BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080J10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 18,094,523 - 18,202,235
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyp7b1
Upstream geneEG383936, LOC622737, ENSMUSG00000074674, LOC100040120, Cypt12, LOC545508, Bhlhb5
Downstream geneLOC622921, LOC100040153, Armc1, Mtfr1, Pde7a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080J10.bB6Ng01-080J10.g
ACCDH895683DH895684
length1,1961,165
definitionDH895683|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080J10, 5' end.DH895684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080J10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,201,030 - 18,202,235)(18,094,523 - 18,095,697)
sequence
gaattcaaatatttcagtacttgagaagtcaaattaacacattggcatct
tgatttacatatttgtatcttgtaactttattcagtgtgaatctattcta
gacaatctaatctattctaagcttcatatgatcacatcatccacattcaa
aaccagaatccagaaaccacaatgactactgccttgtaatatggtagggc
agtaggtaacctcttgatgtatcacaagttcatatataaccaatacatca
tattatatatgtgttagctcacaagacaacctcttacagacaaagaaatt
aagccatgagaaggttaatgaatttattaaaagatcatgcagttagtggt
agattatttcactttatatctcttattgttttaaattttaatatccagtg
cacaagaaaacaagcactgagacatgttggtacatgcccataaccctaat
ttgagaagtatagacagaagcccactctgggtggaattagaccttgtttg
aaaaagtcaaaggaaaaaagaaacaggttacagatatttttcttcaataa
atccagtgtaagcaatgactgcagctttgacttcacacacataagttatc
ttataatttattatataacacacacacacacacctttgaagccccaaacc
gttatgaataactgcattaaaaactaattacaaattcaaatttacttgtt
atttacaaaaaaacattaaatagaaaaaatgttatatatttcattgaggc
caattcttttaggtgaagttataaatatttgttgaatctatttgccctgt
actttgctagtaagaatctggaaagcaatagttttgtaacaatttaaatt
ggaaaacattattctactgtttgcttagatgcagtaaaatagaatcacag
cacaggtgaggccagtattcatcttaagtcttgacctacttgcgctggga
tagagtctaacaaacaaactgcatgtcactatgaagctgttagaatttgt
tgatggtctagatatcaactgttagtagtaggagtgtagatttcctggac
agagcatacaaagtcctaaatgagtcattattcatatgactattattgcc
tctgtggatcattattttaagatatttacagggcctgggaaaataaggca
atagtaaagcgggctttcccacaagaccgatcactcagttagagtc
gaattccagatatatcttccattgcaaagtagaaaactaatcaaagtaaa
actgaggaaagaggataatatgtcagccacaccatgattctcgtcaatga
agaagcatgattaatttgagacaatctgaatatttagccacctgctggtg
cacaaacatttaaatctaccctttcccctttctcattagagttcttcata
ctctcatttaccacaaaggaaaggtggtacttaccacagccacttctcta
gtgtgataattcttgggtttaacatgcagtgcctgctctgtacatattct
tctggtaatgagcatgggcaagacttcgtccctcacagaattcactttgc
atataaaaggatatataatttttataatgccatgaagaaagtaaatgaag
tccatttgagttttctgtgggaatatttaaatagtttaattgccaggcac
tgtctgtgtctccaggtcctatattggttcattttcatacttaagttctt
tatatcacacaactaaactgccaggtacattgttaataaatataagatga
atatacctgtctgttttcctcggtgatgaccgtctacagcttacagagtt
ttccaggagaacacctcagagtacctgagccacttgcttgcagggactga
gcaacagaactaagtcaccacctgatctttccctgggttctatctaagct
ttatatcaatgaggagaagcttgaaggtgtaaattatatttgcatgaatt
aacgtgcaaagtgtttttcctgaatatagtcaaagtttaatttttcttgt
tgagtagaagaaattataaatggaatatcccatgaaagagtaggcaggta
ctaactgtgcaataaatgttaactgctgtgattgctgtaattgtcattat
gaaaagctccaaaccactacacccttgtcttagttagggtttactgctgt
gacagacaccatgaccaagcaagtcttataataaacaacatttatttggg
ctgacttacagtttagaggttttgtccactttcatctagtgggagcatgg
aaacatccaggcagcatggtgcaggagagctggaaggtctacgtctttca
tcggaggctgctagtgaaactgacttccaggcacctaggggtgaggggct
taagtgccacactca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_18201030_18202235
seq2: B6Ng01-080J10.b_47_1242 (reverse)

