BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086H22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 10,281,493 - 10,422,563
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700008G05Rik, Impa1, Slc10a5, Zfand1, Chmp4c, Snx16
Upstream geneZbtb10, Zfp704, Pag1, LOC621504, Fabp5, LOC100041480, Pmp2, Fabp9, Fabp4
Downstream geneLOC670564, LOC383826, EG667978
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086H22.bB6Ng01-086H22.g
ACCDH899876DH899877
length1,1521,120
definitionDH899876|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086H22, 5' end.DH899877|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086H22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,421,411 - 10,422,563)(10,281,493 - 10,282,611)
sequence
gaattctttgattgttgtatattttactcttcagcttcactacatttgga
gagttattcccaaaatttgttctgtcagttgacacatcttatcagcaatg
tttcccaccgtcactcacttagactgctactactcttctaggctaggttt
aattcttggttaccagatggattttctatactaatggctacataggctgc
ttctatttgctccattatcatacttcatcatagtttctgtgatttttatt
ttactacactccaagatacaagtgtaatctttaaatcatttttgatagta
aaacttgcttttcatatcaatacattaattaccttggcttttctctatgg
gtgaccactcaccccaatactgcttgtgaaagtgttcactttccttcatg
acttaacatttatagtttccatgagtaaacaataaatcatatagccagtg
tagccagtcagctctgttccagtttgtatctcctcctgccaattctgtac
acttaattatagtagctttagaagcttaagggtcacattgcaaaggttct
cttccatgttgaggttggttttgttttttgaaattggctatttattcttt
catgaaaattttataatcaacttgtgaatttcttgacgatcctattgtat
attagttgagaatatcttcagtaaagatttgatttctttttctccttgaa
ctttcaagacaggattttgtgtatttatttcacatacctactatatcttt
gtagatccttttgaattggctgtattgctaattataatcttacagtacta
atatccacagtttcctctgttccctaatatcatacatgacgttttcctct
actattgtgtttgccaatattcttgaagataaattgaaaccttcacagtg
ggcattctacttcttcaccttaaagaaatcctgtgtcatgttagatgttt
tctgtaagctattggtagttttgttagtgtctccttttgtggttaaagga
agttattccctgtttttagtttgctatgtgtagggcataatgtgttccat
gtgcttgatggttttatttaccacagcaccaatttacattcaagattcaa
tgataaaaattggcttatgaagagaaaatttatttttaattggctgatta
ga
gaattccttcctactccatgctagaatgttgactgggttgatctcgtgca
ggtcttatgcaagagcaccagctgctatgggtttatgaatagagtggtct
tgccatgtctagaagaccagtccagccctccttcaactctggcttctaca
atctttccaccccttcttctgagatggtctcctcagcactggagagacag
gatgatatagatataccatttgtggctgagcaataagtggagaatcttac
agataggagatattcaatgtgaaatgaatgtttcagagccctctttccct
ccaacctcctccctacctcttcttttctacttaacagcacatttgaattt
cagatgtgcttaagggcaagatataagtgatatcagactgtgtacactcc
tataggagacttatagcaaagagacaagaaccacacaaatccacaccata
tctaacttcagcctggacagtgaaggaaagagacacacagaaaggacagg
gaaagctcacacaatcttagactccaggcaggcaccaaacacaggtacct
ttactccactttcagaaaatcatgcaattactccatcagtctcagccaac
attaggaatattgtgattctctccccgagctgcttcacaaactgtctccc
atttccatcccccaagaggggctgattttcgattgtgtggtctcactgct
tagtgattgtgaacggactataatccctttctgtgggatctgccacagag
tcgctgtggtgtctggctacgccatgagtttgccttaatggctacagtgg
aggctcccatcggcatcagcagagagcataaacactgatgctacgtccca
tttccaaaagagtctggttcacttgaggtttgaaacaccctggtgatttt
catgggcatcgatgactaaagacatcagcagtgtgatttgggaaagacta
ctctggttcacatctgccccttacccatagctttgatgtgtgaattccat
tgcctgcttttgtgaggatgtaccactttgcaagttggatctgcaagagg
tggtctcagctttctctggatctgagaacccctctacaccatgcacgccg
ttaattacttggtgactggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_10421411_10422563
seq2: B6Ng01-086H22.b_47_1198 (reverse)

seq1  TCTAAATTCAG-CAATTAAAAATAAAATTTTCTC-TCATAAGCAATTTTT  48
      |||||  |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||
seq2  TCTAA--TCAGCCAATTAAAAAT-AAATTTTCTCTTCATAAGCCAATTTT  47

seq1  TATCATTTGAAATCTATGAATGT-AATTTGTGCTTGTGTAAATAAAACCA  97
      |||||||   ||||| ||||||| |||| |||||   |||||||||||||
seq2  TATCATT--GAATCT-TGAATGTAAATTGGTGCTGTGGTAAATAAAACCA  94

