BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093H09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 53,892,952 - 54,084,725
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039937, Trpc4
Upstream geneLhfp, LOC100039808, LOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444
Downstream genePostn, LOC100039951, LOC434807, B020017C02Rik, D3Ertd300e, Exosc8, Alg5, Smad9, Rfxap, LOC545524, 6030405A18Rik, Ccna1, 4931419H13Rik, Spg20, A730037C10Rik, Sohlh2, Dclk1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093H09.bB6Ng01-093H09.g
ACCDH904947DH904948
length1,0801,111
definitionDH904947|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093H09, 5' end.DH904948|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093H09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,892,952 - 53,894,047)(54,083,618 - 54,084,725)
sequence
gaattcaacaagtcaagtctagtgtgccccaaagttgttgtgatcctagg
agctcaaatcccatatccatctgtttggaatgggtattaaacattttctc
ctgggcatctgggaaggcagatgtcacaaatgtgactggatatgaattgt
taaggaagaaagggtgtcagtgactacatactgttatttaacaaactaga
aaccagaggactaaaacacttaattgaattatcctgtgtcatgaagcaaa
ttgttcccattcaagaatcaactattcagaaattgttcctcttggtctca
ttgcctggtgtgtgtttttcctgtaaacaaacataaaatattattttcta
aaatataagcttaggaactgacattgtaaggcatatgggaacatttagat
aataaaaggctactaaagccctcattagtatgacctttttatacaagagc
aatggcgattgggagaaaaatcctttccactgtactgtgttcataacctt
gctagaacattgctcatattgcatatggcagaaccaaacacatctaataa
aaccttaatggaatgccagtgtggtgcatgaatgattgagaccatacctg
agaatgaatgggaagttaaagaaagaaaattacatgtgcaaatagggtca
tattatgagaagtggtaagtcagggcttaggtaagcttgctaggcgagca
gggaatagtgacataggcttacatgtgatatagggtcttacatgatctat
acattccataactcagtagttaaatttgacatgactttacttttactact
gcaaaaaccttgcccatgttcattctccatgtttcccaaataagtatcag
aaggccaaccaggtgctttccttcttctgtatgaacaagaacagaggcca
tcaacaagccaacgccgtgaaggattcaagagaagaagggcatgtgatct
gaggtatgggtgctgtgggggagatcaaagccatatgaacgtgaggtgac
atgaaaatgacagagagcgcatgaggtgcaggcactcttgacagctcccc
ttattctcgaggtgacaagtctatgttaca
gaattctcacgtatgctatttttatttttttgttttagatgataaattgc
atgtattattcatgtggcaaccaatcagaatctattctttattcttccta
aatcaattcactaatcatttttgtaacaaattgtgttttaaaggagacaa
aaaggaagagacaaaataaaagtaggcaaaggcaaaatatcatactttag
tttgaaacaagtctctcaaaagtatgaaaatctcagctgtcattgcagaa
ctaaatactttatgtaaattatgtagctgtgctgaggcctggtgcacctc
ctgtggggtgtgtgagatttcagacagacagtatcttgatgaacaggaca
aagacaaagaaattctgttctgttctaatcacactaaactgttagagcaa
gttgaaataatcatatcaatgcttttgaagggtaatattttgatttgccc
atgaaaacgtgtctgtttgttacatcttgtaaaaatcgttttgtgggttg
tttaaaattaagtggtgtttgaagaatttctttagaattagttattacta
gagttaagggactgtttcatttcgaggcagtcatgttaattagcagacag
acaatatggtggcagctttgatgtgcttataacagcaattctaggacatc
cattgtttctgtatttcagccctataaataaaataagaagctgatacata
ccatacataaggatctattaataaaaattaatagcaactgaagatgtgct
cttaagaattagacatatgtatgcatcattaactaagtaaaggaaaatta
cctttacaaacgcgacaatcttcaaggagattgttgccagatacaaggag
ttcatcacaaagtccattagattccaccagtcatggatgtaatcctggag
tccgccatcccacatctgtttaatctctccccatataaaacctgcaatat
tagagaaattcaccgtaagtgggactttcatctagtgactttcactgaca
aaggcttaatgcaacaaagtaatcccagattgagaagccatggactgttt
atgttagacacagtaactcttttttataggtaagaaatactgagatctca
aacatccctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_53892952_53894047
seq2: B6Ng01-093H09.b_46_1125

seq1  GAATTCAACAAGTCAAGTCTAGTGTGCTCCAAAGTTGTTGTGATCCTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAGTCAAGTCTAGTGTGCCCCAAAGTTGTTGTGATCCTAGG  50

seq1  AGCTCAAATCCCATATCCATCTGTTTGGAATGGGTATTAAACATTTTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAATCCCATATCCATCTGTTTGGAATGGGTATTAAACATTTTCTC  100

