAGACTTCAGCTTGGGTCC  475

seq1  CAGCACTCAGGTAACAGTGCTAGCATGTACCTTAATCCCAGCTTCTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTCAGGTAACAGTGCTAGCATGTACCTTAATCCCAGCTTCTCACT  525

seq1  GGTTGGTAGGAAGAGGAGACAGGTACTCACGTGTCACCAATCTCCCTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTAGGAAGAGGAGACAGGTACTCACGTGTCACCAATCTCCCTCAA  575

seq1  AGAAATAGGAGTTCTAGGTTCAGAGAGTAATAGAGAAGAACACTTGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAGGAGTTCTAGGTTCAGAGAGTAATAGAGAAGAACACTTGGCAT  625

seq1  ACATACCACAGAAACACAGAATTAGAAAAGCTGTGTGTGTGTGCTGTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCACAGAAACACAGAATTAGAAAAGCTGTGTGTGTGTGCTGTTTG  675

seq1  TGAAAGTTATTTATGAAAACAAAAGAACATACATCTACTCCTGAATGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTATTTATGAAAACAAAAGAACATACATCTACTCCTGAATGATA  725

seq1  TGCTCAGTCCTGTATTTGATAGTTTTATGAAATGCATTTTTTAATGGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGTCCTGTATTTGATAGTTTTATGAAATGCATTTTTTAATGGATG  775

seq1  TTCTTTTAAATCTTGACTTTTTGCATGTTAGTAGAGGGTAGCTGACATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAAATCTTGACTTTTTGCATGTTAGTAGAGGGTAGCTGACATTC  825

seq1  TTTGAATATCCTTCTAGGATAGATAGGAAGGCTTGTTGATTTACTGGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATATCCTTCTAGGATAGATAGGAAGGCTTGTTGATTTACTGGTTA  875

seq1  ATTGTAAGGGATCATGGACAGCCAAATGGAAGGTTTAGGGATAAGAACCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAGGGATCATGGACAGCCAAATGGAAGGTTTAGGGATAAGAACCC  925

seq1  AGCAATCAGAACTTCAGTACATAAGTTGTACCCACAAGAGGCTGAGTAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATCAGAACTTCAGTACATAAGTTGTACCCACAAGAGGCTGAGTAAT  975

seq1  TAATAGACAGGTGACTGATTGTGCCTGCCAAGCTAATTAGTCAAGCCAGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGACAGGTGACTGATTGTGCCTGCCAAGCTAATTAGTCAAGCCAGA  1025

seq1  ACCTTCAGGATAAGGATTTCACAGATTCAAATACAGAAACAGAACAACTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAGGATAAGGATTTCACAGATTCAAATACAGAAACAGAACAACTA  1075

seq1  TCTGAATTGTGGTGTTTTCTGTTTTAGTCCAAATAGTTGAAATTATAAAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATTGTGGTGTTTTCTGTTTTAGTCCAAATAGTTGAAATTATAAAA  1125

seq1  ATGGCCTGCAGAAGTACAGGCAGGAGGATCAGGAATTC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTGCAGAAGTACAGGCAGGAGGATCAGGAATTC  1163