BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077J24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 141,851,399 - 142,018,094
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdlim5
Upstream genePdha2, Unc5c, LOC100039923, Bmpr1b, Gabarapl2-ps3
Downstream geneGbp5, Gbp6, Gbp3, Gbp1, Gbp2, EG621605, Ccbl2, Gtf2b, Pkn2, LOC100040053, LOC100039883
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077J24.bB6Ng01-077J24.g
ACCDH893549DH893550
length1,1891,093
definitionDH893549|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077J24, 5' end.DH893550|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077J24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,851,399 - 141,852,614)(142,017,005 - 142,018,094)
sequence
gaattctcctgcctccaccttccaagcacttggggctataggtgtatacc
acaaggcctggcttcctcattgaatcttttaactagatatcattttgtat
ttccaaactaaatgtcacaacttcaaatggtattatgtgtagtcatttat
gcacagtacattttagagccagataatttaagcaaatacacatccaaata
tacttattaaaatcacattacttccaacccccagaaaatgggaggtatca
caggctactttttattccagacttcatgtggtaatgaagtctgtgttagc
acggctgacggttgattctgtgtgagcatttgtaactgtaaaatgggatg
tgctctctcttgtaccctgatttctatggatatgatcaatatgaacaagg
ctcggtttcctagaaaatttgatgtcatgcttaatattaaaattaaaaat
aacttgaagtatcctctgaggaacagaggcagctgagaggaaccaataaa
ccaattaaagaaacatccagcctgagttgttacattagcctgtttgcacc
agaaacttaatcttccagcaaagaataacctaattagtaactagagtctc
attctagtgatagaatatctcctgtgcttaatagagattcactagactgt
acactctcatttgtcttttatttctcttagttgaaactactttaatcaat
tttattgaaaactatcatacagtaaatttaactcatttaaatgcataaag
aaataatacatcttgacaaatgtgcccattatcgcctttttatttactta
atgaacatactgagactaaacatacaatatatgaatactagtcatgaata
agacagatgggctcagggacaagtgcctacagtgtccttgccacatgtgt
caaagcttagcagcaccgtggaggagagatgagagagattcagtaagggt
gccacgctggttaaagatggcagcacagaaccctcagccgcagaagcagt
ggctgttggacagtgactgaagctagaaatgaatagattaccaaagacca
aatgaagctcagggtgttcacataggaaataaagctatttcaacttctaa
cagaaggctaaatgaggaaatagagctattactggatgatctaggtacat
gtggaactagagagcttgaagccaccggaggtgctattg
gaattcatgaagctgcatgagatttctgtgatctgaaggtaaggacagtt
ctgagaggagatgctgagaagtcagctgtaaacattttgagactatggta
gggtctcagcatatagtaggcataagcagtcagagagtacagcagttcat
attttgaccctgtctttggtgtaattatattctttctgcatcttgtattg
cttttatatgtgttagaaagacagtatttaaatggcttctgactgtattt
aggacaaatgccacaggattcagtttctgtgttttaaggcttctgtataa
gaaaatttaaggtaattgagctatgtttctgtttctggttcattttactt
gtaagcttgcccccttgaccagaataaagtctaggatgacttgtttaatt
tatagttgtcctcatccagactctgaatttcaatatgtttgattatttta
atagagaatatctgtcctttgtcttctgggctatattcttattttctgat
gacacctgtaactttgtaatatagtttccatatagatgaactttaaaaat
tgtgtaggatagagaagacttttaaggtcatctggataccttctacattt
ctcatgaagcaatccaaggtcaagggaatagtaacagcatttattaagtt
atagtatctcatgttatctattgtaacagtcctttaagtgagcaaattga
cctccaaatcacatgtaaaataatggcatgattgaatcagcaactatttc
tcttataaatgagcttcacagtttcaataatgtagttttgtgcagtagag
atgaacagtaaatatattttctattagagtaaatgttttctttgatattt
aagctaacaaggagaaatactattacagcagcttacttattacttagtgc
aatgatatcatgttagttattgagtagaatgcatgttctgtcaaagtctg
tgatgggatgaaacataagtttgttcagtttatcgccttgaaactgtttt
cttgaattttaagtataaatgattatttttttgttaatggggatcggtct
ggctttaaggaggatttaacactgatatatatggaagacctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_141851399_141852614
seq2: B6Ng01-077J24.b_48_1236

seq1  GAATTCTCCTGCCTCCACCTTCCAAGCACTTGGGGCTATAGGTGTATACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGCCTCCACCTTCCAAGCACTTGGGGCTATAGGTGTATACC  50

seq1  ACAAGGCCTGGCTTCCTCATTGAATCTTTTAACTAGATATCATTTTGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCCTGGCTTCCTCATTGAATCTTTTAACTAGATATCATTTTGTAT  100

seq1  TTCCAAACTAAATGTCACAACTTCAAATGGTATTATGTGTAGTCATTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAACTAAATGTCACAACTTCAAATGGTATTATGTGTAGTCATTTAT  150