seq1  GACTCTAACTGAGGTGATCGGGTCTATGTAGG-AAGCACGCTTTACTATT  49
      |||||||||||| |||||| ||||| ||| || |||| |||||||||| |
seq2  GACTCTAACTGA-GTGATC-GGTCT-TGTGGGAAAGCCCGCTTTACTA-T  46

seq1  TGCTGTATGTTTCCCA-GCTCTGTAAATATCTTAAAATAAATGATCCACA  98
      |||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGCCTTAT-TTTCCCAGGCCCTGTAAATATCTTAAAAT-AATGATCCACA  94

seq1  GA-GCAATAAATAGTCATATGAATAATGACTCATTTTAGGACTTTGTATG  147
      || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAT-AATAGTCATATGAATAATGACTCA-TTTAGGACTTTGTATG  142

seq1  CTCTGTCCAGGAAATCTACACTCCTTACTAACCTAACAGTTGAATATCTA  197
      |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||
seq2  CTCTGTCCAGGAAATCTACACTCC-TACTA--CTAACAGTTG-ATATCTA  188

seq1  GACCATTCAACAAATTCTAACAGCTTCATAGTGACATGCAGTTTGTTTGT  247
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCA-TCAACAAATTCTAACAGCTTCATAGTGACATGCAGTTTGTTTGT  237

seq1  TAGACTCTATCCCAGCGCAAGTAGGTCAAGACTTAAGATGAATACTGGCC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCTATCCCAGCGCAAGTAGGTCAAGACTTAAGATGAATACTGGCC  287

seq1  TCACCTGTGCTGTGATTCTATTTTACTGCATCTAAGCAAACAGTAGAATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGTGCTGTGATTCTATTTTACTGCATCTAAGCAAACAGTAGAATA  337

seq1  ATGTTTTCCAATTTAAATTGTTACAAAACTATTGCTTTCCAGATTCTTAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCCAATTTAAATTGTTACAAAACTATTGCTTTCCAGATTCTTAC  387

seq1  TAGCAAAGTACAGGGCAAATAGATTCAACAAATATTTATAACTTCACCTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAGTACAGGGCAAATAGATTCAACAAATATTTATAACTTCACCTA  437

seq1  AAAGAATTGGCCTCAATGAAATATATAACATTTTTTCTATTTAATGTTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATTGGCCTCAATGAAATATATAACATTTTTTCTATTTAATGTTTT  487

seq1  TTTGTAAATAACAAGTAAATTTGAATTTGTAATTAGTTTTTAATGCAGTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAATAACAAGTAAATTTGAATTTGTAATTAGTTTTTAATGCAGTT  537

seq1  ATTCATAACGGTTTGGGGCTTCAAAGGTGTGTGTGTGTGTGTTATATAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATAACGGTTTGGGGCTTCAAAGGTGTGTGTGTGTGTGTTATATAAT  587

seq1  AAATTATAAGATAACTTATGTGTGTGAAGTCAAAGCTGCAGTCATTGCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATAAGATAACTTATGTGTGTGAAGTCAAAGCTGCAGTCATTGCTT  637

seq1  ACACTGGATTTATTGAAGAAAAATATCTGTAACCTGTTTCTTTTTTCCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGATTTATTGAAGAAAAATATCTGTAACCTGTTTCTTTTTTCCTT  687

