BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090N11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 61,124,434 - 61,278,802
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRap2b, LOC666891
Upstream geneLOC669823, LOC100040485, Mbnl1, LOC676933, LOC100040501, EG666853, P2ry1
Downstream geneLOC669910, LOC676965, 4631416L12Rik, Dhx36
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090N11.bB6Ng01-090N11.g
ACCDH903033DH903034
length1,1661,172
definitionDH903033|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090N11, 5' end.DH903034|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,124,434 - 61,125,614)(61,277,612 - 61,278,802)
sequence
gaattcattactgtgaacccaaggagactcaaaagaaaacataacaggag
gttgctcacctcatggtatccaggaagcagagaggccaacaggaaggcta
agaacaagatatattcttatatattcacatattcttatatatcttatata
ttcatatatataaaggaacaatcccaagggcctgctgtctgctattggtc
tccccaccatggcccacaccacacagtatgacatcatccatgaattaacc
tacagattaagtaaagtgacaacatcatcatcatccaattatatctcaat
ggttttgtcaatgggaggccaagcctgttgggacaatcatatttaaacca
ataaaaaggacaagactaccacattcctttataaacaaccgactatgaat
aaagaaaggatgcccaaagcacagtggatagaaactgcaaaatgtgggga
tgaaagggaaggactttcatccgatggagaaagtgaagttcttcttacta
gactgaatgaccaagatgctgggtcttgcaatctgaaccttcactgtgct
ctgacgggcttctcatctgaagaattggagtagagcacatgtcagggctt
ttgtagtgaactgaaagaagagagggctgagccaatcccagccaaccttt
ttgataagagcccctactaacactgactggtcctcacaagtcacgagact
gccagcttccctaggtactgtggctctgtgtccaggaagcttgtgataga
gaactcccatatgacttatacagagaaaggaagcaactgaagaggtgact
tatatgctacaatgtatgcgatagtttggaagtagtttgagtgtgttcag
atgtcataaacttggtcctcaatttgatcatatttttaggtgaaggaaca
tttaaaagtgaaaagctggagcctatgagaggccacaggctattgttctt
ggccgagttagtgtagtatgtgtgctggtagtgactgcaatatagatgct
ttggtatcttcttttgagtataggacctcaggatttgtaaactatactac
tgaaacgaattacatatttctagttgtaaataacaatttcatctatcagt
gttctgggagggagaagacagggaagaatcttgattgccattgaaacaat
gtaattattacgactt
gaattctagttttaataaagttagatttttctcacttccctctcaaaaat
cacccaaaactcacagagaataaaatatcaaattcaaatttcatgttgat
aagtcaagaaaataagaaaattcccagttggtctgaacagaaaagcacca
gaatcatgaaggtcagacaggcaaccaatcccctaaaacatggaatggtt
cctgcagcccacgttctcagaaagatgatggggaatcacggtcttcctct
tgtggtgttttttctaagtgacttcaaaacagacaactactgtcatgaca
tgagaaaaagggcctagagaccttgtggtggggacttcaccatcatgtgg
acaaggtgggcagaaagggaatggtaagggaacctctactatctcagtat
actgagagggttatgactctgaatccagagctctcacatgtttccaggag
tgttccatcagtaaggtagtgacagcagggaccttctgccttcctgggaa
actacaaagataccctcaattctaaacactgttgaagaaagtgccttcac
aggctgctggggcaatgtgacccaagcatgctattctgagtcagaagctt
cacaagtgaaaggggaattaattgtaaaatgtgactgtgcatgttctcgg
gaagcctggtttccccacttataaaatgttgaaagacaaacttcaaccaa
gtaggagatgtctgcaaacaccagagcttacctacaagtgatatataatg
tttatctttactggtaagaacttagaccccaaaaaagtggtgataacagt
taatgaagagaatctagatagttgttgggtttttgttgtttttgttttgt
ttattttttaaagtgatagttgaaacccaaaaacaaagattgaaactaat
ggtgaaatgtgttgattccctcacatgtaaataacatttaaataatatca
tgtatagctatatcagtcaaataaaggtctattattaggatgaaaaagac
tgtacatcttagtaaggtgaccaagaggatacagtaaatttatattcaat
ttacattcagaatgttactgatgtcaacagtctcataattggctctaaga
gaatggacatacaaatcttactgcaatcacaccaacattacatcgtcaga
gttcaggtgtttaatctctgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_61124434_61125614
seq2: B6Ng01-090N11.b_49_1214

seq1  GAATTCATTACTGTGAACCCAAGGAGACTCAAAAGAAAACATAACAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACTGTGAACCCAAGGAGACTCAAAAGAAAACATAACAGGAG  50

seq1  GTTGCTCACCTCATGGTATCCAGGAAGCAGAGAGGCCAACAGGAAGGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCACCTCATGGTATCCAGGAAGCAGAGAGGCCAACAGGAAGGCTA  100

seq1  AGAACAAGATATATTCTTATATATTCACATATTCTTATATATCTTATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAGATATATTCTTATATATTCACATATTCTTATATATCTTATATA  150

seq1  TTCATATATATAAAGGAACAATCCCAAGGGCCTGCTGTCTGCTATTGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATATATAAAGGAACAATCCCAAGGGCCTGCTGTCTGCTATTGGTC  200

seq1  TCCCCACCATGGCCCACACCACACAGTATGACATCATCCATGAATTAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCATGGCCCACACCACACAGTATGACATCATCCATGAATTAACC  250

seq1  TACAGATTAAGTAAAGTGACAACATCATCATCATCCAATTATATCTCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATTAAGTAAAGTGACAACATCATCATCATCCAATTATATCTCAAT  300

seq1  GGTTTTGTCAATGGGAGGCCAAGCCTGTTGGGACAATCATATTTAAACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTCAATGGGAGGCCAAGCCTGTTGGGACAATCATATTTAAACCA  350

seq1  ATAAAAAGGACAAGACTACCACATTCCTTTATAAACAACCGACTATGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGGACAAGACTACCACATTCCTTTATAAACAACCGACTATGAAT  400

seq1  AAAGAAAGGATGCCCAAAGCACAGTGGATAGAAACTGCAAAATGTGGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGGATGCCCAAAGCACAGTGGATAGAAACTGCAAAATGTGGGGA  450

seq1  TGAAAGGGAAGGACTTTCATCCGATGGAGAAAGTGAAGTTCTTCTTACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGGAAGGACTTTCATCCGATGGAGAAAGTGAAGTTCTTCTTACTA  500

seq1  GACTGAATGACCAAGATGCTGGGTCTTGCAATCTGAACCTTCACTGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAATGACCAAGATGCTGGGTCTTGCAATCTGAACCTTCACTGTGCT  550

seq1  CTGACGGGCTTCTCATCTGAAGAATTGGAGTAGAGCACATGTCAGGGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGGGCTTCTCATCTGAAGAATTGGAGTAGAGCACATGTCAGGGCTT  600

seq1  TTGTAGTGAACTGAAAGAAGAGAGGGCTGAGCCAATCCCAGCCAACCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTGAACTGAAAGAAGAGAGGGCTGAGCCAATCCCAGCCAACCTTT  650

seq1  TTGATAAGAGCCCCTACTAACACTGACTGGTCCTCACAAGTCAGGAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGATAAGAGCCCCTACTAACACTGACTGGTCCTCACAAGTCACGAGACT  700

seq1  GCCAGCTTCCCTAGGTACTGTGGCTCTGTGTCCAGGAAGCTTGTGATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTTCCCTAGGTACTGTGGCTCTGTGTCCAGGAAGCTTGTGATAGA  750

seq1  GAACTCCCATATGACTTATACAGAGAAAGGAAGCAACTGAAGAGGTGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCCATATGACTTATACAGAGAAAGGAAGCAACTGAAGAGGTGACT  800

seq1  TATATGCTACAATGTATGCGATAGTTTGGAAGTAGTTTGAGTGTGTTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCTACAATGTATGCGATAGTTTGGAAGTAGTTTGAGTGTGTTCAG  850

seq1  ATGTCATAAACTTGGTCCTCAATTTGATCATATTTTTAGGTGAAGGAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATAAACTTGGTCCTCAATTTGATCATATTTTTAGGTGAAGGAACA  900

seq1  TTTAAAAGGTGAAAAGCTGGAGCCTATGAGAGGCCACCAGGCTATTGTTC  950
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTAAAA-GTGAAAAGCTGGAGCCTATGAGAGGCCA-CAGGCTATTGTTC  948

seq1  TTGGCCGAGGTTAGTGTAGTTATGTGTGCTTGGTTAGTGACTGCAATAAT  1000
      |||||||| |||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||  
seq2  TTGGCCGA-GTTAGTGTAG-TATGTGTGCT--GGTAGTGACTGCAATA--  992

seq1  AAGATGCTTTGGTATCTTTCTTTTGAAGTATAGGACCTCAAGGATTTGTA  1050
       ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGATGCTTTGGTATC-TTCTTTTG-AGTATAGGACCTC-AGGATTTGTA  1039

seq1  AACTATTACCTACTGAAACGAA-TACATA-TTCTAGTGTAAAATAACAAT  1098
      ||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||
seq2  AACTAT--ACTACTGAAACGAATTACATATTTCTAGTTGTAAATAACAAT  1087

seq1  TCCATCTACCAAGTTGTCTGGGA-GGAGA--GCAGGGGAGAGAAATCTTG  1145
      | |||||| | |||  ||||||| |||||   ||||| ||   |||||||
seq2  TTCATCTATC-AGTGTTCTGGGAGGGAGAAGACAGGGAAG---AATCTTG  1133

seq1  ATATGGCCATGGAAACAATGTAATTATTACGGACTT  1181
        || ||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  --ATTGCCATTGAAACAATGTAATTATTAC-GACTT  1166

seq1: chr3_61277612_61278802
seq2: B6Ng01-090N11.g_68_1239 (reverse)

seq1  TCCAGAGATTAAACAACTGGAATACTTGAACAGAAATTGTAATGATGTGT  50
      ||||||||||||||| ||| | |       | ||   ||||||| || ||
seq2  TCCAGAGATTAAACACCTGAACT-------CTGACGATGTAATGTTG-GT  42

seq1  GTGGAATGCAGTAAAGATTGTATGT-CATACTC-TATAGCC-ATTATGGA  97
      || || ||||||||   |||||||| ||| ||| || |||| ||||||  
seq2  GT-GATTGCAGTAAGATTTGTATGTCCATTCTCTTAGAGCCAATTATG--  89

seq1  AGACTGTTGACAATCAGT-ACATTCTGAATGTAAATTGAATATAAATATT  146
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGACTGTTGAC-ATCAGTAACATTCTGAATGTAAATTGAATATAAAT-TT  137

seq1  ACTGGTATCCTTCTTGGTCACTTTACTAAAGATGTACATGTCTTTTTCAT  196
      ||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  ACT-GTATCC-TCTTGGTCACCTTACT-AAGATGTACA-GTCTTTTTCAT  183

seq1  CTTAATAATAGACCTTTAATTTGAACTGATATTAGCTATACATGATATTA  246
      | ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTAATAATAGACCTTT-ATTTG-ACTGATA-TAGCTATACATGATATTA  230

seq1  TTTTAAATGTTATTTACATGTGAGGGAATCAACACATTTCACCATTAGTT  296
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTAAATGTTATTTACATGTGAGGGAATCAACACATTTCACCATTAGTT  279

seq1  TCAATCTTTTGTTTTTTGGTTTCAACTATCACTTTAAAAAATAAACAAAA  346
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATC-TTTGTTTTTGGGTTTCAACTATCACTTTAAAAAATAAACAAAA  328

seq1  CAAAAACAAACAAAAACCCAACAACTATCTAGATTCTCTTCATTAACTGT  396
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAC-AACAAAAACCCAACAACTATCTAGATTCTCTTCATTAACTGT  377

seq1  TATCACCACTTTTTTGGGGTCTAAGTTCTTACCAGTAAAGATAAACATTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCACTTTTTTGGGGTCTAAGTTCTTACCAGTAAAGATAAACATTA  427

seq1  TATATCACTTGTAGGTAAGCTCTGGTGTTTGCAGACATCTCCTACTTGGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCACTTGTAGGTAAGCTCTGGTGTTTGCAGACATCTCCTACTTGGT  477

seq1  TGAAGTTTGTCTTTCAACATTTTATAAGTGGGGAAACCAGGCTTCCCGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTTGTCTTTCAACATTTTATAAGTGGGGAAACCAGGCTTCCCGAG  527

seq1  AACATGCACAGTCACATTTTACAATTAATTCCCCTTTCACTTGTGAAGCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCACAGTCACATTTTACAATTAATTCCCCTTTCACTTGTGAAGCT  577

seq1  TCTGACTCAGAATAGCATGCTTGGGTCACATTGCCCCAGCAGCCTGTGAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTCAGAATAGCATGCTTGGGTCACATTGCCCCAGCAGCCTGTGAA  627

seq1  GGCACTTTCTTCAACAGTGTTTAGAATTGAGGGTATCTTTGTAGTTTCCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTTCTTCAACAGTGTTTAGAATTGAGGGTATCTTTGTAGTTTCCC  677

seq1  AGGAAGGCAGAAGGTCCCTGCTGTCACTACCTTACTGATGGAACACTCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGCAGAAGGTCCCTGCTGTCACTACCTTACTGATGGAACACTCCT  727

seq1  GGAAACATGTGAGAGCTCTGGATTCAGAGTCATAACCCTCTCAGTATACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACATGTGAGAGCTCTGGATTCAGAGTCATAACCCTCTCAGTATACT  777

seq1  GAGATAGTAGAGGTTCCCTTACCATTCCCTTTCTGCCCACCTTGTCCACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGTAGAGGTTCCCTTACCATTCCCTTTCTGCCCACCTTGTCCACA  827

seq1  TGATGGTGAAGTCCCCACCACAAGGTCTCTAGGCCCTTTTTCTCATGTCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTGAAGTCCCCACCACAAGGTCTCTAGGCCCTTTTTCTCATGTCA  877

seq1  TGACAGTAGTTGTCTGTTTTGAAGTCACTTAGAAAAAACACCACAAGAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTAGTTGTCTGTTTTGAAGTCACTTAGAAAAAACACCACAAGAGG  927

seq1  AAGACCGTGATTCCCCATCATCTTTCTGAGAACGTGGGCTGCAGGAACCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCGTGATTCCCCATCATCTTTCTGAGAACGTGGGCTGCAGGAACCA  977

seq1  TTCCATGTTTTAGGGGATTGGTTGCCTGTCTGACCTTCATGATTCTGGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTTTTAGGGGATTGGTTGCCTGTCTGACCTTCATGATTCTGGTG  1027

seq1  CTTTTCTGTTCAGACCAACTGGGAATTTTCTTATTTTCTTGACTTATCAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTGTTCAGACCAACTGGGAATTTTCTTATTTTCTTGACTTATCAA  1077

seq1  CATGAAATTTGAATTTGATATTTTATTCTCTGTGAGTTTTGGGTGATTTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATTTGAATTTGATATTTTATTCTCTGTGAGTTTTGGGTGATTTT  1127

seq1  TGAGAGGGAAGTGAGAAAAATCTAACTTTATTAAAACTAGAATTC  1191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGGAAGTGAGAAAAATCTAACTTTATTAAAACTAGAATTC  1172