BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083D08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 78,930,411 - 79,105,935
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef2, LOC100041741
Upstream geneLOC626479, LOC100041691, LOC383883, LOC100041748, LOC100041716, LOC100041725, LOC100041766
Downstream geneLOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik, Rxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083D08.bB6Ng01-083D08.g
ACCDH897536DH897537
length1,2001,089
definitionDH897536|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083D08, 5' end.DH897537|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083D08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,930,411 - 78,931,630)(79,104,836 - 79,105,935)
sequence
gaattcaagaattcaagtgtaatagaaagaccttggaactgacccccacc
cacccacccacccacccactcctcacccctcacccccaccccaggacagt
accaccagctgcaatctctgagtaaggagtccggaatatacgggcaatat
gctgatttctaggcaaagcaaacagttagcaggtgagccctgaggtgaca
cctattctgtgaagcagacaaaggccacgaagaagagagcagagtgagta
gcagtgtaacaggcactcaccagctgctttagctaggaagttctgcacca
catctagcctacacaacagctctaagcaggatgcaaggccagaacgctgc
tctccctgggcccttctccttttctctgggtcagtctgcttctttactcg
tacaggcatacttttgcagactctgggggagtctgtctacttaacctgtc
tcaccccccttcaaaaccgaaggcaccgaggtcctaaagtctccttagac
tgcaggatcagcaaggcttcccaggacaggccctgccatgcatgaggaca
cttagctactgtgatgaggctacaccctggacaaccaactgctctcaagt
gaagtcaggagagtcagaactgagataatgatcagccaggccgcactcga
ccaagactaccatgcatacctctcgctccctacctcagttctcttcataa
atctagagctcatgtcaactcctaaagacaaacttagattaactagaccc
ccttttccaatgcactgattgaaatggtttctgcttttcccccatgactt
atctctgtcactgacaaccactgacatagatggtctccgcgcatctgttg
gaactgctgggccaggcttccgctctgaagctatggtaacagaaatcaca
taaaatatatatattaattaataatgatgatgatgatgatgatcaggtaa
cggtatgaggaagacagttttttgatacataagggatagattctttgagg
tttcagaaagactgttaagggtcagaggatcaggtagtttgctgggagaa
tggggtcttttgctgatgtcgaagcgatacccatatgtctccacaacata
gactgctaagcatagtggtacgagttgaccggcagaatgcaatggggaca
ggaaaaggccacagctcatcctctcaagaacgatagcaactagggtgcgg

gaattcctgagaagccagtaggactccagaatgagaagagatggtatggc
ttttacaccagcatgatcctgaggcattcctagcagccttgagtgcttct
gatgcaaattccccaagtgaagaaacatttcagatctcagtctctggaac
aagcaaatgctcttcagagaaattcatctttaacctggtcaacccttgtt
atttcagtctgaattaattcatgagaaccccaagcccaatatgtattgca
ggacggaaatagggaatcctagagaaaggccaaatcacccagctctgggt
ataagtgagaagtcattccttagtatataacatggggggtgatcgggtta
agtaccaatggcagcctctggcctccacaccatccacttgtgcacatgta
catatgcttgtgcacacacacacacatcccacattttaaatgcttgctct
tcaaggagactttgattttgttttgttttttaaccagagcaatgtaatat
ggaagccagatgttgacacctggtgttttctttaatcactcaccacctta
attggttgagacagcatctgtcagtaaacctcagctgtaccgaggtggag
atctgcttcacacttgagatttcagaatgctctttgacttaagctctgta
ttagcggtatggaaaccatcagttaatatttactttgttaaactttttta
ttggtttggttttgatccttactgtttttacatatttagacataatttgg
aggacactgttttaaaaatagtcattatctagcatttacatcccacctac
agtctcaaaaataattgttgtttctaatagtctgtctcatgattctcaag
gtagcgactatctattgcttattactatgtcttgatggtatgaagaagag
cttgagtagaattctctctgacagctagatacgaataatccaaaggaagg
tacatgaggtctgaagtattgggcacagaattgaattgactctcagctat
tcacaatggccagcaaactatctaatatacaatactataactagagatgg
ggggtaggaaaaaatcccatcgaattaaagtgatacgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_78930411_78931630
seq2: B6Ng01-083D08.b_45_1244

