BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075O04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 96,661,593 - 96,842,215
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdzk1, Gpr89, Gja8, 9230114J08Rik, Gja5
Upstream geneMrps21, LOC100042889, Gm129, BC028528, Aph1a, Car14, Anp32e, LOC100042897, LOC100042898, EG668224, Plekho1, EG668222, Vps45, LOC100042908, Otud7b, Mtmr11, Sf3b4, Sv2a, Bola1, Hist2h2ab, Hist2h2ac, Hist2h2be, Hist2h3c2, Hist2h2aa1, Hist2h3c1, LOC100043378, Hist2h4, Hist2h3b, Hist2h2bb, Fcgr1, Pafah1b1-ps1, Terc, BC107364, LOC668500, Hfe2, Txnip, Polr3gl, Ankrd34, 6330549D23Rik, Rbm8a, Pex11b, Itga10, Ankrd35, Pias3, Polr3c, Zfp364, Cd160
Downstream geneAcp6, Bcl9, Olfr1402, Chd1l, Fmo5, Prkab2, Pde4dip, Sec22b, EG433632, LOC100042975, Notch2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075O04.bB6Ng01-075O04.g
ACCDH892317DH892318
length1,086917
definitionDH892317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075O04, 5' end.DH892318|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075O04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,661,593 - 96,662,683)(96,841,301 - 96,842,215)
sequence
gaattcagttgtagattcatttttatgagtgagtctgcatgtgtgtttgg
gcatgtgcatgcaggtgctgaggtcaggagaaggtgttagttcacctgga
gttggaggagattgtgagccactcgtcatgagtactgggaactgaactca
ggtcctctgcaagagttgagtgctcttaaccgctgagccacttcttcagc
cctaataaatgtgatattgttggtcagcaagcttcatcaatgttgagtaa
agatctggaaaggtatcttagtttgctgttgttgatagaaaaaccacagc
tcttacctcagaaggaataagttactttggagttaaatttaagtgaccat
cttttgagaacaaagactcaggttaccccaagtctacattccaacatgta
agcagtttaatggatttttaaaaatatatataattacagaacaaagaaag
gtatgaatcaaggcttaaaaaaatacatttgtggaaacatcagagaagca
ggttactcaggcagaggcctcagatgctatgtgacatttagccctttgat
tggcgaagaattattccgttaagtgaacacattccaacttgtttatcagg
atgctagaggtgggcaaggaattactctttaggctagagatcacctggag
aaactgtcactgggctctggacctgtagttctaaccaccccacatcacgg
aagctttaatcagcggagaccctgctgtggtgtggaaattctcaatcaca
ttgtccttggtaaatacagtagaaaccggctcaccaagggcaagctgatg
aagagccttactccctcctaactcttatgacagtgatttgtgtgttaagg
ctttaaaaggtttattttgattatcttaaaattgtgtgtgtgtgggtatg
tgtgggtaagtgttcatgagggcgggttcccacagagtccagacgaggtg
tcgggtcccttggagctgggtgacaggcatcttgtgaactgatggtggga
gcaagaaactgacctgggtccttgcaggtggcatggtaccctagccctct
caacacattaaggtttttatttttatcatgagaact
gaattctgttgtaaagggacccgacgggcctcctcaaagaatgcctcagg
cagagcatcacgccagttcggtttagtgcagaaagtgtttactgagtcac
tgtgctatgccagacagtaaaggtggctataaagtgccaggagggacatg
gtcccagggctcttgtagacttagtcactcgtgtgcagttttctgatttc
ttcttgcctagtagtggttttcccctgaagacacgggaagaattacatgc
aaagctagtctaagtactcagctgtctcagtcatctttactatccttgaa
actgtcaactatatcttctagtttatctaagtgtctaagtgcacacacac
atacatacacacacacagagaatgttgatgatgatgatgatataatacat
attgagagatatgcctgtgcactgagtacctgtgcactgaatgtgcacgt
agaggctgcagactacttttattagagcctcacagcaagctaaggaaata
gaagccatgctcacccacgtttagagctcagagtgaggtcgaagttgaaa
ccacacttgatcctggagcacctgaaacaaagccccatgttaacaactgt
gctcatttccattttcatgtgaatttcctgtccttcctttccttagcaaa
acctcacaggagaagtcagccactttcatatgatgtgactggatgctcac
gggacaattgttatgttgggagctggtttaattcttacatttcagatttc
aattccgaagggtatgtgaccaggcacctgacagtagctgccactactga
gcatgccctgtgagctacttcctcagcattagacgtcgactggggccagc
atgcctgagccttgatcactgtataaaggagatggaggaagatgggaggg
tgagagaggaggaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_96661593_96662683
seq2: B6Ng01-075O04.b_46_1131

