BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078C01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 101,340,104 - 101,500,434
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043032, Atp1a1, LOC100043036
Upstream geneMan1a2, Vtcn1, Trim45, Ttf2, Igsf2, Ptgfrn, LOC668578, LOC668583, LOC669017, Cd2, LOC100043490, Igsf3
Downstream geneBC037703, Slc22a15, Nhlh2, LOC100043047, Casq2, Vangl1, EG433633, Ngfb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078C01.bB6Ng01-078C01.g
ACCDH893915DH893916
length1,091778
definitionDH893915|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078C01, 5' end.DH893916|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078C01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,499,335 - 101,500,434)(101,340,104 - 101,340,878)
sequence
gaattcttcttaaaatattcttaaaaaccccacctgttccaggtaggatc
tagccagtgtgaaacgcagcgcgatgcctgttgtatcacagaagctgtca
cagaggagattagctatgccttatagccttcctagtatcttcccaaaccg
ctaaactccctaagttcctagcatacaatagccccaaggtacagcaggac
aattggagtggcttcctaaattagggctttatatcttgttttgtgccttt
actgatacactgaaatcagttgcccacctttttaagtactaagaccccct
ttaaacacagagacccctgccctctaagcatggaactcccaccctctaag
cacagagaccctgtcttctaagcaaggagaccctgccctctaaagtctct
cagtgtaatttcccttgttgccagactgctgctgggtctcaccataacca
gctgccccagctgcggatttgaaggatgtcgttaaaggaccaggtttcct
cagtgcctgtccacagagtcagaagtagcacctgttctcttcacactaac
aagccctcaccctggtctgggcacaccagtgacacaactctcactacgat
catgtatgccaaaggggccacactcctctgactgcttctcttgtgtttgc
cctcatcttctatctcaaaatctttctttcttctctgagtctcccaccag
ggtttgacagggtggaaccttccgaccctcggggacaggacttttacctg
attcttatagacttgcatcctgtttatctcattttattgtcccctctgca
gttggccctttataacattctgaacttcagttatctctgctagctttgtc
atcttcaggggagaaaacatgagcaggccaaggcagtgataagaaacaac
aatacagaacacacatatacttacacacagatacacacagatacatacat
acatacatacatacattacatacatacacacatactcatacatacataca
catgcaaacacatactcatacatacattgcacatactacatactacatac
acacatataccatgcaatgccatactacacacactctacat
gaattcactttgccagcacatccattggcgcctacttcttcaggattcca
gtttataccgaagagcagctgagacacccagccagccctgagggactcag
caggtactggattcttggactgtccatccacagctggccattgttgggtt
agttggatgcagcctgtgaggcctgctggggattcagggttgtgcactct
ccataggccgctggtgctcagatcataggatgtccttaatgttctcagga
acgtgcagagtgacggcctctccaggctgtcctgttgttgggctgtacat
aagagggataaggtgacagaacgttggtattccactgggcctgcccggct
gcatcctatgccatcagctccggtgccccacagcctggagagccacagat
gacagacagctgcgagacatctgttgtggaaacagtatcagcaggcacct
cacaagccttctgggatgtttgccttaaagttccatgaggctgagggttg
ggtgtgaaggggcataattatagtttgtgctataaataagtcatcgtggg
cagctgctgtccaactggctttttgaatgtgaatataatggtggagaagg
ttaggtgattttctgaaaaggctaaggcctcttctttactctggcactct
ctctcactcctgtggcacgtggaagtccccaatggcacacacctacctgc
cccaccccaccttctcacatacatcttatccttcaaaatggttaatatta
ttactctttatcagaactgtccccaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_101499335_101500434
seq2: B6Ng01-078C01.b_38_1128 (reverse)

seq1  ATGTATGAGTGTGTGTATGTATGTGCATATGCATGTGTATATGTGTGTAT  50
      ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||
seq2  ATGTA-GAGTGTGTGTA-GTATG-GCAT-TGCATG-GTATATGTGTGTAT  45

seq1  GTATGTATGTATGTATGTGCAATGTATGTATGAGTATGTGTGTGCATGTG  100
      ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTA-GTATGTA-GTATGTGCAATGTATGTATGAGTATGTGTTTGCATGTG  93

