BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084O13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,726,642 - 40,907,184
singlet/doubletdoublet
Overlap gene3110057O12Rik, Larp2, Pgrmc2
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 1700034I23Rik
Downstream geneEG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084O13.bB6Ng01-084O13.g
ACCDH898728DH898729
length1,1061,009
definitionDH898728|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084O13, 5' end.DH898729|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,726,642 - 40,727,735)(40,906,404 - 40,907,184)
sequence
gaattcactttgtagaccaggctggcctcaaactcagaggctggcctgcc
tcagcctccacctcccaaatgctgggattaaaggtatagcccagctttat
taaaaatataaatgttagccagccatagtgttttatgcctctaatcccag
catttaggaggcagtggctgacagatctctaagttccaggccagtctggt
ctacaaagtgagttctaggacagctggggctacacagagaaaccctgtct
aaaaaagaaaaatcaatacactttaggggttggagagatgactcagcaat
taagagcactaagtactcttccagagaacccaggttcaaatccctgcacc
tacatggcagcttataactgtaactccaaggtctgacatgttcacacagg
tatacatgcagagaaagcaccaatgcacataaaataaaaaatatttggat
agagagatggctcaagcggtaaagggcactggctgctcttccagaggtcc
tgagttcaattccaagcaaccacatggtagattataattattgataatga
attctgatgccctcttctgatatgcagctgtatgtgcagatagagccctc
ataaataaaatagatctttcaataaataaatgaattttttaaaaatgtaa
atgcatgaaagaaatcattttctattttattttgcgaggctagaagatcc
agcttaaaaaatgtgtcagacctatttgtgatgggaggcgctcttattct
tgagtctgcagctctcttgcactggctggagagggaaggttatggacctc
ttgggatgactggaatatccatgggaggacatgtgagtttctaaagcttt
tatttcactaccatcatgtttataaataggagtaatttcaattgtacttg
aagcatgaatttaatgtcagtcaaagtaggagtagacagttccaatagga
agtaacgtaactttgtgtaatttatatagacaaacatatattgttcaact
tcagtgtagcttcagattttgggattttcatgttttattaaagtcgatta
catcatcaatggggagggagaggccctttgttcctgttaagcatcttatg
gctcta
gaattcactatgtagaccaggctggactaaagaatgcatttttttaaaaa
aaggtaagtgtggtagcacatgcttacaatcccaatactgtggaggcaaa
gacaggcatatccctgggactcactgactagcctgccgagccaagtcagg
gatcttcagattcagtgagagatcccatctcaaatagaaatgaatgaatg
gtaggcagtatgtgaggaatgaagttggtctctaacctccacatacatgt
gtatcacacacacatgaatacacatatacatgcctgtggtggtttgacta
gaaatggcccctatagacttgtgtgtttgaatgcttgaccataaggagtg
acactattaggaggtgtgaccttgttggagtaggtgtggccttgttggaa
gaaatgtgtcactgtgggggatgggctttgagctctcctatgctcaagct
atgtccaatgtggacccttttgctgcttctagatccagatgtagaactct
cagctccttctccagcaccatgcctgcctggatgctaccatgcttcccgc
catgatgataatgaactaaacctctgaaactgtaagccagcctcaattca
atgttgtcctttatgagttgccttggtcatggtatctcttcacagcaatg
aaaccctaactaagaccttgaccaaataaataaataatctccttaatgaa
tatctaagctttgtttctagactcctagagaaggagccagtgcttgctct
gtcattcactagcattcagtacaagattttttatttcttagagcaaaatc
tcttaatgcggggacagcctggtgagtagacttagacatttgtggcatgg
taagacaagacttttaactttcaaccaataaaaaatgaagtaccactctt
ttcttccactcagcccaagcaagctttcacttttacccacagagatagag
cctgcatcaaaggtccatcgtcgatggatgaaaaggtctggaattatgaa
aatccactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40726642_40727735
seq2: B6Ng01-084O13.b_48_1153