seq1  GCACAGTACATTTTAGAGCCAGATAATTTAAGCAAATACACATCCAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTACATTTTAGAGCCAGATAATTTAAGCAAATACACATCCAAATA  200

seq1  TACTTATTAAAATCACATTACTTCCAACCCCCAGAAAATGGGAGGTATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATTAAAATCACATTACTTCCAACCCCCAGAAAATGGGAGGTATCA  250

seq1  CAGGCTACTTTTTATTCCAGACTTCATGTGGTAATGAAGTCTGTGTTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTACTTTTTATTCCAGACTTCATGTGGTAATGAAGTCTGTGTTAGC  300

seq1  ACGGCTGACGGTTGATTCTGTGTGAGCATTTGTAACTGTAAAATGGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCTGACGGTTGATTCTGTGTGAGCATTTGTAACTGTAAAATGGGATG  350

seq1  TGCTCTCTCTTGTACCCTGATTTCTATGGATATGATCAATATGAACAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTCTTGTACCCTGATTTCTATGGATATGATCAATATGAACAAGG  400

seq1  CTCGGTTTCCTAGAAAATTTGATGTCATGCTTAATATTAAAATTAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGTTTCCTAGAAAATTTGATGTCATGCTTAATATTAAAATTAAAAAT  450

seq1  AACTTGAAGTATCCTCTGAGGAACAGAGGCAGCTGAGAGGAACCAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAAGTATCCTCTGAGGAACAGAGGCAGCTGAGAGGAACCAATAAA  500

seq1  CCAATTAAAGAAACATCCAGCCTGAGTTGTTACATTAGCCTGTTTGCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAAAGAAACATCCAGCCTGAGTTGTTACATTAGCCTGTTTGCACC  550

seq1  AGAAACTTAATCTTCCAGCAAAGAATAACCTAATTAGTAACTAGAGTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTAATCTTCCAGCAAAGAATAACCTAATTAGTAACTAGAGTCTC  600

seq1  ATTCTAGTGATAGAATATCTCCTGTGCTTAATAGAGATTCACTAGACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGTGATAGAATATCTCCTGTGCTTAATAGAGATTCACTAGACTGT  650

seq1  ACACTCTCATTTGTCTTTTATTTCTCTTAGTTGAAACTACTTTAATCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTCATTTGTCTTTTATTTCTCTTAGTTGAAACTACTTTAATCAAT  700

seq1  TTTATTGAAAACTATCATACAGTAAATTTAACTCATTTAAATGCATAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAAAACTATCATACAGTAAATTTAACTCATTTAAATGCATAAAG  750

seq1  AAATAATACATCTTGACAAATGTGCCCATTATCGCCTTTTTATTTACTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATACATCTTGACAAATGTGCCCATTATCGCCTTTTTATTTACTTA  800

seq1  ATGAACATACTGAGACTAAACATACAATATATGAATACTAGTCATGAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACATACTGAGACTAAACATACAATATATGAATACTAGTCATGAATA  850

seq1  AGACAGATGGGCTCAGGGACAAGTGCCTACAGTGTCCTTGCCACATGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATGGGCTCAGGGACAAGTGCCTACAGTGTCCTTGCCACATGTGT  900

seq1  CAAAGCTTAGGCAGCACCGTGGAGGAAGAGATGAGAGAGATTCAGTAAGG  950
      ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  CAAAGCTTA-GCAGCACCGTGGAGG-AGAGATGAGAGAGATTCAGTAA-G  947

seq1  GGTGCCACGCTGGTTAAAGATGGCAGCACAGAACCCTCAGCCGCAGAAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCACGCTGGTTAAAGATGGCAGCACAGAACCCTCAGCCGCAGAAGC  997

seq1  AGTGGCTGTTGGACAGTGACTGAAGGCTAGGAAAATGGAATAGATTACCA  1050
      |||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||| 
seq2  AGTGGCTGTTGGACAGTGACTGAA-GCTAG--AAAT-GAATAGATTACC-  1042

seq1  AAAGACCAAATGAAAGCCTCAGGGGTGTCACATAGGATATAAAGCTTATT  1100
      ||||||||||||||   |||||||   |||||||||| ||||||| ||||
seq2  AAAGACCAAATGAA--GCTCAGGGTGTTCACATAGGAAATAAAGC-TATT  1089

seq1  TCAACTTCTTAACAGAGAGGCTAAATGAGGAGATAGAGCTATTAACTGAA  1150
      |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |
seq2  TCAACTTC-TAACAGA-AGGCTAAATGAGGAAATAGAGCTATT-ACTGGA  1136

seq1  TGAATCCATAAGGGGTACATGTGGGACCCAAAGAGATGCTAGGAAAGCCA  1200
      || ||| |     ||||||||||| ||    ||||| ||| |  ||||||
seq2  TG-ATCTA-----GGTACATGTGGAAC---TAGAGA-GCTTG--AAGCCA  1174

seq1  ACGGAAGGTGCTATTG  1216
       ||| |||||||||||
seq2  CCGG-AGGTGCTATTG  1189

seq1: chr3_142017005_142018094
seq2: B6Ng01-077J24.g_69_1161 (reverse)

