BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081B22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 56,624,160 - 56,755,485
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040139
Upstream gene4933417G07Rik
Downstream geneLOC666585, Tm4sf1, LOC383862, Tm4sf4, Wwtr1, Commd2, Gm410, EG623114, Rnf13, LOC675537, Pfn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081B22.bB6Ng01-081B22.g
ACCDH896062DH896063
length1,1291,019
definitionDH896062|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081B22, 5' end.DH896063|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081B22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,624,160 - 56,625,298)(56,754,469 - 56,755,485)
sequence
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaagcaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaacagctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcaaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctca
gaaaattggacatggtactactggaggatcccgcaatacctctcctgggc
atatatccagaagatgtcccaactggtaagaaggaaacatgctccactat
gttcatagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaagctcttt
cttagcttcgttctctacattgactgaagagcaactggcttgtccatttg
acaaaccaactcatgctaaagtgttactacagaataagagtgaaattcta
attttgccagaaacatatgcttctgaattaattttattgtaaataactat
tcatgatatacagcgcatcagctataaccagagatagaatttatgattga
atttctcttcacccattttgattctaactcctcctttacttctgtagtac
actagaatatcctggagagccctcattggctagttgtgattttttaatag
caagcaaactctgtatttgaattaaatgattgtctctagccagagaccaa
ctgaaagaacttgtgggttaaaggccaatgtggataaacaggcaagattt
aggcttactgcctatctatctacagttatttaaatgccattaactactat
caaggatggatatgattaggtatcatttagcagttaaatttgggggttca
aatgacagaggcaaagtggagaagtggtgacaacatgggatattgatgta
cctgggattctgctaggagaggaaccttggacagaataaacagaataatc
tgaaagtcttgtttactgcacagatgaaacattgatatgtgactaggtga
actattctgtatctcaggtaaatggtccttatgccccatcatggaattat
ctgggccgaattgacagtgacacagtcct
gaattctcccatgacttcagcacagaaaacccagatagaataagaaaaaa
gagaaaaaaaaaaccttcaggaagatacccccaagtaaaaggcaacatta
atcaacttggtagtcaattaaaatggaaaggaagtatgtgcttgaaagat
agaaaggagatccacaaaaacactgcccgtgagggggagagtcgtgtgct
ttgtacatgggtcctgctagaaggaagataatacttcaattcaggccagc
tcgagacacagaagaaaagaaatactgggataccaggagaatcccaagtg
cttgagatgattatcctgccttggttaagtgcctttgtcagtctctgagg
gagggagtttggagggaagattagaacccacttgagaggaaacacaaaca
cttgcaagcttgttcgcatgtactcgttaggaaactcacccattagtctt
agctaagtggaggaaatctgtctatgatcttcatcaaattatgatttaaa
gtaatatcttcaagtgtggttatgctggtattagggctggcttctgactc
tttgtgccatattttccatcttgtcctcaacactacattgaaaaagttgt
gtagagagggtcagttgtagagctgtgtagcccaagacaccaagcaaact
ggtcagtggtctaaaaacaattggtagcaataacttggaggtaaaatgtt
ttggggtacacttgtgatttgtgtggcttgaggtctggtcagagatattt
ttcttgaaaaaaggacttgctgaccagcagggtacatctgaactcttaag
cttagggaagatcatctgaacaatgggaaaagagtccacagttaggcaag
aacaaagataaatgtgatagatattttgttaaaatagtgtcttggaattg
cataccaaatagatgtaatttgggatttgggaaaggtcaagaaaatcttt
tgcttgaatgactattacactaacccaaagccacattttaaaatgactgc
cgccagtattatgattgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_56624160_56625298
seq2: B6Ng01-081B22.b_46_1174

seq1  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50

seq1  TTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAGCAACCCTGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAGCAACCCTGAGAT  100

seq1  TCCACCTCACACCAGTCAGAACAGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTCACACCAGTCAGAACAGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC  150

seq1  AGATGCTGGCAAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGGCAAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG  200

seq1  GGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA  250

seq1  GAAAATTGGACATGGTACTACTGGAGGATCCCGCAATACCTCTCCTGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTGGACATGGTACTACTGGAGGATCCCGCAATACCTCTCCTGGGC  300