seq1  CTGGGCATCTGGGAAGGCAGATGTCACAAATGTGACTGGATATGAATTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCATCTGGGAAGGCAGATGTCACAAATGTGACTGGATATGAATTGT  150

seq1  TAAGGAAGAAAGGGTGTCAGTGACTACATACTGTTATTTAACAAACTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAGAAAGGGTGTCAGTGACTACATACTGTTATTTAACAAACTAGA  200

seq1  AACCAGAGGACTAAAACACTTAATTGAATTATCCTGTGTCATGAAGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAGGACTAAAACACTTAATTGAATTATCCTGTGTCATGAAGCAAA  250

seq1  TTGTTCCCATTCAAGAATCAACTATTCAGAAATTGTTCCTCTTGGTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCCATTCAAGAATCAACTATTCAGAAATTGTTCCTCTTGGTCTCA  300

seq1  TTGCCTGGTGTGTGTTTTTCCTGTAAACAAACATAAAATATTATTTTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGGTGTGTGTTTTTCCTGTAAACAAACATAAAATATTATTTTCTA  350

seq1  AAATATAAGCTTAGGAACTGACATTGTAAGGCATATGGGAACATTTAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAGCTTAGGAACTGACATTGTAAGGCATATGGGAACATTTAGAT  400

seq1  AATAAAAGGCTACTAAAGCCCTCATTAGTATGACCTTTTTATACAAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGGCTACTAAAGCCCTCATTAGTATGACCTTTTTATACAAGAGC  450

seq1  AATGGCGATTGGGAGAAAAATCCTTTCCACTGTACTGTGTTCATAACCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCGATTGGGAGAAAAATCCTTTCCACTGTACTGTGTTCATAACCTT  500

seq1  GCTAGAACATTGCTCATATTGCATATGGCAGAACCAAACACATCTAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAACATTGCTCATATTGCATATGGCAGAACCAAACACATCTAATAA  550

seq1  AACCTTAATGGAATGCCAGTGTGGTGCATGAATGATTGAGACCATACCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAATGGAATGCCAGTGTGGTGCATGAATGATTGAGACCATACCTG  600

seq1  AGAATGAATGGGAAGTTAAAGAAAGAAAATTACATGTGCAAATAGGGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAATGGGAAGTTAAAGAAAGAAAATTACATGTGCAAATAGGGTCA  650

seq1  TATTATGAGAAGTGGTAAGTCAGGGCTTAGGTAAGCTTGCTAGGCGAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGAGAAGTGGTAAGTCAGGGCTTAGGTAAGCTTGCTAGGCGAGCA  700

seq1  GGGAATAGTGACATAGGCTTACATGTGATATAGGGTCTTACATGATCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAGTGACATAGGCTTACATGTGATATAGGGTCTTACATGATCTAT  750

seq1  ACATTCCATAACTCAGTAGTTAAATTTGACATGACTTTACTTTTACTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCATAACTCAGTAGTTAAATTTGACATGACTTTACTTTTACTACT  800

seq1  GCAAAAACCTTGCCCATGTTCATTCTCCATGTTTCCCAAATAAGTATCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAACCTTGCCCATGTTCATTCTCCATGTTTCCCAAATAAGTATCAG  850

seq1  AAGGCCAACCAGGTGCTTTCCTTCTTCTGTATGAACAAGAACAGAGGCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAACCAGGTGCTTTCCTTCTTCTGTATGAACAAGAACAGAGGCCA  900

seq1  TCAACAAGCCAACGCCGTGAAGGATTTCAAAGAGAAGGAAGGGCAATGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||| |||||
seq2  TCAACAAGCCAACGCCGTGAAGGATT--CAAGAGAA-GAAGGGC-ATGTG  946

seq1  ATCTGAGGTATGGGTGGCTGTGGGGGAGAATCAAAGCCATAGTGAACGTG  1000
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| 
seq2  ATCTGAGGTATGGGT-GCTGTGGGGGAG-ATCAAAGCCATA-TGAACGT-  992

seq1  GAGGTGACATGGAAATGACAGGAAGAGCCGCATGGAGGTGGCAGGCACAC  1050
      ||||||||||| |||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| |
seq2  GAGGTGACATGAAAATGACAG--AGAG-CGCAT-GAGGT-GCAGGCACTC  1037

seq1  TTGACAGCTTCACCTTATACTCAGAGGTGACAAGGTCTCTGTTACA  1096
      |||||||| || |||||| ||| |||||||||| |||| |||||||
seq2  TTGACAGC-TCCCCTTATTCTC-GAGGTGACAA-GTCTATGTTACA  1080

seq1: chr3_54083618_54084725
seq2: B6Ng01-093H09.g_68_1178 (reverse)

seq1  TAAGAGATGTTTGAGA-CTCAGTA-TTCTTACCTAT--AAAAGAGTTACT  46
      |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||
seq2  TAAGGGATGTTTGAGATCTCAGTATTTCTTACCTATAAAAAAGAGTTACT  50