seq1  TCAAGCACATGG-ACACA-TATGCCCTACAACATAGCAAACTAAAAACAG  145
      |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCACATGGAACACATTATGCCCTAC-ACATAGCAAACTAAAAACAG  143

seq1  GGAATAACTTCC-TTAACCACAAAAGGAGACACTAACAAAACTACCAATA  194
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAACTTCCTTTAACCACAAAAGGAGACACTAACAAAACTACCAATA  193

seq1  GCTTACAGAAAACATCTAACATGACACAGGATTTCTTTAAGGTGAAGAAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACAGAAAACATCTAACATGACACAGGATTTCTTTAAGGTGAAGAAG  243

seq1  TAGAATGCCCACTGTGAAGGTTTCAATTTATCTTCAAGAATATTGGCAAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGCCCACTGTGAAGGTTTCAATTTATCTTCAAGAATATTGGCAAA  293

seq1  CACAATAGTAGAGGAAAACGTCATGTATGATATTAGGGAACAGAGGAAAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATAGTAGAGGAAAACGTCATGTATGATATTAGGGAACAGAGGAAAC  343

seq1  TGTGGATATTAGTACTGTAAGATTATAATTAGCAATACAGCCAATTCAAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATATTAGTACTGTAAGATTATAATTAGCAATACAGCCAATTCAAA  393

seq1  AGGATCTACAAAGATATAGTAGGTATGTGAAATAAATACACAAAATCCTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTACAAAGATATAGTAGGTATGTGAAATAAATACACAAAATCCTG  443

seq1  TCTTGAAAGTTCAAGGAGAAAAAGAAATCAAATCTTTACTGAAGATATTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAAGTTCAAGGAGAAAAAGAAATCAAATCTTTACTGAAGATATTC  493

seq1  TCAACTAATATACAATAGGATCGTCAAGAAATTCACAAGTTGATTATAAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTAATATACAATAGGATCGTCAAGAAATTCACAAGTTGATTATAAA  543

seq1  ATTTTCATGAAAGAATAAATAGCCAATTTCAAAAAACAAAACCAACCTCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATGAAAGAATAAATAGCCAATTTCAAAAAACAAAACCAACCTCA  593

seq1  ACATGGAAGAGAACCTTTGCAATGTGACCCTTAAGCTTCTAAAGCTACTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAAGAGAACCTTTGCAATGTGACCCTTAAGCTTCTAAAGCTACTA  643

seq1  TAATTAAGTGTACAGAATTGGCAGGAGGAGATACAAACTGGAACAGAGCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAGTGTACAGAATTGGCAGGAGGAGATACAAACTGGAACAGAGCT  693

seq1  GACTGGCTACACTGGCTATATGATTTATTGTTTACTCATGGAAACTATAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCTACACTGGCTATATGATTTATTGTTTACTCATGGAAACTATAA  743

seq1  ATGTTAAGTCATGAAGGAAAGTGAACACTTTCACAAGCAGTATTGGGGTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAGTCATGAAGGAAAGTGAACACTTTCACAAGCAGTATTGGGGTG  793

seq1  AGTGGTCACCCATAGAGAAAAGCCAAGGTAATTAATGTATTGATATGAAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTCACCCATAGAGAAAAGCCAAGGTAATTAATGTATTGATATGAAA  843

seq1  AGCAAGTTTTACTATCAAAAATGATTTAAAGATTACACTTGTATCTTGGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTTTTACTATCAAAAATGATTTAAAGATTACACTTGTATCTTGGA  893

seq1  GTGTAGTAAAATAAAAATCACAGAAACTATGATGAAGTATGATAATGGAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTAAAATAAAAATCACAGAAACTATGATGAAGTATGATAATGGAG  943

seq1  CAAATAGAAGCAGCCTATGTAGCCATTAGTATAGAAAATCCATCTGGTAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGAAGCAGCCTATGTAGCCATTAGTATAGAAAATCCATCTGGTAA  993

seq1  CCAAGAATTAAACCTAGCCTAGAAGAGTAGTAGCAGTCTAAGTGAGTGAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAATTAAACCTAGCCTAGAAGAGTAGTAGCAGTCTAAGTGAGTGAC  1043

seq1  GGTGGGAAACATTGCTGATAAGATGTGTCAACTGACAGAACAAATTTTGG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAAACATTGCTGATAAGATGTGTCAACTGACAGAACAAATTTTGG  1093

seq1  GAATAACTCTCCAAATGTAGTGAAGCTGAAGAGTAAAATATACAACAATC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACTCTCCAAATGTAGTGAAGCTGAAGAGTAAAATATACAACAATC  1143

seq1  AAAGAATTC  1153
      |||||||||
seq2  AAAGAATTC  1152

seq1: chr3_10281493_10282611
seq2: B6Ng01-086H22.g_69_1188

seq1  GAATTCCTTCCTACTCCATGCTAGAATGTTGACTGGGTTGATCTCGTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCCTACTCCATGCTAGAATGTTGACTGGGTTGATCTCGTGCA  50