seq1  ATATATCCAGAAGATGTCCCAACTGGTAAGAAGGAAACATGCTCCACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCCAGAAGATGTCCCAACTGGTAAGAAGGAAACATGCTCCACTAT  350

seq1  GTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAAGCTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAAGCTCTTT  400

seq1  CTTAGCTTCGTTCTCTACATTGACTGAAGAGCAACTGGCTTGTCCATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTTCGTTCTCTACATTGACTGAAGAGCAACTGGCTTGTCCATTTG  450

seq1  ACAAACCAACTCATGCTAAAGTGTTACTACAGAATAAGAGTGAAATTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCAACTCATGCTAAAGTGTTACTACAGAATAAGAGTGAAATTCTA  500

seq1  ATTTTGCCAGAAACATATGCTTCTGAATTAATTTTATTGTAAATAACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCCAGAAACATATGCTTCTGAATTAATTTTATTGTAAATAACTAT  550

seq1  TCATGATATACAGCGCATCAGCTATAACCAGAGATAGAATTTATGATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATATACAGCGCATCAGCTATAACCAGAGATAGAATTTATGATTGA  600

seq1  ATTTCTCTTCACCCATTTTGATTCTAACTCCTCCTTTACTTCTGTAGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTTCACCCATTTTGATTCTAACTCCTCCTTTACTTCTGTAGTAC  650

seq1  ACTAGAATATCCTGGAGAGCCCTCATTGGCTAGTTGTGATTTTTTAATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAATATCCTGGAGAGCCCTCATTGGCTAGTTGTGATTTTTTAATAG  700

seq1  CAAGCAAACTCTGTATTTGAATTAAATGATTGTCTCTAGCCAGAGACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAACTCTGTATTTGAATTAAATGATTGTCTCTAGCCAGAGACCAA  750

seq1  CTGAAAGAACTTGTGGGTTAAAGGCCAATGTGGATAAACAGGCAAGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGAACTTGTGGGTTAAAGGCCAATGTGGATAAACAGGCAAGATTT  800

seq1  AGGCTTACTGCCTATCTATCTACAGTTATTTAAATGCCATTAACTACTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTACTGCCTATCTATCTACAGTTATTTAAATGCCATTAACTACTAT  850

seq1  CAAGGATGGATATGATTAGGGTATCA-TTAGCAGTTAAATTTGGGGGTTC  899
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATGGATATGATTA-GGTATCATTTAGCAGTTAAATTTGGGGGTTC  899

seq1  AAATGACAGAGGCAAAGGTGGAGAAGTGGTGACAAACATGGGATAATTGA  949
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  AAATGACAGAGGCAAA-GTGGAGAAGTGGTGAC-AACATGGGAT-ATTGA  946

seq1  TGTACCTGGGATTCTGCTAGGGGAGAGGAACCTTGGACAGAATAAACAGA  999
      |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTGGGATTCTGCTA--GGAGAGGAACCTTGGACAGAATAAACAGA  994

seq1  ATAAATCTGAGAGTCTTGTTTACTGCACAGATGAAACATGGATATGGTGA  1049
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  AT-AATCTGAAAGTCTTGTTTACTGCACAGATGAAACATTGATAT-GTGA  1042

seq1  CTAGGTGAAACTA-TCTGTATCTCAAGGTAAAATGGTCCCTATGCCCCAT  1098
      ||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||
seq2  CTAGGTG-AACTATTCTGTATCTC-AGGT-AAATGGTCCTTATGCCCCAT  1089

seq1  CATGGAATTATCTGGAGCCAGATTGACAGTGACACAGTCCT  1139
      ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAATTATCTGG-GCCGAATTGACAGTGACACAGTCCT  1129

seq1: chr3_56754469_56755485
seq2: B6Ng01-081B22.g_68_1086 (reverse)

seq1  ATCAATCATAATACT-GCTGCTGTCATTTTAAAATTGTGCTTTGGTTTAG  49
      ||||||||||||||| || || |||||||||||||   ||||||| ||||
seq2  ATCAATCATAATACTGGCGGCAGTCATTTTAAAATGTGGCTTTGGGTTAG  50

seq1  TGTAATAGTCATTTCAAGCAAAGATTTTTCTTGACCCTTTCCCAAATCCC  99
      ||||||||||| ||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTAATAGTCA-TTCAAGCAAAAGATTTTCTTGA-CCTTTCCCAAATCCC  98

