BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-101H12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 80,512,682 - 80,620,285
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGria2
Upstream geneRxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik, EG626797
Downstream geneGlrb, EG626841, Pdgfc, LOC229443
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-101H12.bB6Ng01-101H12.g
ACCDH910643DH910644
length1,1111,142
definitionDH910643|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101H12, 5' end.DH910644|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,512,682 - 80,513,797)(80,619,118 - 80,620,285)
sequence
gaattccaccttctctccctccattgctaagcatcctgtcctcatgattc
atacttttcccttcttcaatccacatcctagatgttccacactcaggtga
gctttgccttcctctttcaccattcaggtatatagaaccaggaatatagt
caccacaaagttcaaatgaagggtatgaagacaaacacctgtgcctttaa
ggggtctatctttgttatgaaggaagatggattggttatgaaggaagcac
tactagaccacaatatcaaatgggagggtggtgatgagccagagatgggt
tagatttgaaaggaagtgtgaagaacatatagaccttgttctgctgttct
cctgtgtcagcagcagggtaataattagctgtcaggctccacttcagcct
ccaagaggaaattctgaatgtttgaacttatcccatgtggaattctttcc
aggtaaacatacagtaagtgacacactgacaaatatgcagagtaaatatg
cagagtaaataaagctgtctggtgtggttactacccacaaacctaaacac
cagctctacaacagaaagctttaactatggaaaaccagagttgactatga
gtgcatagagtcacttaccaatattgtggtgacaaccacagttttgtttt
caagcccagatgtgtcatttccagaggggagctcggttagggtgacaacc
attttatccacttcactccagtacccaatctgaaaaaagtgacagctgat
aaacacagagaaatgaaccatcttattgtaataaactggatactttttcg
aacccatgcctgtatccaaactaataccctcattaaccagaatcctaaat
aacagcaaaaaatttacagtcataaacataatgtaatttggattgaaact
gttatatatcatcttctaagtgggttggatcttcatttttttatttgttt
atttggttttgtttattcaagtaagacatgggatgaactctatgcttggt
ttgtgtaagacttcaacatgcattcaatcacaattctcttgccccggtct
gtcattcatagatttaaaggcataagccagtacaactggctaccttttcc
atctggataat
gaattcattagcatcacagacacaaaatatttataaatcttaaagttgtt
agaaggaaggtacaatttggggtatatttggaccccaagttaccttgtga
cttgagaatctctgagtttgtgtacatagtagcaaatgatgctgttccaa
gtgattcactgtgtccagacaattgagggcacagtctggaaatgatagaa
tattggattcacagcagagtattctaagattagagatttttttctataca
atgttatatgacttctccattattactcttagtattatttatctacctac
gtgaatgtaaatcatgtctttcttctcagtattcctttctcaatctctcc
atttttaaccaatattcccaagttctatttatttctagcttcagcaatga
atctcaaatgagaacgatgaatttatttgtccatggatgtaagtactggc
ttaatgtgggccatgtgacctaaatgctgggacatctgaacactgatcac
tgttttgtcaagcagaccagtctacaaacatatgaggaattaatcacagg
cttagaataaacgcaagtctcagaaattgagagtggttagattaagcaaa
ctctgacacagccttggcatcgattctatctatcaatgtgtttttcctgt
gtaaggcacctgcatgtattttcagtactgtcaaggtcaaataaattgat
ttttagtttacaatttatagtttcttttaacttattacaattttctatac
ttatatggcattgtctccttcaaaacaagtttatatagacctgatataat
ttttttaaaagagatttatttatttatttatttatttatttatttattta
aatatatatgagtacactgcccagaagagggcatcagatctcattacaga
tggtgtgagccccgtgtggtttctgggaatgaactcaggactctggagag
tagtcagtgtctaactgctgacttacttctccacccagtgatattattta
taacaaattcttttagtgacttttcttggctgatctgagtgaaatcaact
tcatgatagtattgtgaagtttcagcaagagcgaacaactgggagtcagg
ttgagcatagactagacacttcaggtgggtagcaatgtctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_80512682_80513797
seq2: B6Ng01-101H12.b_44_1154

seq1  GAATTCCACCTTCTCTCCCTCCATTGCTAAGCATCCTGTCCTCATGATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTTCTCTCCCTCCATTGCTAAGCATCCTGTCCTCATGATTC  50

seq1  ATACTTTTCCCTTCTTCAATCCACATCCTAGATGTTCCACACTCAGGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTCCCTTCTTCAATCCACATCCTAGATGTTCCACACTCAGGTGA  100

seq1  GCTTTGCCTTCCTCTTTCACCATTCAGGTATATAGAACCAGGAATATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCCTTCCTCTTTCACCATTCAGGTATATAGAACCAGGAATATAGT  150