seq1  TTAGGTTTTCCATAT-TATCAGTTGTTAAATTCCTTCCTTAAAG-CAGAC  48
      |||||| |||||||| |||||| ||||||||  | ||||||||| |||||
seq2  TTAGGTCTTCCATATATATCAG-TGTTAAAT--CCTCCTTAAAGCCAGAC  47

seq1  CGATCCCAAT--ACACAAAAATAATCATTTATACTTAAAATTCAGGAAAA  96
      ||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CGATCCCCATTAACAAAAAAATAATCATTTATACTTAAAATTCAAGAAAA  97

seq1  CAGTGTCAA-GCGATAAACTG-ACATACTTATGTTTCATCCCATCACAGA  144
      |||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCAAGGCGATAAACTGAACAAACTTATGTTTCATCCCATCACAGA  147

seq1  CTTTGACAGAACATGCATTCTACTCAATAACTAACATGATATCATTGCAC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACAGAACATGCATTCTACTCAATAACTAACATGATATCATTGCAC  197

seq1  TAAGTAATAAGTAAGCTGCTGTAATAGTATTTCTCCTTGTTAGCTTAAAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAATAAGTAAGCTGCTGTAATAGTATTTCTCCTTGTTAGCTTAAAT  247

seq1  ATCAAAGAAAACATTTACTCTAATAGAAAATATATTTACTGTTCATCTCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGAAAACATTTACTCTAATAGAAAATATATTTACTGTTCATCTCT  297

seq1  ACTGCACAAAACTACATTATTGAAACTGTGAAGCTCATTTATAAGAGAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACAAAACTACATTATTGAAACTGTGAAGCTCATTTATAAGAGAAA  347

seq1  TAGTTGCTGATTCAATCATGCCATTATTTTACATGTGATTTGGAGGTCAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGCTGATTCAATCATGCCATTATTTTACATGTGATTTGGAGGTCAA  397

seq1  TTTGCTCACTTAAAGGACTGTTACAATAGATAACATGAGATACTATAACT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCACTTAAAGGACTGTTACAATAGATAACATGAGATACTATAACT  447

seq1  TAATAAATGCTGTTACTATTCCCTTGACCTTGGATTGCTTCATGAGAAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATGCTGTTACTATTCCCTTGACCTTGGATTGCTTCATGAGAAAT  497

seq1  GTAGAAGGTATCCAGATGACCTTAAAAGTCTTCTCTATCCTACACAATTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGGTATCCAGATGACCTTAAAAGTCTTCTCTATCCTACACAATTT  547

seq1  TTAAAGTTCATCTATATGGAAACTATATTACAAAGTTACAGGTGTCATCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTTCATCTATATGGAAACTATATTACAAAGTTACAGGTGTCATCA  597

seq1  GAAAATAAGAATATAGCCCAGAAGACAAAGGACAGATATTCTCTATTAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAAGAATATAGCCCAGAAGACAAAGGACAGATATTCTCTATTAAA  647

seq1  ATAATCAAACATATTGAAATTCAGAGTCTGGATGAGGACAACTATAAATT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCAAACATATTGAAATTCAGAGTCTGGATGAGGACAACTATAAATT  697

seq1  AAACAAGTCATCCTAGACTTTATTCTGGTCAAGGGGGCAAGCTTACAAGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGTCATCCTAGACTTTATTCTGGTCAAGGGGGCAAGCTTACAAGT  747

seq1  AAAATGAACCAGAAACAGAAACATAGCTCAATTACCTTAAATTTTCTTAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAACCAGAAACAGAAACATAGCTCAATTACCTTAAATTTTCTTAT  797

seq1  ACAGAAGCCTTAAAACACAGAAACTGAATCCTGTGGCATTTGTCCTAAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCCTTAAAACACAGAAACTGAATCCTGTGGCATTTGTCCTAAAT  847

seq1  ACAGTCAGAAGCCATTTAAATACTGTCTTTCTAACACATATAAAAGCAAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCAGAAGCCATTTAAATACTGTCTTTCTAACACATATAAAAGCAAT  897

seq1  ACAAGATGCAGAAAGAATATAATTACACCAAAGACAGGGTCAAAATATGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATGCAGAAAGAATATAATTACACCAAAGACAGGGTCAAAATATGA  947

seq1  ACTGCTGTACTCTCTGACTGCTTATGCCTACTATATGCTGAGACCCTACC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTACTCTCTGACTGCTTATGCCTACTATATGCTGAGACCCTACC  997

seq1  ATAGTCTCAAAATGTTTACAGCTGACTTCTCAGCATCTCCTCTCAGAACT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTCAAAATGTTTACAGCTGACTTCTCAGCATCTCCTCTCAGAACT  1047

seq1  GTCCTTACCTTCAGATCACAGAAATCTCATGCAGCTTCATGAATTC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTACCTTCAGATCACAGAAATCTCATGCAGCTTCATGAATTC  1093