BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096I23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,698,020 - 118,860,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096I23.bB6Ng01-096I23.g
ACCDH907175DH907176
length1,0881,127
definitionDH907175|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096I23, 5' end.DH907176|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096I23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,859,498 - 118,860,579)(118,698,020 - 118,699,154)
sequence
gaattcttgaagtcaatctctggcctccacatgagcctgcacaagtgacc
cccacgcatacatatgaacacacacagacatactcattccaaacccaaat
gattagtgtccaatttccaaagaggtgtgtaaagtagaaatcatttgcaa
acaggagcggagcatcgttgtcgaagtttacagaagaaccctgactgcag
aaccagctttctcattcaggggatctcttgaactcacgctctactgtgct
accatctgtggcacactgaagaatgccgatgccctagctatcacattggc
ttactactttcaatttaatgtgtccttcactgttgcagacatcttcacag
acattgattggttctgccctttcttttttctccaggggagctggaagtat
gctacccatgggaggaaatcatgagcgtgttactgtatcggaagcggaag
ctgagcccacgatgaaaatgctctagatctcacagtagattttgctttgc
atgggaattggcaaaaataaaacattttgttctcaaggcaagtgcaaaaa
tgctattaaagaaaccaaggtttgcctttatccaaacttggataattgga
aagagtcaggtctcaagattcgaaatgtcaagcaatgcaaagcaaaacaa
cccaaaatataaacaaacaaactctgataaatgaagggactattacatag
aaacttgagagacgtgaaggagagaagagaggtcaaaagtacaagactag
ttagtgcaatgatagcgtgctcatgaaagaagctaagaaactgagccagg
cctgggattgtaatgtaggtaatcccacaagttggaaggcagagcaagga
gagtcacaagttcaagtcctgtctgggctacaaagagagttcaagctcag
ctaggtgatttgtatagaccctgtctccaaaattaaaggagaaatggaga
taaagcttggttggtaggatgctgactaatgcattctgaaggtactggaa
ttctatcagtcgtcttcacctcaccctaccctgcaaaaaatagcaaaaga
agagaagtggggcttggagaatggaacttggtgattaa
gaattcagactcttcatggatcatctgtgctcccacagcctctaataccc
tgtccctctggtgatcctacctgaagctcatttctcctgagcaagatcta
cttcctgaaagaagttctcctcggtgggtatctcagtgggcactcccggc
atgtataacaggcttcactctatactgtgaccaagactttacttccatgg
ttcatggtttcatacagtggtcttttgagcaattcttgcaagaaatctga
atctgccacacattccctggttgcactggcttgctcaaattcctctccaa
gtttgatctgcttggaagaaatgcctcttaattccacaaactaaactgga
ctgactgcacatactgagcctaactacgtgaactcaactgaactgcattg
ctcacctgagcccaactgcactgtactcactgaaataccctccctcctga
ctcactctgggtgctgttaagtagcctctctttcctctgctgttcttctg
agagttgggcatatgctatctctgactcattctgtcaaaataatcctttg
attcatctctgtctgcccctcaattggacatcatttttaagtgtggctgc
ttctttctacaaattaaattcaccttcattgttttggattaaaggtgtgt
actaagggtgtgtactctatattacagccagagggatttaagttgtgcca
ttccagccagatcacatagacctagagacgttttgaatgggatgcctggc
cagagcagccatgttgctgactagaattcctctagaggtctgaaatcaga
gtctttaatgaggaaaaaatacttttggatgtttttgaataagtggtgaa
tgtgactgaaaagagaagagtgagaattttggaatcattaagagtgcatt
tcatatgttcttatgatgatgttagtgatgtgagagatggctagctttaa
ccagccttagtatttccacattcatatatcataggatcaccttgaacaca
taaaatatgcaaattataagtttgccaactaaggaaaaaattgaacagtt
gttgttaaaggcaacttaaatctgttgcctctatggtacaaaatgaattc
atgactacgtttagtaatttaagatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118859498_118860579
seq2: B6Ng01-096I23.b_50_1137 (reverse)

seq1  TTAATCACCAAGTCACA-TCTCC-AGCCCCACTTCTCTTCTTTTGCTATT  48
      |||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCACCAAGTTCCATTCTCCAAGCCCCACTTCTCTTCTTTTGCTATT  50

seq1  TTTTGCAGGGTAGGGTGA-GTGAAGACGACTGATAGAA-TCCAGTACCTT  96
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTTGCAGGGTAGGGTGAGGTGAAGACGACTGATAGAATTCCAGTACCTT  100

seq1  CAGAATGCA-TAGTCAGCATCCTACC-ACCAAGCTTTATCTCCATTTCTC  144
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCATTAGTCAGCATCCTACCAACCAAGCTTTATCTCCATTTCTC  150

