BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094K24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 116,998,096 - 117,162,264
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD3Bwg0562e
Upstream geneCdc14a, Rtcd1, Dbt, LOC100043702, LOC100043705, Lrrc39, A930028L21Rik, Sass6, Hiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908
Downstream gene4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094K24.bB6Ng01-094K24.g
ACCDH905842DH905843
length5641,033
definitionDH905842|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094K24, 5' end.DH905843|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,161,701 - 117,162,264)(116,998,096 - 116,999,124)
sequence
gaattctgtaacatcataattagccccatccagggagatgtcttcccttc
caaaatggcagtacactggccttagttctgtctggcatagattaatccta
tcgtaatttctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatctatctaaagcacctctttactcatgtgcacactaaatgagac
tatgtagaagaaaattaacctttctttgtaaccagttatcatttggagat
agcatctgggttagggatgggagcttgtgtccacttcctttcttagaact
agaaacccatctgccttaggctttgtgcatactaccataatctctgtgag
tttatatgtgtgtccgtccagttgtgtctagaagccactgttttctttgg
tgttttccttccccactgactcttactatctttcctccccctctttgata
gggttccctgagaagttataaactggagattggtcctgcatgattgttag
gtaggtagaaaggtagatagatagatagatagatagatagatagatagat
agatagatagatag
gaattcattcctaaaatgatgcagtgaccaccacctagagttggcatttg
aacacactgaataagatgcagagagacttatccaagctatagaatctatg
aacgattaattgttgaaggtgttgtaggctgatttatttggtgcaacaat
gctgtcattcctcatgacagtgtcctcaacttggaagaatctagaatgtc
ctgggagattatatccttggatgtctgtgcaggattatatgttagttata
tgttaattatacattaattgatgtgggaggagccatctaaattaggagca
gagtcatgtcctgcataggagttccaggacgatctcggagacagagtgga
gcccttgctttctttcgtccctattttctgagtatggatgaactgtgatc
tccaagcctttcctacctgctgccaagttttctgcacaatgacaggctgt
gtctcctgaaactgtaagccaagttaagccttaaatgaagtgagaataaa
ttctgtatgagagaacaccctgctagggtatcctgccatggtgacaagaa
agtacctatgcattcctgcaattcatgctcatcactgcacaaagagttaa
agctatttctggtgagcataaaaattagttttcacttttagaaatatgct
ttaaattatgaaaagaaaaatgtgttctgttaataatgcttttatgagtc
agttctttttatctatgaatcttttgtgctctaagatagacttgtgtggt
tgcatgaaaggaatgtcaccgagttgtgtttcttggttagtacattgtat
cagctatatcttaaattcaatgcaacctgcatttactctatctaaatcaa
tgagtaactgtgtttttttcaagcaacaaagaaagtttataattactgtg
gaggacaatgtaattatgtttctataatttttcttcctgtttattaaaag
cttcttgaaagctggcatgccagaaagtgattgcctttcataatattttt
ttatgaaagaaaggaaaaatggattagcatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117161701_117162264
seq2: B6Ng01-094K24.b_49_612 (reverse)

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  50

seq1  ACCTTTCTACCTACCTAACAATCATGCAGGACCAATCTCCAGTTTATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCTACCTACCTAACAATCATGCAGGACCAATCTCCAGTTTATAAC  100

seq1  TTCTCAGGGAACCCTATCAAAGAGGGGGAGGAAAGATAGTAAGAGTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGGAACCCTATCAAAGAGGGGGAGGAAAGATAGTAAGAGTCAGT  150

seq1  GGGGAAGGAAAACACCAAAGAAAACAGTGGCTTCTAGACACAACTGGACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGGAAAACACCAAAGAAAACAGTGGCTTCTAGACACAACTGGACG  200

seq1  GACACACATATAAACTCACAGAGATTATGGTAGTATGCACAAAGCCTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACATATAAACTCACAGAGATTATGGTAGTATGCACAAAGCCTAAG  250

seq1  GCAGATGGGTTTCTAGTTCTAAGAAAGGAAGTGGACACAAGCTCCCATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGGGTTTCTAGTTCTAAGAAAGGAAGTGGACACAAGCTCCCATCC  300

seq1  CTAACCCAGATGCTATCTCCAAATGATAACTGGTTACAAAGAAAGGTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCAGATGCTATCTCCAAATGATAACTGGTTACAAAGAAAGGTTAA  350

seq1  TTTTCTTCTACATAGTCTCATTTAGTGTGCACATGAGTAAAGAGGTGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCTACATAGTCTCATTTAGTGTGCACATGAGTAAAGAGGTGCTT  400