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGGCTGGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGGCTGGCCTGCC  50

seq1  TCAGCCTCCACCTCCCAAATGCTGGGATTAAAGGTATAGCCCAGCTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCCACCTCCCAAATGCTGGGATTAAAGGTATAGCCCAGCTTTAT  100

seq1  TAAAAATATAAATGTTAGCCAGCCATAGTGTTTTATGCCTCTAATCCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATATAAATGTTAGCCAGCCATAGTGTTTTATGCCTCTAATCCCAG  150

seq1  CATTTAGGAGGCAGTGGCTGACAGATCTCTAAGTTCCAGGCCAGTCTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGGAGGCAGTGGCTGACAGATCTCTAAGTTCCAGGCCAGTCTGGT  200

seq1  CTACAAAGTGAGTTCTAGGACAGCTGGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGTGAGTTCTAGGACAGCTGGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCT  250

seq1  AAAAAAGAAAAATCAATACACTTTAGGGGTTGGAGAGATGACTCAGCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAAAAATCAATACACTTTAGGGGTTGGAGAGATGACTCAGCAAT  300

seq1  TAAGAGCACTAAGTACTCTTCCAGAGAACCCAGGTTCAAATCCCTGCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCACTAAGTACTCTTCCAGAGAACCCAGGTTCAAATCCCTGCACC  350

seq1  TACATGGCAGCTTATAACTGTAACTCCAAGGTCTGACATGTTCACACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGCAGCTTATAACTGTAACTCCAAGGTCTGACATGTTCACACAGG  400

seq1  TATACATGCAGAGAAAGCACCAATGCACATAAAATAAAAAATATTTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGCAGAGAAAGCACCAATGCACATAAAATAAAAAATATTTGGAT  450

seq1  AGAGAGATGGCTCAAGCGGTAAAGGGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATGGCTCAAGCGGTAAAGGGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCC  500

seq1  TGAGTTCAATTCCAAGCAACCACATGGTAGATTATAATTATTGATAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCAATTCCAAGCAACCACATGGTAGATTATAATTATTGATAATGA  550

seq1  ATTCTGATGCCCTCTTCTGATATGCAGCTGTATGTGCAGATAGAGCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATGCCCTCTTCTGATATGCAGCTGTATGTGCAGATAGAGCCCTC  600

seq1  ATAAATAAAATAGATCTTTCAATAAATAAATGAATTTTTTAAAAATGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAAATAGATCTTTCAATAAATAAATGAATTTTTTAAAAATGTAA  650

seq1  ATGCATGAAAGAAATCATTTTCTATTTTATTTTGCGAGGCTAGAAGATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGAAAGAAATCATTTTCTATTTTATTTTGCGAGGCTAGAAGATCC  700

seq1  AGCTTAAAAAATGTGTCAGACCTATTTGTGATGGGAGGCGCTCTTATTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAAAAATGTGTCAGACCTATTTGTGATGGGAGGCGCTCTTATTCT  750

seq1  TGAGTCTGCAGCTCTCTTGCACTGGCTGGAGAGGGAAGGTTATGGACCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTGCAGCTCTCTTGCACTGGCTGGAGAGGGAAGGTTATGGACCTC  800

seq1  TTGGGATGACTGGAATATCCATGGGAGGACATGTGAGTTTCTAAAGCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATGACTGGAATATCCATGGGAGGACATGTGAGTTTCTAAAGCTTT  850

seq1  TATTTCACTACCATCATGTTTATAAATAGGAGTAATTTCAATTGTACTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCACTACCATCATGTTTATAAATAGGAGTAATTTCAATTGTACTTG  900

seq1  AAGCATGAATTTAATGTCAGTCAAAGTAGGAAGTAGACAGTTCCAATAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGAATTTAATGTCAGTCAAAGTAGG-AGTAGACAGTTCCAATAGG  949

seq1  AAGTAACGTAACTTTGTGTAATTTATATAGACAAACATATATTGTACAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGTAACGTAACTTTGTGTAATTTATATAGACAAACATATATTGTTCAAC  999