seq1  CAATTACATCTATTTTGGTATGC-ATTCCAAGACACTATTTTAACAAAAT  148
       ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACATCTA-TTTGGTATGCAATTCCAAGACACTATTTTAACAAAAT  147

seq1  ATCTATCACATTTATCTTTGTTCTTGCCTAACTGT-GACTC-TTTCCCAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  ATCTATCACATTTATCTTTGTTCTTGCCTAACTGTGGACTCTTTTCCCAT  197

seq1  TGTTCAGATGATCTTCCCTAAGCTT-AGAGTTCAGATGTACCCTGCTGGT  245
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGATGATCTTCCCTAAGCTTAAGAGTTCAGATGTACCCTGCTGGT  247

seq1  CAGCAAGTCCTTTTTTTCAAG-AAAATATCTCTGACCAGACCTCAAGCCA  294
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGTCC-TTTTTTCAAGAAAAATATCTCTGACCAGACCTCAAGCCA  296

seq1  CACAAATCACAAGTGTACCCCAAAACATTTTACCTCCAAGTTATTGCTAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATCACAAGTGTACCCCAAAACATTTTACCTCCAAGTTATTGCTAC  346

seq1  CAATTGTTTTTAGACCACTGACCAGTTTGCTTGGTGTCTTGGGCTACACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTTTTTAGACCACTGACCAGTTTGCTTGGTGTCTTGGGCTACACA  396

seq1  GCTCTACAACTGACCCTCTCTACACAACTTTTTCAATGTAGTGTTGAGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACAACTGACCCTCTCTACACAACTTTTTCAATGTAGTGTTGAGGA  446

seq1  CAAGATGGAAAATATGGCACAAAGAGTCAGAAGCCAGCCCTAATACCAGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGGAAAATATGGCACAAAGAGTCAGAAGCCAGCCCTAATACCAGC  496

seq1  ATAACCACACTTGAAGATATTACTTTAAATCATAATTTGATGAAGATCAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCACACTTGAAGATATTACTTTAAATCATAATTTGATGAAGATCAT  546

seq1  AGACAGATTTCCTCCACTTAGCTAAGACTAATGGGTGAGTTTCCTAACGA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATTTCCTCCACTTAGCTAAGACTAATGGGTGAGTTTCCTAACGA  596

seq1  GTACATGCGAACAAGCTTGCAAGTGTTTGTGTTTCCTCTCAAGTGGGTTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGCGAACAAGCTTGCAAGTGTTTGTGTTTCCTCTCAAGTGGGTTC  646

seq1  TAATCTTCCCTCCAAACTCCCTCCCTCAGAGACTGACAAAGGCACTTAAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTCCCTCCAAACTCCCTCCCTCAGAGACTGACAAAGGCACTTAAC  696

seq1  CAAGGCAGGATAATCATCTCAAGCACTTGGGATTCTCCTGGTATCCCAGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAGGATAATCATCTCAAGCACTTGGGATTCTCCTGGTATCCCAGT  746

seq1  ATTTCTTTTCTTCTGTGTCTCGAGCTGGCCTGAATTGAAGTATTATCTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTCTTCTGTGTCTCGAGCTGGCCTGAATTGAAGTATTATCTTC  796

seq1  CTTCTAGCAGGACCCATGTACAAAGCACACGACTCTCCCCCTCACGGGCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGCAGGACCCATGTACAAAGCACACGACTCTCCCCCTCACGGGCA  846

seq1  GTGTTTTTGTGGATCTCCTTTCTATCTTTCAAGCACATACTTCCTTTCCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTTGTGGATCTCCTTTCTATCTTTCAAGCACATACTTCCTTTCCA  896

seq1  TTTTAATTGACTACCAAGTTGATTAATGTTGCCTTTTACTTGGGGGTATC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTGACTACCAAGTTGATTAATGTTGCCTTTTACTTGGGGGTATC  946

seq1  TTCCTGAAGGTTTTTTTTTTCTCTTTTTTCTTATTCTATCTGGGTTTTCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAAGGTTTTTTTTTTCTCTTTTTTCTTATTCTATCTGGGTTTTCT  996

seq1  GTGCTGAAGTCATGGGAGAATTC  1017
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAAGTCATGGGAGAATTC  1019