BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-091E11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 120,782,238 - 120,940,733
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2510027J23Rik, LOC435752, Tmem56
Upstream genenone
Downstream geneLOC668778, LOC668780, Alg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-091E11.bB6Ng01-091E11.g
ACCDH903347DH903348
length1,063895
definitionDH903347|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091E11, 5' end.DH903348|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091E11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,939,663 - 120,940,733)(120,782,238 - 120,783,135)
sequence
gaattcacagcaatcgacttgtctctgcctccctagtggcacaactgctg
ggagtaaaagcatgcactaccactcctggccccgaaatgcatttcttaat
ggtgaattgctagtggtttctttagggtattagttagttagtaattcaca
aacttggtaatgtgcaataagttttatgacaacttttaggaagcagtcaa
gaaatgcctgtgtatacactgaattttaacaaaagtgccagcagcccgtg
cccagggccagtggcgagcatcccaagccttcaggcaaaccatgctcact
gttgggtgtagactccattctctctagctagttatctcctggcttccagg
tttgcacttgttttacctctaggaaaggtggcacatagttctgtcataac
acatttagttgatgtaccaagcctactttcctgtattatgtgattaatgg
taaacctagactaaaaggccacaaattgattttttaatgtccagtacaca
cattgaactaaaagaaatataaaaagtaagtatgcaataaagttagtgga
gtcgtacagagaaaaatggcaacatcaataattttaccaagcttacacca
aggggtgggggcagagagccaggaaggggagggagggagacgagaactca
ctatagacatagtgctgtctatattctgaaggaacactgtgggagactga
ttcagatgatgtcctggttggcaggggatgaagtgggctcaatgctaccg
cttaggcaatgacctgttgttctctctggtgagttggcttcaggaggtga
cttcctttcttcacatcgggagcttgaacacgtgtgttgattcatttccc
tccctctcacctgaccggcctctcagagacgctcggctgctggatatgag
caacgctttggctctttttggtctgaacatacttaagatttttttttctt
tctcttttgagacagggtctctctgttgttctatcttccagctcactttg
agacaggtagcctctaatcatggatattctgcttccccctgtgggtaaaa
agcatctgctacc
gaattctcacatacaccaacctttgttgtataaaccttgctccctcgctt
aaaattaattggttaataaaagactagagcctgtgattgggcagtagaga
gagaaaggcaggatttgaagatcaagtgaagagtctcagagagaccaggg
ggagaaggaaaaagaagaccaagagagcagaaggttttctttagatgaga
tggaccaggagtacatggctgagagatgtgcaccctgaggacagactgat
agagcaaagcatcctgcgtgaaactcagacagcaagtaacaaggggcata
tggtttggatgtaggtgagatatagacttacagcttgtaaatacaatacc
aggcttttgtgtcttttataggtgaagccagaataaatacttttacaata
ttccttattggtgatggtctggattggtttttcttgtgtatgctttgctc
tttcagggagcagagttgtgtgttttataatcagaaggttttcctgattt
gcccctttaaacgttcagactttcttttgatcttcatattttttcttcta
caactctgactgcatgcatccaaattttctttttcttgttcctatgttag
ttatatttatgccaccaggtttttatgtttgtttgttttagttctttagg
ttaacataagagatgatggatttcattaaggtgttttcatagtgtgcatg
cacaggcatgggtgagtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcttgtctgtg
tgtatgtgtgctcatgcatgtgtatatgcatgtgtgtatgcatgtgcatg
tgtgtgtatgtgtgtgtgcttctgtgtatgtatgcatggatgtgtgtatg
catgtttgtgtgtatgtttgccacatatgtatgctacagtgacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_120939663_120940733
seq2: B6Ng01-091E11.b_47_1109 (reverse)

seq1  GGTAGCAGATGCTTTTTATCCCAGCAGGTGGGAAGCAG-ATATCAATGAT  49
      |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||| |||||
seq2  GGTAGCAGATGCTTTTTA-CCCA-CAGG-GGGAAGCAGAATATCCATGAT  47

seq1  TTGAGGCTAACCTGGTCTACAAAGTGAGCTGGAAGATAGAACAACAGAGA  99
      | |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGCT-ACCT-GTCT-CAAAGTGAGCTGGAAGATAGAACAACAGAGA  94

