BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085C13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 52,960,258 - 53,114,004
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLhfp
Upstream geneLOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1, LOC100039762, LOC100039832, Cog6, LOC100039808
Downstream geneLOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937, Trpc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085C13.bB6Ng01-085C13.g
ACCDH898906DH898907
length1,1491,071
definitionDH898906|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085C13, 5' end.DH898907|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,112,859 - 53,114,004)(52,960,258 - 52,961,333)
sequence
gaattcaagaaaaagggatctggagaccaagactatattaacttttactg
aaggaatgtttattagaagacgcttcatcccaggcctctggatttctgtg
tatttcatgagcagcagtactggcttcttttattctgaattatattttca
agttattgatagagcagcaccgtggaagctagagatgctatctctaccca
tggcaaaaggtagatttattgtctgatataatagaataacatgttatgat
tttgtccttgtaatatcttctcatagcctatatcctgaaggcttggccac
tcatctgtggcactctgggagatggtaacgtccttaagaggtaggaacta
gtggagaaaactttggtccatatccttgtggaagggagattagatcacct
ggggcatgaccctttcagggatcctgggaagcccgctgtatcctttctct
ttcctgcttcctggatgacatcagttcgtgagcagctttgtcccacgctg
tccttacacggtgtgattctgcctcaccacaagcttagggaccacgggac
ctggtaatcaaaagacaaaatagtagagcacacaacacaaaagaagcttt
cttcttttagggcgatttatgtccaacattattttaccgcacccacagaa
agctgactatcaggaaacattaccttccaggacaatggtccattacctag
gtcgaggggcccctcacctcaacatatctctcttgtataatgcgactcat
gcatctaagtgccactggctctgtgcatcacctttgtgatgaatggaact
caatcgatgcaaacccgatagtattttgccacgcgatgtacaatcaatcg
ctctttacctttgacgcaaggctctcctcctttttccagtattcataaag
ctaaagtggattagattagtttgccagcttggcatatagaagagaatctt
aagaacctctgttagtatcgggcatcatagcagttgtagatgtatgccat
tagacatgatttctggaagaagtgatggagatttacttgggccagttcaa
aggattgcgggaatctatgagaaatattttgactatgcatctaaagatag
acggggcttccttaatctatcattgttaatggagtcacctctcataata
gaattcactatggagccatggctggcctcaaactaaaaaaggcattcatc
acatactctgaaattacttaattaccctttaatgctatgctttacttggt
aaggagatggatggagcccactccaccaatgtacattaggagttcatttt
actagcctacttaatctatattagatgggacctaatatagctctgatggt
tttcatggttaagttttggccttgactatgtcatccacttacttggctca
agggcagcgaggaagcaaaactttgtctcatgaccagggcagcaaggtgg
aacttactctcaggaagagacagtctgggaatctcttgtgttccatactt
catagtaatgaaaaccaatgaagaaagaggagaaggtaccaaggggccgt
ggtgagcaggatgattctagaaggagagcaataatcagagatgcctgcga
caaagaagccgtgagctgaacttccacaatggcccaaatccatgagctga
actttctcaatggcccgaatctcccgagtgtttgaaacactaccttccca
gctgtccatcaagagaatgtgttgtacagtggagggtatgagcgggatgg
gagaaaagtccaagggcatgctggggagccagtccaagaggagacccttg
agggtaaagctcctgccatgagttaagcaatgctaacgttaagcagttag
atgctctgcctgctcttggcgaggatctggacttggttctcagcacccac
aggaaggctcacaactacctgctactccagcgccaggggatccaacgccc
tctttcggcctcttaagagcaattgatgcgtatatagactagtagacaca
aacatgcgcataaatgaaagaaatggatatgtaaaaattaaaagagagag
agatgtcttactgcagaaacttaagttaaaatcttatagagagaggtttt
ctcctaggatatcataggatggatgatcctgggggtgtataagttggcta
aaatattccttgggaaacatgcatgcataggcatttttttttatggatgt
ggaatcctgagccctattata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_53112859_53114004
seq2: B6Ng01-085C13.b_44_1192 (reverse)

seq1  TATTATTGAG-GGTGACCTCATTAACAAATGATAAGATTGA-GAAGCACC  48
      ||||| |||| ||||||  ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||
seq2  TATTA-TGAGAGGTGACTCCATTAAC-AATGAT-AGATTAAGGAAGC-CC  46

seq1  CGTCTATCTTTTGACTGCACTAGTCAAAATATTCTCT-ATAGATTCCCGC  97
      ||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  CGTCTATCTTTAGA-TGCA-TAGTCAAAATATT-TCTCATAGATTCCCGC  93

seq1  AATCCTTTGGACTGGCCC-AGTAAATCTCCATCACTCCTTCCAGAAATCA  146
      ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATCCTTTGAACTGGCCCAAGTAAATCTCCATCACTTCTTCCAGAAATCA  143