seq1  CTTTAATTTTGGAGACAGGGTCTATACAAATCACCTAGCTGAGCTTGAAC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTTTGGAGACAGGGTCTATACAAATCACCTAGCTGAGCTTGAAC  200

seq1  TCTCTTTGTAGCCCAGACAGGACTTGAACTTGTGACTCTCCTTGCTCTGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTGTAGCCCAGACAGGACTTGAACTTGTGACTCTCCTTGCTCTGC  250

seq1  CTTCCAACTTGTGGGATTACCTACATTACAATCCCAGGCCTGGCTCAGTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAACTTGTGGGATTACCTACATTACAATCCCAGGCCTGGCTCAGTT  300

seq1  TCTTAGCTTCTTTCATGAGCACGCTATCATTGCACTAACTAGTCTTGTAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCTTCTTTCATGAGCACGCTATCATTGCACTAACTAGTCTTGTAC  350

seq1  TTTTGACCTCTCTTCTCTCCTTCACGTCTCTCAAGTTTCTATGTAATAGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGACCTCTCTTCTCTCCTTCACGTCTCTCAAGTTTCTATGTAATAGT  400

seq1  CCCTTCATTTATCAGAGTTTGTTTGTTTATATTTTGGGTTGTTTTGCTTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCATTTATCAGAGTTTGTTTGTTTATATTTTGGGTTGTTTTGCTTT  450

seq1  GCATTGCTTGACATTTCGAATCTTGAGACCTGACTCTTTCCAATTATCCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCTTGACATTTCGAATCTTGAGACCTGACTCTTTCCAATTATCCA  500

seq1  AGTTTGGATAAAGGCAAACCTTGGTTTCTTTAATAGCATTTTTGCACTTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGATAAAGGCAAACCTTGGTTTCTTTAATAGCATTTTTGCACTTG  550

seq1  CCTTGAGAACAAAATGTTTTATTTTTGCCAATTCCCATGCAAAGCAAAAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGAACAAAATGTTTTATTTTTGCCAATTCCCATGCAAAGCAAAAT  600

seq1  CTACTGTGAGATCTAGAGCATTTTCATCGTGGGCTCAGCTTCCGCTTCCG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGAGATCTAGAGCATTTTCATCGTGGGCTCAGCTTCCGCTTCCG  650

seq1  ATACAGTAACACGCTCATGATTTCCTCCCATGGGTAGCATACTTCCAGCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTAACACGCTCATGATTTCCTCCCATGGGTAGCATACTTCCAGCT  700

seq1  CCCCTGGAGAAAAAAGAAAGGGCAGAACCAATCAATGTCTGTGAAGATGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGAGAAAAAAGAAAGGGCAGAACCAATCAATGTCTGTGAAGATGT  750

seq1  CTGCAACAGTGAAGGACACATTAAATTGAAAGTAGTAAGCCAATGTGATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACAGTGAAGGACACATTAAATTGAAAGTAGTAAGCCAATGTGATA  800

seq1  GCTAGGGCATCGGCATTCTTCAGTGTGCCACAGATGGTAGCACAGTAGAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGGCATCGGCATTCTTCAGTGTGCCACAGATGGTAGCACAGTAGAG  850

seq1  CGTGAGTTCAAGAGATCCCCTGAATGAGAAAGCTGGTTCTGCAGTCAGGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGTTCAAGAGATCCCCTGAATGAGAAAGCTGGTTCTGCAGTCAGGG  900

seq1  TTCTTCTGTAAACTTCGACAACGATGCTCCGCTCCTGTTTGCAAATGATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGTAAACTTCGACAACGATGCTCCGCTCCTGTTTGCAAATGATT  950

seq1  TCTACTTTACACACCTCTTTGGAAATTGGACACTAATCATTTGGGTTTGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTACACACCTCTTTGGAAATTGGACACTAATCATTTGGGTTTGG  1000

seq1  AATGAGTATGTCTGTGTGTGTTCATATGTATGCGTGGGGGTCACTTGTGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTATGTCTGTGTGTGTTCATATGTATGCGTGGGGGTCACTTGTGC  1050

seq1  AGGCTCATGTGGAGGCCAGAGATTGACTTCAAGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCATGTGGAGGCCAGAGATTGACTTCAAGAATTC  1088

seq1: chr3_118698020_118699154
seq2: B6Ng01-096I23.g_66_1192

seq1  GAATTCAGACTCTTCATGGATCATCTGTGCTCCCACAGCCTCTAATACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACTCTTCATGGATCATCTGTGCTCCCACAGCCTCTAATACCC  50

seq1  TGTCCCTCTGGTGATCCTACCTGAAGCTCATTTCTCCTGAGCAAGATCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTCTGGTGATCCTACCTGAAGCTCATTTCTCCTGAGCAAGATCTA  100

seq1  CTTCCTGAAAGAAGTTCTCCTCGGTGGGTATCTCAGTGGGCACTCCCGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGAAAGAAGTTCTCCTCGGTGGGTATCTCAGTGGGCACTCCCGGC  150

seq1  ATGTATAACAGGCTTCACTCTATACTGTGACCAAGACTTTACTTCCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAACAGGCTTCACTCTATACTGTGACCAAGACTTTACTTCCATGG  200

seq1  TTCATGGTTTCATACAGTGGTCTTTTGAGCAATTCTTGCAAGAAATCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTTTCATACAGTGGTCTTTTGAGCAATTCTTGCAAGAAATCTGA  250

seq1  ATCTGCCACACATTCCCTGGTTGCACTGGCTTGCTCAAATTCCTCTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCACACATTCCCTGGTTGCACTGGCTTGCTCAAATTCCTCTCCAA  300

seq1  GTTTGATCTGCTTGGAAGAAATGCCTCTTAATTCCACAAACTAAACTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATCTGCTTGGAAGAAATGCCTCTTAATTCCACAAACTAAACTGGA  350

seq1  CTGACTGCACATACTGAGCCTAACTACGTGAACTCAACTGAACTGCATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGCACATACTGAGCCTAACTACGTGAACTCAACTGAACTGCATTG  400

seq1  CTCACCTGAGCCCAACTGCACTGTACTCACTGAAATACCCTCCCTCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTGAGCCCAACTGCACTGTACTCACTGAAATACCCTCCCTCCTGA  450

seq1  CTCACTCTGGGTGCTGTTAAGTAGCCTCTCTTTCCTCTGCTGTTCTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCTGGGTGCTGTTAAGTAGCCTCTCTTTCCTCTGCTGTTCTTCTG  500

seq1  AGAGTTGGGCATATGCTATCTCTGACTCATTCTGTCAAAATAATCCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGGGCATATGCTATCTCTGACTCATTCTGTCAAAATAATCCTTTG  550

seq1  ATTCATCTCTGTCTGCCCCTCAATTGGACATCATTTTTAAGTGTGGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCTCTGTCTGCCCCTCAATTGGACATCATTTTTAAGTGTGGCTGC  600

seq1  TTCTTTCTACAAATTAAATTCACCTTCATTGTTTTGGATTAAAGGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTACAAATTAAATTCACCTTCATTGTTTTGGATTAAAGGTGTGT  650

seq1  ACTAAGGGTGTGTACTCTATATTACAGCCAGAGGGATTTAAGTTGTGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGGTGTGTACTCTATATTACAGCCAGAGGGATTTAAGTTGTGCCA  700

seq1  TTCCAGCCAGATCACATAGACCTAGAGACGTTTTGAATGGGATGCCTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCCAGATCACATAGACCTAGAGACGTTTTGAATGGGATGCCTGGC  750

seq1  CAGAGCAGCCATGTTGCTGACTAGAATTCCTCTAGAGGTCTGAAATCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGCCATGTTGCTGACTAGAATTCCTCTAGAGGTCTGAAATCAGA  800

seq1  GTCTTAAATGAGGAAAAAATACTTTTGGATGTTTTTGAATAAGTGGTGAA  850
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAATGAGGAAAAAATACTTTTGGATGTTTTTGAATAAGTGGTGAA  850

seq1  TGTGACTGAAAAGAGAAGAGTGAGAATTTTGGAATCATTAAGAGTGCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTGAAAAGAGAAGAGTGAGAATTTTGGAATCATTAAGAGTGCATT  900

seq1  TCATATGTTCTTATGATGATGTTAGTGATGTGAGAAGATGGCTAGCTTTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCATATGTTCTTATGATGATGTTAGTGATGTGAG-AGATGGCTAGCTTTA  949

seq1  ACCAGCCTTAGTA-TTCCACATTCATATATCATAGGATCACCTTGAAACA  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCAGCCTTAGTATTTCCACATTCATATATCATAGGATCACCTTG-AACA  998

seq1  CATAAAATATGCAAATTATAAG-TTGCCAACCTAGAGGAAAAATTTAAAC  1048
      |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || |||
seq2  CATAAAATATGCAAATTATAAGTTTGCCAA-CTA-AGGAAAAAATTGAAC  1046

seq1  AGTTGTTGT--AAAGCACCTTAAAATCTGTTTGCCTC-AT-GTACAAAAA  1094
      |||||||||  || ||| ||| ||||||| ||||||| || |||| ||||
seq2  AGTTGTTGTTAAAGGCAACTT-AAATCTG-TTGCCTCTATGGTAC-AAAA  1093

seq1  TGAAATGTAATGACTACGTTTTAAGTAAAATATAAAGATTA  1135
      ||||   | ||||||||||||  |||||    | |||||||
seq2  TGAA--TTCATGACTACGTTT--AGTAA---TTTAAGATTA  1127