seq1  GACCCTGTCTCAAAAAGAGAAAGAAAAAAAAAATCTTAAGTATGTTCAGA  149
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGTCTC-AAAAGAGAAAG-AAAAAAAAATCTTAAGTATGTTCAGA  142

seq1  CCAAAAAGAGCCAAAGCGTTTGCTCATATCCAGCAGCCGAGCGTCTCTGA  199
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAGAGCCAAAGCG-TTGCTCATATCCAGCAGCCGAGCGTCTCTGA  191

seq1  GAGGCCGGTCAGGTGAGAGGGAGGGAAATGAATCAACACACGTGTTCAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCGGTCAGGTGAGAGGGAGGGAAATGAATCAACACACGTGTTCAAG  241

seq1  CTCCCGATGTGAAGAAAGGAAGTCACCTCCTGAAGCCAACTCACCAGAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGATGTGAAGAAAGGAAGTCACCTCCTGAAGCCAACTCACCAGAGA  291

seq1  GAACAACAGGTCATTGCCTAAGCGGTAGCATTGAGCCCACTTCATCCCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACAGGTCATTGCCTAAGCGGTAGCATTGAGCCCACTTCATCCCCT  341

seq1  GCCAACCAGGACATCATCTGAATCAGTCTCCCACAGTGTTCCTTCAGAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACCAGGACATCATCTGAATCAGTCTCCCACAGTGTTCCTTCAGAAT  391

seq1  ATAGACAGCACTATGTCTATAGTGAGTTCTCGTCTCCCTCCCTCCCCTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAGCACTATGTCTATAGTGAGTTCTCGTCTCCCTCCCTCCCCTTC  441

seq1  CTGGCTCTCTGCCCCCACCCCTTGGTGTAAGCTTGGTAAAATTATTGATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTCTGCCCCCACCCCTTGGTGTAAGCTTGGTAAAATTATTGATG  491

seq1  TTGCCATTTTTCTCTGTACGACTCCACTAACTTTATTGCATACTTACTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATTTTTCTCTGTACGACTCCACTAACTTTATTGCATACTTACTTT  541

seq1  TTATATTTCTTTTAGTTCAATGTGTGTACTGGACATTAAAAAATCAATTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTCTTTTAGTTCAATGTGTGTACTGGACATTAAAAAATCAATTT  591

seq1  GTGGCCTTTTAGTCTAGGTTTACCATTAATCACATAATACAGGAAAGTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTTTTAGTCTAGGTTTACCATTAATCACATAATACAGGAAAGTAG  641

seq1  GCTTGGTACATCAACTAAATGTGTTATGACAGAACTATGTGCCACCTTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTACATCAACTAAATGTGTTATGACAGAACTATGTGCCACCTTTC  691

seq1  CTAGAGGTAAAACAAGTGCAAACCTGGAAGCCAGGAGATAACTAGCTAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGTAAAACAAGTGCAAACCTGGAAGCCAGGAGATAACTAGCTAGA  741

seq1  GAGAATGGAGTCTACACCCAACAGTGAGCATGGTTTGCCTGAAGGCTTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGGAGTCTACACCCAACAGTGAGCATGGTTTGCCTGAAGGCTTGG  791

seq1  GATGCTCGCCACTGGCCCTGGGCACGGGCTGCTGGCACTTTTGTTAAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCGCCACTGGCCCTGGGCACGGGCTGCTGGCACTTTTGTTAAAAT  841

seq1  TCAGTGTATACACAGGCATTTCTTGACTGCTTCCTAAAAGTTGTCATAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTATACACAGGCATTTCTTGACTGCTTCCTAAAAGTTGTCATAAA  891

seq1  ACTTATTGCACATTACCAAGTTTGTGAATTACTAACTAACTAATACCCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTGCACATTACCAAGTTTGTGAATTACTAACTAACTAATACCCTA  941

seq1  AAGAAACCACTAGCAATTCACCATTAAGAAATGCATTTCGGGGCCAGGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACCACTAGCAATTCACCATTAAGAAATGCATTTCGGGGCCAGGAG  991

seq1  TGGTAGTGCATGCTTTTACTCCCAGCAGTTGTGCCACTAGGGAGGCAGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTGCATGCTTTTACTCCCAGCAGTTGTGCCACTAGGGAGGCAGAG  1041

seq1  ACAAGTCGATTGCTGTGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCGATTGCTGTGAATTC  1063

seq1: chr3_120782238_120783135
seq2: B6Ng01-091E11.g_70_964

seq1  GAATTCTCACATACACCAACCTTTGTTGTATAAACCTTGCTCCCTCGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATACACCAACCTTTGTTGTATAAACCTTGCTCCCTCGCTT  50

seq1  AAAATTAATTGGTTAATAAAAGACTAGAGCCTGTGATTGGGCAGTAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAATTGGTTAATAAAAGACTAGAGCCTGTGATTGGGCAGTAGAGA  100

seq1  GAGAAAGGCAGGATTTGAAGATCAAGTGAAGAGTCTCAGAGAGACCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGCAGGATTTGAAGATCAAGTGAAGAGTCTCAGAGAGACCAGGG  150

seq1  GGAGAAGGAAAAAGAAGACCAAGAGAGCAGAAGGTTTTCTTTAGATGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGAAAAAGAAGACCAAGAGAGCAGAAGGTTTTCTTTAGATGAGA  200

seq1  TGGACCAGGAGTACATGGCTGAGAGATGTGCACCCTGAGGACAGACTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCAGGAGTACATGGCTGAGAGATGTGCACCCTGAGGACAGACTGAT  250

seq1  AGAGCAAAGCATCCTGCGTGAAACTCAGACAGCAAGTAACAAGGGGCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAAGCATCCTGCGTGAAACTCAGACAGCAAGTAACAAGGGGCATA  300

seq1  TGGTTTGGATGTAGGTGAGATATAGACTTACAGCTTGTAAATACAATACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGGATGTAGGTGAGATATAGACTTACAGCTTGTAAATACAATACC  350

seq1  AGGCTTTTGTGTCTTTTATAGGTGAAGCCAGAATAAATACTTTTACAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTTGTGTCTTTTATAGGTGAAGCCAGAATAAATACTTTTACAATA  400

seq1  TTCCTTATTGGTGATGGTCTGGATTGGTTTTTCTTGTGTATGCTTTGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATTGGTGATGGTCTGGATTGGTTTTTCTTGTGTATGCTTTGCTC  450

seq1  TTTCAGGGAGCAGAGTTGTGTGTTTTATAATCAGAAGGTTTTCCTGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGGAGCAGAGTTGTGTGTTTTATAATCAGAAGGTTTTCCTGATTT  500

seq1  GCCCCTTTAAACGTTCAGACTTTCTTTTGATCTTCATATTTTTTCTTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTTAAACGTTCAGACTTTCTTTTGATCTTCATATTTTTTCTTCTA  550

seq1  CAACTCTGACTGCATGCATCCAAATTTTCTTTTTCTTGTTCCTATGTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTGACTGCATGCATCCAAATTTTCTTTTTCTTGTTCCTATGTTAG  600

seq1  TTATATTTATGCCACCAGGTTTTTATGTTTGTTTGTTTTAGTTCTTTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTATGCCACCAGGTTTTTATGTTTGTTTGTTTTAGTTCTTTAGG  650

seq1  TTAACATAAGAGATGATGGATTTCATTAAGGTGTTTTCATAGTGTGCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATAAGAGATGATGGATTTCATTAAGGTGTTTTCATAGTGTGCATG  700

seq1  CACAGGCATGGGTGAGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGTCTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCATGGGTGAGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGTCTGTG  750

seq1  TGTATGTGTGCTCATGCATGTGTATATGCATGTGTGTATGCATGTGCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGCTCATGCATGTGTATATGCATGTGTGTATGCATGTGCATG  800

seq1  TGTGTGTATGTGTGTGTGCTTCTGTGTATGTATGCATGGATGTGTGTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTGTGTGTGCTTCTGTGTATGTATGCATGGATGTGTGTATG  850

seq1  CATGTTTGTGTGTATGTTTTGCACACATATGTATGCTACAGTGTACAT  898
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATGTTTGTGTGTATG-TTTGC-CACATATGTATGCTACAGTG-ACAT  895