BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098I03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 120,050,789 - 120,165,716
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDpyd, LOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
Downstream gene2510027J23Rik, LOC435752, Tmem56, LOC668778, LOC668780, Alg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098I03.bB6Ng01-098I03.g
ACCDH908581DH908582
length1,1851,163
definitionDH908581|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098I03, 5' end.DH908582|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098I03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,164,512 - 120,165,716)(120,050,789 - 120,051,964)
sequence
gaattctttatcccaatagtgacagaagctgggtcgaagccaatggaaag
cttaattcatggttgcacttttaatatagattaagcatggaatgatgtga
cacgttcggtctacagaaatttgcacataagccaaggaagagaattctga
gcacattaaaactatagatgtgactttaacagagtgggcatgacttatac
aaaggttggcaattctttggaggtctgttcacagggaacaaatccataag
gatacttcccttatgtcctgactttcttaagatagggaaaaacacacatc
cagttttgcccagtgaagactgatccactcccaaacacaggtagcataat
tccatgacttgacaataaatgaaaccatccattcctatactcgttctttg
gtgatttgatggtaaaacaatacttcttatacagatacgaaagttgatat
tctgcaccagcttgagtaaactggaatcacagaaaacacatgcctctgac
tttgtctattttcagttacctaaggatggaagtcccagcctgaatgtgga
cagcaccacccagtgagctgtatcattgcatgagcactcacatccacata
tctttgcttcttaagtgaagatgtaatgtgatcaggcacatcacatcaca
gctgctgaaccttctctattctgatggactgtatcccctccaaccttgag
ccaaaataatccctctatcttgaagttgcttttgtcagtcattgtgttac
agcaagggagatgttataactactccatattacacaaaatgtggtaagtg
aaatatttcaaaatgctattctaccattaagtgtattaggctatactata
cattttatagagtcatcacattacttacttaactttaaaaatgaaagcaa
cctttgtagacagaagcaacacaacgagatatgacttggttgcagcaaat
tgagtgggggaaggacaaaaatatcatcagttagcagctttctcttcatg
tttggtggtcatcacttctcttccccagggaatgcccagatttctgctgg
tgtcacataaacgtttcagtatatggaaacttccctgtgctaaattctga
ctctgtgaaacacagtattgaacctccttatctgtaccactccatcccaa
catgggacttacacattggtaaaagatacttattg
gaattccaagaaaacacactgcaggaaaaaaaaaatccaagatgatccga
ccagcaaacccacaccttcctgagcaagaacagctggaatataggctggg
atataaataggaactagacagaagtggaaacatgaagaaagatacccagc
agagccaaagatgcatcttagaatcctacaccaccccaaaatgaacaagt
cattaaacaggccatgctgaaagacatggcctttacccagtgggacagca
gctggcgaagcaggtgggtggcatacaactcacctgttatgtgctcctga
agtaaactaggctgcagaagagactgcacatttagaagaaagtaaccctt
gagggtaatgaatgtgatgtctttgacctttgctggcttaaaagatgcag
gcaccccactaagagctctatgagagccagggcattaccaagtacaggaa
actgaagctcactcaggacagctactcaatcaatatgcattcaatagaca
tcaaggaaagaatggggaaagaacgccccagacttgagtgaggaaatatg
gcagaacatgtgagcaagcttttctccgggcaaaggcaagtcaacagaaa
aacagaagttatctacaaagcagaggataatgctaggtgaatattgaagg
aaagccgagacatttctacgttgttgttttaaatgtagaatgagggaaat
taaagcattctgatgagaacagaaatgtaataaaacatggaagaaggaaa
gcagccactagcattccattgccaagcatcccccccccacaagtccacag
tgcctgtgggtctgtaaagggcaccgagatgaaccactctggagaaggtt
tcaagtagtgtctgctttactgtatgtgaacaactgcgtatacagtagaa
gcctctctaccgtgattgttagcacattatctcagattggcagtgaacgg
tcataccaccaccatctctatgctaaagaaggcataaaagaaaagcacag
actccatcagcctatagctaccagctattccacattagtccagaatttca
tgttctgactcttggaatacttgggagcactatattgccatggctctata
gaaacacatgtgcaggtagctgtcaacaagtcatgcctgcttcttcctca
ctgtagactcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_120164512_120165716
seq2: B6Ng01-098I03.b_46_1230 (reverse)

