BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086L04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 99,349,622 - 99,498,440
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043456, EG545555, LOC676433, Hsd3b5, LOC668543, Hsd3b2, Hsd3b3, Hsd3b6, LOC545556, Hsd3b1, Hao3, LOC668557, Wars2, Tbx15, M6pr-ps
Downstream geneSpag17, LOC623045, Wdr3, Gdap2, LOC195514, 4930431B09Rik, OTTMUSG00000007026, Man1a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086L04.bB6Ng01-086L04.g
ACCDH900027DH900028
length1,1071,109
definitionDH900027|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086L04, 5' end.DH900028|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086L04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,497,306 - 99,498,440)(99,349,622 - 99,350,748)
sequence
gaattcacaaccaaaaatatctttgctttcgagaagcacttcttgcgaag
tgtgtttttatagagcactagaaaaccctgaaacagcctcaggttgtttt
tctctgatacatagccattattttccacagtcactgattgcattatatcc
ttttccagctaagcagattttcatgggctttccttaacactcataataaa
atcctctgctcccttcctcattagcttgcacagtttcctttcatgagctg
aaggatgagcatgatgttttagagccttttccaggtcctgactcctgggc
catgccccagtgggaggctcttcatggaggcacactccactccaggggag
catctctctgctactctgtattgctggggaggtgactgtcctgaagcaaa
gtgatcaccggtgtgttcatgtgctcctaagggaaatgtctccttggaat
gttctagagaatactaagctatcatgtgaggtacatgagttttctacaga
tactaactatattcaaatcaaatctggtttgtatagtccatgaaactctg
gaagcaaaagaggagtgggtgaagggcaagcctttattttactttcaaac
attttgatgctcttaaatttgcaagaacataaagggaagtttatgtatag
tgatataatttcaaagctaaatgggagtttggaaattcctgaatgtagtc
cctgtattttagatgcaaaagaacccagataagtaaggttatttgtacaa
gaccacataacgaggcaaaggaaaagctttggttatgatgtccagttttc
acttctcgaataaatgttaacatcctggatttggggacaggtagaaatga
tttggggtcttgaatctttgacttaatagctgttgcagacacatcaaaaa
taaaacagttcacataaatacatgtccaacgtaacagcttacatgtctat
aatatagatttgtagaggtgatagactttactttcatcatgggtatcact
agctatgtgtgatacatattatataaagggtatagaatacatgctcatag
tagtctcgtggatagaaatgcatatagaagcttgaacatttaaatttgct
taatgaa
gaattccaagaacatttgaaatgatttctttaagttctataaaaaataat
cactgaatagattttataccaagcaaagctatcattcacaattacaggaa
aacattaaactttttccaggataatataaactaaggcaatttgtgtcact
gagatagaattgtggacgactgtaaaggaatcaaacactcagaaatgaaa
gaaaaatataagtgatatcaagagtttagaaaagcatatatattatgaga
aaaatagataaacaaaaataattaggaaagactcaaatatatgttcagag
aaccagtatcattgtcttcatgatccaatcaaaagacctagactggatta
caataatagatccaactgtttattgtctacaagaaactcattacagtgac
aaagatatacacagtttgtaggtgtaagtgtagaaaataatattctcaac
aagtggaaccgcaaatcaagaagtatctataataatttggcacagacgat
gttaactcaaaattaggggagataaataaggtcattatacatttatacaa
agaacaagtaacccacctagagaatttgataagatgattataatatatat
gttgtgaatgttgtacaagcttcttttaaaatacactacaagaaataaaa
gtatggataagtctaaacaatagtgtcaaagaactaaaatgtttagaaat
aatcctaaccgatgatgtgaagatctcgacagtcaagagtatacaacacc
aaaaaaaaaaaaaaaaaaatcaaagaaaccgtggagagggtggtagtgac
tagtccccccagtgttatgggttgacagaacttatgttgataaaatggct
attataccaaaaattatcacaaagttaatgttatcctcatcagaattcaa
atgtaacctttaaattatattctataccatagtaacaaatagatggtgct
atataaagacacaaaccaatctagcagcatagatgaccagacatgaacca
gaaattccatctgatttctgtgtagtcagctttactactgacaggtaatt
atgtcagacatttagagaactcacaaatataatagcaaactgcaataatc
tgtggatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_99497306_99498440
seq2: B6Ng01-086L04.b_47_1153 (reverse)

seq1  TTCATTATAAAGCAAAATTTAAATGTATCAAAGGCCTTTCCTATATTTGC  50
      ||||||   |||| |||||||||||| ||||  ||  |||   ||| |||
seq2  TTCATT---AAGC-AAATTTAAATGT-TCAA--GC--TTC---TATATGC  38

seq1  AATTTCTATCCACGAGACTACTTATGAAGCAATTGTATTCTTAATACCCT  100
       |||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||  |||||||
seq2  -ATTTCTATCCACGAGACTAC-TATG-AGCA--TGTATTCT--ATACCCT  81

seq1  TTAATTATAATTAATGTAATCACACATAGCTAGTGATACCCATGATGGAA  150
      |||  ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTA--TATAAT--ATGT-ATCACACATAGCTAGTGATACCCATGAT-GAA  125

seq1  AGTAAAGTCTAATCACCCTCTACAAAATCTATATTATAGACATGTAAGCT  200
      |||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGTCT-ATCA-CCTCTAC-AAATCTATATTATAGACATGTAAGCT  172

seq1  GTTACGTTGGACATGTATTTATGTGAACTGTTTTATTTTTGATGTGTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACGTTGGACATGTATTTATGTGAACTGTTTTATTTTTGATGTGTCTG  222

seq1  CAACAGCTATTAAGTCAAAGATTCAAGACCCCAAATCATTTCTACCTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCTATTAAGTCAAAGATTCAAGACCCCAAATCATTTCTACCTGTC  272

seq1  CCCAAATCCAGGATGTTAACATTTATTCGAGAAGTGAAAACTGGACATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATCCAGGATGTTAACATTTATTCGAGAAGTGAAAACTGGACATCA  322

seq1  TAACCAAAGCTTTTCCTTTGCCTCGTTATGTGGTCTTGTACAAATAACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAAGCTTTTCCTTTGCCTCGTTATGTGGTCTTGTACAAATAACCT  372

seq1  TACTTATCTGGGTTCTTTTGCATCTAAAATACAGGGACTACATTCAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATCTGGGTTCTTTTGCATCTAAAATACAGGGACTACATTCAGGAA  422

seq1  TTTCCAAACTCCCATTTAGCTTTGAAATTATATCACTATACATAAACTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAACTCCCATTTAGCTTTGAAATTATATCACTATACATAAACTTC  472

seq1  CCTTTATGTTCTTGCAAATTTAAGAGCATCAAAATGTTTGAAAGTAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATGTTCTTGCAAATTTAAGAGCATCAAAATGTTTGAAAGTAAAAT  522

seq1  AAAGGCTTGCCCTTCACCCACTCCTCTTTTGCTTCCAGAGTTTCATGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTTGCCCTTCACCCACTCCTCTTTTGCTTCCAGAGTTTCATGGAC  572

seq1  TATACAAACCAGATTTGATTTGAATATAGTTAGTATCTGTAGAAAACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAACCAGATTTGATTTGAATATAGTTAGTATCTGTAGAAAACTCA  622

seq1  TGTACCTCACATGATAGCTTAGTATTCTCTAGAACATTCCAAGGAGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTCACATGATAGCTTAGTATTCTCTAGAACATTCCAAGGAGACAT  672

seq1  TTCCCTTAGGAGCACATGAACACACCGGTGATCACTTTGCTTCAGGACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTAGGAGCACATGAACACACCGGTGATCACTTTGCTTCAGGACAG  722

seq1  TCACCTCCCCAGCAATACAGAGTAGCAGAGAGATGCTCCCCTGGAGTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCCCCAGCAATACAGAGTAGCAGAGAGATGCTCCCCTGGAGTGGA  772

seq1  GTGTGCCTCCATGAAGAGCCTCCCACTGGGGCATGGCCCAGGAGTCAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCTCCATGAAGAGCCTCCCACTGGGGCATGGCCCAGGAGTCAGGA  822

seq1  CCTGGAAAAGGCTCTAAAACATCATGCTCATCCTTCAGCTCATGAAAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAAAAGGCTCTAAAACATCATGCTCATCCTTCAGCTCATGAAAGGA  872

seq1  AACTGTGCAAGCTAATGAGGAAGGGAGCAGAGGATTTTATTATGAGTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGCAAGCTAATGAGGAAGGGAGCAGAGGATTTTATTATGAGTGTT  922

seq1  AAGGAAAGCCCATGAAAATCTGCTTAGCTGGAAAAGGATATAATGCAATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGCCCATGAAAATCTGCTTAGCTGGAAAAGGATATAATGCAATC  972

seq1  AGTGACTGTGGAAAATAATGGCTATGTATCAGAGAAAAACAACCTGAGGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTGTGGAAAATAATGGCTATGTATCAGAGAAAAACAACCTGAGGC  1022

seq1  TGTTTCAGGGTTTTCTAGTGCTCTATAAAAACACACTTCGCAAGAAGTGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAGGGTTTTCTAGTGCTCTATAAAAACACACTTCGCAAGAAGTGC  1072

seq1  TTCTCGAAAGCAAAGATATTTTTGGTTGTGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGAAAGCAAAGATATTTTTGGTTGTGAATTC  1107

seq1: chr3_99349622_99350748
seq2: B6Ng01-086L04.g_69_1177

seq1  GAATTCCAAGAACATTTGAAATGATTTCTTTAAGTTCTATAAAAAATAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGAACATTTGAAATGATTTCTTTAAGTTCTATAAAAAATAAT  50

seq1  CACTGAATAGATTTTATACCAAGCAAAGCTATCATTCACAATTACAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAATAGATTTTATACCAAGCAAAGCTATCATTCACAATTACAGGAA  100

seq1  AACATTAAACTTTTTCCAGGATAATATAAACTAAGGCAATTTGTGTCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTAAACTTTTTCCAGGATAATATAAACTAAGGCAATTTGTGTCACT  150

seq1  GAGATAGAATTGTGGACGACTGTAAAGGAATCAAACACTCAGAAATGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGAATTGTGGACGACTGTAAAGGAATCAAACACTCAGAAATGAAA  200

seq1  GAAAAATATAAGTGATATCAAGAGTTTAGAAAAGCATATATATTATGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATATAAGTGATATCAAGAGTTTAGAAAAGCATATATATTATGAGA  250

seq1  AAAATAGATAAACAAAAATAATTAGGAAAGACTCAAATATATGTTCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGATAAACAAAAATAATTAGGAAAGACTCAAATATATGTTCAGAG  300

seq1  AACCAGTATCATTGTCTTCATGATCCAATCAAAAGACCTAGACTGGATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGTATCATTGTCTTCATGATCCAATCAAAAGACCTAGACTGGATTA  350

seq1  CAATAATAGATCCAACTGTTTATTGTCTACAAGAAACTCATTACAGTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATAGATCCAACTGTTTATTGTCTACAAGAAACTCATTACAGTGAC  400

seq1  AAAGATATACACAGTTTGTAGGTGTAAGTGTAGAAAATAATATTCTCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATATACACAGTTTGTAGGTGTAAGTGTAGAAAATAATATTCTCAAC  450

seq1  AAGTGGAACCGCAAATCAAGAAGTATCTATAATAATTTGGCACAGACGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAACCGCAAATCAAGAAGTATCTATAATAATTTGGCACAGACGAT  500

seq1  GTTAACTCAAAATTAGGGGAGATAAATAAGGTCATTATACATTTATACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTCAAAATTAGGGGAGATAAATAAGGTCATTATACATTTATACAA  550

seq1  AGAACAAGTAACCCACCTAGAGAATTTGATAAGATGATTATAATATATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAGTAACCCACCTAGAGAATTTGATAAGATGATTATAATATATAT  600

seq1  GTTGTGAATGTTGTACAAGCTTCTTTTAAAATACACTACAAGAAATAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAATGTTGTACAAGCTTCTTTTAAAATACACTACAAGAAATAAAA  650

seq1  GTATGGATAAGTCTAAACAATAGTGTCAAAGAACTAAAATGTTTAGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGATAAGTCTAAACAATAGTGTCAAAGAACTAAAATGTTTAGAAAT  700

seq1  AATCCTAACCGATGATGTGAAGATCTCGACAGTCAAGAGTATACAACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTAACCGATGATGTGAAGATCTCGACAGTCAAGAGTATACAACACC  750

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAAGAAACCGTGGAGAGGGTGGTAGTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAAGAAACCGTGGAGAGGGTGGTAGTGAC  800

seq1  TAGTCCCCCCAGTGTTAATGGGTTGACAGAACTTATGTTGATAAAATGGC  850
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCCCCAGTGTT-ATGGGTTGACAGAACTTATGTTGATAAAATGGC  849

seq1  TATTATACCAAAAATTATCACAAAGTTAATGTTATCCTCATCAGAATTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATACCAAAAATTATCACAAAGTTAATGTTATCCTCATCAGAATTCA  899

seq1  AATGTAACCTTTAAATTATATTCTATAACCATAGTAACAAAATAAGATGG  950
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||
seq2  AATGTAACCTTTAAATTATATTCTAT-ACCATAGTAACAAA--TAGATGG  946

seq1  TGCTATAATAAAAGACAACAAAACCAATCTAGCAGCATAGATGACACAGA  1000
      |||||||   |||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGCTATA--TAAAGACA--CAAACCAATCTAGCAGCATAGATGAC-CAGA  991

seq1  CATGAACCAGAAAATTCCCATCTGATTTCTGTGTTAGGTCAGCTGTACTA  1050
      |||||||||||||  | |||||||||||||||||   ||||||| |||||
seq2  CATGAACCAGAAA--TTCCATCTGATTTCTGTGT--AGTCAGCTTTACTA  1037

seq1  CTGACAGGGTAATTATGTCCAGAACATTTAGAGAACTCACAAATATAATA  1100
      |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACA-GGTAATTATGT-CAG-ACATTTAGAGAACTCACAAATATAATA  1084

seq1  GCAAAACTGCAAATAATCCTGT-GATTA  1127
      || ||||||| |||||| |||| |||||
seq2  GC-AAACTGC-AATAAT-CTGTGGATTA  1109