BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077L05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 109,812,568 - 109,909,920
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNtng1
Upstream geneB430201A12Rik, 4930443G12Rik, Slc25a24, Vav3
Downstream geneLOC100043181, LOC100043183, Prmt6, LOC100043190
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077L05.bB6Ng01-077L05.g
ACCDH893606DH893607
length6791,105
definitionDH893606|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077L05, 5' end.DH893607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,812,568 - 109,813,243)(109,908,797 - 109,909,920)
sequence
gaattcttctcagagacataggattatataaaagccatttaaaaggcact
tacaaaaatcaaagaaaaatccatatataggcttttaacttcatagggaa
ggatgagaaacattgattgtcatatgcttgcagaggatttgactctgtgg
ctaaatggcttaatccactagaagtttggagttgctgttttaatgaagct
atctctataatgaatggacccttcagactccacaaaaggaaaaaaatggc
aggagtgtgtcaacctccgataaattgtgtgggaggtaggggatcaataa
aatatctccctcactgtcaccgtaaggagtgaccaacttcagaaatgtgc
aacagggtgaaaagctgtgggtgtggatgagaaagtgtttataaactctg
aaaaaggatagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgctttcacac
acgcatgcatctctacaggcagaaaggaaagatagaaacagaaatatgtt
caagtaaattctaagaaagctcaagataatcttttgatacctactgacag
ctatcaattacagggtagcctaggatttctaatttttatatatgtggcag
tgaattgtgatatttctgtccccttcaataaaattatatgtatttttaat
gtttttttaagaatatttaaatcagtgtt
gaattcattctctgtgccttaatatggaggccatctttacttgtagccca
cacagacagtcagtgcttcaaaccatgctcagataagtcaaagtgtcctt
gtattgattctggcccttagtataatgtgagattggatcaattagtctga
ttaggtttagtcaatatgatacatatatacacacatatatatgacatttt
ctatattttgaatcaacatattgtgcctcattacttttatatgctagtac
ctgagttattaatgtttacaaatgaataatatatattttcttttccagtc
tatctttttgcgtatatgattataacattactttgctagctagctctctc
tatatacataaattatctatttatagagaaagaatatatatacatatata
taagatagagaactagataattacatatagacagagagacatctatatac
agacatatgtcatatatgtagagatagaactagtaaaatacatataaaca
tatatagacatatagagataatatgtagacaatatatatacacaatatat
gtgtatatgaatatatgtatatgtatacacacatttatatttgtatacac
acacatatactcacaagcctacgtatgcttatataccactttggagtctg
catctcccagcaaatagcttttgttcttttctgcctttgcagcatttttg
gaagccagtggcagaagatactgagaaggagaggtttttgacttgggatt
ctggttaaaatcactgggttcctattttggtcccctaggtggcaatggtc
tgccattgtgtgtcccagcaggggcttaacaggcttcctgggccaagtaa
actgcagggattcctcaactgttgccattctcagtgcagttctgggcacc
cgctgtgttattgctataaatttcaatttcctgctccttgtagcagagct
gctcatccactcactgagaactctcagtagtctggaactgaaatgacatg
ctatcatatcagacatcgtcatcatcatcagttcctcacctcacatttat
atgacatgtaaatagtctactaccctttgtagttcgctctggcttttgtt
tgcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_109812568_109813243
seq2: B6Ng01-077L05.b_49_727

seq1  GAATTCTTCTCAGAGACATAGGATTATATAAAAGCCATTTAAAAGGCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCAGAGACATAGGATTATATAAAAGCCATTTAAAAGGCACT  50

seq1  TACAAAAATCAAAGAAAAATCCATATATAGGCTTTTAACTTCATAGGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAATCAAAGAAAAATCCATATATAGGCTTTTAACTTCATAGGGAA  100

seq1  GGATGAGAAACATTGATTGTCATATGCTTGCAGAGGATTTGACTCTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGAAACATTGATTGTCATATGCTTGCAGAGGATTTGACTCTGTGG  150

seq1  CTAAATGGCTTAATCCACTAGAAGTTTGGAGTTGCTGTTTTAATGAAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGGCTTAATCCACTAGAAGTTTGGAGTTGCTGTTTTAATGAAGCT  200

seq1  ATCTCTATAATGAATGGACCCTTCAGACTCCACAAAAGGAAAAAAATGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTATAATGAATGGACCCTTCAGACTCCACAAAAGGAAAAAAATGGC  250

seq1  AGGAGTGTGTCAACCTCCGATAAATTGTGTGGGAGGTAGGGGATCAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGTGTCAACCTCCGATAAATTGTGTGGGAGGTAGGGGATCAATAA  300

seq1  AATATCTCCCTCACTGTCACCGTAAGGAGTGACCAACTTCAGAAATGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTCCCTCACTGTCACCGTAAGGAGTGACCAACTTCAGAAATGTGC  350

seq1  AACAGGGTGAAAAGCTGTGGGTGTGGATGAGAAAGTGTTTATAAACTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGTGAAAAGCTGTGGGTGTGGATGAGAAAGTGTTTATAAACTCTG  400

seq1  AAAAAGGATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGCTTTCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGCTTTCACAC  450

seq1  ACGCATGCATCTCTACAGGCAGAAAGGAAAGATAGAAACAGAAATATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGCATCTCTACAGGCAGAAAGGAAAGATAGAAACAGAAATATGTT  500

seq1  CAAGTAAATTCTAAGAAAGCTCAAGATAATCTTTTGATACCTACTGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAATTCTAAGAAAGCTCAAGATAATCTTTTGATACCTACTGACAG  550