seq1  CAATAAAATGTATCTTTTATCAGAATGTTGTAAAAGTCCCATGTTGGGGA  50
      ||||||   |||||||||| |  |||| |||  |||||||||||| ||||
seq2  CAATAA---GTATCTTTTACC--AATG-TGT--AAGTCCCATGTT-GGGA  41

seq1  TGGGAGTGGTACAGATTAAAGAAGTGTCAACTACTGGTGTATCACAGAAG  100
      | ||||||||||||||  ||| ||  |||| |||| |||| |||||||  
seq2  T-GGAGTGGTACAGAT--AAGGAGGTTCAA-TACT-GTGTTTCACAGA--  84

seq1  TTCAGATATAAGCACAGGGAAGTTTTCATATACTGAAACGTTTATGTGAA  150
       |||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTCAGAATTTAGCACAGGGAAGTTTCCATATACTGAAACGTTTATGTGAC  134

seq1  CACAGCAAGAGATCTGTGCATTCCCTGGGGAAAGAAGAAGTGATGACCAC  200
        |||| ||| ||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  ACCAGC-AGAAATCTGGGCATTCCCTGGGGAA--GAGAAGTGATGACCAC  181

seq1  CAAACATGAAGAGAAAGCTGCTAACTGATGATTATTTTTGTCCTTCCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGAAGAGAAAGCTGCTAACTGATGA-TATTTTTGTCCTTCCCCC  230

seq1  ACTCAATTTGCTGCAACCAAGTCATATCTCGTTGTGTTGCTTCTGTCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAATTTGCTGCAACCAAGTCATATCTCGTTGTGTTGCTTCTGTCTAC  280

seq1  AAAGGTTGCTTTCATTTTTAAAGTTAAGTAAGTAATGTGATGACTCTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTGCTTTCATTTTTAAAGTTAAGTAAGTAATGTGATGACTCTATA  330

seq1  AAATGTATAGTATAGCCTAATACACTTAATGGTAGAATAGCATTTTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATAGTATAGCCTAATACACTTAATGGTAGAATAGCATTTTGAAA  380

seq1  TATTTCACTTACCACATTTTGTGTAATATGGAGTAGTTATAACATCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCACTTACCACATTTTGTGTAATATGGAGTAGTTATAACATCTCCC  430

seq1  TTGCTGTAACACAATGACTGACAAAAGCAACTTCAAGATAGAGGGATTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTAACACAATGACTGACAAAAGCAACTTCAAGATAGAGGGATTAT  480

seq1  TTTGGCTCAAGGTTGGAGGGGATACAGTCCATCAGAATAGAGAAGGTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTCAAGGTTGGAGGGGATACAGTCCATCAGAATAGAGAAGGTTCA  530

seq1  GCAGCTGTGATGTGATGTGCCTGATCACATTACATCTTCACTTAAGAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGTGATGTGATGTGCCTGATCACATTACATCTTCACTTAAGAAGC  580

seq1  AAAGATATGTGGATGTGAGTGCTCATGCAATGATACAGCTCACTGGGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATATGTGGATGTGAGTGCTCATGCAATGATACAGCTCACTGGGTGG  630

seq1  TGCTGTCCACATTCAGGCTGGGACTTCCATCCTTAGGTAACTGAAAATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCCACATTCAGGCTGGGACTTCCATCCTTAGGTAACTGAAAATAG  680