seq1  TGTCT-ATGGCATTCCATCT-CCACTGCTATGATGCCCGGTACT-ACAGA  193
      ||||| |||||| | ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||
seq2  TGTCTAATGGCA-TACATCTACAACTGCTATGATGCCCGATACTAACAGA  192

seq1  GGTTC-TAAGATTCTCTTCTATATGCC-AGCTGGCAAACTAATCTAATCC  241
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTAAGATTCTCTTCTATATGCCAAGCTGGCAAACTAATCTAATCC  242

seq1  ACCTTAGCTTTATGAATACTGGAAAAAGGAGGAGAGCCCTGCGTCAAAGG  291
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTTTAGCTTTATGAATACTGGAAAAAGGAGGAGAGCCTTGCGTCAAAGG  292

seq1  TAAAGAGCGATTGATTGTACATCGCGTGGCAAAATACTATCGGGTTTGCA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGCGATTGATTGTACATCGCGTGGCAAAATACTATCGGGTTTGCA  342

seq1  TCGATTGAGTTCCATTCATCAC-AAGGTGATGCACAGAGCCAGTGGCACT  390
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATTGAGTTCCATTCATCACAAAGGTGATGCACAGAGCCAGTGGCACT  392

seq1  TAGATGCATGAGTCGCATTATACAAGAGAGATATGTTGAGGTGAGGGG-C  439
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAGATGCATGAGTCGCATTATACAAGAGAGATATGTTGAGGTGAGGGGCC  442

seq1  CCTCGACCTAGGTAATGGACCATTGTCCTGGAAGGTAATGTTTCCTGATA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGACCTAGGTAATGGACCATTGTCCTGGAAGGTAATGTTTCCTGATA  492

seq1  GTCAGCTTTCTGTGGGTGCGGTAAAATAATGTTGGACATAAATCGCCCTA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTTTCTGTGGGTGCGGTAAAATAATGTTGGACATAAATCGCCCTA  542

seq1  AAAGAAGAAAGCTTCTTTTGTGTTGTGTGCTCTACTATTTTGTCTTTTGA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAAAGCTTCTTTTGTGTTGTGTGCTCTACTATTTTGTCTTTTGA  592

seq1  TTACCAGGTCCCGTGGTCCCTAAGCTTGTGGTGAGGCAGAATCACACCGT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGGTCCCGTGGTCCCTAAGCTTGTGGTGAGGCAGAATCACACCGT  642

seq1  GTAAGGACAGCGTGGGACAAAGCTGCTCACGAACTGATGTCATCCAGGAA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGACAGCGTGGGACAAAGCTGCTCACGAACTGATGTCATCCAGGAA  692

seq1  GCAGGAAAGAGAAAGGATACAGCGGGCTTCCCAGGATCCCTGAAAGGGTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAAGAGAAAGGATACAGCGGGCTTCCCAGGATCCCTGAAAGGGTC  742

seq1  ATGCCCCAGGTGATCTAATCTCCCTTCCACAAGGATATGGACCAAAGTTT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCAGGTGATCTAATCTCCCTTCCACAAGGATATGGACCAAAGTTT  792

seq1  TCTCCACTAGTTCCTACCTCTTAAGGACGTTACCATCTCCCAGAGTGCCA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACTAGTTCCTACCTCTTAAGGACGTTACCATCTCCCAGAGTGCCA  842

seq1  CAGATGAGTGGCCAAGCCTTCAGGATATAGGCTATGAGAAGATATTACAA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAGTGGCCAAGCCTTCAGGATATAGGCTATGAGAAGATATTACAA  892

seq1  GGACAAAATCATAACATGTTATTCTATTATATCAGACAATAAATCTACCT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAATCATAACATGTTATTCTATTATATCAGACAATAAATCTACCT  942

seq1  TTTGCCATGGGTAGAGATAGCATCTCTAGCTTCCACGGTGCTGCTCTATC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCATGGGTAGAGATAGCATCTCTAGCTTCCACGGTGCTGCTCTATC  992

seq1  AATAACTTGAAAATATAATTCAGAATAAAAGAAGCCAGTACTGCTGCTCA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTTGAAAATATAATTCAGAATAAAAGAAGCCAGTACTGCTGCTCA  1042

seq1  TGAAATACACAGAAATCCAGAGGCCTGGGATGAAGCGTCTTCTAATAAAC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATACACAGAAATCCAGAGGCCTGGGATGAAGCGTCTTCTAATAAAC  1092

seq1  ATTCCTTCAGTAAAAGTTAATATAGTCTTTGTCTCCAGATCCCTTTTTCT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCAGTAAAAGTTAATATAGTCTTGGTCTCCAGATCCCTTTTTCT  1142

seq1  TGAATTC  1146
      |||||||
seq2  TGAATTC  1149

seq1: chr3_52960258_52961333
seq2: B6Ng01-085C13.g_69_1139

seq1  GAATTCACTATGGAGCCATGGCTGGCCTCAAACTAAAAAAGGCATTCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGGAGCCATGGCTGGCCTCAAACTAAAAAAGGCATTCATC  50

