BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090P11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,240,538 - 83,353,963
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNpy2r, LOC100041940, EG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2
Downstream gene1700028M03Rik, LOC100042007, LOC100042091, Sfrp2, LOC633522, Tlr2, D930015E06Rik, Mnd1, Trim2, EG624713, 6330505N24Rik, Arfip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090P11.bB6Ng01-090P11.g
ACCDH903127DH903128
length1,0981,208
definitionDH903127|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090P11, 5' end.DH903128|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090P11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,352,852 - 83,353,963)(83,240,538 - 83,241,758)
sequence
gaattcttactgcacatgaactgcttcaggctggaaatacagcagggact
tcatctctatcatacataccccatgggagagactgagaatattaaatgag
aattatttagatcatcaaatgtcgtcagtggaaagaaacagacaaaatac
tgaatcctacaagtagtatgtctatttcctcactattgttccaccagcca
tctcaggagcgtctcccctttcttaacacccttgtgtcagagctgcagag
ggaaacaggaggtgagacttggaggtaggagtttcgatctcagaacatct
gcaggaacctgatcgtggctggaggacccgatatggaaggaatgacatgt
aagccgatttaagtcatctctaattccaacaccacgctggtgaatgatct
catgacctcagagagaaaaagaaaacaaggacagcagaacaggtaacccc
tctttaacccagaccataccaaactaaatcacttcctaactggcagtgac
tgcaggaagagatccagtcgacaggcaaagcaaccttgtgtgaaaaaaaa
aaaacgatgcagttgtttttacttggaaatgtctcggagagacatttaag
atggcctccttgagggaaggttacactgtagtcagtgtagggtactatac
attccttgggaaaatatgtgcatctccccaccccccaacccttaccccac
ccctgtgatgccggctggaggccactcaccggcatcatagaaggctgtgc
tgcagtcatactgttcccgataaagaaactgtgagcgctgaggtgccttt
tttggagctcctatgattgactctctgatcgaaactctgaatccaaaatg
cccattccagctcagatgtgtgacttaagagcaagcttgtgtgtatagca
ggaactccatagaacaaaggaccccgggtattcaaagaccctcttttatt
caactttgtatcagtctgcatgatttttgcatatgtgagaaaatgatata
cgcccccagtagatcacgcagtaataacacatagtaaatgtcctctgagg
gagaaaatattgactatgtggactaagggtgggcgtgtgcaggccttg
gaattccatccttggacaagggctgaccttgagtagagcaaaagagaggc
agtgaagccagcagagctttaggcgatcttatgggctcaggacacataag
ttatagtggagatgccaaaacatctaggacttcagagaccaagatcttgg
agataggaaatccaaataaataagcccagcatttagtggttttcccctca
gaggaatttcccaaatattaatatgttcagacaaggactctgtaaccaag
taactttttaaaaacagagcagtatttctagaagtctccgaagggagggg
tgggactgactgaaggcttaaagattcagaaaccttaaagaacaggatct
gagaaatatccccggttctctgtaagacttctaaaaaggtacaatgtggg
acggaatcaaccaaacccctgagaactgaaagtcagactagagtgactaa
tactgactgaagtaaagttacagattcatcttgttgcccatgaaatcatg
aaaagccccagccatggacaacatgccgtcatctagaccagtggattgca
accccttcgacaaacctctgtctccaaaaatatttacattgaccttcatg
ttagtatcaaaattacagctatgaagtagcaataaaaaacgatttgatgg
ttgggtcaccacagtatgagatattatactaaagggtcacagcatcagga
aagttgagaagcactggcttagaacttttggttttacaacctaacatttg
tttaaaactgtgaggtgagggaacccttatctattaatggtaggatttaa
gtaggtccaaccactacggaattcatacttaacctcctgaattcaaagca
aaaactaaaactaaaaatagagttactgtactagccagctgtaccactca
aaggactatgtatacatggttaaaggtttgctttgtactcgaagggctct
gaagtcaacatatcacaaagatacccacacatccatgcttgctgtagcac
tgatcataagagcaaagttatgatgttatgagctaggtgagcattgcaac
tgagtcaaaaaatgagcaaatatacacagtagagttttactcatcatgaa
tatgtcatttttcatgaaaattgagcaactgaagagcatcgttttaagca
acgaacgatcaagagctcggttcatagctttgaagttatataacattgaa
ataatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83352852_83353963
seq2: B6Ng01-090P11.b_50_1147 (reverse)

seq1  CAAGGGCCCTGCACACGCCACCCCTTAGTCCACATTAAGTCAAATATTTT  50
      |||||  ||||||||||||  ||||||||||||||  |||| ||||||||
seq2  CAAGG--CCTGCACACGCCCACCCTTAGTCCACAT--AGTC-AATATTTT  45

seq1  CTCCCTCAGAGGGAACATTTACTATGTGTTTATTACTGCGTGATCCTACC  100
      ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |
seq2  CTCCCTCAGAGG--ACATTTACTATGTG-TTATTACTGCGTGAT-CTA-C  90

seq1  TGGGGGCGTAATATCATTTTCTCACATATGCAAAAATCATGCAAGACTGA  150
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGGGGCGT-ATATCATTTTCTCACATATGCAAAAATCATGC-AGACTGA  138

seq1  TACAAAGTTGAATAAAAGAGGGTCTTTGAATACCCGGGGTCCTTTGTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTTGAATAAAAGAGGGTCTTTGAATACCCGGGGTCCTTTGTTCT  188

seq1  ATGGAGTTCCTGCTATACACACAAGCTTGCTCTTTAAGTCACACATCTGA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTTCCTGCTATACACACAAGCTTGCTC-TTAAGTCACACATCTGA  237

seq1  GCTGGAATGGGCATTTTGGATTCAGAGTTTCGATCAGAGAGTCAATCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAATGGGCATTTTGGATTCAGAGTTTCGATCAGAGAGTCAATCATA  287

seq1  GGAGCTCCAAAAAAGGCACCTCAGCGCTCACAGTTTCTTTATCGGGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCCAAAAAAGGCACCTCAGCGCTCACAGTTTCTTTATCGGGAACA  337

seq1  GTATGACTGCAGCACAGCCTTCTATGATGCCGGTGAGTGGCCTCCAGCCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGACTGCAGCACAGCCTTCTATGATGCCGGTGAGTGGCCTCCAGCCG  387

seq1  GCATCACAGGGGTGGGGTAAGGGTTGGGGGGTGGGGAGATGCACATATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCACAGGGGTGGGGTAAGGGTTGGGGGGTGGGGAGATGCACATATTT  437

seq1  TCCCAAGGAATGTATAGTACCCTACACTGACTACAGTGTAACCTTCCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGGAATGTATAGTACCCTACACTGACTACAGTGTAACCTTCCCTC  487

seq1  AAGGAGGCCATCTTAAATGTCTCTCCGAGACATTTCCAAGTAAAAACAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGCCATCTTAAATGTCTCTCCGAGACATTTCCAAGTAAAAACAAC  537

seq1  TGCATCGTTTTTTTTTTTTTCACACAAGGTTGCTTTGCCTGTCGACTGGA  600
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCG-TTTTTTTTTTTTCACACAAGGTTGCTTTGCCTGTCGACTGGA  586

seq1  TCTCTTCCTGCAGTCACTGCCAGTTAGGAAGTGATTTAGTTTGGTATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCTGCAGTCACTGCCAGTTAGGAAGTGATTTAGTTTGGTATGGT  636

seq1  CTGGGTTAAAGAGGGGTTACCTGTTCTGCTGTCCTTGTTTTCTTTTTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTAAAGAGGGGTTACCTGTTCTGCTGTCCTTGTTTTCTTTTTCTC  686

seq1  TCTGAGGTCATGAGATCATTCACCAGCGTGGTGTTGGAATTAGAGATGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGTCATGAGATCATTCACCAGCGTGGTGTTGGAATTAGAGATGAC  736

seq1  TTAAATCGGCTTACATGTCATTCCTTCCATATCGGGTCCTCCAGCCACGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCGGCTTACATGTCATTCCTTCCATATCGGGTCCTCCAGCCACGA  786

seq1  TCAGGTTCCTGCAGATGTTCTGAGATCGAAACTCCTACCTCCAAGTCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTCCTGCAGATGTTCTGAGATCGAAACTCCTACCTCCAAGTCTCA  836

seq1  CCTCCTGTTTCCCTCTGCAGCTCTGACACAAGGGTGTTAAGAAAGGGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGTTTCCCTCTGCAGCTCTGACACAAGGGTGTTAAGAAAGGGGAG  886

seq1  ACGCTCCTGAGATGGCTGGTGGAACAATAGTGAGGAAATAGACATACTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTCCTGAGATGGCTGGTGGAACAATAGTGAGGAAATAGACATACTAC  936

seq1  TTGTAGGATTCAGTATTTTGTCTGTTTCTTTCCACTGACGACATTTGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGGATTCAGTATTTTGTCTGTTTCTTTCCACTGACGACATTTGATG  986

seq1  ATCTAAATAATTCTCATTTAATATTCTCAGTCTCTCCCATGGGGTATGTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAATAATTCTCATTTAATATTCTCAGTCTCTCCCATGGGGTATGTA  1036

seq1  TGATAGAGATGAAGTCCCTGCTGTATTTCCAGCCTGAAGCAGTTCATGTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGAGATGAAGTCCCTGCTGTATTTCCAGCCTGAAGCAGTTCATGTG  1086

seq1  CAGTAAGAATTC  1112
      ||||||||||||
seq2  CAGTAAGAATTC  1098

seq1: chr3_83240538_83241758
seq2: B6Ng01-090P11.g_68_1275

seq1  GAATTCCATCCTTGGACAAGGGCTGACCTTGAGTAGAGCAAAAGAGAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCTTGGACAAGGGCTGACCTTGAGTAGAGCAAAAGAGAGGC  50

seq1  AGTGAAGCCAGCAGAGCTTTAGGCGATCTTATGGGCTCAGGACACATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGCCAGCAGAGCTTTAGGCGATCTTATGGGCTCAGGACACATAAG  100

seq1  TTATAGTGGAGATGCCAAAACATCTAGGACTTCAGAGACCAAGATCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTGGAGATGCCAAAACATCTAGGACTTCAGAGACCAAGATCTTGG  150

seq1  AGATAGGAAATCCAAATAAATAAGCCCAGCATTTAGTGGTTTTCCCCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGAAATCCAAATAAATAAGCCCAGCATTTAGTGGTTTTCCCCTCA  200

seq1  GAGGAATTTCCCAAATATTAATATGTTCAGACAAGGACTCTGTAACCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATTTCCCAAATATTAATATGTTCAGACAAGGACTCTGTAACCAAG  250

seq1  TAACTTTTTAAAAACAGAGCAGTATTTCTAGAAGTCTCCGAAGGGAGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTTTAAAAACAGAGCAGTATTTCTAGAAGTCTCCGAAGGGAGGGG  300

seq1  TGGGACTGACTGAAGGCTTAAAGATTCAGAAACCTTAAAGAACAGGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGACTGAAGGCTTAAAGATTCAGAAACCTTAAAGAACAGGATCT  350

seq1  GAGAAATATCCCCGGTTCTCTGTAAGACTTCTAAAAAGGTACAATGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATATCCCCGGTTCTCTGTAAGACTTCTAAAAAGGTACAATGTGGG  400

