BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085B18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 52,746,410 - 52,908,871
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCog6, Lhfp
Upstream geneLOC433587, LOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1, LOC100039762, LOC100039832
Downstream geneLOC100039808, LOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085B18.bB6Ng01-085B18.g
ACCDH898868DH898869
length1,191952
definitionDH898868|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085B18, 5' end.DH898869|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085B18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,907,663 - 52,908,871)(52,746,410 - 52,747,362)
sequence
gaattcttattagaaaacgtgatggaagagaaagagtctgccgagctcac
ggtgggcaggaagcaaatagccagagaggaaggaatcagaacaaggtaca
tccatcaaaggcacctcaagtgctctgtcccctccagccaggaccttacc
tctagtagcccattcggtgtgaactcattagattgtcactgtggagctag
tgcccacataatcaagtgcttctcaatgattgggtctgctaactggagac
catgcttccaacagatgaaccttttgggggatgatttacacataaatcat
aactcgtttcttacagcgtcccacggacttttgttctaagcatcagtttt
tatcagttattgtcactgatgccccatgtctataccttctgttctcattc
tagcttctggcttgtattttaatcctgtatcttcccatgatcttcttctc
tgaatttctttctcaatataatgtccttgcgatacaaagatagaatattt
tgagtgtgagtgtgtgagtgtagggcggtgcatgtgtgcttgcacatgcg
tggtatgctctcaagtgtttagtaaaagaagttaatggggaataaggaga
attaagtgcaagttggggaggctgaagcaggggcaggaagcttgggagtc
tctggcctatgatacacaatgagctagctctaggcgagccagacttcagc
tgtgactctgtgtatgcaaaagaaaagggaagagaaaggaaaagcagtgt
agaccacttgtgtctccacgctaattatgatgaatgctagaagccagatt
ctccaagcaaaactgcaaggtgcatggagggagcacttagacctaggagt
attcgggagcagccatctgctttgccatcttataaagatagttttaaaaa
taaagatgaagcccaccttgaagtcagaccttacagccagatatctgcaa
tccaacaattaaccttgactgtatccatctcattaaaaactgagtgaacg
ggtaaaaagaagtggagacaggtttcagaggactctcatcccggtctggc
tcaagtgggataatttagattcataattgatgtccagtgttctcccttca
tatgtgactgagatagatggtttggcagcccttcgactcgtctagctttt
gcaacttctctagttccctgctagaacaggcgaagggtgga
gaattctttccctttctatggcatagaacagtttgtggagcacagataat
agatagcttttccttaaagatctgctggacttcagcagctaatccaacag
ccccagacttcctttgggagactctgtcaaaataaggtagaaggcaagga
ttaatgtacagtccgtctctgacctgcacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacaccactgtgcatgtgttctcaaacttccaccca
cgaacatgaaacaaatgaaagagagaagctgagtgtgttgctgagtttcc
tagtgttccgtgtaagtgaactgctggtcatcactgtccctttgggacag
tctgttcttgttagcctgacttcttcacttggagatgtgcgggaggctaa
cctctaatctgtgctctcgctttaacttttaagcaggggacaaactgggc
ctggtggtgaaggactttaatcccagcactcaggagacaggggcagatga
atatctgagttccagactagcctggtctacatagtgagttccaggacatc
cagggctacacagagaaaccttgtctccagaaacaaacaaacaaacaaac
aaaaccaagcaaacaagcaaacaataaagcagaggatataactaagcagg
taatagaaaaaaatgtgcccaattgattgtgtgcatcaagcaagatctta
tttcaatgaccctctcgcagcagcctttcttctacccacctctaccctag
tagacaacagacattgactacactgtgtttgctttccacagtgaggggga
aactactaacatcagttccagagaggccagggatgtcaaacatcctaaac
actcaagagaaagaagagtatttgtccccagtgccctgaagttgaggaac
cctgctctcttttcttgagagaaagagagaagagagagaggaagggaggg
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_52907663_52908871
seq2: B6Ng01-085B18.b_43_1233 (reverse)

seq1  TCCACCCTTCTGGCTTGTTCCTAGCCAGGGAACTAAGAAAAGATTGCAAA  50
      ||||||||||  || |||| |||| ||||||||| ||| ||| |||| ||
seq2  TCCACCCTTC--GCCTGTT-CTAG-CAGGGAACT-AGAGAAG-TTGC-AA  43

seq1  AAGCTAGACAGAGTCTGAAAGGGGCTGCAAAACCATCTA-CTCAGTTCAC  99
      ||||||||| ||||| |||  ||||||| |||||||||| ||||| ||||
seq2  AAGCTAGAC-GAGTC-GAA--GGGCTGCCAAACCATCTATCTCAG-TCAC  88