seq1  CACCACAAAGTTCAAATGAAGGGTATGAAGACAAACACCTGTGCCTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAAAGTTCAAATGAAGGGTATGAAGACAAACACCTGTGCCTTTAA  200

seq1  GGGGTCTATCTTTGTTATGAAGGAAGATGGATTGGTTATGAAGGAAGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTATCTTTGTTATGAAGGAAGATGGATTGGTTATGAAGGAAGCAC  250

seq1  TACTAGACCACAATATCAAATGGGAGGGTGGTGATGAGCCAGAGATGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGACCACAATATCAAATGGGAGGGTGGTGATGAGCCAGAGATGGGT  300

seq1  TAGATTTGAAAGGAAGTGTGAAGAACATATAGACCTTGTTCTGCTGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTGAAAGGAAGTGTGAAGAACATATAGACCTTGTTCTGCTGTTCT  350

seq1  CCTGTGTCAGCAGCAGGGTAATAATTAGCTGTCAGGCTCCACTTCAGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCAGCAGCAGGGTAATAATTAGCTGTCAGGCTCCACTTCAGCCT  400

seq1  CCAAGAGGAAATTCTGAATGTTTGAACTTATCCCATGTGGAATTCTTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGGAAATTCTGAATGTTTGAACTTATCCCATGTGGAATTCTTTCC  450

seq1  AGGTAAACATACAGTAAGTGACACACTGACAAATATGCAGAGTAAATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAACATACAGTAAGTGACACACTGACAAATATGCAGAGTAAATATG  500

seq1  CAGAGTAAATAAAGCTGTCTGGTGTGGTTACTACCCACAAACCTAAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAAATAAAGCTGTCTGGTGTGGTTACTACCCACAAACCTAAACAC  550

seq1  CAGCTCTACAACAGAAAGCTTTAACTATGGAAAACCAGAGTTGACTATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTACAACAGAAAGCTTTAACTATGGAAAACCAGAGTTGACTATGA  600

seq1  GTGCATAGAGTCACTTACCAATATTGTGGTGACAACCACAGTTTTGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATAGAGTCACTTACCAATATTGTGGTGACAACCACAGTTTTGTTTT  650

seq1  CAAGCCCAGATGTGTCATTTCCAGAGGGGAGCTCGGTTAGGGTGACAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCAGATGTGTCATTTCCAGAGGGGAGCTCGGTTAGGGTGACAACC  700

seq1  ATTTTATCCACTTCACTCCAGTACCCAATCTGAAAAAAGTGACAGCTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATCCACTTCACTCCAGTACCCAATCTGAAAAAAGTGACAGCTGAT  750

seq1  AAACACAGAGAAATGAACCATCTTAATGTAATAAACTGGATAC-TTTTCG  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAACACAGAGAAATGAACCATCTTATTGTAATAAACTGGATACTTTTTCG  800

seq1  AACCCATGCCTGTATCCAAACTAATACCCTCATTAACCAGAATCCTAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATGCCTGTATCCAAACTAATACCCTCATTAACCAGAATCCTAAAT  850

seq1  AACAGCAAAAAATTTACAGTCATAAACATAATGTAATTAGGATTGAAACT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AACAGCAAAAAATTTACAGTCATAAACATAATGTAATTTGGATTGAAACT  900

seq1  GTATATATATCATCTTCTAAAGTGGGTTGGATCTTCATTTTTATTATTTG  949
      || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GT-TATATATCATCTTCT-AAGTGGGTTGGATCTTCATTTTT-TTATTTG  947

seq1  TTTATTTGGTTTTGTTTATTCAAGGTAAGAACATGGGATGAA-TCTATGC  998
      ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TTTATTTGGTTTTGTTTATTCAA-GTAAG-ACATGGGATGAACTCTATGC  995

seq1  -TGGTTTGTGT-AGAACTCAACATGCATTCAAATCACAATCCTCCTGCCC  1046
       |||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||| ||| || ||
seq2  TTGGTTTGTGTAAGACTTCAACATGCATTC-AATCACAATTCTCTTG-CC  1043

seq1  CCGGTCTGTCATTCATAGA-TTAAAGGCATAAGCAAGTACAACTGGCTCA  1095
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  
seq2  CCGGTCTGTCATTCATAGATTTAAAGGCATAAGCCAGTACAACTGGCTAC  1093

seq1  CTTTTCACATTCCTGGATAAT  1116
      |||||| |||  |||||||||
seq2  CTTTTC-CAT--CTGGATAAT  1111

seq1: chr3_80619118_80620285
seq2: B6Ng01-101H12.g_70_1211 (reverse)

seq1  CCAGACATTGGCTACCCACCTGAAAGGTGCTAGTCTAATGCTCAAAACTG  50
      ||||||||| ||||||||||||||  || ||||||| |||||| || |||
seq2  CCAGACATT-GCTACCCACCTGAAGTGT-CTAGTCT-ATGCTC-AACCTG  46