seq1  ACAAAGTCAGAGGCATGTGTTTTCTGTGATTCCAGTTTACTCAAGCTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTCAGAGGCATGTGTTTTCTGTGATTCCAGTTTACTCAAGCTGGT  730

seq1  GCAGAATATCAACTTTCGTATCTGTATAAGAAGTATTGTTTTACCATCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATATCAACTTTCGTATCTGTATAAGAAGTATTGTTTTACCATCAA  780

seq1  ATCACCAAAGAACGAGTATAGGAATGGATGGTTTCATTTATTGTCAAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAAAGAACGAGTATAGGAATGGATGGTTTCATTTATTGTCAAGTC  830

seq1  ATGGAATTATGCTACCTGTGTTTGGGAGTGGATCAGTCTTCACTGGGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTATGCTACCTGTGTTTGGGAGTGGATCAGTCTTCACTGGGCAA  880

seq1  AACTGGATGTGTGTTTTTCCCTATCTTAAGAAAGTCAGGACATAAGGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGATGTGTGTTTTTCCCTATCTTAAGAAAGTCAGGACATAAGGGAA  930

seq1  GTATCCTTATGGATTTGTTCCCTGTGAACAGACCTCCAAAGAATTGCCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCTTATGGATTTGTTCCCTGTGAACAGACCTCCAAAGAATTGCCAA  980

seq1  CCTTTGTATAAGTCATGCCCACTCTGTTAAAGTCACATCTATAGTTTTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTATAAGTCATGCCCACTCTGTTAAAGTCACATCTATAGTTTTAA  1030

seq1  TGTGCTCAGAATTCTCTTCCTTGGCTTATGTGCAAATTTCTGTAGACCGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCAGAATTCTCTTCCTTGGCTTATGTGCAAATTTCTGTAGACCGA  1080

seq1  ACGTGTCACATCATTCCATGCTTAATCTATATTAAAAGTGCAACCATGAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTCACATCATTCCATGCTTAATCTATATTAAAAGTGCAACCATGAA  1130

seq1  TTAAGCTTTCCATTGGCTTCGACCCAGCTTCTGTCACTATTGGGATAAAG  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTTTCCATTGGCTTCGACCCAGCTTCTGTCACTATTGGGATAAAG  1180

seq1  AATTC  1205
      |||||
seq2  AATTC  1185

seq1: chr3_120050789_120051964
seq2: B6Ng01-098I03.g_65_1227

seq1  GAATTCCAAGAAAACACACTGCAGGAAAAAAAAAATCCAAGATGATCCGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGAAAACACACTGCAGGAAAAAAAAAATCCAAGATGATCCGA  50

seq1  CCAGCAAACCCACACCTTCCTGAGCAAGAACAGCTGGAATATAGGCTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAACCCACACCTTCCTGAGCAAGAACAGCTGGAATATAGGCTGGG  100

seq1  ATATAAATAGGAACTAGACAGAAGTGGAAACATGAAGAAAGATACCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATAGGAACTAGACAGAAGTGGAAACATGAAGAAAGATACCCAGC  150

seq1  AGAGCCAAAGATGCATCTTAGAATCCTACACCACCCCAAAATGAACAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAAAGATGCATCTTAGAATCCTACACCACCCCAAAATGAACAAGT  200

seq1  CATTAAACAGGCCATGCTGAAAGACATGGCCTTTACCCAGTGGGACAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAACAGGCCATGCTGAAAGACATGGCCTTTACCCAGTGGGACAGCA  250

seq1  GCTGGCGAAGCAGGTGGGTGGCATACAACTCACCTGTTATGTGCTCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCGAAGCAGGTGGGTGGCATACAACTCACCTGTTATGTGCTCCTGA  300

seq1  AGTAAACTAGGCTGCAGAAGAGACTGCACATTTAGAAGAAAGTAACCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACTAGGCTGCAGAAGAGACTGCACATTTAGAAGAAAGTAACCCTT  350