seq1  GGTCTTATGCAAGAGCACCAGCTGCTATGGGTTTATGAATAGAGTGGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTATGCAAGAGCACCAGCTGCTATGGGTTTATGAATAGAGTGGTCT  100

seq1  TGCCATGTCTAGAAGACCAGTCCAGCCCTCCTTCAACTCTGGCTTCTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGTCTAGAAGACCAGTCCAGCCCTCCTTCAACTCTGGCTTCTACA  150

seq1  ATCTTTCCACCCCTTCTTCTGAGATGGTCTCCTCAGCACTGGAGAGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCCACCCCTTCTTCTGAGATGGTCTCCTCAGCACTGGAGAGACAG  200

seq1  GATGATATAGATATACCATTTGTGGCTGAGCAATAAGTGGAGAATCTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATATAGATATACCATTTGTGGCTGAGCAATAAGTGGAGAATCTTAC  250

seq1  AGATAGGAGATATTCAATGTGAAATGAATGTTTCAGAGCCCTCTTTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGAGATATTCAATGTGAAATGAATGTTTCAGAGCCCTCTTTCCCT  300

seq1  CCAACCTCCTCCCTACCTCTTCTTTTCTACTTAACAGCACATTTGAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCTCCTCCCTACCTCTTCTTTTCTACTTAACAGCACATTTGAATTT  350

seq1  CAGATGTGCTTAAGGGCAAGATATAAGTGATATCAGACTGTGTACACTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGCTTAAGGGCAAGATATAAGTGATATCAGACTGTGTACACTCC  400

seq1  TATAGGAGACTTATAGCAAAGAGACAAGAACCACACAAATCCACACCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGAGACTTATAGCAAAGAGACAAGAACCACACAAATCCACACCATA  450

seq1  TCTAACTTCAGCCTGGACAGTGAAGGAAAGAGACACACAGAAAGGACAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTTCAGCCTGGACAGTGAAGGAAAGAGACACACAGAAAGGACAGG  500

seq1  GAAAGCTCACACAATCTTAGACTCCAGGCAGGCACCAAACACAGGTACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCACACAATCTTAGACTCCAGGCAGGCACCAAACACAGGTACCT  550

seq1  TTACTCCACTTTCAGAAAATCATGCAATTACTCCATCAGTCTCAGCCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCCACTTTCAGAAAATCATGCAATTACTCCATCAGTCTCAGCCAAC  600

seq1  ATTAGGAATATTGTGATTCTCTCCCCGAGCTGCTTCACAAACTGTCTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAATATTGTGATTCTCTCCCCGAGCTGCTTCACAAACTGTCTCCC  650

seq1  ATTTCCATCCCCCAAGAGGGGCTGATTTTCGATTGTGTGGTCTCACTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATCCCCCAAGAGGGGCTGATTTTCGATTGTGTGGTCTCACTGCT  700

seq1  TAGTGATTGTGAACGGACTATAATCCCTTTCTGTGGGATCTGCCACAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATTGTGAACGGACTATAATCCCTTTCTGTGGGATCTGCCACAGAG  750

seq1  TCGCTGTGGTGTCTGGCTACGCCATGAGTTTGCCTTAATGGCTACAGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTGTGGTGTCTGGCTACGCCATGAGTTTGCCTTAATGGCTACAGTGG  800

seq1  AGGCTCCCATCGGCATCAGCAGAGAGCATAAACACTGATGCTACGTCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCCATCGGCATCAGCAGAGAGCATAAACACTGATGCTACGTCCCA  850

seq1  -TTCCAAAAGAGTCTGGTTCACTTGAGGTTTGAAACACCCTGGTGATTTT  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAAAGAGTCTGGTTCACTTGAGGTTTGAAACACCCTGGTGATTTT  900

seq1  CATGGGCATCGATGACTAAGGACATCAGGCAGGTGTGATTTGGGAAAGAC  949
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCATCGATGACTAAAGACATCA-GCA-GTGTGATTTGGGAAAGAC  948

seq1  TACTCTGGTTTCACATCTGCCCCTTACCCATAGCTTTGATGTGTGGAATT  999
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TACTCTGG-TTCACATCTGCCCCTTACCCATAGCTTTGATGTGT-GAATT  996

seq1  CCATTGCCTGCTTTTGTGAAGGATGTA-CACTTTGCAAGTTGGATTCTGC  1048
      |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| 
seq2  CCATTGCCTGCTTTTGTG-AGGATGTACCACTTTGCAAGTTGGA-TCTG-  1043

seq1  CAAGA-GTGGTCTCAGCTTTCTCTGGATCTGAGA--CCCTCTACACCATG  1095
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  CAAGAGGTGGTCTCAGCTTTCTCTGGATCTGAGAACCCCTCTACACCATG  1093

seq1  CACG-CGTTATTTACT--GTGACTGGT  1119
      |||| ||||| |||||  |||||||||
seq2  CACGCCGTTAATTACTTGGTGACTGGT  1120