seq1  ATATGAAGGGAAGAACACTGGTACATCAA-TATGAATATTCTAAATTATC  148
      |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||   |||||||||| 
seq2  ATATGAAGGG-AGAACACTGG-ACATCAATTATGAA---TCTAAATTAT-  132

seq1  CCCACCTGAGCCAGGACCGGGATGAGAGTCTTCTGAAACCTGTCTCCAAC  198
      ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  CCCACTTGAGCCA-GACCGGGATGAGAGTCCTCTGAAACCTGTCTCC-AC  180

seq1  TTCTTTTTACCCGTTCACTCAGTTTTTAATGAGATGGATACAGTCAAGGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTACCCGTTCACTCAGTTTTTAATGAGATGGATACAGTCAAGGT  230

seq1  TAATTGTTGGATTGCAGATATCTGGCTGTAAGGTCTGACTTCAAGGTGGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTGGATTGCAGATATCTGGCTGTAAGGTCTGACTTCAAGGTGGG  280

seq1  CTTCATCTTTATTTTTAAAACTATCTTTATAAGATGGCAAAGCAGATGGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCTTTATTTTTAAAACTATCTTTATAAGATGGCAAAGCAGATGGC  330

seq1  TGCTCCCGAATACTCCTAGGTCTAAGTGCTCCCTCCATGCACCTTGCAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCGAATACTCCTAGGTCTAAGTGCTCCCTCCATGCACCTTGCAGT  380

seq1  TTTGCTTGGAGAATCTGGCTTCTAGCATTCATCATAATTAGCGTGGAGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTGGAGAATCTGGCTTCTAGCATTCATCATAATTAGCGTGGAGAC  430

seq1  ACAAGTGGTCTACACTGCTTTTCCTTTCTCTTCCCTTTTCTTTTGCATAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGGTCTACACTGCTTTTCCTTTCTCTTCCCTTTTCTTTTGCATAC  480

seq1  ACAGAGTCACAGCTGAAGTCTGGCTCGCCTAGAGCTAGCTCATTGTGTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCACAGCTGAAGTCTGGCTCGCCTAGAGCTAGCTCATTGTGTAT  530

seq1  CATAGGCCAGAGACTCCCAAGCTTCCTGCCCCTGCTTCAGCCTCCCCAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGCCAGAGACTCCCAAGCTTCCTGCCCCTGCTTCAGCCTCCCCAAC  580

seq1  TTGCACTTAATTCTCCTTATTCCCCATTAACTTCTTTTACTAAACACTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACTTAATTCTCCTTATTCCCCATTAACTTCTTTTACTAAACACTTG  630

seq1  AGAGCATACCACGCATGTGCAAGCACACATGCACCGCCCTACACTCACAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATACCACGCATGTGCAAGCACACATGCACCGCCCTACACTCACAC  680

seq1  ACTCACACTCAAAATATTCTATCTTTGTATCGCAAGGACATTATATTGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACTCAAAATATTCTATCTTTGTATCGCAAGGACATTATATTGAG  730

seq1  AAAGAAATTCAGAGAAGAAGATCATGGGAAGATACAGGATTAAAATACAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATTCAGAGAAGAAGATCATGGGAAGATACAGGATTAAAATACAA  780

seq1  GCCAGAAGCTAGAATGAGAACAGAAGGTATAGACATGGGGCATCAGTGAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAAGCTAGAATGAGAACAGAAGGTATAGACATGGGGCATCAGTGAC  830

seq1  AATAACTGATAAAAACTGATGCTTAGAACAAAAGTCCGTGGGACGCTGTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTGATAAAAACTGATGCTTAGAACAAAAGTCCGTGGGACGCTGTA  880

seq1  AGAAACGAGTTATGATTTATGTGTAAATCATCCCCCAAAAGGTTCATCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACGAGTTATGATTTATGTGTAAATCATCCCCCAAAAGGTTCATCTG  930

seq1  TTGGAAGCATGGTCTCCAGTTAGCAGACCCAATCATTGAGAAGCACTTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGCATGGTCTCCAGTTAGCAGACCCAATCATTGAGAAGCACTTGA  980

seq1  TTATGTGGGCACTAGCTCCACAGTGACAATCTAATGAGTTCACACCGAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGGGCACTAGCTCCACAGTGACAATCTAATGAGTTCACACCGAAT  1030

seq1  GGGCTACTAGAGGTAAGGTCCTGGCTGGAGGGGACAGAGCACTTGAGGTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTACTAGAGGTAAGGTCCTGGCTGGAGGGGACAGAGCACTTGAGGTG  1080

seq1  CCTTTGATGGATGTACCTTGTTCTGATTCCTTCCTCTCTGGCTATTTGCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGATGGATGTACCTTGTTCTGATTCCTTCCTCTCTGGCTATTTGCT  1130