seq1  GAATTCAGTTGTAGATTCATTTTTATGAGTGAGTCTGCATGTGTGTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTGTAGATTCATTTTTATGAGTGAGTCTGCATGTGTGTTTGG  50

seq1  GCATGTGCATGCAGGTGCTGAGGTCAGGAGAAGGTGTTAGTTCACCTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGCATGCAGGTGCTGAGGTCAGGAGAAGGTGTTAGTTCACCTGGA  100

seq1  GTTGGAGGAGATTGTGAGCCACTCGTCATGAGTACTGGGAACTGAACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGGAGATTGTGAGCCACTCGTCATGAGTACTGGGAACTGAACTCA  150

seq1  GGTCCTCTGCAAGAGTTGAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCACTTCTTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCTGCAAGAGTTGAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCACTTCTTCAGC  200

seq1  CCTAATAAATGTGATATTGTTGGTCAGCAAGCTTCATCAATGTTGAGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATAAATGTGATATTGTTGGTCAGCAAGCTTCATCAATGTTGAGTAA  250

seq1  AGATCTGGAAAGGTATCTTAGTTTGCTGTTGTTGATAGAAAAACCACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGGAAAGGTATCTTAGTTTGCTGTTGTTGATAGAAAAACCACAGC  300

seq1  TCTTACCTCAGAAGGAATAAGTTACTTTGGAGTTAAATTTAAGTGACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCTCAGAAGGAATAAGTTACTTTGGAGTTAAATTTAAGTGACCAT  350

seq1  CTTTTGAGAACAAAGACTCAGGTTACCCCAAGTCTACATTCCAACATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGAACAAAGACTCAGGTTACCCCAAGTCTACATTCCAACATGTA  400

seq1  AGCAGTTTAATGGATTTTTAAAAATATATATAATTACAGAACAAAGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTTAATGGATTTTTAAAAATATATATAATTACAGAACAAAGAAAG  450

seq1  GTATGAATCAAGGCTTAAAAAAATACATTTGTGGAAACATCAGAGAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAATCAAGGCTTAAAAAAATACATTTGTGGAAACATCAGAGAAGCA  500

seq1  GGTTACTCAGGCAGAGGCCTCAGATGCTATGTGACATTTAGCCCTTTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACTCAGGCAGAGGCCTCAGATGCTATGTGACATTTAGCCCTTTGAT  550

seq1  TGGCGAAGAATTATTCCGTTAAGTGAACACATTCCAACTTGTTTATCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGAAGAATTATTCCGTTAAGTGAACACATTCCAACTTGTTTATCAGG  600

seq1  ATGCTAGAGGTGGGCAAGGAATTACTCTTTAGGCTAGAGATCACCTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGAGGTGGGCAAGGAATTACTCTTTAGGCTAGAGATCACCTGGAG  650

seq1  AAACTGTCACTGGGCTCTGGACCTGTAGTTCTAACCACCCCACATCACGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTCACTGGGCTCTGGACCTGTAGTTCTAACCACCCCACATCACGG  700

seq1  AAGCTTTAATCAGCGGAGACCCTGCTGTGGTGTGGAAATTCTCAATCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTAATCAGCGGAGACCCTGCTGTGGTGTGGAAATTCTCAATCACA  750

seq1  TTGTCCTTGGTAAATACAGTAGAAACCGGCTCACCAAGGGCAAGCTGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTTGGTAAATACAGTAGAAACCGGCTCACCAAGGGCAAGCTGATG  800

seq1  AAGAGCCTTACTCCCTCCTAACTCTTATGACAGTGATTTGTGTGTTAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCTTACTCCCTCCTAACTCTTATGACAGTGATTTGTGTGTTAAGG  850

seq1  CTTTAAAAGGTTTATTTTGATTATCTTAAAATTGTGTGTGTGTGGTTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTAAAAGGTTTATTTTGATTATCTTAAAATTGTGTGTGTGTGGGTATG  900

seq1  TGTGGGTAAGTGTTCATGAGGGCGGGTTCCCACAGAGTCCAGACGAGGGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTGGGTAAGTGTTCATGAGGGCGGGTTCCCACAGAGTCCAGACGA-GGT  949

seq1  GTCGGGTCCCTTGGAGCTGGAGTGACAGGCATC-TGTGAACTGAT-GTGG  998
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GTCGGGTCCCTTGGAGCTGG-GTGACAGGCATCTTGTGAACTGATGGTGG  998

seq1  GAGCAGGAAACTGAACCTGGGTCCTTTGCAAGAGTGGCAT-GTACCTTAG  1047
      ||||| ||||||| |||||||||| |||||   ||||||| ||||| |||
seq2  GAGCAAGAAACTG-ACCTGGGTCC-TTGCA--GGTGGCATGGTACCCTAG  1044

