BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100B20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,046,839 - 40,153,291
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041432, LOC100040853, LOC100041443, LOC100041458
Downstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100B20.bB6Ng01-100B20.g
ACCDH909708DH909709
length9141,091
definitionDH909708|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100B20, 5' end.DH909709|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,152,381 - 40,153,291)(40,046,839 - 40,047,930)
sequence
gaattccattgggaacagaatgggcttttgtactttttttttttaacagg
aaagagttatgcaggcagaacttggttgtcagtaaagatgtttgttttga
ttggcaatcagtgtgtttagtctgtgaggcagggatggaggattgagagg
taaggcctgaaggtgtcttgtctccaaactgggaacatgcagagcaattg
gcagatgggtaggaggatgccttctgcactgttttagagtctgtctggct
ttgccttatgcagctggaacttttgatgagtgtgaagtgtgtatgtgttt
tctacacgtgcctcgtgaccaggttgagctttatagacagagtttgaggt
cagagtagcaagagacctagtctggctgcagttctttgaggagctgtgat
tgggttttcccagctggagactggattgagtgcaaattgctccacagggc
ttccctagccttgccctgctgacttgacctatgtctctactttcacactc
cattcagctcagcaaagacttttaaaatattttctctgaaattcagcagc
ataattacgagcaagaattcccagaaactttagcttctagtctcttacct
ctgtctcttcatcactaaggtggagagaacaatgggacttatggtaatat
ttgtgctcaaggtggtctgagagaatctctgttgggaagttagtacagct
catgtatctagttttgagatgccttcatgatagatacatactagccatgt
aattaaaatagttattatcagtgctgaggaagactaactctagaagccat
tcctaacaagatgaagtcttgcaagttattttaaataagcaaaatggtgg
gggaggggattctgaactttttgcaaggtaattcattttgactacagctc
ccttccccgactgc
gaattctctatgtagacaaagatgggctaaaaagttacagacaactgctt
gcctctgcctgccagttctgagagtaaaggcacgtgtttaattccaacct
tcagcaatgtctattgcatttgtctttaagctgttactgtgacctgtgag
tccagtgtcatcaaatcacttttgtatataaaatgatagctaaatccaca
aaaagagtcagatgaatccacaggtctatcaacacctcaatatgtgtcct
gaagtgttaaaaaaaggtcttgggtaggaacagatatgcctaacctgtga
taaccctcttcctagagctcaatgtctaactacaaattaggaaaaaagaa
aacaatgaggatgtggataagttggtagaaaccccaagagctatgtgact
tcactgtgtccccaccatcctgcccctaaactatgaagccctcagtgtcc
tgagcagcatgttcacttcattggttctgtcctttgcattctcatatctg
tctgcatcgagacactggtgtgcacaggcagagaccccagacacagtcac
tctcctcttctgtgtccttgtcactgggaccatcactggttcactgcaga
agggctgttgaatgttggattagcaagcttgatctgctgtaggatatcct
gcatgaagcccacacaaactttcactatcgacattcagataaagtagtat
ttcatactacttctagtcacggattcttctgaaagatcagaaatgacttt
aggagacacatatttcttaactctgatgttataggaatatttgacttatt
gcacaaaaaatagaagagacattttccaggactctgataatatgaggtaa
actgtgtaatctgattcaaaaatggcctctaaagaaattgacccttatct
agccagcaccagtaaagcaactctctcccaagtattaaagaagctatgtt
actgtttcagcattactgtcatgtgctagattgccgaataatgaccaaca
aggcagcatacttagtccctaaaactttattttgcaaattatgtttctga
aatgcatgcagagagttctgcaatatgaaataagtctttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40152381_40153291
seq2: B6Ng01-100B20.b_43_956 (reverse)

seq1  GCAGTCGGGG-AGGGGGCTGTAGTCAAAATGAATTACCTTGC-AAAAGTT  48
      |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCAGTCGGGGAAGGGAGCTGTAGTCAAAATGAATTACCTTGCAAAAAGTT  50

seq1  CAGAATCCCCTCCCCCACCATTTTGCTTATTTAAAATAACTTGC-AGACT  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGAATCCCCTCCCCCACCATTTTGCTTATTTAAAATAACTTGCAAGACT  100

