BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099I14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 122,746,000 - 122,867,595
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSynpo2
Upstream geneAbca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117, LOC100043726, Bcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2
Downstream geneSec24d, G430022H21Rik, Prss12, EG668804, Ndst3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099I14.bB6Ng01-099I14.g
ACCDH909304DH909305
length1,0431,088
definitionDH909304|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099I14, 5' end.DH909305|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099I14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,866,545 - 122,867,595)(122,746,000 - 122,747,106)
sequence
gaattcaccgctgcagagccttctcgctggcagcgtgtgagcctctgcca
atcttctatcctttcccacgctgacagctcacgcccggtcctgaatggcc
ttccactttcttccaggctccaactttttgctagtcttgcttgctagtat
attccttaccataaatcctccaaagtcaagttcaaatgcatttccttttc
accttaatctagcctggtgctcagcaaagacgcctttcagagctcaagac
ccagtttctattccccatggaagatggttgtggttttaatagtggagagt
aggcagacctggggaagccagacccagaaactgctttttgtgaagtgggg
gtttagggaggataaactgcagggtagaagataaggcagcttgtttggtt
ttgtgacctttgggctgcagggtgacagagaagccagattaactatttct
gtgacctcctgagtctccagaagagggctggttgctttatggaattccaa
gggtcgcagggtcctaaaaaattatgggccatttttatggccctggtttg
ggaatgaggggtttcttttgcatataagtagtacttaagcaatatatatt
acataagaattatagtgtgtatattcttacataatatataagcatcatat
atgttatataggcatatgtaagcaacccaaaatatctatgcaacccagag
ctagttggacagctgaatgagggaagctctgcctctacgagttctcttag
gaagcctgcaagttgatcaagtgctgtcctggtttgtccccgttgtgcat
cctataaaaaacaaaaacaaaaacaaacaaactaaaaaaaaaaacagtaa
gtgaatagatcgatgcggttcttggcattcttgaagccagtggcagagta
ggtcctttcatacaaagctcggagttatttacagagagaatggtagttat
ttaaaggaatggtctttaaaagaggagcatctggccccttcttagccagt
tactgcgcatagaatcacgcttctccttacattgagtgttgca
gaattccaacaacaacagacagggctttcaaagacttccttagatgcaag
tacaatgtgggtgagaagatttaagggcacagttgggtaagtttctcaac
cctgaacctggagcatctaacaggaacatgtctgcctcttcttgtagtac
gtagtaagtagatgctacctaacacacaggcctttcagattcttattctt
ctaatatattgtctattttgtagcgcttggtgagcctcccaggcactttc
tttggactccctgctattgagcaaattcagactgaagatgttgtgcagct
tcttgggatgcatgcaatgcaagtcctcttggaagtccatcacagaacgc
agttgctgggactgccagtgtgaaaagagctttccgtcatgttccagggg
gttgttatgcaggtacagtccattcttgactcaggcttgcaatttctgca
ggtcagtcaggggcaacttcttcagcttgttggaggacagatccaagagt
gtagatttgggtaatttgttcccacccttgatcagttccagaggaaagtg
agaggtcaggttctggcttaagtagagtttctgcagctgggccatgtcct
cgaaggtattccggtccaccaccacaatgtggttattgtagagcaatagc
acttctccaggatcctcaagcatgcacacacatacacacgcacacacaca
cacgcacatgcacaagcacatacacatatgcccgcacccctgattgtaac
aaaatatgctgtgataattatatccacaggtatatttaaatattttttaa
attagagaaaataaatagtaatagatgcttaattccatgtctttagtaaa
agatgaacaataggagaggggaataaaccaggatacaatgtagccttaag
ttggactcaagctccatatggtagctgaggctgactctgactgccagccc
ttctgctgcacttcaggatgctgggattcccggtatgacgtatgctgtgt
caagggtttcagcttaacaaacaacaacaaaactcattatgctttcattt
gatatggatgacaacttgatactcaaggaaaatttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_122866545_122867595
seq2: B6Ng01-099I14.b_47_1089 (reverse)

seq1  TGCAAACCACTCAATGCTAAGTGAGGATGCGTGATTACTATGCCGCAGTA  50
      |||||  ||||||||| |||| || || |||||||| ||||| |||||||
seq2  TGCAA--CACTCAATG-TAAG-GA-GAAGCGTGATT-CTATG-CGCAGTA  43

seq1  ACTGGCTAAGAAGGGGCCAGATGCTCCTCTTTTAAAGACCAATTCCTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||
seq2  ACTGGCTAAGAAGGGGCCAGATGCTCCTCTTTTAAAGACCATTCCTTTAA  93

