BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098G10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 107,023,802 - 107,172,276
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm131, A630076J17Rik, Prok1, Hbxip, Slc16a4, Rbm15, LOC383901
Upstream geneEG624696, BC051070, 2010016I18Rik, Dennd2d, Cept1, Tmem77, LOC100043608, 4933421E11Rik, Cd53, Olfr266, Kcna3, AI504432, Kcna2, Kcna10
Downstream geneKcnc4, Slc6a17, Ubl4b, Alx3, 6330569M22Rik, Ahcyl1, Csf1, LOC280047, Eps8l3, Gstm5, LOC671031, Gstm7, Gstm6, LOC668674, Gstm3, LOC624701, Gstm2, Gstm1, LOC100043641, Gstm4, Ampd2, Gnat2, Gnai3, Gpr61, LOC100043654, Amigo1, Cyb561d1, Atxn7l2, Sypl2, LOC668686, Psma5, Sort1, Mybphl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098G10.bB6Ng01-098G10.g
ACCDH908506DH908507
length996949
definitionDH908506|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098G10, 5' end.DH908507|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098G10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,171,276 - 107,172,276)(107,023,802 - 107,024,747)
sequence
gaattccaacacttggaaggctgcagcaggagaatcacgagttcaaggct
aatctgagctgcatagtaacttccaagtcagcctgggttaaaattgcaag
atggtgtcaacaaacaaacaaacaagcaaacaagcctgctagtcgttaat
cgtgcacagcaagtattttaactcaagaagctacctccccactttaacaa
taatagcaaaaagagtttgtggccaagcctgcctcagaaagccttctatt
tggcttctaagtcctggcttgcttaggaagtttctaagtctgtagctgag
ttagacactgtatgtgcgatttggctgttcaggcctcttatgtggaggtt
ttggtgaagtctcactggttgaaactggttggacagcctacctggctcaa
gacaaggagataaaatcctgggcgggaagagactcatgacaagaattaac
tcccttctccaaatgaggcctcacaagggttagcttggtaggtctctggt
ccagcacaccttggtgaggctggcttcacttgttgaccacaacctagtct
gccctaaattgttaactctcttcttcacccgagctcattctctaccacct
gaatgtttatctacgggtcccgcatctgttgtttcggatccgaaggggtc
tttgggctcccatatcttccttcttggaagaggaaagcacccataaacat
agtagggctctaagaaatgtgctttagtctctctgtcctacagaacccac
tggtattctgcatagaacgcactttgaaacgttctagtgaaaaagacaca
agctctcttgccttaatggaacccaagcagcacaaaccacttaaatgagc
ctccacttctaagaaatcaataaggagacattaaagcttaccttggacag
gcttctgggagaatgtggagaagttgggagcacagagctgtacttagccc
atgcctgctcttaagaatgcaccgcactgaggtggtaaacacaccc
gaattcaccccaggatcctcatctccggttctgtctcttatctagctgcc
atcacaccttggacttgagaaaaattcattgccagagagccctcactagc
aaagatactcagcctcttttcaaggatccaatccaagaaggtatgcagtc
ttttctgtgttcaggccttggcagaacacacacatgagcacctgaaatgg
ggatgggggcagcaagagtgcaagtccagccaggctgagccctggaacct
ccagcgctagccacatggtgttgggtagcacagagactctccctgaacaa
tgctctcagctgtaaagtgcaaatcatctaacccacggcctgagaggtga
tgccctagttatttttagagaaccttcagacctctctaaaggagttctta
caccaggaaacctagtttaatgagcgcgcatatagatttcacagtaggtc
tagtactctttgaagcattttacaaatattaactcacgcagtctcataac
aaccctaaaagatgggcattgtgaagaccctagtttcacagcagatgagg
aaactaagggtgatagagctgggaccgagcactgagtagttttgtttttc
tttctagaaactatgctttcctatcccccaggcttcttgcctggctccct
ctcctcggggtcacactcagtgtgtaaagacaagagtgaaagcaaattcc
cctggagtctgagggccggaagagcaacagtccccctgcccacccagggt
ccaacattcacctggtgaccacatggctctgggagatggcgagagcagcg
aggagcagcacaaagcgcctcattctggatcacaggaaatggtctctcta
gctagtacccatcctctcggcctttatagagcggggctccttctggctgg
atgcccaaacttcagagcaccccgaacctttcagaccactttccacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_107171276_107172276
seq2: B6Ng01-098G10.b_45_1040 (reverse)

seq1  GGGTGTGTTTTACCCACCTCAGTTGCGGTGCATTCCTTAAGAGCAGGCTT  50
      ||||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  GGGTGTGTTT--ACCACCTCAG-TGCGGTGCATT-CTTAAGAGCAGGCAT  46

seq1  GGGCTAAGTACAGCTCTGTGCCTCCCACATTCTCCACACTCTCCCAGAAG  100
      |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||
seq2  GGGCTAAGTACAGCTCTGTG-CTCCCAACTTCTCCACATTCTCCCAGAAG  95

seq1  CCCTTGTCCAAGGTAAGCTTTAATGTCTCCTTATTGATTTCTTAGAAGTG  150
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC--TGTCCAAGGTAAGCTTTAATGTCTCCTTATTGATTTCTTAGAAGTG  143

seq1  GAGGCTCA-TTAAGTGGTTTGTGCTGCTTGGGTTCCATT-AGGCAAGAGA  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGGCTCATTTAAGTGGTTTGTGCTGCTTGGGTTCCATTAAGGCAAGAGA  193

seq1  GCTTGTGTTCTTTTTCACTAGAACGTTTCAAAGTGCGTTCTATGCAGAAT  248
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTG-TCTTTTTCACTAGAACGTTTCAAAGTGCGTTCTATGCAGAAT  242

seq1  ACCAGTGGGTTCTGTAGGACAGAGAGACTAAAGCACATTTCTTAGAGCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGGGTTCTGTAGGACAGAGAGACTAAAGCACATTTCTTAGAGCCC  292

seq1  TACTATGTTTATGGGTGCTTTCCTCTTCCAAGAAGGAAGATATGGGAGCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGTTTATGGGTGCTTTCCTCTTCCAAGAAGGAAGATATGGGAGCC  342

seq1  C-AAGACCCCTTCGGATCCGAAACAACAGATGCGGGACCCGTAGATAAAC  397
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACCCCTTCGGATCCGAAACAACAGATGCGGGACCCGTAGATAAAC  392

seq1  ATTCAGGTGGTAGAGAATGAGCTCGGGTGAAGAAGAGAGTTAACAATTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGTGGTAGAGAATGAGCTCGGGTGAAGAAGAGAGTTAACAATTTA  442

seq1  GGGCAGACTAGGTTGTGGTCAACAAGTGAAGCCAGCCTCACCAAGGTGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGACTAGGTTGTGGTCAACAAGTGAAGCCAGCCTCACCAAGGTGTG  492

seq1  CTGGACCAGAGACCTACCAAGCTAACCCTTGTGAGGCCTCATTTGGAGAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCAGAGACCTACCAAGCTAACCCTTGTGAGGCCTCATTTGGAGAA  542

seq1  GGGAGTTAATTCTTGTCATGAGTCTCTTCCCGCCCAGGATTTTATCTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTAATTCTTGTCATGAGTCTCTTCCCGCCCAGGATTTTATCTCCT  592

seq1  TGTCTTGAGCCAGGTAGGCTGTCCAACCAGTTTCAACCAGTGAGACTTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGAGCCAGGTAGGCTGTCCAACCAGTTTCAACCAGTGAGACTTCA  642

seq1  CCAAAACCTCCACATAAGAGGCCTGAACAGCCAAATCGCACATACAGTGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACCTCCACATAAGAGGCCTGAACAGCCAAATCGCACATACAGTGT  692

seq1  CTAACTCAGCTACAGACTTAGAAACTTCCTAAGCAAGCCAGGACTTAGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCAGCTACAGACTTAGAAACTTCCTAAGCAAGCCAGGACTTAGAA  742

seq1  GCCAAATAGAAGGCTTTCTGAGGCAGGCTTGGCCACAAACTCTTTTTGCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATAGAAGGCTTTCTGAGGCAGGCTTGGCCACAAACTCTTTTTGCT  792

seq1  ATTATTGTTAAAGTGGGGAGGTAGCTTCTTGAGTTAAAATACTTGCTGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGTTAAAGTGGGGAGGTAGCTTCTTGAGTTAAAATACTTGCTGTG  842

seq1  CACGATTAACGACTAGCAGGCTTGTTTGCTTGTTTGTTTGTTTGTTGACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGATTAACGACTAGCAGGCTTGTTTGCTTGTTTGTTTGTTTGTTGACA  892

seq1  CCATCTTGCAATTTTAACCCAGGCTGACTTGGAAGTTACTATGCAGCTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTGCAATTTTAACCCAGGCTGACTTGGAAGTTACTATGCAGCTCA  942

seq1  GATTAGCCTTGAACTCGTGATTCTCCTGCTGCAGCCTTCCAAGTGTTGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGCCTTGAACTCGTGATTCTCCTGCTGCAGCCTTCCAAGTGTTGGA  992

seq1  ATTC  1001
      ||||
seq2  ATTC  996

seq1: chr3_107023802_107024747
seq2: B6Ng01-098G10.g_70_1018

seq1  GAATTCACCCCAGGATCCTCATCTCCGGTTCTGTCTCTTATCTAGCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCCAGGATCCTCATCTCCGGTTCTGTCTCTTATCTAGCTGCC  50

seq1  ATCACACCTTGGACTTGAGAAAAATTCATTGCCAGAGAGCCCTCACTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACCTTGGACTTGAGAAAAATTCATTGCCAGAGAGCCCTCACTAGC  100

seq1  AAAGATACTCAGCCTCTTTTCAAGGATCCAATCCAAGAAGGTATGCAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATACTCAGCCTCTTTTCAAGGATCCAATCCAAGAAGGTATGCAGTC  150

seq1  TTTTCTGTGTTCAGGCCTTGGCAGAACACACACATGAGCACCTGAAATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTGTTCAGGCCTTGGCAGAACACACACATGAGCACCTGAAATGG  200

seq1  GGATGGGGGCAGCAAGAGTGCAAGTCCAGCCAGGCTGAGCCCTGGAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGGGCAGCAAGAGTGCAAGTCCAGCCAGGCTGAGCCCTGGAACCT  250

seq1  CCAGCGCTAGCCACATGGTGTTGGGTAGCACAGAGACTCTCCCTGAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCGCTAGCCACATGGTGTTGGGTAGCACAGAGACTCTCCCTGAACAA  300

seq1  TGCTCTCAGCTGTAAAGTGCAAATCATCTAACCCACGGCCTGAGAGGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCAGCTGTAAAGTGCAAATCATCTAACCCACGGCCTGAGAGGTGA  350

seq1  TGCCCTAGTTATTTTTAGAGAACCTTCAGACCTCTCTAAAGGAGTTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTAGTTATTTTTAGAGAACCTTCAGACCTCTCTAAAGGAGTTCTTA  400

seq1  CACCAGGAAACCTAGTTTAATGAGCGCGCATATAGATTTCACAGTAGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGAAACCTAGTTTAATGAGCGCGCATATAGATTTCACAGTAGGTC  450

seq1  TAGTACTCTTTGAAGCATTTTACAAATATTAACTCACGCAGTCTCATAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACTCTTTGAAGCATTTTACAAATATTAACTCACGCAGTCTCATAAC  500

seq1  AACCCTAAAAGATGGGCATTGTGAAGACCCTAGTTTCACAGCAGATGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTAAAAGATGGGCATTGTGAAGACCCTAGTTTCACAGCAGATGAGG  550

seq1  AAACTAAGGGTGATAGAGCTGGGACCGAGCACTGAGTAGTTTTGTTTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAGGGTGATAGAGCTGGGACCGAGCACTGAGTAGTTTTGTTTTTC  600

seq1  TTTCTAGAAACTATGCTTTCCTATCCCCCAGGCTTCTTGCCTGGCTCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGAAACTATGCTTTCCTATCCCCCAGGCTTCTTGCCTGGCTCCCT  650

seq1  CTCCTCGGGGTCACACTCAGTGTGTAAAGACAAGAGTGAAAGCAAATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCGGGGTCACACTCAGTGTGTAAAGACAAGAGTGAAAGCAAATTCC  700

seq1  CCTGGAGTCTGAGGGCCGGAAGAGCAACAGTCCCCCTGCCCACCCAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGTCTGAGGGCCGGAAGAGCAACAGTCCCCCTGCCCACCCAGGGT  750

seq1  CCAACATTCACCTGGTGACCACATGGCTCTGGGAGATGGCGAGAGCAGCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATTCACCTGGTGACCACATGGCTCTGGGAGATGGCGAGAGCAGCG  800

seq1  AGGAGCAGCACAAAGCGCCTCATTCTGGATCACAGGAAATGGCCTCTCTA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGGAGCAGCACAAAGCGCCTCATTCTGGATCACAGGAAATGGTCTCTCTA  850

seq1  GCTAGTACCCATCCTCTCGGCCTTTATAGAGCGGGGCTCCTTCTGGCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTACCCATCCTCTCGGCCTTTATAGAGCGGGGCTCCTTCTGGCTGG  900

seq1  ATGCCCAAACTTCAGAGGCACCCGAAAC-TTCAGACCACTT--CACAAA  946
      |||||||||||||||||   |||||| | ||||||||||||  ||||||
seq2  ATGCCCAAACTTCAGAGCACCCCGAACCTTTCAGACCACTTTCCACAAA  949