seq1  TCATCTTGTTAGGAATGGCTTCTAGAGTTAGTCTTCCTCAGCACTGATAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTGTTAGGAATGGCTTCTAGAGTTAGTCTTCCTCAGCACTGATAA  150

seq1  TAACTATTTTAATTACATGGCTAGTATGTATCTATCATGAAGGCATCTCA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATTTTAATTACATGGCTAGTATGTATCTATCATGAAGGCATCTCA  200

seq1  AAACTAGATACATGAGCTGTACTAACTTCCCAACAGAGATTCTCTCAGAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGATACATGAGCTGTACTAACTTCCCAACAGAGATTCTCTCAGAC  250

seq1  CACCTTGAGCACAAATATTACCATAAGTCCCATTGTTCTCTCCACCTTAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGAGCACAAATATTACCATAAGTCCCATTGTTCTCTCCACCTTAG  300

seq1  TGATGAAGAGACAGAGGTAAGAGACTAGAAGCTAAAGTTTCTGGGAATTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAGAGACAGAGGTAAGAGACTAGAAGCTAAAGTTTCTGGGAATTC  350

seq1  TTGCTCGTAATTATGCTGCTGAATTTCAGAGAAAATATTTTAAAAGTCTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCGTAATTATGCTGCTGAATTTCAGAGAAAATATTTTAAAAGTCTT  400

seq1  TGCTGAGCTGAATGGAGTGTGAAAGTAGAGACATAGGTCAAGTCAGCAGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGCTGAATGGAGTGTGAAAGTAGAGACATAGGTCAAGTCAGCAGG  450

seq1  GCAAGGCTAGGGAAGCCCTGTGGAGCAATTTGCACTCAATCCAGTCTCCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGCTAGGGAAGCCCTGTGGAGCAATTTGCACTCAATCCAGTCTCCA  500

seq1  GCTGGGAAAACCCAATCACAGCTCCTCAAAGAACTGCAGCCAGACTAGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAAAACCCAATCACAGCTCCTCAAAGAACTGCAGCCAGACTAGGT  550

seq1  CTCTTGCTACTCTGACCTCAAACTCTGTCTATAAAGCTCAACCTGGTCAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTACTCTGACCTCAAACTCTGTCTATAAAGCTCAACCTGGTCAC  600

seq1  GAGGCACGTGTAGAAAACACATACACACTTCACACTCATCAAAAGTTCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACGTGTAGAAAACACATACACACTTCACACTCATCAAAAGTTCCA  650

seq1  GCTGCATAAGGCAAAGCCAGACAGACTCTAAAACAGTGCAGAAGGCATCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATAAGGCAAAGCCAGACAGACTCTAAAACAGTGCAGAAGGCATCC  700

seq1  TCCTACCCATCTGCCAATTGCTCTGCATGTTCCCAGTTTGGAGACAAGAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACCCATCTGCCAATTGCTCTGCATGTTCCCAGTTTGGAGACAAGAC  750

seq1  ACCTTCAGGCCTTACCTCTCAATCCTCCATCCCTGCCTCACAGACTAAAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAGGCCTTACCTCTCAATCCTCCATCCCTGCCTCACAGACTAAAC  800

seq1  ACACTGATTGCCAATCAAAACAAACATCTTTACTGACAACCAAGTTCTGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGATTGCCAATCAAAACAAACATCTTTACTGACAACCAAGTTCTGC  850

seq1  CTGCATAACTCTTTCCTGTTAAAAAAAAAAAGTACAAAAGCCCATTCTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAACTCTTTCCTGTTAAAAAAAAAAAGTACAAAAGCCCATTCTGT  900

seq1  TCCCAATGGAATTC  911
      ||||||||||||||
seq2  TCCCAATGGAATTC  914

seq1: chr3_40046839_40047930
seq2: B6Ng01-100B20.g_69_1159

seq1  GAATTCTCTATGTAGACAAAGATGGGCTAAAAAGTTACAGACAACTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGTAGACAAAGATGGGCTAAAAAGTTACAGACAACTGCTT  50

seq1  GCCTCTGCCTGCCAGTTCTGAGAGTAAAGGCACGTGTTTAATTCCAACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTGCCAGTTCTGAGAGTAAAGGCACGTGTTTAATTCCAACCT  100

seq1  TCAGCAATGTCTATTGCATTTGTCTTTAAGCTGTTACTGTGACCTGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAATGTCTATTGCATTTGTCTTTAAGCTGTTACTGTGACCTGTGAG  150