seq1  ACGGAATCAACCAAACCCCTGAGAACTGAAAGTCAGACTAGAGTGACTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAATCAACCAAACCCCTGAGAACTGAAAGTCAGACTAGAGTGACTAA  450

seq1  TACTGACTGAAGTAAAGTTACAGATTCATCTTGTTGCCCATGAAATCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACTGAAGTAAAGTTACAGATTCATCTTGTTGCCCATGAAATCATG  500

seq1  AAAAGCCCCAGCCATGGACAACATGCCGTCATCTAGACCAGTGGATTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCCCAGCCATGGACAACATGCCGTCATCTAGACCAGTGGATTGCA  550

seq1  ACCCCTTCGACAAACCTCTGTCTCCAAAAATATTTACATTGACCTTCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTCGACAAACCTCTGTCTCCAAAAATATTTACATTGACCTTCATG  600

seq1  TTAGTATCAAAATTACAGCTATGAAGTAGCAATAAAAAACGATTTGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATCAAAATTACAGCTATGAAGTAGCAATAAAAAACGATTTGATGG  650

seq1  TTGGGTCACCACAGTATGAGATATTATACTAAAGGGTCACAGCATCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCACCACAGTATGAGATATTATACTAAAGGGTCACAGCATCAGGA  700

seq1  AAGTTGAGAAGCACTGGCTTAGAACTTTTGGTTTTACAACCTAACATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGAGAAGCACTGGCTTAGAACTTTTGGTTTTACAACCTAACATTTG  750

seq1  TTTAAAACTGTGAGGTGAGGGAACCCTTATCTATTAATGGTAGGATTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACTGTGAGGTGAGGGAACCCTTATCTATTAATGGTAGGATTTAA  800

seq1  GTAGGTCCAACCACTACGGAATTCATACTTAACCTCCTGAATTCAAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTCCAACCACTACGGAATTCATACTTAACCTCCTGAATTCAAAGCA  850

seq1  AAAACTAAAACTAAAAATAGAGTTACTGTACTAGCCAGCTGTACCACTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAAAACTAAAAATAGAGTTACTGTACTAGCCAGCTGTACCACTCA  900

seq1  AAGGACTATGTATACATGGTT-AAGGTTTGC-TTGTACTCGAAGGGCTCT  948
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTATGTATACATGGTTAAAGGTTTGCTTTGTACTCGAAGGGCTCT  950

seq1  GAAGTCAACATATCACAAAGATACCCACACATCCATGCTTGCTGTAGCAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAACATATCACAAAGATACCCACACATCCATGCTTGCTGTAGCAC  1000

seq1  TGATCATAAGAGCAAAGTTATGAATGTTATGAGCTAGGTGAGCATTGGCA  1048
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGATCATAAGAGCAAAGTTATG-ATGTTATGAGCTAGGTGAGCATT-GCA  1048

seq1  ACTGAGTCCAAAAAATGAGGCACATATACACAGTAGAGTTTTACTCATCA  1098
      ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGT-CAAAAAATGA-GCAAATATACACAGTAGAGTTTTACTCATCA  1096

seq1  TGAAATTATGTCATTTTTCAGGAAAATGGAGGCAACTGAAGAGCATCGTA  1148
      ||||  |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| 
seq2  TGAA--TATGTCATTTTTCATGAAAATTGA-GCAACTGAAGAGCATCGTT  1143

seq1  TTAAGCAAAAAAGACAGATACAAAGAGCTCGTTCAATAGCTTTAGATGTT  1198
      ||||||   || ||  |||   ||||||||| |  |||||||| || |||
seq2  TTAAGC---AACGAACGAT--CAAGAGCTCGGTTCATAGCTTT-GAAGTT  1187

seq1  ATATAAACATATGAAATAATTTT  1221
      |||| ||||| ||||||||||||
seq2  ATAT-AACAT-TGAAATAATTTT  1208