seq1  ACTCACAGGGTTTGTTCTGCTCTTTGCTGAAACCTTCACAATAACTATCA  100
      |||| |||   |||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  ACTCCCAG---TTGTTC-GCTC-TTGCTGAAA-CTTCACAAT-ACTATCA  89

seq1  TGAAAGTTGATTTCACTTCAAGATCAGCCAAGAGAAGTCACTAAAAGGAA  150
      || ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TG-AAGTTGATTTCACT--CAGATCAGCCAAGAAAAGTCACTAAAA-GAA  135

seq1  TTTGGTTATTAAAATAATATCACTGGGTGGAGAGGTAAGTCAGCAGTTAA  200
      ||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TTT-GTTAT--AAATAATATCACTGGGTGGAGAAGTAAGTCAGCAGTTA-  181

seq1  GAACACTGACTACTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGAAACCAC  250
        ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  -GACACTGACTACTC-TCCAGA-GTCCTGAGTTC-ATTCCCAGAAACCAC  227

seq1  ACGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGGCA  300
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGG-GGCTCAC-ACCATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGGCA  275

seq1  GTGTACTCATATATATTTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTCATATATATTTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT  325

seq1  AAATCTCTTTTTAAAAAAATTATATCAGGTCTATATAAACTTGTTTTGAA  400
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTC-TTTTAAAAAAATTATATCAGGTCTATATAAACTTGTTTTGAA  374

seq1  GGAGACAATGCCATATAAGTATAGAAAATTGTAATAAGTTAAAAGAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAATGCCATATAAGTATAGAAAATTGTAATAAGTTAAAAGAAACT  424

seq1  ATAAATTGTAAACTAAAAATCAATTTATTTGACCTTGACAGTACTGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTGTAAACTAAAAATCAATTTATTTGACCTTGACAGTACTGAAAA  474

seq1  TACATGCAGGTGCCTTACACAGGAAAAACACATTGATAGATAGAATCGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCAGGTGCCTTACACAGGAAAAACACATTGATAGATAGAATCGAT  524

seq1  GCCAAGGCTGTGTCAGAGTTTGCTTAATCTAACCACTCTCAATTTCTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCTGTGTCAGAGTTTGCTTAATCTAACCACTCTCAATTTCTGAG  574

seq1  ACTTGCGTTTATTCTAAGCCTGTGATTAATTCCTCATATGTTTGTAGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCGTTTATTCTAAGCCTGTGATTAATTCCTCATATGTTTGTAGACT  624

seq1  GGTCTGCTTGACAAAACAGTGATCAGTGTTCAGATGTCCCAGCATTTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGCTTGACAAAACAGTGATCAGTGTTCAGATGTCCCAGCATTTAGG  674

seq1  TCACATGGCCCACATTAAGCCAGTACTTACATCCATGGACAAATAAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGGCCCACATTAAGCCAGTACTTACATCCATGGACAAATAAATTC  724

seq1  ATCGTTCTCATTTGAGATTCATTGCTGAAGCTAGAAATAAATAGAACTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTTCTCATTTGAGATTCATTGCTGAAGCTAGAAATAAATAGAACTTG  774

seq1  GGAATATTGGTTAAAAATGGAGAGATTGAGAAAGGAATACTGAGAAGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTGGTTAAAAATGGAGAGATTGAGAAAGGAATACTGAGAAGAAA  824

seq1  GACATGATTTACATTCACGTAGGTAGATAAATAATACTAAGAGTAATAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGATTTACATTCACGTAGGTAGATAAATAATACTAAGAGTAATAAT  874

seq1  GGAGAAGTCATATAACATTGTATAGAAAAAAATCTCTAATCTTAGAATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGTCATATAACATTGTATAGAAAAAAATCTCTAATCTTAGAATAC  924

seq1  TCTGCTGTGAATCCAATATTCTATCATTTCCAGACTGTGCCCTCAATTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGTGAATCCAATATTCTATCATTTCCAGACTGTGCCCTCAATTGT  974

seq1  CTGGACACAGTGAATCACTTGGAACAGCATCATTTGCTACTATGTACACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACACAGTGAATCACTTGGAACAGCATCATTTGCTACTATGTACACA  1024

seq1  AACTCAGAGATTCTCAAGTCACAAGGTAACTTGGGGTCCAAATATACCCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAGATTCTCAAGTCACAAGGTAACTTGGGGTCCAAATATACCCC  1074

seq1  AAATTGTACCTTCCTTCTAACAACTTTAAGATTTATAAATATTTTGTGTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTACCTTCCTTCTAACAACTTTAAGATTTATAAATATTTTGTGTC  1124

seq1  TGTGATGCTAATGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGCTAATGAATTC  1142