seq1  TGACTTTTTCAAACAAGGTCTAATTCCACCCAGAGTGGGCTTCTGTCTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTTTCAAACAAGGTCTAATTCCACCCAGAGTGGGCTTCTGTCTAT  737

seq1  ACTTCTCAAATTAGGGTTATGGGCATGTACCAACATGTCTCAGTGCTTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCAAATTAGGGTTATGGGCATGTACCAACATGTCTCAGTGCTTGT  787

seq1  TTTCTTGTGCACTGGATATTAAAATTTAAAACAATAAGAGATATAAAGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTGCACTGGATATTAAAATTTAAAACAATAAGAGATATAAAGTG  837

seq1  AAATAATCTACCACTAACTGCATGATCTTTTAATAAATTCATTAACCTTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATCTACCACTAACTGCATGATCTTTTAATAAATTCATTAACCTTC  887

seq1  TCATGGCTTAATTTCTTTGTCTGTAAGAGGTTGTCTTGTGAGCTAACACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCTTAATTTCTTTGTCTGTAAGAGGTTGTCTTGTGAGCTAACACA  937

seq1  TATATAATATGATGTATTGGTTATATATGAACTTGTGATACATCAAGAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAATATGATGTATTGGTTATATATGAACTTGTGATACATCAAGAGG  987

seq1  TTACCTACTGCCCTACCATATTACAAGGCAGTAGTCATTGTGGTTTCTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTACTGCCCTACCATATTACAAGGCAGTAGTCATTGTGGTTTCTGG  1037

seq1  ATTCTGGTTTTGAATGTGGATGATGTGATCATATGAAGCTTAGAATAGAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGTTTTGAATGTGGATGATGTGATCATATGAAGCTTAGAATAGAT  1087

seq1  TAGATTGTCTAGAATAGATTCACACTGAATAAAGTTACAAGATACAAATA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGTCTAGAATAGATTCACACTGAATAAAGTTACAAGATACAAATA  1137

seq1  TGTAAATCAAGATGCCAATGTGTTAATTTGACTTCTCAAGTACTGAAATA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCAAGATGCCAATGTGTTAATTTGACTTCTCAAGTACTGAAATA  1187

seq1  TTTGAATTC  1206
      |||||||||
seq2  TTTGAATTC  1196

seq1: chr3_18094523_18095697
seq2: B6Ng01-080J10.g_69_1233

seq1  GAATTCCAGATATATCTTCCATTGCAAAGTAGAAAACTAATCAAAGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATATATCTTCCATTGCAAAGTAGAAAACTAATCAAAGTAAA  50

seq1  ACTGAGGAAAGAGGATAATATGTCAGCCACACCATGATTCTCGTCAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGAAAGAGGATAATATGTCAGCCACACCATGATTCTCGTCAATGA  100

seq1  AGAAGCATGATTAATTTGAGACAATCTGAATATTTAGCCACCTGCTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCATGATTAATTTGAGACAATCTGAATATTTAGCCACCTGCTGGTG  150

seq1  CACAAACATTTAAATCTACCCTTTCCCCTTTCTCATTAGAGTTCTTCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACATTTAAATCTACCCTTTCCCCTTTCTCATTAGAGTTCTTCATA  200

seq1  CTCTCATTTACCACAAAGGAAAGGTGGTACTTACCACAGCCACTTCTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATTTACCACAAAGGAAAGGTGGTACTTACCACAGCCACTTCTCTA  250

seq1  GTGTGATAATTCTTGGGTTTAACATGCAGTGCCTGCTCTGTACATATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATAATTCTTGGGTTTAACATGCAGTGCCTGCTCTGTACATATTCT  300

seq1  TCTGGTAATGAGCATGGGCAAGACTTCGTCCCTCACAGAATTCACTTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAATGAGCATGGGCAAGACTTCGTCCCTCACAGAATTCACTTTGC  350

