BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100A21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 31,340,351 - 31,445,049
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMds1, LOC100040727, LOC100040734, LOC100040749, Arpm1, Mynn, Lrrc34, 4930558O21Rik, E230002P03Rik, Samd7, Tloc1, Gpr160, Phc3, LOC100040809, Prkci, Skil, Cldn11, Slc7a14
Downstream geneLOC625125, Kcnmb2, LOC665514, Zmat3, 4930429B21Rik, Pik3ca, Kcnmb3, Zfp639, Mfn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100A21.bB6Ng01-100A21.g
ACCDH909669DH909670
length1,143734
definitionDH909669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100A21, 5' end.DH909670|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100A21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,443,900 - 31,445,049)(31,340,351 - 31,341,083)
sequence
gaattcaactgattttagcaggatatgacataaaagcttctaccttaaag
ttgagtttctatggtacataaaaccgtaggcaagttgacatgctaggcaa
gcaattgatagttgtaccaacctgcaacaactatgaaatatgacagtaac
cagtaaagcaagatagcataataggtgcaataagtgacaattccatgtga
gccgtatccaagaggtctttgattagtcttatgtttattttctttacctc
acagttgaacatagatcttggtctttcatttagtttctcagaaaacaaat
gttattctgaagatccttctaaacatcaacaattaatgccttgttatttg
tcactagggttttcccttgaccaagtcacacattttcacttctttctaat
aaattcattttcataatataatataaaacaaatgaaatataaatataata
tgaaaatgcttccttttttcaactttcattttctactttccatgtcttca
attagctttaatcaactatagtctgaaatgtggagagttcaattttctag
taatgaagacctgcatacctattaagtggcattctgtactgagttaagta
aataattttttaccatttactgcctgtttctacaagtgatgattatcatt
gcatcattctggatttccttacagtacctgttgcccatcatttagtttcc
tgtgaactattatggtaccaacagctgactgtgttcgattttgataatac
tcaagggactcatgtttcatacaggacgtgcaaactaccaggcataatat
tacagtgggaaaatctttgtttttctatgtggtcaaccccttcctcagct
tctgccaatctttccctaatccaaacccaggaatccccagcttctgtaca
ttgactgggtgtagtatctgcatctgactctttaagctgcttgtgggtcc
tcacagaggtcatcatgctaactcctgtctgtaatcacatcatggcatca
gtaataaagtcaggctttggagcatgcccttgagtttgatcccattgggc
ttgtcactggactcattccctagacttctctccatctttgcaaaggtaca
gaatacctggactccagaagtataaaaagcttaagagggccca
gaattctttttcttgtgaattgaaaatggcaattttccttaatgcatggc
aaatttattataatttaaaatatatgtattttgtttttaaagtaaaatgc
atgttatgttgctggtacatttaacacatacactatgattataattaagc
ctctatgtgtaaatctttataattaataagctgcatatgaggtacatgca
cctgaagataaggaggctgccaccctcctgaataacatgaagccctggag
gtgtgtcctctgtagtattacaaaggtttagacagtaagctcacctctta
caggacctgcaatgggttcttgatttctaggaagtcatctttatcagtgc
ccatagataagatttctaagtcacaccctgaaagttgatatcccttgtag
tgatcctaaagagccagaaagtaaacaaaccaggagagacagacccctga
tgttataattagttcttcaggtctgagcaagaatgaacaggactaaacca
cttgtatgaagaaagtgccatataccgctgtgctgcggactggactcagt
tggcccatcaacatacaggagaatcagggtcccagtattcaggtgggcag
ggagtcagcagggtgaagagaagaggggggctaggcagcggggcgcacgt
gagagatgaaaccaagacagtcagtttgatcaaggttcaattttactatt
tccactcaattatgaagcagggggataaggttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_31443900_31445049
seq2: B6Ng01-100A21.b_46_1188 (reverse)

seq1  TGGGCC--CTTCAGCTTTTTTATCTTCTTGAGTTCAGGTATTCTGTACTT  48
      ||||||  ||| ||||||||   ||||| |||| |||||||||||||| |
seq2  TGGGCCCTCTTAAGCTTTTTATACTTCTGGAGTCCAGGTATTCTGTACCT  50