seq1  TTCAGGTGTAGC-TCAGATTTTGG--ATTTCATGTTTTATTAAAAGTCGA  1047
      |||| ||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||||||
seq2  TTCA-GTGTAGCTTCAGATTTTGGGATTTTCATGTTTTATT-AAAGTCGA  1047

seq1  TTACATCATCAATGGG--AGGAGAGGCCC-TTGGTCCTGTGAA-------  1087
      ||||||||||||||||   |||||||||| ||| |||||| ||       
seq2  TTACATCATCAATGGGGAGGGAGAGGCCCTTTGTTCCTGTTAAGCATCTT  1097

seq1  --GGCTCTA  1094
        |||||||
seq2  ATGGCTCTA  1106

seq1: chr3_40906404_40907184
seq2: B6Ng01-084O13.g_69_849 (reverse)

seq1  AAAAATCTTGTACTGAATGCTAGTGAATGACAGAGCAAGCACTGGCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTTGTACTGAATGCTAGTGAATGACAGAGCAAGCACTGGCTCCT  50

seq1  TCTCTAGGAGTCTAGAAACAAAGCTTAGATATTCATTAAGGAGATTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGGAGTCTAGAAACAAAGCTTAGATATTCATTAAGGAGATTATTT  100

seq1  ATTTATTTGGTCAAGGTCTTAGTTAGGGTTTCATTGCTGTGAAGAGATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTGGTCAAGGTCTTAGTTAGGGTTTCATTGCTGTGAAGAGATAC  150

seq1  CATGACCAAGGCAACTCATAAAGGACAACATTGAATTGAGGCTGGCTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCAAGGCAACTCATAAAGGACAACATTGAATTGAGGCTGGCTTAC  200

seq1  AGTTTCAGAGGTTTAGTTCATTATCATCATGGCGGGAAGCATGGTAGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGAGGTTTAGTTCATTATCATCATGGCGGGAAGCATGGTAGCAT  250

seq1  CCAGGCAGGCATGGTGCTGGAGAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTGGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGGCATGGTGCTGGAGAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTGGATC  300

seq1  TAGAAGCAGCAAAAGGGTCCACATTGGACATAGCTTGAGCATAGGAGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCAGCAAAAGGGTCCACATTGGACATAGCTTGAGCATAGGAGAGC  350

seq1  TCAAAGCCCATCCCCCACAGTGACACATTTCTTCCAACAAGGCCACACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCCCATCCCCCACAGTGACACATTTCTTCCAACAAGGCCACACCT  400

seq1  ACTCCAACAAGGTCACACCTCCTAATAGTGTCACTCCTTATGGTCAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAACAAGGTCACACCTCCTAATAGTGTCACTCCTTATGGTCAAGCA  450

seq1  TTCAAACACACAAGTCTATAGGGGCCATTTCTAGTCAAACCACCACAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACACACAAGTCTATAGGGGCCATTTCTAGTCAAACCACCACAGGC  500

seq1  ATGTATATGTGTATTCATGTGTGTGTGATACACATGTATGTGGAGGTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATGTGTATTCATGTGTGTGTGATACACATGTATGTGGAGGTTAG  550

seq1  AGACCAACTTCATTCCTCACATACTGCCTACCATTCATTCATTTCTATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAACTTCATTCCTCACATACTGCCTACCATTCATTCATTTCTATTT  600

seq1  GAGATGGGATCTCTCACTGAATCTGAAGATCCCTGACTTGGCTCGGCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGGATCTCTCACTGAATCTGAAGATCCCTGACTTGGCTCGGCAGG  650

seq1  CTAGTCAGTGAGTCCCAGGGATATGCCTGTCTTTGCCTCCACAGTATTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCAGTGAGTCCCAGGGATATGCCTGTCTTTGCCTCCACAGTATTGG  700

seq1  GATTGTAAGCATGTGCTACCACACTTACCTTTTTTTAAAAAAATGCATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTAAGCATGTGCTACCACACTTACCTTTTTTTAAAAAAATGCATTC  750

seq1  TTTAGTCCAGCCTGGTCTACATAGTGAATTC  781
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCCAGCCTGGTCTACATAGTGAATTC  781