seq1  GAGGGTAATGAATGTGATGTCTTTGACCTTTGCTGGCTTAAAAGATGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTAATGAATGTGATGTCTTTGACCTTTGCTGGCTTAAAAGATGCAG  400

seq1  GCACCCCACTAAGAGCTCTATGAGAGCCAGGGCATTACCAAGTACAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCACTAAGAGCTCTATGAGAGCCAGGGCATTACCAAGTACAGGAA  450

seq1  ACTGAAGCTCACTCAGGACAGCTACTCAATCAATATGCATTCAATAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGCTCACTCAGGACAGCTACTCAATCAATATGCATTCAATAGACA  500

seq1  TCAAGGAAAGAATGGGGAAAGAACGCCCCAGACTTGAGTGAGGAAATATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAAAGAATGGGGAAAGAACGCCCCAGACTTGAGTGAGGAAATATG  550

seq1  GCAGAACATGTGAGCAAGCTTTTCTCCGGGCAAAGGCAAGTCAACAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACATGTGAGCAAGCTTTTCTCCGGGCAAAGGCAAGTCAACAGAAA  600

seq1  AACAGAAGTTATCTACAAAGCAGAGGATAATGCTAGGTGAATATTGAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGTTATCTACAAAGCAGAGGATAATGCTAGGTGAATATTGAAGG  650

seq1  AAAGCCGAGACATTTCTACGTTGTTGTTTTAAATGTAGAATGAGGGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCGAGACATTTCTACGTTGTTGTTTTAAATGTAGAATGAGGGAAAT  700

seq1  TAAAGCATTCTGATGAGAACAGAAATGTAATAAAACATGGAAGAAGGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCATTCTGATGAGAACAGAAATGTAATAAAACATGGAAGAAGGAAA  750

seq1  GCAGCCACTAGCATTCCATTGCCAAGCATCCCCCCCCCACAAGTCCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCACTAGCATTCCATTGCCAAGCATCCCCCCCCCACAAGTCCACAG  800

seq1  TGCCTGTGGGTCTGTAAAGGGCACCGAGATGAACCACTCTGGAGAAGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGGGTCTGTAAAGGGCACCGAGATGAACCACTCTGGAGAAGGTT  850

seq1  TCAAGTAGTGTCTGCTTTACTGTATGTGAACAACTGCGTATACAGTAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAGTGTCTGCTTTACTGTATGTGAACAACTGCGTATACAGTAGAA  900

seq1  GCCTCTCTACCGTGATTGGTTAGCACATTATCTCAGATTGGGCAGTGAAC  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCCTCTCTACCGTGATT-GTTAGCACATTATCTCAGATT-GGCAGTGAAC  948

seq1  GGTCATACCACCACCATCTCTATGCTAAAGAGGGCATAAAAGACAAGCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  GGTCATACCACCACCATCTCTATGCTAAAGAAGGCATAAAAGAAAAGCAC  998

seq1  AGACT-CATCAGCCTACTAGCTACCAGCTATT-CACATTAGTCCAGAATT  1048
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGACTCCATCAGCCTA-TAGCTACCAGCTATTCCACATTAGTCCAGAATT  1047

seq1  CCATGTTCTGACTTCTGGGAATACTTGGGAGCACTATA-TGCCATGCTTC  1097
       ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||
seq2  TCATGTTCTGAC-TCTTGGAATACTTGGGAGCACTATATTGCCATGGCTC  1096

seq1  TTATTTAGAAACACAGTGTGCCAGGTAGGCTGGCTACCAGGTCATGCCTG  1147
         | |||||||||| |||| |||||| |||| | | || ||||||||||
seq2  ---TATAGAAACACA-TGTG-CAGGTA-GCTGTC-AACAAGTCATGCCTG  1139

seq1  CTTTCTTTCCTACACTGTAAGAACTCAGA  1176
      |||   ||||| |||||||   |||||||
seq2  CTT--CTTCCT-CACTGTA--GACTCAGA  1163