seq1  AT-ACTACCATTCTCTCTGTAAATAACTCCGAGCTTTGTATGAAAGGACC  149
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTACCATTCTCTCTGTAAATAACTCCGAGCTTTGTATGAAAGGACC  143

seq1  TACTCTGCCACTGGCTTCAAGAATGCCAAGAACCGCATCGATCTATTCAA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TACTCTGCCACTGGCTTCAAGAATGCCAAGAACCGCATCGATCTATTC-A  192

seq1  CTTACTGTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTATA  249
      |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGTTTTTTTTTTTAGTTTGTTTG-TTTTTGTTTTTGTTTTTTATA  241

seq1  GGATGCACAACGGGGACAAACCAGGACAGCACTTGATCAACTTGCAGGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCACAACGGGGACAAACCAGGACAGCACTTGATCAACTTGCAGGCT  291

seq1  TCCTAAGAGAACTCGTAGAGGCAGAGCTTCCCTCATTCAGCTGTCCAACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGAGAACTCGTAGAGGCAGAGCTTCCCTCATTCAGCTGTCCAACT  341

seq1  AGCTCTGGGTTGCATAGATATTTTGGGTTGCTTACATATGCCTATATAAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGGTTGCATAGATATTTTGGGTTGCTTACATATGCCTATATAAC  391

seq1  ATATATGATGCTTATATATTATGTAAGAATATACACACTATAATTCTTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGATGCTTATATATTATGTAAGAATATACACACTATAATTCTTAT  441

seq1  GTAATATATATTGCTTAAGTACTACTTATATGCAAAAGAAACCCCTCATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATATATTGCTTAAGTACTACTTATATGCAAAAGAAACCCCTCATT  491

seq1  CCCAAACCAGGGCCATAAAAATGGCCCATAATTTTTTAGGACCCTGCGAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACCAGGGCCATAAAAATGGCCCATAATTTTTTAGGACCCTGCGAC  541

seq1  CCTTGGAATTCCATAAAGCAACCAGCCCTCTTCTGGAGACTCAGGAGGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAATTCCATAAAGCAACCAGCCCTCTTCTGGAGACTCAGGAGGTC  591

seq1  ACAGAAATAGTTAATCTGGCTTCTCTGTCACCCTGCAGCCCAAAGGTCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAATAGTTAATCTGGCTTCTCTGTCACCCTGCAGCCCAAAGGTCAC  641

seq1  AAAACCAAACAAGCTGCCTTATCTTCTACCCTGCAGTTTATCCTCCCTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAAACAAGCTGCCTTATCTTCTACCCTGCAGTTTATCCTCCCTAA  691

seq1  ACCCCCACTTCACAAAAAGCAGTTTCTGGGTCTGGCTTCCCCAGGTCTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCACTTCACAAAAAGCAGTTTCTGGGTCTGGCTTCCCCAGGTCTGC  741

seq1  CTACTCTCCACTATTAAAACCACAACCATCTTCCATGGGGAATAGAAACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTCCACTATTAAAACCACAACCATCTTCCATGGGGAATAGAAACT  791

seq1  GGGTCTTGAGCTCTGAAAGGCGTCTTTGCTGAGCACCAGGCTAGATTAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTGAGCTCTGAAAGGCGTCTTTGCTGAGCACCAGGCTAGATTAAG  841

seq1  GTGAAAAGGAAATGCATTTGAACTTGACTTTGGAGGATTTATGGTAAGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAAGGAAATGCATTTGAACTTGACTTTGGAGGATTTATGGTAAGGA  891

seq1  ATATACTAGCAAGCAAGACTAGCAAAAAGTTGGAGCCTGGAAGAAAGTGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTAGCAAGCAAGACTAGCAAAAAGTTGGAGCCTGGAAGAAAGTGG  941

seq1  AAGGCCATTCAGGACCGGGCGTGAGCTGTCAGCGTGGGAAAGGATAGAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCATTCAGGACCGGGCGTGAGCTGTCAGCGTGGGAAAGGATAGAAG  991

seq1  ATTGGCAGAGGCTCACACGCTGCCAGCGAGAAGGCTCTGCAGCGGTGAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAGAGGCTCACACGCTGCCAGCGAGAAGGCTCTGCAGCGGTGAAT  1041

seq1  TC  1051
      ||
seq2  TC  1043

seq1: chr3_122746000_122747106
seq2: B6Ng01-099I14.g_67_1154

seq1  GAATTCCAACAACAACAGACAGGGCTTTCAAAGACTTCCTTAGATGCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACAACAACAGACAGGGCTTTCAAAGACTTCCTTAGATGCAAG  50

seq1  TACAATGTGGGTGAGAAGATTTAAGGGCACAGTTGGGTAAGTTTCTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGTGGGTGAGAAGATTTAAGGGCACAGTTGGGTAAGTTTCTCAAC  100