seq1  ATATAAAAGGATATATAATTTTTATAATGCCATGAAGAAAGTAAATGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAAGGATATATAATTTTTATAATGCCATGAAGAAAGTAAATGAAG  400

seq1  TCCATTTGAGTTTTCTGTGGGAATATTTAAATAGTTTAATTGCCAGGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGAGTTTTCTGTGGGAATATTTAAATAGTTTAATTGCCAGGCAC  450

seq1  TGTCTGTGTCTCCAGGTCCTATATTGGTTCATTTTCATACTTAAGTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGTCTCCAGGTCCTATATTGGTTCATTTTCATACTTAAGTTCTT  500

seq1  TATATCACACAACTAAACTGCCAGGTACATTGTTAATAAATATAAGATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCACACAACTAAACTGCCAGGTACATTGTTAATAAATATAAGATGA  550

seq1  ATATACCTGTCTGTTTTCCTCGGTGATGACCGTCTACAGCTTACAGAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCTGTCTGTTTTCCTCGGTGATGACCGTCTACAGCTTACAGAGTT  600

seq1  TTCCAGGAGAACACCTCAGAGTACCTGAGCCACTTGCTTGCAGGGACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGAGAACACCTCAGAGTACCTGAGCCACTTGCTTGCAGGGACTGA  650

seq1  GCAACAGAACTAAGTCACCACCTGATCTTTCCCTGGGTTCTATCTAAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGAACTAAGTCACCACCTGATCTTTCCCTGGGTTCTATCTAAGCT  700

seq1  TTATATCAATGAGGAGAAGCTTGAAGGTGTAAATTATATTTGCATGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCAATGAGGAGAAGCTTGAAGGTGTAAATTATATTTGCATGAATT  750

seq1  AACGTGCAAAGTGTTTTTCCTGAATATAGTCAAAGTTTAATTTTTCTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGCAAAGTGTTTTTCCTGAATATAGTCAAAGTTTAATTTTTCTTGT  800

seq1  TGAGTAGAAGAAAATTATAAATGGAATATCCCATGAAAGAGTAGGCAGGT  850
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAGAAG-AAATTATAAATGGAATATCCCATGAAAGAGTAGGCAGGT  849

seq1  ACTAACTGTGCAATAAATGTTAACTGCTGTGATTGCTGTAATTGTCATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTGTGCAATAAATGTTAACTGCTGTGATTGCTGTAATTGTCATTA  899

seq1  TGAAAAGCTCCAAAAACCACTACACCCTTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTG  950
      |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGAAAAGCTCC--AAACCACTACACCCTTGTCTTAGTTAGGG-TTTACTG  946

seq1  CTGTGAACAGACACCATGACCAAAGCAAGTCTTATAATAAACAACATTTA  1000
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTG-ACAGACACCATGACC-AAGCAAGTCTTATAATAAACAACATTTA  994

seq1  TTTGGGGCTGACTTACAGTTTTAGAGGTTTTGTCCACTATCATCTAGGTG  1050
      ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  TTT-GGGCTGACTTACAG-TTTAGAGGTTTTGTCCACTTTCATCTA-GTG  1041

seq1  GGAGCATGGAAACATCCAGGCAGGCATGGTGCAGGCAGAGCTGAGAGGTC  1100
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||
seq2  GGAGCATGGAAACATCCAGGCA-GCATGGTGCAGG-AGAGCTGGAAGGTC  1089

seq1  TACGTC-TTCATCTGAAGGCTGCTAGTGAAAACTGACTTCCAGGCAACTA  1149
      |||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  TACGTCTTTCATC-GGAGGCTGCTAGTG-AAACTGACTTCCAGGCACCTA  1137

seq1  -GGGTGAGGGGCTTAAG-CCCACACTCA  1175
       ||||||||||||||||  |||||||||
seq2  GGGGTGAGGGGCTTAAGTGCCACACTCA  1165