BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092P19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 19,125,035 - 19,267,368
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde7a
Upstream geneCyp7b1, LOC622921, LOC100040153, Armc1, Mtfr1
Downstream geneDnajc5b, EG620290, Trim55, Crh, LOC665002, LOC100039304, LOC100040237, 4632415L05Rik, Cp, Hps3, Hltf, Gyg, Cpa3, EG664965, LOC100040283, Cpb1, Agtr1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092P19.bB6Ng01-092P19.g
ACCDH904599DH904600
length1,1381,110
definitionDH904599|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092P19, 5' end.DH904600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092P19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,266,225 - 19,267,368)(19,125,035 - 19,126,157)
sequence
gaattcatacgttagtatctattacagagcaaatttgcaactgtttcttt
cctgcttttaacttcctttctttgaagagaaaaatgtttctgtgctatgt
gtaaggaagtggtgtgaatttacaagtgtgattagagatcttagcttcac
agatgctggtgtgcattagaaacacttggccatgtggtaagatacagact
tggactcagtgggtctgggagtatacccaagattaatcatttttagcctg
tttccgtgtgatgccagcacagcaggtccatgaaccacagtgagctgcag
ggtccaaaggggatgcagctagcttactggcctgctatctgtatcagaaa
gactgagctagtgtcaagattatgagtgggaaggttttcttgctttctaa
aggaggatacaaagagtaggatacaaagttactgcttggtatcatttaca
tctcttgacccagaaataaggatcatatttctactgtagaaaaatctaga
attattcttagcagagtgggtttggtaacaactcattcaaggctcttgtg
agaatgctaagaaaaaatataggtaaataaaaaataaaacaagatgacaa
aacaatgtcttcttagctggcgtggtgattgtggaagcccatttgtcata
ctgatgtgtacaacagaggccatgatggcaggcaattcagcctaaccaaa
agctcaccactttaacctttcccaggtatataggtcactgtcactaagaa
tggcatcactgttgtctatccagcaccactacacgttttcaggatgttat
cctaccccaactacaactctgtcaactaataactcactgtttgtcttcct
gctaatcaccactctgtcttcagcctctgcaaatttgctttttcatgtct
ttgtacaagtaaaattaaacactttatccctttgtgtttaattcatatag
tatggtgctttcaagttcactcccattattacaaatatcagaattccatc
cttcaataggctaagtaatatcccataatctgcatgtctacatttggttt
atctattcattggtgatgtgtattctgaacgagctatttttctcttttct
ttcgaagacatgtgaaagtctggtaattcctcttctgg
gaattcttgctgaggaaaccagctgatcctaatttggcttctgaagattt
acctaaagggagaaagattggtagttatgtttttcattgcaaattaaaat
accaagacttttctttgcagttatcagatactgtgtgaacttgtttaagg
taatgttagcttgcaggagacttcctcagaccccggacggtcaaatatgc
tgtcactttaggaggggccagtggctgtctttgggtaatgactattatcc
tgtacccatgctaataggagagccgaatgtgggcatgggtgaccacttga
aatgaggctagtataaattgagatgtactgtaagtttaaaacacacactg
gatttcagagacttagcaacccactttaattatactaaaagaaaatattt
tggatatattagaattactaaagtttcagcttttctagaaaactgggcaa
acatttgagtgggttcactaacacttgtactttcttctaggaagtaggag
cagatacgtctgatctaaaacgtgaacggtatcccttctcatgagttagg
cctgggagggcagtaaggccactctattggcactgtggatggtggcatac
acctttaatagtaggacccagaagcagggaggtatctgagttgaggccag
tctgtctacattgttaccaggctatctgaaagaaagaattaagtggttat
tacttactgctgtaaaaggccaggaatacaaacacaactgctatttttat
ccctttcaagggtgtgatttcttaggcaatttccaacaaatgctatacaa
gaatgaccaaacggaaccagaccttgccacacttgtacggtgcagagtga
ggctcatacactccaggaagacaaagtctgcatacaacttagacttcaaa
atacccaggactgaacgggagaggcagcagctaactgatcacctagaatc
cagcatgtcacttccaaaggactgagtggtaaggtagagtgcaaagatac
caatgagcaatgaccggttttatttgtcatcagaagtgaagcacaggcac
gtgtttaacgagggtgcccaagctcccacatggcttaaactcaagtctct
caagatggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_19266225_19267368
seq2: B6Ng01-092P19.b_48_1185 (reverse)

seq1  CCAGAAGAGGAAATTTACCAGACTTTTAACATGTCTCTGGAAGAAAGGAG  50
      ||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||  | |||||| |||
seq2  CCAGAAGAGGAA--TTACCAGAC-TTTCACATGTCTTCGAAAGAAAAGAG  47

seq1  AAAATAAGCTCTGTCAGAATACACATCAACCAATGAATAGATAAACAAAA  100
      ||||  |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAATAGCTCGTTCAGAATACACATC-ACCAATGAATAGATAAACCAAA  96

seq1  TGTAGAACATGCAGATTATGGAATATTACTTAGCCTATGGAAGGATGGAA  150
      ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTAG-ACATGCAGATTATGGGATATTACTTAGCCTATTGAAGGATGGAA  145

seq1  TTCTGATATTTGTAATAATGGGAGTGAACCTTGAAAGCACCATACTATAT  200
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATATTTGTAATAATGGGAGTGAA-CTTGAAAGCACCATACTATAT  194

seq1  GAATTAAACACAAAGGGATAAAGTGTTTAATTTTACTTGTACAAAGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAACACAAAGGGATAAAGTGTTTAATTTTACTTGTACAAAGACAT  244

seq1  GAAAAAGCAAATTTGCAGAGGCTGAAGACAGAGTGGTGATTAGCAGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGCAAATTTGCAGAGGCTGAAGACAGAGTGGTGATTAGCAGGAAG  294

seq1  ACAAACAGTGAGTTATTAGTTGACAGAGTTGTAGTTGGGGTAGGATAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAGTGAGTTATTAGTTGACAGAGTTGTAGTTGGGGTAGGATAACA  344

seq1  TCCTGAAAACGTGTAGTGGTGCTGGATAGACAACAGTGATGCCATTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAAACGTGTAGTGGTGCTGGATAGACAACAGTGATGCCATTCTTA  394

seq1  GTGACAGTGACCTATATACCTGGGAAAGGTTAAAGTGGTGAGCTTTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGTGACCTATATACCTGGGAAAGGTTAAAGTGGTGAGCTTTTGGT  444

seq1  TAGGCTGAATTGCCTGCCATCATGGCCTCTGTTGTACACATCAGTATGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGAATTGCCTGCCATCATGGCCTCTGTTGTACACATCAGTATGAC  494

seq1  AAATGGGCTTCCACAATCACCACGCCAGCTAAGAAGACATTGTTTTGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGCTTCCACAATCACCACGCCAGCTAAGAAGACATTGTTTTGTCA  544

seq1  TCTTGTTTTATTTTTTATTTACCTATATTTTTTCTTAGCATTCTCACAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTTATTTTTTATTTACCTATATTTTTTCTTAGCATTCTCACAAG  594

seq1  AGCCTTGAATGAGTTGTTACCAAACCCACTCTGCTAAGAATAATTCTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGAATGAGTTGTTACCAAACCCACTCTGCTAAGAATAATTCTAGA  644

seq1  TTTTTCTACAGTAGAAATATGATCCTTATTTCTGGGTCAAGAGATGTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTACAGTAGAAATATGATCCTTATTTCTGGGTCAAGAGATGTAAA  694

seq1  TGATACCAAGCAGTAACTTTGTATCCTACTCTTTGTATCCTCCTTTAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCAAGCAGTAACTTTGTATCCTACTCTTTGTATCCTCCTTTAGAA  744

seq1  AGCAAGAAAACCTTCCCACTCATAATCTTGACACTAGCTCAGTCTTTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAAAACCTTCCCACTCATAATCTTGACACTAGCTCAGTCTTTCTG  794

seq1  ATACAGATAGCAGGCCAGTAAGCTAGCTGCATCCCCTTTGGACCCTGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGATAGCAGGCCAGTAAGCTAGCTGCATCCCCTTTGGACCCTGCAG  844

seq1  CTCACTGTGGTTCATGGACCTGCTGTGCTGGCATCACACGGAAACAGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGTGGTTCATGGACCTGCTGTGCTGGCATCACACGGAAACAGGCT  894

seq1  AAAAATGATTAATCTTGGGTATACTCCCAGACCCACTGAGTCCAAGTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGATTAATCTTGGGTATACTCCCAGACCCACTGAGTCCAAGTCTG  944

seq1  TATCTTACCACATGGCCAAGTGTTTCTAATGCACACCAGCATCTGTGAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTACCACATGGCCAAGTGTTTCTAATGCACACCAGCATCTGTGAAG  994

seq1  CTAAGATCTCTAATCACACTTGTAAATTCACACCACTTCCTTACACATAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATCTCTAATCACACTTGTAAATTCACACCACTTCCTTACACATAG  1044

seq1  CACAGAAACATTTTTCTCTTCAAAGAAAGGAAGTTAAAAGCAGGAAAGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAACATTTTTCTCTTCAAAGAAAGGAAGTTAAAAGCAGGAAAGAA  1094

seq1  ACAGTTGCAAATTTGCTCTGTAATAGATACTAACGTATGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGCAAATTTGCTCTGTAATAGATACTAACGTATGAATTC  1138

seq1: chr3_19125035_19126157
seq2: B6Ng01-092P19.g_69_1178

seq1  GAATTCTTGCTGAGGAAACCAGCTGATCCTAATTTGGCTTCTGAAGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTGAGGAAACCAGCTGATCCTAATTTGGCTTCTGAAGATTT  50

seq1  ACCTAAAGGGAGAAAGATTGGTAGTTATGTTTTTCATTGCAAATTAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAGGGAGAAAGATTGGTAGTTATGTTTTTCATTGCAAATTAAAAT  100

seq1  ACCAAGACTTTTCTTTGCAGTTATCAGATACTGTGTGAACTTGTTTAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGACTTTTCTTTGCAGTTATCAGATACTGTGTGAACTTGTTTAAGG  150

seq1  TAATGTTAGCTTGCAGGAGACTTCCTCAGACCCCGGACGGTCAAATATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTAGCTTGCAGGAGACTTCCTCAGACCCCGGACGGTCAAATATGC  200

seq1  TGTCACTTTAGGAGGGGCCAGTGGCTGTCTTTGGGTAATGACTATTATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTTTAGGAGGGGCCAGTGGCTGTCTTTGGGTAATGACTATTATCC  250

seq1  TGTACCCATGCTAATAGGAGAGCCGAATGTGGGCATGGGTGACCACTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCATGCTAATAGGAGAGCCGAATGTGGGCATGGGTGACCACTTGA  300

seq1  AATGAGGCTAGTATAAATTGAGATGTACTGTAAGTTTAAAACACACACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGCTAGTATAAATTGAGATGTACTGTAAGTTTAAAACACACACTG  350

seq1  GATTTCAGAGACTTAGCAACCCACTTTAATTATACTAAAAGAAAATATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCAGAGACTTAGCAACCCACTTTAATTATACTAAAAGAAAATATTT  400

seq1  TGGATATATTAGAATTACTAAAGTTTCAGCTTTTCTAGAAAACTGGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATATTAGAATTACTAAAGTTTCAGCTTTTCTAGAAAACTGGGCAA  450

seq1  ACATTTGAGTGGGTTCACTAACACTTGTACTTTCTTCTAGGAAGTAGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGAGTGGGTTCACTAACACTTGTACTTTCTTCTAGGAAGTAGGAG  500

seq1  CAGATACGTCTGATCTAAAACGTGAACGGTATCCCTTCTCATGAGTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACGTCTGATCTAAAACGTGAACGGTATCCCTTCTCATGAGTTAGG  550

seq1  CCTGGGAGGGCAGTAAGGCCACTCTATTGGCACTGTGGATGGTGGCATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAGGGCAGTAAGGCCACTCTATTGGCACTGTGGATGGTGGCATAC  600

seq1  ACCTTTAATAGTAGGACCCAGAAGCAGGGAGGTATCTGAGTTGAGGCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTAATAGTAGGACCCAGAAGCAGGGAGGTATCTGAGTTGAGGCCAG  650

seq1  TCTGTCTACATTGTTACCAGGCTATCTGAAAGAAAGAATTAAGTGGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTACATTGTTACCAGGCTATCTGAAAGAAAGAATTAAGTGGTTAT  700

seq1  TACTTACTGCTGTAAAAGGCCAGGAATACAAACACAACTGCTATTTTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACTGCTGTAAAAGGCCAGGAATACAAACACAACTGCTATTTTTAT  750

seq1  CCCTTTCAAGGGTGTGATTTCTTAGGCAATTTCCAACAAATGCTATACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCAAGGGTGTGATTTCTTAGGCAATTTCCAACAAATGCTATACAA  800

seq1  GAATGACCAAACGGAACCAGACCTTGCCACACTTGTACGGTGCAGAGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACCAAACGGAACCAGACCTTGCCACACTTGTACGGTGCAGAGTGA  850

seq1  GGCTCATACACTCCAGGAAGACAAAGTCTGCATACAACTTAGACTTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATACACTCCAGGAAGACAAAGTCTGCATACAACTTAGACTTCAAA  900

seq1  ATACCCAGGACTGAACGGGAGAGGCAGCAGCTAACTGATCACCTAAGAAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATACCCAGGACTGAACGGGAGAGGCAGCAGCTAACTGATCACCT-AGAAT  949

seq1  CCAGCATGTCACTTCCAAAGGACTGAGTGGTAAGGTAGAGTGCAAAGATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCAGCATGTCACTTCCAAAGGACTGAGTGGTAAGGTAGAGTGCAAAGAT-  998

seq1  AACCAATGAGCAAAGACCGGTTTTATTTGTCAATCAGAAGGTGAAGCAAC  1050
       |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||
seq2  -ACCAATGAGCAATGACCGGTTTTATTTGTC-ATCAGAA-GTGAAGC-AC  1044

seq1  AGGCACGTGTTTAAACGAGTGTGCCCAAGCCTTCACACATGGCTTTACAC  1100
      |||||||||||| |||||| ||||||||||  || |||||||| ||| ||
seq2  AGGCACGTGTTT-AACGAGGGTGCCCAAGC--TCCCACATGGC-TTAAAC  1090

seq1  TCAAGTTCTCTCCCAAGATGGCT  1123
      |||||   |||| ||||||||||
seq2  TCAAG---TCTCTCAAGATGGCT  1110