seq1  TTTGGCAAAGATGGAGAGAAGTCTAAGGGAAATGAAGTCCAGTGACAAGC  98
      ||  |||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||
seq2  TT--GCAAAGATGGAGAGAAGTCTA--GGGAATG-AGTCCAGTGACAAGC  95

seq1  CCAAATTGGGATCAAACTCAAGGGCATGCTCCAAAGCCTGACTTTATTAC  148
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAA--TGGGATCAAACTCAAGGGCATGCTCCAAAGCCTGACTTTATTAC  143

seq1  TGATGCCATGATGTGATTACAGACAGGAGTTTAGCATTGATGACCTCTGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TGATGCCATGATGTGATTACAGACAGGAG-TTAGCA-TGATGACCTCTGT  191

seq1  GAGGACCCACAAGCAGCTTAAAGAGTCAGATGCAGATACTTACACCCAGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGGACCCACAAGCAGCTTAAAGAGTCAGATGCAGATAC-TACACCCAGT  240

seq1  CAATGTACAGAAGCTGGGGATTCCTGGGTTTGGATTAGGGAAAGATTGGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTACAGAAGCTGGGGATTCCTGGGTTTGGATTAGGGAAAGATTGGC  290

seq1  AGAAGCTGAGGAAGGGGTTGACCACATAGAAAAACAAAGATTTT-CCACT  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAAGCTGAGGAAGGGGTTGACCACATAGAAAAACAAAGATTTTCCCACT  340

seq1  GTAATATTATGCCTGGTAGTTTGCACGTCCTGTATGAAACATGAGTCCCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATTATGCCTGGTAGTTTGCACGTCCTGTATGAAACATGAGTCCCT  390

seq1  TGAGTATTATCAAAATCGAACACAGTCAGCTGTTGGTACCATAATAGTTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATTATCAAAATCGAACACAGTCAGCTGTTGGTACCATAATAGTTC  440

seq1  ACAGGAAACTAAATGATGGGCAACAGGTACTGTAAGGAAATCCAGAATGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAACTAAATGATGGGCAACAGGTACTGTAAGGAAATCCAGAATGA  490

seq1  TGCAATGATAATCATCACTTGTAGAAACAGGCAGTAAATGGTAAAAAATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGATAATCATCACTTGTAGAAACAGGCAGTAAATGGTAAAAAATT  540

seq1  ATTTACTTAACTCAGTACAGAATGCCACTTAATAGGTATGCAGGTCTTCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTAACTCAGTACAGAATGCCACTTAATAGGTATGCAGGTCTTCA  590

seq1  TTACTAGAAAATTGAACTCTCCACATTTCAGACTATAGTTGATTAAAGCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAGAAAATTGAACTCTCCACATTTCAGACTATAGTTGATTAAAGCT  640

seq1  AATTGAAGACATGGAAAGTAGAAAATGAAAGTTGAAAAAAGGAAGCATTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAAGACATGGAAAGTAGAAAATGAAAGTTGAAAAAAGGAAGCATTT  690

seq1  TCATATTATATTTATATTTCATTTGTTTTATATTATATTATGAAAATGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTATATTTATATTTCATTTGTTTTATATTATATTATGAAAATGAA  740

seq1  TTTATTAGAAAGAAGTGAAAATGTGTGACTTGGTCAAGGGAAAACCCTAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGAAAGAAGTGAAAATGTGTGACTTGGTCAAGGGAAAACCCTAG  790

seq1  TGACAAATAACAAGGCATTAATTGTTGATGTTTAGAAGGATCTTCAGAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATAACAAGGCATTAATTGTTGATGTTTAGAAGGATCTTCAGAAT  840

seq1  AACATTTGTTTTCTGAGAAACTAAATGAAAGACCAAGATCTATGTTCAAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTGTTTTCTGAGAAACTAAATGAAAGACCAAGATCTATGTTCAAC  890

seq1  TGTGAGGTAAAGAAAATAAACATAAGACTAATCAAAGACCTCTTGGATAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGTAAAGAAAATAAACATAAGACTAATCAAAGACCTCTTGGATAC  940

seq1  GGCTCACATGGAATTGTCACTTATTGCACCTATTATGCTATCTTGCTTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACATGGAATTGTCACTTATTGCACCTATTATGCTATCTTGCTTTA  990