seq1  GTGTCTAACATATACAGTCCATGGCTTCTCTATCTGTGATTACTTTGTTG  96
      |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  GTGTCTAACATAAACAGTCCATGGCTTCTCAATCTGGGATTACTTTGTTG  100

seq1  CATATAGCCTTTGTCAGTGAAAGTCACTAGATTGAAAGTCCCACTTACGG  146
      |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGCCTTTGTCAGTGAAAGTCACTAGA-TGAAAGTCCCACTTACGG  149

seq1  TGAATTTCTCTATAATTGCAGGTTTTATATGGGGAGAGATTAAACAGATG  196
      ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTCTCTAATATTGCAGGTTTTATATGGGGAGAGATTAAACAGATG  199

seq1  TGGGATGGCGGACTCCAGGATTACATCCATGACTGGTGGAATCTAATGGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGGCGGACTCCAGGATTACATCCATGACTGGTGGAATCTAATGGA  249

seq1  CTTTGTGATGAACTCCTTGTATCTGGCAACAATCTCCTTGAAGATTGTCG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGATGAACTCCTTGTATCTGGCAACAATCTCCTTGAAGATTGTCG  299

seq1  CGTTTGTAAAGGTAATTTTCCTTTACTTAGTTAATGATGCATACATATGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGTAAAGGTAATTTTCCTTTACTTAGTTAATGATGCATACATATGT  349

seq1  CTAATTCTTAAGAGCACATCTTCAGTTGCTATTAATTTTTATTAATAGAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTTAAGAGCACATCTTCAGTTGCTATTAATTTTTATTAATAGAT  399

seq1  CCTTATGTATGGTATGTATCAGCTTCTTATTTTATTTATAGGGCTGAAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGTATGGTATGTATCAGCTTCTTATTTTATTTATAGGGCTGAAAT  449

seq1  ACAGAAACAATGGATGTCCTAGAATTGCTGTTATAAGCACATCAAAGCTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACAATGGATGTCCTAGAATTGCTGTTATAAGCACATCAAAGCTG  499

seq1  CCACCATATTGTCTGTCTGCTAATTAACATGACTGCCTCGAAATGAAACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATATTGTCTGTCTGCTAATTAACATGACTGCCTCGAAATGAAACA  549

seq1  GTCCCTTAACTCTAGTAATAACTAATTCTAAAGAAATTCTTCAAACACCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTAACTCTAGTAATAACTAATTCTAAAGAAATTCTTCAAACACCA  599

seq1  CTTAATTTTAAACAACCCACAAAACGATTTTTACAAGATGTAACAAACAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTTAAACAACCCACAAAACGATTTTTACAAGATGTAACAAACAG  649

seq1  ACACGTTTTCATGGGCAAATCAAAATATTACCCTTCAAAAGCATTGATAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTTTTCATGGGCAAATCAAAATATTACCCTTCAAAAGCATTGATAT  699

seq1  GATTATTTCAACTTGCTCTAACAGTTTAGTGTGATTAGAACAGAACAGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTCAACTTGCTCTAACAGTTTAGTGTGATTAGAACAGAACAGAA  749

seq1  TTTCTTTGTCTTTGTCCTGTTCATCAAGATACTGTCTGTCTGAAATCTCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGTCTTTGTCCTGTTCATCAAGATACTGTCTGTCTGAAATCTCA  799

seq1  CACACCCCACAGGAGGTGCACCAGGCCTCAGCACAGCTACATAATTTACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCCACAGGAGGTGCACCAGGCCTCAGCACAGCTACATAATTTACA  849

seq1  TAAAGTATTTAGTTCTGCAATGACAGCTGAGATTTTCATACTTTTGAGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTATTTAGTTCTGCAATGACAGCTGAGATTTTCATACTTTTGAGAG  899

seq1  ACTTGTTTCAAACTAAAGTATGATATTTTGCCTTTGCCTACTTTTATTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTTCAAACTAAAGTATGATATTTTGCCTTTGCCTACTTTTATTTT  949

seq1  GTCTCTTCCTTTTTGTCTCCTTTAAAACACAATTTGTTACAAAAATGATT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTCCTTTTTGTCTCCTTTAAAACACAATTTGTTACAAAAATGATT  999

seq1  AGTGAATTGATTTAGGAAGAATAAAGAATAGATTCTGATTGGTTGCCACA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATTGATTTAGGAAGAATAAAGAATAGATTCTGATTGGTTGCCACA  1049

seq1  TGAATAATACATGCAATTTATCATCTAAAACAAAAAAATAAAAATAGCAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAATACATGCAATTTATCATCTAAAACAAAAAAATAAAAATAGCAT  1099

seq1  ACGTGAGAATTC  1108
      ||||||||||||
seq2  ACGTGAGAATTC  1111