seq1  TATGTATGTATGAGTATGTGTGTATGTATGTAATGTATGTATGTATGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGAGTATGTGTGTATGTATGTAATGTATGTATGTATGTAT  143

seq1  GTATGTATCTGTGTGTATCTGTGTGTTAAGTATATGTGTGTTCTGTATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATCTGTGTGTATCTGTGTG-TAAGTATATGTGTGTTCTGTATTG  192

seq1  TTGTTTCTTATCACTGCCTTGGCCTGCTCATGTTTTCTCCCCTGAAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTTATCACTGCCTTGGCCTGCTCATGTTTTCTCCCCTGAAGATG  242

seq1  ACAAAAGCTAGCAGAGATAACTGAAGTTCAGAATGTTATAAAGGGCCAAC  300
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AAAGCTAGCAGAGATAACTGAAGTTCAGAATGTTATAAAGGGCCAAC  291

seq1  TGCAGAGGGGACAATAAAATGAGATAAACAGGATGCAAGTCTATAAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGGGGACAATAAAATGAGATAAACAGGATGCAAGTCTATAAGAAT  341

seq1  CAGGTAAAAGTCCTGTCCCCGAGGGTCGGAAGGTTCCACCCTGTCAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAAAGTCCTGTCCCCGAGGGTCGGAAGGTTCCACCCTGTCAAACC  391

seq1  CTGGTGGGAGACTCAGAGAAGAAAGAAAGATTTTGAGATAGAAGATGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGGAGACTCAGAGAAGAAAGAAAGATTTTGAGATAGAAGATGAGG  441

seq1  GCAAACACAAGAGAAGCAGTCAGAGGAGTGTGGCCCCTTTGGCATACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACACAAGAGAAGCAGTCAGAGGAGTGTGGCCCCTTTGGCATACATG  491

seq1  ATCGTAGTGAGAGTTGTGTCACTGGTGTGCCCAGACCAGGGTGAGGGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTAGTGAGAGTTGTGTCACTGGTGTGCCCAGACCAGGGTGAGGGCTT  541

seq1  GTTAGTGTGAAGAGAACAGGTGCTACTTCTGACTCTGTGGACAGGCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTGAAGAGAACAGGTGCTACTTCTGACTCTGTGGACAGGCACTG  591

seq1  AGGAAACCTGGTCCTTTAACGACATCCTTCAAATCCGCAGCTGGGGCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACCTGGTCCTTTAACGACATCCTTCAAATCCGCAGCTGGGGCAGC  641

seq1  TGGTTATGGTGAGACCCAGCAGCAGTCTGGCAACAAGGGAAATTACACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATGGTGAGACCCAGCAGCAGTCTGGCAACAAGGGAAATTACACTG  691

seq1  AGAGACTTTAGAGGGCAGGGTCTCCTTGCTTAGAAGACAGGGTCTCTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTTTAGAGGGCAGGGTCTCCTTGCTTAGAAGACAGGGTCTCTGTG  741

seq1  CTTAGAGGGTGGGAGTTCCATGCTTAGAGGGCAGGGGTCTCTGTGTTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGGGTGGGAGTTCCATGCTTAGAGGGCAGGGGTCTCTGTGTTTAA  791

seq1  AGGGGGTCTTAGTACTTAAAAAGGTGGGCAACTGATTTCAGTGTATCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGTCTTAGTACTTAAAAAGGTGGGCAACTGATTTCAGTGTATCAGT  841

seq1  AAAGGCACAAAACAAGATATAAAGCCCTAATTTAGGAAGCCACTCCAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCACAAAACAAGATATAAAGCCCTAATTTAGGAAGCCACTCCAATT  891

seq1  GTCCTGCTGTACCTTGGGGCTATTGTATGCTAGGAACTTAGGGAGTTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGCTGTACCTTGGGGCTATTGTATGCTAGGAACTTAGGGAGTTTAG  941

seq1  CGGTTTGGGAAGATACTAGGAAGGCTATAAGGCATAGCTAATCTCCTCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTGGGAAGATACTAGGAAGGCTATAAGGCATAGCTAATCTCCTCTG  991

seq1  TGACAGCTTCTGTGATACAACAGGCATCGCGCTGCGTTTCACACTGGCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCTTCTGTGATACAACAGGCATCGCGCTGCGTTTCACACTGGCTA  1041

seq1  GATCCTACCTGGAACAGGTGGGGTTTTTAAGAATATTTTAAGAAGAATTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTACCTGGAACAGGTGGGGTTTTTAAGAATATTTTAAGAAGAATTC  1091

seq1: chr3_101340104_101340878
seq2: B6Ng01-078C01.g_69_846

seq1  GAATTCACTTTGCCAGCACATCCATTGGCGCCTACTTCTTCAGGATTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGCCAGCACATCCATTGGCGCCTACTTCTTCAGGATTCCA  50

seq1  GTTTATACCGAAGAGCAGCTGAGACACCCAGCCAGCCCTGAGGGACTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATACCGAAGAGCAGCTGAGACACCCAGCCAGCCCTGAGGGACTCAG  100

seq1  CAGGTACTGGATTCTTGGACTGTCCATCCACAGCTGGCCATTGTTGGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACTGGATTCTTGGACTGTCCATCCACAGCTGGCCATTGTTGGGTT  150

seq1  AGTTGGATGCAGCCTGTGAGGCCTGCTGGGGATTCAGGGTTGTGCACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGATGCAGCCTGTGAGGCCTGCTGGGGATTCAGGGTTGTGCACTCT  200

seq1  CCATAGGCCGCTGGTGCTCAGATCATAGGATGTCCTTAATGTTCTCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGGCCGCTGGTGCTCAGATCATAGGATGTCCTTAATGTTCTCAGGA  250

seq1  ACGTGCAGAGTGACGGCCTCTCCAGGCTGTCCTGTTGTTGGGCTGTACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGCAGAGTGACGGCCTCTCCAGGCTGTCCTGTTGTTGGGCTGTACAT  300

seq1  AAGAGGGATAAGGTGACAGAACGTTGGTATTCCACTGGGCCTGCCCGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGATAAGGTGACAGAACGTTGGTATTCCACTGGGCCTGCCCGGCT  350

seq1  GCATCCTATGCCATCAGCTCCGGTGCCCCACAGCCTGGAGAGCCACAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTATGCCATCAGCTCCGGTGCCCCACAGCCTGGAGAGCCACAGAT  400

seq1  GACAGACAGCTGCGAGACATCTGTTGTGGAAACAGTATCAGCAGGCACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACAGCTGCGAGACATCTGTTGTGGAAACAGTATCAGCAGGCACCT  450

seq1  CACAAGCCTTCTGGGATGTTTGCCTTAAAGTTCCATGAGGCTGAGGGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCCTTCTGGGATGTTTGCCTTAAAGTTCCATGAGGCTGAGGGTTG  500

seq1  GGTGTGAAGGGGCATAATTATAGTTTGTGCTATAAATAAGTCATCGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAAGGGGCATAATTATAGTTTGTGCTATAAATAAGTCATCGTGGG  550

seq1  CAGCTGCTGTCCAACTGGCTTTTTGAATGTGAATATAATGGTGGAGAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTGTCCAACTGGCTTTTTGAATGTGAATATAATGGTGGAGAAGG  600

seq1  TTAGGTGATTTTCTGAAAAGGCTAAGGCCTCTTCTTTACTCTGGCACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGATTTTCTGAAAAGGCTAAGGCCTCTTCTTTACTCTGGCACTCT  650

seq1  CTCTCACTCCTGTGGCACGTGGAAGTCCCCAATGGCACACACCTACCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACTCCTGTGGCACGTGGAAGTCCCCAATGGCACACACCTACCTGC  700

seq1  CCCACCCCACCTTCTCACATACATCTTATCCTTC-AAATGGTTAATATTA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCCACCCCACCTTCTCACATACATCTTATCCTTCAAAATGGTTAATATTA  750

seq1  TTACTC-TTATCAGAACTGT-CCCAACT  775
      |||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TTACTCTTTATCAGAACTGTCCCCAACT  778