seq1  CTGGTTACTGTCATATTTCATAGTTGTTGCAGGTTGGTACAACTATCAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTACTGTCATATTTCATAGTTGTTGCAGGTTGGTACAACTATCAAT  1040

seq1  TGCTTGCCTAGCATGTCAACTTGCCTACGGTTTTATGTACCATAGAAACT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCTAGCATGTCAACTTGCCTACGGTTTTATGTACCATAGAAACT  1090

seq1  CAACTTTAAGGTAGAAGCTTTTATGTCATATCCTGCTAAAATCAGTTGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTAAGGTAGAAGCTTTTATGTCATATCCTGCTAAAATCAGTTGAA  1140

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1143

seq1: chr3_31340351_31341083
seq2: B6Ng01-100A21.g_68_801

seq1  GAATTCTTTTTCTTGTGAATTGAAAATGGCAATTTTCCTTAATGCATGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTCTTGTGAATTGAAAATGGCAATTTTCCTTAATGCATGGC  50

seq1  AAATTTATTATAATTTAAAATATATGTATTTTGTTTTTAAAGTAAAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATTATAATTTAAAATATATGTATTTTGTTTTTAAAGTAAAATGC  100

seq1  ATGTTATGTTGCTGGTACATTTAACACATACACTATGATTATAATTAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATGTTGCTGGTACATTTAACACATACACTATGATTATAATTAAGC  150

seq1  CTCTATGTGTAAATCTTTATAATTAATAAGCTGCATATGAGGTACATGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGTGTAAATCTTTATAATTAATAAGCTGCATATGAGGTACATGCA  200

seq1  CCTGAAGATAAGGAGGCTGCCACCCTCCTGAATAACATGAAGCCCTGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGATAAGGAGGCTGCCACCCTCCTGAATAACATGAAGCCCTGGAG  250

seq1  GTGTGTCCTCTGTAGTATTACAAAGGTTTAGACAGTAAGCTCACCTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCCTCTGTAGTATTACAAAGGTTTAGACAGTAAGCTCACCTCTTA  300

seq1  CAGGACCTGCAATGGGTTCTTGATTTCTAGGAAGTCATCTTTATCAGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCTGCAATGGGTTCTTGATTTCTAGGAAGTCATCTTTATCAGTGC  350

seq1  CCATAGATAAGATTTCTAAGTCACACCCTGAAAGTTGATATCCCTTGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGATAAGATTTCTAAGTCACACCCTGAAAGTTGATATCCCTTGTAG  400

seq1  TGATCCTAAAGAGCCAGAAAGTAAACAAACCAGGAGAGACAGACCCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTAAAGAGCCAGAAAGTAAACAAACCAGGAGAGACAGACCCCTGA  450

seq1  TGTTATAATTAGTTCTTCAGGTCTGAGCAAGAATGAACAGGACTAAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATAATTAGTTCTTCAGGTCTGAGCAAGAATGAACAGGACTAAACCA  500

seq1  CTTGTATGAAGAAAGTGCCATATACCGCTGTGCTGCGGACTGGACTCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATGAAGAAAGTGCCATATACCGCTGTGCTGCGGACTGGACTCAGT  550

seq1  TGGCCCATCAACATACAGGAGAATCAGGGTCCCAGTATTCAGGTGGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCATCAACATACAGGAGAATCAGGGTCCCAGTATTCAGGTGGGCAG  600

seq1  GGAGTCAGCAGGGTGAAGAGAAGAGGGGGGCTAGGCAGC-GGGCGCACGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGAGTCAGCAGGGTGAAGAGAAGAGGGGGGCTAGGCAGCGGGGCGCACGT  650

seq1  GAGAGATGAAACCAAGACAGTCAGTTTGATCAAGGTTCAATTTTACTATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGAAACCAAGACAGTCAGTTTGATCAAGGTTCAATTTTACTATT  700

seq1  TCCACTCAGTTATGAAGCAGGGGAGTAAGGTTGC  733
      |||||||| ||||||||||||||  |||||||||
seq2  TCCACTCAATTATGAAGCAGGGGGATAAGGTTGC  734