seq1  ACATACTCTGAAATTACTTAATTACCCTTTAATGCTATGCTTTACTTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTCTGAAATTACTTAATTACCCTTTAATGCTATGCTTTACTTGGT  100

seq1  AAGGAGATGGATGGAGCCCACTCCACCAATGTACATTAGGAGTTCATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATGGATGGAGCCCACTCCACCAATGTACATTAGGAGTTCATTTT  150

seq1  ACTAGCCTACTTAATCTATATTAGATGGGACCTAATATAGCTCTGATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCCTACTTAATCTATATTAGATGGGACCTAATATAGCTCTGATGGT  200

seq1  TTTCATGGTTAAGTTTTGGCCTTGACTATGTCATCCACTTACTTGGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGGTTAAGTTTTGGCCTTGACTATGTCATCCACTTACTTGGCTCA  250

seq1  AGGGCAGCGAGGAAGCAAAACTTTGTCTCATGACCAGGGCAGCAAGGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGCGAGGAAGCAAAACTTTGTCTCATGACCAGGGCAGCAAGGTGG  300

seq1  AACTTACTCTCAGGAAGAGACAGTCTGGGAATCTCTTGTGTTCCATACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACTCTCAGGAAGAGACAGTCTGGGAATCTCTTGTGTTCCATACTT  350

seq1  CATAGTAATGAAAACCAATGAAGAAAGAGGAGAAGGTACCAAGGGGCCGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTAATGAAAACCAATGAAGAAAGAGGAGAAGGTACCAAGGGGCCGT  400

seq1  GGTGAGCAGGATGATTCTAGAAGGAGAGCAATAATCAGAGATGCCTGCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCAGGATGATTCTAGAAGGAGAGCAATAATCAGAGATGCCTGCGA  450

seq1  CAAAGAAGCCGTGAGCTGAACTTCCACAATGGCCCAAATCCATGAGCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAGCCGTGAGCTGAACTTCCACAATGGCCCAAATCCATGAGCTGA  500

seq1  ACTTTCTCAATGGCCCGAATCTCCCGAGTGTTTGAAACACTACCTTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTCAATGGCCCGAATCTCCCGAGTGTTTGAAACACTACCTTCCCA  550

seq1  GCTGTCCATCAAGAGAATGTGTTGTACAGTGGAGGGTATGAGCGGGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCATCAAGAGAATGTGTTGTACAGTGGAGGGTATGAGCGGGATGG  600

seq1  GAGAAAAGGCCAAGGGCATGCTGGGGAGCCAGTCCAAGAGGAGACCCTTG  650
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGTCCAAGGGCATGCTGGGGAGCCAGTCCAAGAGGAGACCCTTG  650

seq1  AGGGTAAAGCTCCTGCCATGAGTTAAGCAATGCTAACGTTAAGCAGTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAAAGCTCCTGCCATGAGTTAAGCAATGCTAACGTTAAGCAGTTAG  700

seq1  ATGCTCTGCCTGCTCTTGGCGAGGATCTGGACTTGGTTCTCAGCACCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGCCTGCTCTTGGCGAGGATCTGGACTTGGTTCTCAGCACCCAC  750

seq1  AGGAAGGCTCACAACTACCTGCAACTCCAGCGCCAGGGGATCCAACGCCC  800
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGCTCACAACTACCTGCTACTCCAGCGCCAGGGGATCCAACGCCC  800

seq1  TCTTCCGGCCTC-TAAGAGCAATTGATGCGTATATAGACTAGTAGACACA  849
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCGGCCTCTTAAGAGCAATTGATGCGTATATAGACTAGTAGACACA  850

seq1  AACATGCGCATAAATGAAAAGAAATGGATTATGTAAAAATAAAAAGAGAG  899
      |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  AACATGCGCATAAATG-AAAGAAATGGA-TATGTAAAAATTAAAAGAGAG  898

seq1  AGAGATGTCTTACTGCAGAAACTTAAAGTTAAAATCTCATAGAGAGAGGT  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGAGATGTCTTACTGCAGAAACTT-AAGTTAAAATCTTATAGAGAGAGGT  947

seq1  TTTCTCCTAGGATATCAATAGGATGGATGATCCT-GGGGTGTATAAAGTT  998
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  TTTCTCCTAGGATATC-ATAGGATGGATGATCCTGGGGGTGTAT-AAGTT  995

seq1  GGCTAAAATATTCCTTGGGAAACAATGCATGCATAGGCATTTTTTTTTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAAATATTCCTTGGGAAAC-ATGCATGCATAGGCATTTTTTTTTAT  1044

seq1  GGAATGTTGGAAT-CTGAGCCCTATTATA  1076
      || ||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GG-ATG-TGGAATCCTGAGCCCTATTATA  1071