seq1  CTATCAATTACAGGGTAGCCTAGTATTTATAATTTTTATAGATGTGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||
seq2  CTATCAATTACAGGGTAGCCTAGGATTTCTAATTTTTATATATGTGGCAG  600

seq1  TGAATTGTGATATTTCTGT-CCCTTCAAT-AAATTATATGTA-TTTTAAT  647
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TGAATTGTGATATTTCTGTCCCCTTCAATAAAATTATATGTATTTTTAAT  650

seq1  GTTTTATTTAAGAATACTT-AATCAGTGTT  676
      ||||| |||||||||| || ||||||||||
seq2  GTTTT-TTTAAGAATATTTAAATCAGTGTT  679

seq1: chr3_109908797_109909920
seq2: B6Ng01-077L05.g_67_1171 (reverse)

seq1  CTGCAAAACAAAAAGCAAGAGCGAAACTACAAAGGGTAGTTAAGACTATT  50
      |||||||   |||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||  
seq2  CTGCAAA--CAAAAGCCAGAGCG-AACTACAAAGGGTAGT--AGACTA--  43

seq1  TTTACATGTCAATATAAATGTGAGGTGAGGAAACTGATGATGATGACGAT  100
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTACATGTC-ATATAAATGTGAGGTGAGG-AACTGATGATGATGACGAT  91

seq1  GTCTTGGATATGATTAGCAATTGTCATTTCAGTTTCCAGACTTACTGAGA  150
      ||||  ||||||| |||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  GTCT--GATATGA-TAGCA--TGTCATTTCAG-TTCCAGAC-TACTGAGA  134

seq1  GTTCTCAGTGAGTGGATGAGCAGCTCTGCCTACAAGGAGCAGGAAATTGG  200
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GTTCTCAGTGAGTGGATGAGCAGCTCTG-CTACAAGGAGCAGGAAATTGA  183

seq1  AATTTATAGCAATAAACACAGCGGGTGCCCAGAACCTGCACTGAGAATGG  250
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATTTATAGCAAT-AACACAGCGGGTGCCCAGAA-CTGCACTGAGAATGG  231

seq1  CAACAGTTGAGGAATCCCTGCAGTTTACTTGGCCCAGGAAGCCTGTTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTTGAGGAATCCCTGCAGTTTACTTGGCCCAGGAAGCCTGTTAAG  281

seq1  CCCCTGCTGGGACACACAATGGCAGACCATTGCCACCTAGGGGACCAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCTGGGACACACAATGGCAGACCATTGCCACCTAGGGGACCAAAA  331

seq1  TAGGAACCCAGTGATTTTAACCAGAATCCCAAGTCAAAAACCTCTCCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACCCAGTGATTTTAACCAGAATCCCAAGTCAAAAACCTCTCCTTC  381

seq1  TCAGTATCTTCTGCCACTGGCTTCCAAAAATGCTGCAAAGGCAGAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATCTTCTGCCACTGGCTTCCAAAAATGCTGCAAAGGCAGAAAAGA  431

seq1  ACAAAAGCTATTTGCTGGGAGATGCAGACTCCAAAGTGGTATATAAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGCTATTTGCTGGGAGATGCAGACTCCAAAGTGGTATATAAGCAT  481

seq1  ACGTAGGCTTGTGAGTATATGTGTGTGTATACAAATATAAATGTGTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGGCTTGTGAGTATATGTGTGTGTATACAAATATAAATGTGTGTAT  531

seq1  ACATATACATATATTCATATACACATATATTGTGTATATATATTGTCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATACATATATTCATATACACATATATTGTGTATATATATTGTCTAC  581

seq1  ATATTATCTCTATATGTCTATATATGTTTATATGTATTTTACTAGTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATCTCTATATGTCTATATATGTTTATATGTATTTTACTAGTTCTA  631

seq1  TCTCTACATATATGACATATGTCTGTATATAGATGTCTCTCTGTCTATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACATATATGACATATGTCTGTATATAGATGTCTCTCTGTCTATAT  681

seq1  GTAATTATCTAGTTCTCTATCTTATATATATGTATATATATTCTTTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTATCTAGTTCTCTATCTTATATATATGTATATATATTCTTTCTCT  731

seq1  ATAAATAGATAATTTATGTATATAGAGAGAGCTAGCTAGCAAAGTAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAGATAATTTATGTATATAGAGAGAGCTAGCTAGCAAAGTAATGT  781

seq1  TATAATCATATACGCAAAAAGATAGACTGGAAAAGAAAATATATATTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCATATACGCAAAAAGATAGACTGGAAAAGAAAATATATATTATT  831

seq1  CATTTGTAAACATTAATAACTCAGGTACTAGCATATAAAAGTAATGAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTAAACATTAATAACTCAGGTACTAGCATATAAAAGTAATGAGGC  881

seq1  ACAATATGTTGATTCAAAATATAGAAAATGTCATATATATGTGTGTATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATGTTGATTCAAAATATAGAAAATGTCATATATATGTGTGTATAT  931

seq1  ATGTATCATATTGACTAAACCTAATCAGACTAATTGATCCAATCTCACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCATATTGACTAAACCTAATCAGACTAATTGATCCAATCTCACAT  981

seq1  TATACTAAGGGCCAGAATCAATACAAGGACACTTTGACTTATCTGAGCAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTAAGGGCCAGAATCAATACAAGGACACTTTGACTTATCTGAGCAT  1031

seq1  GGTTTGAAGCACTGACTGTCTGTGTGGGCTACAAGTAAAGATGGCCTCCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAAGCACTGACTGTCTGTGTGGGCTACAAGTAAAGATGGCCTCCA  1081

seq1  TATTAAGGCACAGAGAATGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGGCACAGAGAATGAATTC  1105