BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078H19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 38,449,968 - 38,606,857
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665855, LOC100040824
Upstream geneSpata5, LOC665778, Spry1, EG381438, LOC100038875, LOC100041338, EG626367, 4930556A17Rik, LOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785, LOC665838, Ankrd50, LOC100041378
Downstream geneFat4, LOC100041432, LOC100040853, LOC100041443
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078H19.bB6Ng01-078H19.g
ACCDH894171DH894172
length1,1541,128
definitionDH894171|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078H19, 5' end.DH894172|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078H19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,605,688 - 38,606,857)(38,449,968 - 38,451,115)
sequence
gaattctagtagaattattatatctatggtaaacattaaaataaacagtt
gttttctagatgccctttgaccttgtcttagttaggattttactgctatg
aacaaacaccatagccaaggcaagtcttataaaggacagcatttacttgg
ggctggcttataggttcagaggctcagttcactatcatcaaggtgggaac
atgggcagcattcggacaggcacggtgtgggagtagctgagagttctaaa
tcttcatctgaaggctgatagtggcagactgaattccaggcagctaggat
gaggttattaaatccacacccacagtgacacacctactccaacaaggcca
cacctccaaataatggcagttccctgacccaaacatatcgaaaccatcac
agaccttgaagaaatccttgttgaacagtgattgctctgtgttatctctg
cagctgtttttctgaagaagctttccgagtccttgcgtgacttggtcaca
ggacagtcctgacacatctgggatgttttttcattattgagtactgcaaa
cagtgcacagaagagattaatgttgcagggattgagactatccttcagaa
accatatagattagattaggggattttgctatgaggaacttgataatcaa
tatatagacttttgcacattggtttgatattcagtccatagagtttgggt
cttcctgctactagtaaggccttaattcatccttgagtgaccctcttttg
tgactgctccgaatgtctcagaacacagacaggacccctgtgagcacctg
accatatttcacctacatgcacatggacacatacacataaatatgttttt
aaatttaaaaaccaagaagccaaatatctgagaactatggaaaacacaat
actttctggaaatgtttgctatagaaagatctctgcagtgtcctagtctc
tctccagcaggggctggttttgcactgtaacaaaggaagtagcatgcaag
agagtccgtcttgggcaggaacacatgatgctagtgtctctctggtgagc
agagacaggcagtcaggagttagactgcacagaacaagggatatgttcac
ccagaacagtcaacacagatcatgtacggtattcgctgttattgctgttg
tcta
gaattctaccttccatcaattctattgcactaaagtctgctgtgaattct
tgttctttcagacacacaagagcagtgccttcttcttcaaccacaaagta
acagcctttgatagcgccctctgcatcactcagtcttgactcttgcccca
agccaggctctagaattcatgtgattttcaggtacagaaataactaaatt
tggtatgaaacaaataaccaagctgtatccatagcacctgctggacaagt
aaaattacattaatagccatagatctgtatattcatatatacatatatat
atgaattacagttttatataaatttttaattgtttagtttccaggtaaaa
ttaattgctttttcttacatgctctaactattggtgcttggagaagctat
catttgtgggtaatggagactgagtgtctataatgctcagaatatctagg
ctaaaacttatcaatttagtagacacagtttaacttataaaattcatgtg
cttttacttaacattgtgatatttccttaggacaaaatccaagtcttatg
tacctttgtaactcaatacagtgctaaacccaaggcctgccacctggcag
ttgcctaatttgaatattcagaatactagatgcacacctggcccatctat
tttctaatatttatgaactctatggtcccaggacaaagctgacaatgctc
tcattgatgcaatgtgtcattacatagtcctgagtcatctggaaagagag
tgtttcctgcataagcttgagtcttattccacaaatgaggacttttaatg
tcctttgttcctcatcctgctgaactttggtggaccaccgatggacattg
atttccttctactgcttgagaggactggctcagcaggtaaaggcacttgt
agccagtctaaagacctgagttcatccccggggaccatatgttggaaaga
gactgactctagaagtgtcttctgactctgcacattcacacacaacacat
aataataaacttttaaaagagtagcattagaattctctaacacaagttag
taatcgatggacagatgaaggctcatgcttggaggctcttggatgggtgg
tcagtgacctggagactataaagataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_38605688_38606857
seq2: B6Ng01-078H19.b_42_1195 (reverse)

seq1  TAGACAACAGCAAATTAAACAACTGGATTACCGTACATGATCTGTGTTTG  50
      |||||||||||||    |||| |  || ||||||||||||||||||||  
seq2  TAGACAACAGCAA---TAACAGC--GAATACCGTACATGATCTGTGTT--  43

seq1  GACTG-TCTGGGTTGGACATATCCCTTGTTCTGTGGCAGTCCTACTCCTG  99
      ||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||||  |||||||
seq2  GACTGTTCTGGG-TGAACATATCCCTTGTTCTGT-GCAGTCTAACTCCTG  91

seq1  ACTGCCTGTCCTCTGCTCACAGGAGGAGACACTAGCATCATGTGTTCCTG  149
      ||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTGT-CTCTGCTCACCAGA-GAGACACTAGCATCATGTGTTCCTG  139

seq1  CCCAAGGCGGGCTCTCTTTGCATGCCTACTTCCTTTGTTACAGTGCAAAA  199
      |||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGACGGACTCTC-TTGCATG-CTACTTCCTTTGTTACAGTGCAAAA  187

seq1  CCAGCCCCCTGCTTGGGGAGAGACTAGGACACCTGCAGAGATCTTTCTAT  249
      |||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCAG-CCCCTGC-TGGAGAGAGACTAGGACA-CTGCAGAGATCTTTCTAT  234

seq1  AGCAAAACATTTCCAGAAAGTATTGTGTTTTCCATAGTTCTCAGATATTT  299
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGC-AAACATTTCCAGAAAGTATTGTGTTTTCCATAGTTCTCAGATATTT  283

seq1  GGCTTCTTGGTTTTTAAATTTAAAAACATATTTATGTGTATGTGTCCATG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTGGTTTTTAAATTTAAAAACATATTTATGTGTATGTGTCCATG  333

seq1  TGCATGTAGGTGAAATATGGTCAGGTGCTCACAGGGGTCCTGTCTGTGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTAGGTGAAATATGGTCAGGTGCTCACAGGGGTCCTGTCTGTGTT  383

seq1  CTGAGACATTCGGAGCAGTCACAAAAGAGGGTCACTCAAGGATGAATTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACATTCGGAGCAGTCACAAAAGAGGGTCACTCAAGGATGAATTAA  433

seq1  GGCCTTACTAGTAGCAGGAAGACCCAAACTCTATGGACTGAATATCAAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTACTAGTAGCAGGAAGACCCAAACTCTATGGACTGAATATCAAAC  483

seq1  CAATGTGCAAAAGTCTATATATTGATTATCAAGTTCCTCATAGCAAAATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGCAAAAGTCTATATATTGATTATCAAGTTCCTCATAGCAAAATC  533

seq1  CCCTAATCTAATCTATATGGTTTCTGAAGGATAGTCTCAATCCCTGCAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATCTAATCTATATGGTTTCTGAAGGATAGTCTCAATCCCTGCAAC  583

seq1  ATTAATCTCTTCTGTGCACTGTTTGCAGTACTCAATAATGAAAAAACATC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCTCTTCTGTGCACTGTTTGCAGTACTCAATAATGAAAAAACATC  633

seq1  CCAGATGTGTCAGGACTGTCCTGTGACCAAGTCACGCAAGGACTCGGAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTGTCAGGACTGTCCTGTGACCAAGTCACGCAAGGACTCGGAAA  683

seq1  GCTTCTTCAGAAAAACAGCTGCAGAGATAACACAGAGCAATCACTGTTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTCAGAAAAACAGCTGCAGAGATAACACAGAGCAATCACTGTTCA  733

seq1  ACAAGGATTTCTTCAAGGTCTGTGATGGTTTCGATATGTTTGGGTCAGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGATTTCTTCAAGGTCTGTGATGGTTTCGATATGTTTGGGTCAGGG  783

seq1  AACTGCCATTATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCATTATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGT  833

seq1  GGGTGTGGATTTAATAACCTCATCCTAGCTGCCTGGAATTCAGTCTGCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGATTTAATAACCTCATCCTAGCTGCCTGGAATTCAGTCTGCCA  883

seq1  CTATCAGCCTTCAGATGAAGATTTAGAACTCTCAGCTACTCCCACACCGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGCCTTCAGATGAAGATTTAGAACTCTCAGCTACTCCCACACCGT  933

seq1  GCCTGTCCGAATGCTGCCCATGTTCCCACCTTGATGATAGTGAACTGAGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCCGAATGCTGCCCATGTTCCCACCTTGATGATAGTGAACTGAGC  983

seq1  CTCTGAACCTATAAGCCAGCCCCAAGTAAATGCTGTCCTTTATAAGACTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAACCTATAAGCCAGCCCCAAGTAAATGCTGTCCTTTATAAGACTT  1033

seq1  GCCTTGGCTATGGTGTTTGTTCATAGCAGTAAAATCCTAACTAAGACAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGCTATGGTGTTTGTTCATAGCAGTAAAATCCTAACTAAGACAAG  1083

seq1  GTCAAAGGGCATCTAGAAAACAACTGTTTATTTTAATGTTTACCATAGAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGGCATCTAGAAAACAACTGTTTATTTTAATGTTTACCATAGAT  1133

seq1  ATAATAATTCTACTAGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAATTCTACTAGAATTC  1154

seq1: chr3_38449968_38451115
seq2: B6Ng01-078H19.g_71_1198

seq1  GAATTCTACCTTCCATCAATTCTATTGCACTAAAGTCTGCTGTGAATTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCTTCCATCAATTCTATTGCACTAAAGTCTGCTGTGAATTCT  50

seq1  TGTTCTTTCAGACACACAAGAGCAGTGCCTTCTTCTTCAACCACAAAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTCAGACACACAAGAGCAGTGCCTTCTTCTTCAACCACAAAGTA  100

seq1  ACAGCCTTTGATAGCGCCCTCTGCATCACTCAGTCTTGACTCTTGCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTTTGATAGCGCCCTCTGCATCACTCAGTCTTGACTCTTGCCCCA  150

seq1  AGCCAGGCTCTAGAATTCATGTGATTTTCAGGTACAGAAATAACTAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGCTCTAGAATTCATGTGATTTTCAGGTACAGAAATAACTAAATT  200

seq1  TGGTATGAAACAAATAACCAAGCTGTATCCATAGCACCTGCTGGACAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATGAAACAAATAACCAAGCTGTATCCATAGCACCTGCTGGACAAGT  250

seq1  AAAATTACATTAATAGCCATAGATCTGTATATTCATATATACATATATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTACATTAATAGCCATAGATCTGTATATTCATATATACATATATAT  300

seq1  ATGAATTACAGTTTTATATAAATTTTTAATTGTTTAGTTTCCAGGTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTACAGTTTTATATAAATTTTTAATTGTTTAGTTTCCAGGTAAAA  350

seq1  TTAATTGCTTTTTCTTACATGCTCTAACTATTGGTGCTTGGAGAAGCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGCTTTTTCTTACATGCTCTAACTATTGGTGCTTGGAGAAGCTAT  400

seq1  CATTTGTGGGTAATGGAGACTGAGTGTCTATAATGCTCAGAATATCTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTGGGTAATGGAGACTGAGTGTCTATAATGCTCAGAATATCTAGG  450

seq1  CTAAAACTTATCAATTTAGTAGACACAGTTTAACTTATAAAATTCATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACTTATCAATTTAGTAGACACAGTTTAACTTATAAAATTCATGTG  500

seq1  CTTTTACTTAACATTGTGATATTTCCTTAGGACAAAATCCAAGTCTTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTTAACATTGTGATATTTCCTTAGGACAAAATCCAAGTCTTATG  550

seq1  TACCTTTGTAACTCAATACAGTGCTAAACCCAAGGCCTGCCACCTGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTGTAACTCAATACAGTGCTAAACCCAAGGCCTGCCACCTGGCAG  600

seq1  TTGCCTAATTTGAATATTCAGAATACTAGATGCACACCTGGCCCATCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAATTTGAATATTCAGAATACTAGATGCACACCTGGCCCATCTAT  650

seq1  TTTCTAATATTTATGAACTCTATGGTCCCAGGACAAAGCTGACAATGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAATATTTATGAACTCTATGGTCCCAGGACAAAGCTGACAATGCTC  700

seq1  TCATTGATGCAATGTGTCATTACATAGTCCTGAGTCATCTGGAAAGAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGATGCAATGTGTCATTACATAGTCCTGAGTCATCTGGAAAGAGAG  750

seq1  TGTTTCCTGCATAAGCTTGAGTCTTATTCCACAAATGAGGACTTTTAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTGCATAAGCTTGAGTCTTATTCCACAAATGAGGACTTTTAATG  800

seq1  TCCTTTGTTCCTCATCCTGCTGAACTTTGGTGGACCACCGATGGACATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTTCCTCATCCTGCTGAACTTTGGTGGACCACCGATGGACATTG  850

seq1  ATTTCCTTCTACTGCTTGAGAGGACTGGCTCAGCAGGTAAAGGCACTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTCTACTGCTTGAGAGGACTGGCTCAGCAGGTAAAGGCACTTGT  900

seq1  AGCCAAGTCTAAAGACCTGAGTTCAATCCCCGGGGACCCATATGTTGGAA  950
      |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCC-AGTCTAAAGACCTGAGTTC-ATCCCCGGGGA-CCATATGTTGGAA  947

seq1  AGAGAACTGACTCTAAGAAGGTGTCTTCTGACCTCTGCACAATTCACACA  1000
      |||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  AGAG-ACTGACTCT-AGAA-GTGTCTTCTGA-CTCTGCAC-ATTCACACA  992

seq1  CAAACACATAAATAAATAAACTTTTTAAAAAAGAGTAGCATTTAGAATTC  1050
      | |||||||||   |||||||||||   |||||||||||| |||||||||
seq2  C-AACACATAA--TAATAAACTTTT---AAAAGAGTAGCA-TTAGAATTC  1035

seq1  TCTAAACACAAAGTTTAGTAAATCGATGGACAGGATGAGAGCTCAATGCT  1100
      ||| |||||||   ||||| |||||||||||| |||||  |||| |||||
seq2  TCT-AACACAA--GTTAGT-AATCGATGGACA-GATGAAGGCTC-ATGCT  1079

seq1  GTGAAGGCTCTT-GATGGGTTGTCAGTGACCT-GAGACTATAAAGATAAA  1148
       || |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -TGGAGGCTCTTGGATGGGTGGTCAGTGACCTGGAGACTATAAAGATAAA  1128