seq1  GAATTCAAGAATTCAAGTGTAATAGAAAGACCTTGGAACTGACCCCCACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAATTCAAGTGTAATAGAAAGACCTTGGAACTGACCCCCACC  50

seq1  CACCCACCCACCCACCCACTCCTCACCCCTCACCCCCACCCCAGGACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACCCACCCACCCACTCCTCACCCCTCACCCCCACCCCAGGACAGT  100

seq1  ACCACCAGCTGCAATCTCTGAGTAAGGAGTCCGGAATATACGGGCAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAGCTGCAATCTCTGAGTAAGGAGTCCGGAATATACGGGCAATAT  150

seq1  GCTGATTTCTAGGCAAAGCAAACAGTTAGCAGGTGAGCCCTGAGGTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTTCTAGGCAAAGCAAACAGTTAGCAGGTGAGCCCTGAGGTGACA  200

seq1  CCTATTCTGTGAAGCAGACAAAGGCCACGAAGAAGAGAGCAGAGTGAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTCTGTGAAGCAGACAAAGGCCACGAAGAAGAGAGCAGAGTGAGTA  250

seq1  GCAGTGTAACAGGCACTCACCAGCTGCTTTAGCTAGGAAGTTCTGCACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTAACAGGCACTCACCAGCTGCTTTAGCTAGGAAGTTCTGCACCA  300

seq1  CATCTAGCCTACACAACAGCTCTAAGCAGGATGCAAGGCCAGAACGCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGCCTACACAACAGCTCTAAGCAGGATGCAAGGCCAGAACGCTGC  350

seq1  TCTCCCTGGGCCCTTCTCCTTTTCTCTGGGTCAGTCTGCTTCTTTACTCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGGGCCCTTCTCCTTTTCTCTGGGTCAGTCTGCTTCTTTACTCG  400

seq1  TACAGGCATACTTTTGCAGACTCTGGGGGAGTCTGTCTACTTAACCTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCATACTTTTGCAGACTCTGGGGGAGTCTGTCTACTTAACCTGTC  450

seq1  TCACCCCCCTTCAAAACCGAAGGCACCGAGGTCCTAAAGTCTCCTTAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCCCTTCAAAACCGAAGGCACCGAGGTCCTAAAGTCTCCTTAGAC  500

seq1  TGCAGGATCAGCAAGGCTTCCCAGGACAGGCCCTGCCATGCATGAGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGATCAGCAAGGCTTCCCAGGACAGGCCCTGCCATGCATGAGGACA  550

seq1  CTTAGCTACTGTGATGAGGCTACACCCTGGACAACCAACTGCTCTCAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTACTGTGATGAGGCTACACCCTGGACAACCAACTGCTCTCAAGT  600

seq1  GAAGTCAGGAGAGTCAGAACTGAGATAATGATCAGCCAGGCCGCACTCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAGGAGAGTCAGAACTGAGATAATGATCAGCCAGGCCGCACTCGA  650

seq1  CCAAGACTACCATGCATACCTCTCGCTCCCTACCTCAGTTCTCTTCATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACTACCATGCATACCTCTCGCTCCCTACCTCAGTTCTCTTCATAA  700

seq1  ATCTAGAGCTCATGTCAACTCCTAAAGACAAACTTAGATTAACTAGACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAGCTCATGTCAACTCCTAAAGACAAACTTAGATTAACTAGACCC  750

seq1  CCTTTTCCAATGCACTGATTGAAATGGTTTCTGCTTTTCCCCCATGACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCCAATGCACTGATTGAAATGGTTTCTGCTTTTCCCCCATGACTT  800

seq1  ATCTCTGTCACTGACAACCACTGACATAGATGGTCTCCGCGCATCTGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGTCACTGACAACCACTGACATAGATGGTCTCCGCGCATCTGTTG  850

seq1  GAACTGCTGGGCCAGGCTTCCGCTCTGAAGCTATGGTAACAAGAAATCAC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAACTGCTGGGCCAGGCTTCCGCTCTGAAGCTATGGTAAC-AGAAATCAC  899

seq1  ATAAAAATATAATAATATTAATTAATAATGATGATGATGATGATGATCAA  950
      || ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AT-AAAATATA--TATATTAATTAATAATGATGATGATGATGATGATC-A  945

seq1  GATAACGGTATGAGGAAGACAGTATTTTGATACCATAAGGGATAGATTCT  1000
      | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGTAACGGTATGAGGAAGACAGTTTTTTGATA-CATAAGGGATAGATTCT  994

seq1  TTGAGGTTTCAGAAAGACTGTTAAGGGTCAGAGGATCAGGTAGTTTGCTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTTTCAGAAAGACTGTTAAGGGTCAGAGGATCAGGTAGTTTGCTG  1044

seq1  TGAGAAT-GTGTCTCCTGCTGATGTCAGAAGCGATACCCATA-GTCTCAC  1098
       |||||| | ||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||  
seq2  GGAGAATGGGGTCTTTTGCTGATGTC-GAAGCGATACCCATATGTCTCCA  1093

seq1  CAACAT-GACTGCCTAAGCATGAGTGTAACGAGTATGACACAGACAGACA  1147
      |||||| ||||| |||||||| ||||  |||||| ||  || | |||| |
seq2  CAACATAGACTG-CTAAGCAT-AGTGGTACGAGT-TG--ACCGGCAGA-A  1137

seq1  TGCCAATGTGGACAGGAGAAAGCCCACAAAGCCTCATCTCTACTCAAAGA  1197
      || ||||| |||||||| |||| |||||    |||||| || ||| ||||
seq2  TG-CAATGGGGACAGGA-AAAGGCCACA---GCTCATC-CT-CTC-AAGA  1179

seq1  ACGATAGCAACTAAGGAGTGCGG  1220
      |||||||||||||  | ||||||
seq2  ACGATAGCAACTA--GGGTGCGG  1200

seq1: chr3_79104836_79105935
seq2: B6Ng01-083D08.g_68_1156 (reverse)

seq1  TTCGTATCACTTTTTAATCTGATGGGATTTTTTTTCCTA-CCCTCATCTC  49
      ||||||||||  ||||||  |||||||  |||||||||| ||| ||||||
seq2  TTCGTATCAC--TTTAATTCGATGGGA--TTTTTTCCTACCCCCCATCTC  46

seq1  TAGTTATAGTTAATTTGTATAATTAAGATAGTTTGCTGGCCATTTGTGAA  99
      ||||||||||    |||||||  | ||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAGTTATAGT---ATTGTATA--TTAGATAGTTTGCTGGCCA-TTGTGAA  90

seq1  TTAGCTTGAGAGTCAATTCAATTTCTGTGCCCAATACTTCAGACCTCATG  149
       |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAGC-TGAGAGTCAATTCAA-TTCTGTGCCCAATACTTCAGACCTCATG  137

seq1  TACCTTTCTTTGGATTATTCGTATCTAGCTGTCAGAGAGAATTCTACTCA  199
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCCTTTGGATTATTCGTATCTAGCTGTCAGAGAGAATTCTACTCA  187

seq1  AGCTCTTCTTCATA-CATCAAGACATAGTAATAAGCAATAGATAGTCGCT  248
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTCTTCATACCATCAAGACATAGTAATAAGCAATAGATAGTCGCT  237