seq1  TCCTGCCCACCGTGAGCTCGGCAGACTCTTTCTCTTCCATCACGTTTTCT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCCACCGTGAGCTCGGCAGACTCTTTCTCTTCCATCACGTTTTCT  1180

seq1  AATAAGAATTC  1209
      |||||||||||
seq2  AATAAGAATTC  1191

seq1: chr3_52746410_52747362
seq2: B6Ng01-085B18.g_69_1020

seq1  GAATTCTTTCCCTTTCTATGGCATAGAACAGTTTGTGGAGCACAGATAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCCTTTCTATGGCATAGAACAGTTTGTGGAGCACAGATAAT  50

seq1  AGATAGCTTTTCCTTAAAGATCTGCTGGACTTCAGCAGCTAATCCAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCTTTTCCTTAAAGATCTGCTGGACTTCAGCAGCTAATCCAACAG  100

seq1  CCCCAGACTTCCTTTGGGAGACTCTGTCAAAATAAGGTAGAAGGCAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACTTCCTTTGGGAGACTCTGTCAAAATAAGGTAGAAGGCAAGGA  150

seq1  TTAATGTACAGTCCGTCTCTGACCTGCACACACACACACACACACACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTACAGTCCGTCTCTGACCTGCACACACACACACACACACACACA  200

seq1  CACACACACACACACACACCACTGTGCATGTGTTCTCAAACTTCCACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACCACTGTGCATGTGTTCTCAAACTTCCACCCA  250

seq1  CGAACATGAAACAAATGAAAGAGAGAAGCTGAGTGTGTTGCTGAGTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACATGAAACAAATGAAAGAGAGAAGCTGAGTGTGTTGCTGAGTTTCC  300

seq1  TAGTGTTCCGTGTAAGTGAACTGCTGGTCATCACTGTCCCTTTGGGACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTCCGTGTAAGTGAACTGCTGGTCATCACTGTCCCTTTGGGACAG  350

seq1  TCTGTTCTTGTTAGCCTGACTTCTTCACTTGGAGATGTGCGGGAGGCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTTGTTAGCCTGACTTCTTCACTTGGAGATGTGCGGGAGGCTAA  400

seq1  CCTCTAATCTGTGCTCTCGCTTTAACTTTTAAGCAGGGGACAAACTGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAATCTGTGCTCTCGCTTTAACTTTTAAGCAGGGGACAAACTGGGC  450

seq1  CTGGTGGTGAAGGACTTTAATCCCAGCACTCAGGAGACAGGGGCAGATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGTGAAGGACTTTAATCCCAGCACTCAGGAGACAGGGGCAGATGA  500

seq1  ATATCTGAGTTCCAGACTAGCCTGGTCTACATAGTGAGTTCCAGGACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGAGTTCCAGACTAGCCTGGTCTACATAGTGAGTTCCAGGACATC  550

seq1  CAGGGCTACACAGAGAAACCTTGTCTCCAGAAACAAACAAACAAACAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTACACAGAGAAACCTTGTCTCCAGAAACAAACAAACAAACAAAC  600

seq1  AAAACCAAGCAAACAAGCAAACAATAAAGCAGAGGATATAACTAAGCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAAGCAAACAAGCAAACAATAAAGCAGAGGATATAACTAAGCAGG  650

seq1  TAATAGAAAAAAATGTGCCCAATTGATTGTGTGCATCAAGCAAGATCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAAAAAAATGTGCCCAATTGATTGTGTGCATCAAGCAAGATCTTA  700

seq1  TTTCAATGACCCTCTCGCAGCAGCCTTTCTTCTACCCACCTCTACCCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATGACCCTCTCGCAGCAGCCTTTCTTCTACCCACCTCTACCCTAG  750

seq1  TAGACAACAGACATTGACTACACTGTGTTTGCTTTCCACAGTGAGGGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAACAGACATTGACTACACTGTGTTTGCTTTCCACAGTGAGGGGGA  800

seq1  AACTACTAACATCAGTTCCAGAGAGGCCAGGGATGTCAAACATCCTAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTAACATCAGTTCCAGAGAGGCCAGGGATGTCAAACATCCTAAAC  850

seq1  ACTCAAGAGAAAGAAGAGTATTTGTCCCCAAGTGCCCTGAAGTTGAGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGAGAAAGAAGAGTATTTGTCCCC-AGTGCCCTGAAGTTGAGGAA  899

seq1  CCCTGCTCTCTTTTCTTGAGAGAAAGAGAGAAG-GAG-GAGGAGGAGGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||
seq2  CCCTGCTCTCTTTTCTTGAGAGAAAGAGAGAAGAGAGAGAGGA--AGGGA  947

seq1  GGGAG  953
      |||||
seq2  GGGAG  952