seq1  TCCAGTGTCATCAAATCACTTTTGTATATAAAATGATAGCTAAATCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGTCATCAAATCACTTTTGTATATAAAATGATAGCTAAATCCACA  200

seq1  AAAAGAGTCAGATGAATCCACAGGTCTATCAACACCTCAATATGTGTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGTCAGATGAATCCACAGGTCTATCAACACCTCAATATGTGTCCT  250

seq1  GAAGTGTTAAAAAAAGGTCTTGGGTAGGAACAGATATGCCTAACCTGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTTAAAAAAAGGTCTTGGGTAGGAACAGATATGCCTAACCTGTGA  300

seq1  TAACCCTCTTCCTAGAGCTCAATGTCTAACTACAAATTAGGAAAAAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCTCTTCCTAGAGCTCAATGTCTAACTACAAATTAGGAAAAAAGAA  350

seq1  AACAATGAGGATGTGGATAAGTTGGTAGAAACCCCAAGAGCTATGTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGAGGATGTGGATAAGTTGGTAGAAACCCCAAGAGCTATGTGACT  400

seq1  TCACTGTGTCCCCACCATCCTGCCCCTAAACTATGAAGCCCTCAGTGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGTCCCCACCATCCTGCCCCTAAACTATGAAGCCCTCAGTGTCC  450

seq1  TGAGCAGCATGTTCACTTCATTGGTTCTGTCCTTTGCATTCTCATATCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGCATGTTCACTTCATTGGTTCTGTCCTTTGCATTCTCATATCTG  500

seq1  TCTGCATCGAGACACTGGTGTGCACAGGCAGAGACCCCAGACACAGTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCGAGACACTGGTGTGCACAGGCAGAGACCCCAGACACAGTCAC  550

seq1  TCTCCTCTTCTGTGTCCTTGTCACTGGGACCATCACTGGTTCACTGCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTTCTGTGTCCTTGTCACTGGGACCATCACTGGTTCACTGCAGA  600

seq1  AGGGCTGTTGAATGTTGGATTAGCAAGCTTGATCTGCTGTAGGATATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGTTGAATGTTGGATTAGCAAGCTTGATCTGCTGTAGGATATCCT  650

seq1  GCATGAAGCCCACACAAACTTTCACTATCGACATTCAGATAAAGTAGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAGCCCACACAAACTTTCACTATCGACATTCAGATAAAGTAGTAT  700

seq1  TTCATACTACTTCTAGTCACGGATTCTTCTGAAAGATCAGAAATGACTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACTACTTCTAGTCACGGATTCTTCTGAAAGATCAGAAATGACTTT  750

seq1  AGGAGACACATATTTCTTAACTCTGATGTTATAGGAATATTTGACTTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACACATATTTCTTAACTCTGATGTTATAGGAATATTTGACTTATT  800

seq1  GCACAAAAAATAGAAGAGACATTTTCCAGGACTCTGATAATATGAGGT-A  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCACAAAAAATAGAAGAGACATTTTCCAGGACTCTGATAATATGAGGTAA  850

seq1  ACTGTGTAATCTGATTCAAAAATGGCCTCTAAAGAAATTGACCCTTATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTAATCTGATTCAAAAATGGCCTCTAAAGAAATTGACCCTTATCT  900

seq1  AGCCAGCACCAGTAAAGCAACTCTCTCCCAAGTATTAAAAGAAGCTATGT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCCAGCACCAGTAAAGCAACTCTCTCCCAAGTATT-AAAGAAGCTATGT  949

seq1  TACTGTTTCAGCATAACTGTCATGTGCTAGATTGCCGATATATGACCAAC  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TACTGTTTCAGCATTACTGTCATGTGCTAGATTGCCGAATAATGACCAAC  999

seq1  AAGGCAGCATACTTAGTCCCTAAAACTATATTTTGCAAATAATGTTTCTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  AAGGCAGCATACTTAGTCCCTAAAACTTTATTTTGCAAATTATGTTTCTG  1049

seq1  AAAATGCATGCAGAGAAGTTCTGCAATATGAAAT-AGTCTTTAA  1092
       |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -AAATGCATGCAGAG-AGTTCTGCAATATGAAATAAGTCTTTAA  1091