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  450

seq1  GATAGAAATTACGATAGGATTAATCTATGCCAGACAGAACTAAGGCCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAATTACGATAGGATTAATCTATGCCAGACAGAACTAAGGCCAGT  500

seq1  GTACTGCCATTTTGGAAGGGAAGACATCTCCCTGGATGGGGCTAATTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGCCATTTTGGAAGGGAAGACATCTCCCTGGATGGGGCTAATTATG  550

seq1  ATGTTACAGAATTC  564
      ||||||||||||||
seq2  ATGTTACAGAATTC  564

seq1: chr3_116998096_116999124
seq2: B6Ng01-094K24.g_66_1098

seq1  GAATTCATTCCTAAAATGATGCAGTGACCACCACCTAGAGTTGGCATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCTAAAATGATGCAGTGACCACCACCTAGAGTTGGCATTTG  50

seq1  AACACACTGAATAAGATGCAGAGAGACTTATCCAAGCTATAGAATCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACTGAATAAGATGCAGAGAGACTTATCCAAGCTATAGAATCTATG  100

seq1  AACGATTAATTGTTGAAGGTGTTGTAGGCTGATTTATTTGGTGCAACAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATTAATTGTTGAAGGTGTTGTAGGCTGATTTATTTGGTGCAACAAT  150

seq1  GCTGTCATTCCTCATGACAGTGTCCTCAACTTGGAAGAATCTAGAATGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCATTCCTCATGACAGTGTCCTCAACTTGGAAGAATCTAGAATGTC  200

seq1  CTGGGAGATTATATCCTTGGATGTCTGTGCAGGATTATATGTTAGTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGATTATATCCTTGGATGTCTGTGCAGGATTATATGTTAGTTATA  250

seq1  TGTTAATTATACATTAATTGATGTGGGAGGAGCCATCTAAATTAGGAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATTATACATTAATTGATGTGGGAGGAGCCATCTAAATTAGGAGCA  300

seq1  GAGTCATGTCCTGCATAGGAGTTCCAGGACGATCTCGGAGACAGAGTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATGTCCTGCATAGGAGTTCCAGGACGATCTCGGAGACAGAGTGGA  350

seq1  GCCCTTGCTTTCTTTCGTCCCTATTTTCTGAGTATGGATGAACTGTGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGCTTTCTTTCGTCCCTATTTTCTGAGTATGGATGAACTGTGATC  400

seq1  TCCAAGCCTTTCCTACCTGCTGCCAAGTTTTCTGCACAATGACAGGCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCCTTTCCTACCTGCTGCCAAGTTTTCTGCACAATGACAGGCTGT  450

seq1  GTCTCCTGAAACTGTAAGCCAAGTTAAGCCTTAAATGAAGTGAGAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGAAACTGTAAGCCAAGTTAAGCCTTAAATGAAGTGAGAATAAA  500

seq1  TTCTGTATGAGAGAACACCCTGCTAGGGTATCCTGCCATGGTGACAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTATGAGAGAACACCCTGCTAGGGTATCCTGCCATGGTGACAAGAA  550

seq1  AGTACCTATGCATTCCTGCAATTCATGCTCATCACTGCACAAAGAGTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTATGCATTCCTGCAATTCATGCTCATCACTGCACAAAGAGTTAA  600

seq1  AGCTATTTCTGGTGAGCATAAAAATTAGTTTTCACTTTTAGAAATATGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTCTGGTGAGCATAAAAATTAGTTTTCACTTTTAGAAATATGCT  650

seq1  TTAAATTATGAAAAGAAAAATGTGTTCTGTTAATAATGCTTTTATGAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTATGAAAAGAAAAATGTGTTCTGTTAATAATGCTTTTATGAGTC  700

seq1  AGTTCTTTTTATCTATGAATCTTTTGTGCTCTAAGATAGACTTGTGTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTTTATCTATGAATCTTTTGTGCTCTAAGATAGACTTGTGTGGT  750

seq1  TGCATGAAAGGAATGTCACCGAGTTGTGTTTCTTGGTTAGTACATTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAAAGGAATGTCACCGAGTTGTGTTTCTTGGTTAGTACATTGTAT  800

seq1  CAGCTATATCTTAAATTCAATGCAACCTGCATTTACTCTATCTAAATCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATATCTTAAATTCAATGCAACCTGCATTTACTCTATCTAAATCAA  850

seq1  TGAGTAACTGTGTTTTTTTCAAGCAACAAAGAAAGTTTATAATTACTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAACTGTGTTTTTTTCAAGCAACAAAGAAAGTTTATAATTACTGTG  900

seq1  GAGGACAATGTAATTTATGTTTCTATAAATATTC-TCCTGTTTAATTAAA  949
      ||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||
seq2  GAGGACAATGTAA-TTATGTTTCTATAATTTTTCTTCCTGTTT-ATTAAA  948

seq1  AGCTTCTTGAAAGCTGGCATGCAAGAAAGTGATTG-CTTTC---ATATAT  995
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   |||| |
seq2  AGCTTCTTGAAAGCTGGCATGCCAGAAAGTGATTGCCTTTCATAATATTT  998

seq1  TTTTATGAAAGAAAAGAAAAAT-GATTAGCATGCA  1029
      |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTATGAAAGAAAGGAAAAATGGATTAGCATGCA  1033