seq1  CCACTCTCAACCACATTAAGGTTTTATATTTTATCATGAGAACT  1091
      || ||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  CC-CTCTCAA-CACATTAAGGTTTTTATTTTTATCATGAGAACT  1086

seq1: chr3_96841301_96842215
seq2: B6Ng01-075O04.g_68_984 (reverse)

seq1  TCTTTCCTCCTCTCTCACC--TCCATCTTCCTCCATCTCCTTTATACAGT  48
      |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTCCTCTCTCACCCTCCCATCTTCCTCCATCTCCTTTATACAGT  50

seq1  GATCAAGGCTCAGGCATGCTGGCCCCAGTCGACGTCTAATGCTGAGGAAG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGGCTCAGGCATGCTGGCCCCAGTCGACGTCTAATGCTGAGGAAG  100

seq1  TAGCTCACAGGGCATGCTCAGTAGTGGCAGCTACTGTCAGGTGCCTGGTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCACAGGGCATGCTCAGTAGTGGCAGCTACTGTCAGGTGCCTGGTC  150

seq1  ACATACCCTTCGGAATTGAAATCTGAAATGTAAGAATTAAACCAGCTCCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCCTTCGGAATTGAAATCTGAAATGTAAGAATTAAACCAGCTCCC  200

seq1  AACATAACAATTGTCCCGTGAGCATCCAGTCACATCATATGAAAGTGGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAACAATTGTCCCGTGAGCATCCAGTCACATCATATGAAAGTGGCT  250

seq1  GACTTCTCCTGTGAGGTTTTGCTAAGGAAAGGAAGGACAGGAAATTCACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCCTGTGAGGTTTTGCTAAGGAAAGGAAGGACAGGAAATTCACA  300

seq1  TGAAAATGGAAATGAGCACAGTTGTTAACATGGGGCTTTGTTTCAGGTGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGGAAATGAGCACAGTTGTTAACATGGGGCTTTGTTTCAGGTGC  350

seq1  TCCAGGATCAAGTGTGGTTTCAACTTCGACCTCACTCTGAGCTCTAAACG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGATCAAGTGTGGTTTCAACTTCGACCTCACTCTGAGCTCTAAACG  400

seq1  TGGGTGAGCATGGCTTCTATTTCCTTAGCTTGCTGTGAGGCTCTAATAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAGCATGGCTTCTATTTCCTTAGCTTGCTGTGAGGCTCTAATAAA  450

seq1  AGTAGTCTGCAGCCTCTACGTGCACATTCAGTGCACAGGTACTCAGTGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTCTGCAGCCTCTACGTGCACATTCAGTGCACAGGTACTCAGTGCA  500

seq1  CAGGCATATCTCTCAATATGTATTATATCATCATCATCATCAACATTCTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATATCTCTCAATATGTATTATATCATCATCATCATCAACATTCTC  550

seq1  TGTGTGTGTGTATGTATGTGTGTGTGCACTTAGACACTTAGATAAACTAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTATGTATGTGTGTGTGCACTTAGACACTTAGATAAACTAG  600

seq1  AAGATATAGTTGACAGTTTCAAGGATAGTAAAGATGACTGAGACAGCTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATAGTTGACAGTTTCAAGGATAGTAAAGATGACTGAGACAGCTGA  650

seq1  GTACTTAGACTAGCTTTGCATGTAATTCTTCCCGTGTCTTCAGGGGAAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTAGACTAGCTTTGCATGTAATTCTTCCCGTGTCTTCAGGGGAAAA  700

seq1  CCACTACTAGGCAAGAAGAAATCAGAAAACTGCACACGAGTGACTAAGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTACTAGGCAAGAAGAAATCAGAAAACTGCACACGAGTGACTAAGTC  750

seq1  TACAAGAGCCCTGGGACCATGTCCCTCCTGGCACTTTATAGCCACCTTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAGCCCTGGGACCATGTCCCTCCTGGCACTTTATAGCCACCTTTA  800

seq1  CTGTCTGGCATAGCACAGTGACTCAGTAAACACTTTCTGCACTAAACCGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGGCATAGCACAGTGACTCAGTAAACACTTTCTGCACTAAACCGA  850

seq1  ACTGGCGTGATGCTCTGCCTGAGGCATTCTTTGAGGAGGCCCGTCGGGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCGTGATGCTCTGCCTGAGGCATTCTTTGAGGAGGCCCGTCGGGTC  900

seq1  CCTTTACAACAGAATTC  915
      |||||||||||||||||
seq2  CCTTTACAACAGAATTC  917