seq1  CCTGAACCTGGAGCATCTAACAGGAACATGTCTGCCTCTTCTTGTAGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACCTGGAGCATCTAACAGGAACATGTCTGCCTCTTCTTGTAGTAC  150

seq1  GTAGTAAGTAGATGCTACCTAACACACAGGCCTTTCAGATTCTTATTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAAGTAGATGCTACCTAACACACAGGCCTTTCAGATTCTTATTCTT  200

seq1  CTAATATATTGTCTATTTTGTAGCGCTTGGTGAGCCTCCCAGGCACTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATATTGTCTATTTTGTAGCGCTTGGTGAGCCTCCCAGGCACTTTC  250

seq1  TTTGGACTCCCTGCTATTGAGCAAATTCAGACTGAAGATGTTGTGCAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACTCCCTGCTATTGAGCAAATTCAGACTGAAGATGTTGTGCAGCT  300

seq1  TCTTGGGATGCATGCAATGCAAGTCCTCTTGGAAGTCCATCACAGAACGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGATGCATGCAATGCAAGTCCTCTTGGAAGTCCATCACAGAACGC  350

seq1  AGTTGCTGGGACTGCCAGTGTGAAAAGAGCTTTCCGTCATGTTCCAGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTGGGACTGCCAGTGTGAAAAGAGCTTTCCGTCATGTTCCAGGGG  400

seq1  GTTGTTATGCAGGTACAGTCCATTCTTGACTCAGGCTTGCAATTTCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTATGCAGGTACAGTCCATTCTTGACTCAGGCTTGCAATTTCTGCA  450

seq1  GGTCAGTCAGGGGCAACTTCTTCAGCTTGTTGGAGGACAGATCCAAGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGTCAGGGGCAACTTCTTCAGCTTGTTGGAGGACAGATCCAAGAGT  500

seq1  GTAGATTTGGGTAATTTGTTCCCACCCTTGATCAGTTCCAGAGGAAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTTGGGTAATTTGTTCCCACCCTTGATCAGTTCCAGAGGAAAGTG  550

seq1  AGAGGTCAGGTTCTGGCTTAAGTAGAGTTTCTGCAGCTGGGCCATGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCAGGTTCTGGCTTAAGTAGAGTTTCTGCAGCTGGGCCATGTCCT  600

seq1  CGAAGGTATTCCGGTCCACCACCACAATGTGGTTATTGTAGAGCAATAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGGTATTCCGGTCCACCACCACAATGTGGTTATTGTAGAGCAATAGC  650

seq1  ACTTCTCCAGGATCCTCAAGCATGCACACACATACACACGCACACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCCAGGATCCTCAAGCATGCACACACATACACACGCACACACACA  700

seq1  CACGCACATGCACAAGCACATACACATATGCCCGCACCCCTGATTGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCACATGCACAAGCACATACACATATGCCCGCACCCCTGATTGTAAC  750

seq1  AAAATATGCTGTGATAATTATATCCACAGGTATATTTAAATATTTTTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGCTGTGATAATTATATCCACAGGTATATTTAAATATTTTTTAA  800

seq1  ATTAGAGAAAATAAATAGTAATAGATGCTTAATTCCATGTCTTTAGTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGAAAATAAATAGTAATAGATGCTTAATTCCATGTCTTTAGTAAA  850

seq1  AGATGAACAATAGGAGAGGGGAATAAACCAGGATACAATGTAGCCTTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAACAATAGGAGAGGGGAATAAACCAGGATACAATGTAGCCTTAAG  900

seq1  TTGGACTCAAGCTCCATATGGTAGCTGAGGCTGACTCTGACTGCCAGCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACTCAAGCTCCATATGGTAGCTGAGGCTGACTCTGACTGCCAGCCC  950

seq1  TTCTGCTGCCACCTCCAGGATGCTGGGATTCCCGGTATTGACCGTTATGC  1000
      |||||||||   || |||||||||||||||||||||| ||||   |||||
seq2  TTCTGCTGC--ACTTCAGGATGCTGGGATTCCCGGTA-TGAC--GTATGC  995

seq1  TTGTGGTTCAAGGGTTTCAGCTAAACAAACAAACAAACCAAAAACTCATT  1050
       ||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||    ||||||||  
seq2  -TGTG--TCAAGGGTTTCAGCTTAACAAAC-AACAA---CAAAACTCA--  1036

seq1  TTATGCCTTTCATTTGATATTGATGACAACCTTGAATAACTCAAGGGAAA  1100
      ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||   |||||| |||||
seq2  TTATG-CTTTCATTTGATATGGATGACAA-CTTGA--TACTCAA-GGAAA  1081

seq1  ATATTTT  1107
      || ||||
seq2  ATTTTTT  1088