seq1  ACCTTGAGAATCATGAGACAGACTATTAGAAACAACAATTATTTTTGAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGAGAATCATGAGACAGACTATTAGAAACAACAATTATTTTTGAGA  287

seq1  CTGTAGGTGGGATGTAAATGCTAGATAATGACTATTTTTAAAACAGTGTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGTGGGATGTAAATGCTAGATAATGACTATTTTTAAAACAGTGTC  337

seq1  CTCCAAATTATGTCTAAATATGTAAAAACAGTAAGGATCAAAACCAAACC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAATTATGTCTAAATATGTAAAAACAGTAAGGATCAAAACCAAACC  387

seq1  AATAAAAAAGTTTAACAAAGTAAATATTAACTGATGGTTTCCATACCGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAAGTTTAACAAAGTAAATATTAACTGATGGTTTCCATACCGCT  437

seq1  AATACAGAGCTTAAGTCAAAGAGCATTCTGAAATCTCAAGTGTGAAGCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGAGCTTAAGTCAAAGAGCATTCTGAAATCTCAAGTGTGAAGCAG  487

seq1  ATCTCCACCTCGGTACAGCTGAGGTTTACTGACAGATGCTGTCTCAACCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCACCTCGGTACAGCTGAGGTTTACTGACAGATGCTGTCTCAACCA  537

seq1  ATTAAGGTGGTGAGTGATTAAAGAAAACACCAGGTGTCAACATCTGGCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGTGGTGAGTGATTAAAGAAAACACCAGGTGTCAACATCTGGCTT  587

seq1  CCATATTACATTGCTCTGGTTAAAAAACAAAACAAAATCAAAGTCTCCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTACATTGCTCTGGTTAAAAAACAAAACAAAATCAAAGTCTCCTT  637

seq1  GAAGAGCAAGCATTTAAAATGTGGGATGTGTGTGTGTGTGCACAAGCATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAAGCATTTAAAATGTGGGATGTGTGTGTGTGTGCACAAGCATA  687

seq1  TGTACATGTGCACAAGTGGATGGTGTGGAGGCCAGAGGCTGCCATTGGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATGTGCACAAGTGGATGGTGTGGAGGCCAGAGGCTGCCATTGGTA  737

seq1  CTTAACCCGATCACCCCCCATGTTATATACTAAGGAATGACTTCTCACTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCCGATCACCCCCCATGTTATATACTAAGGAATGACTTCTCACTT  787

seq1  ATACCCAGAGCTGGGTGATTTGGCCTTTCTCTAGGATTCCCTATTTCCGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCAGAGCTGGGTGATTTGGCCTTTCTCTAGGATTCCCTATTTCCGT  837

seq1  CCTGCAATACATATTGGGCTTGGGGTTCTCATGAATTAATTCAGACTGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAATACATATTGGGCTTGGGGTTCTCATGAATTAATTCAGACTGAA  887

seq1  ATAACAAGGGTTGACCAGGTTAAAGATGAATTTCTCTGAAGAGCATTTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAGGGTTGACCAGGTTAAAGATGAATTTCTCTGAAGAGCATTTGC  937

seq1  TTGTTCCAGAGACTGAGATCTGAAATGTTTCTTCACTTGGGGAATTTGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCAGAGACTGAGATCTGAAATGTTTCTTCACTTGGGGAATTTGCA  987

seq1  TCAGAAGCACTCAAGGCTGCTAGGAATGCCTCAGGATCATGCTGGTGTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGCACTCAAGGCTGCTAGGAATGCCTCAGGATCATGCTGGTGTAA  1037

seq1  AAGCCATACCATCTCTTCTCATTCTGGAGTCCTACTGGCTTCTCAGGAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATACCATCTCTTCTCATTCTGGAGTCCTACTGGCTTCTCAGGAAT  1087

seq1  TC  1100
      ||
seq2  TC  1089