BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103P20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 24,635,104 - 24,751,068
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG635702
Upstream geneEG665189
Downstream geneLOC100039592, Nlgn1, LOC621017
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103P20.bB6Ng01-103P20.g
ACCDH912416DH912417
length1,0051,127
definitionDH912416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103P20, 5' end.DH912417|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103P20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,635,104 - 24,635,916)(24,749,943 - 24,751,068)
sequence
gaattcatctataataaaattgcaaatatcatttgaaatgtattataact
gaattttacctttgtgagaaaaaaacttttctttctcaaggaatttccat
gatatttaaagaactatggcatgttcagacacactgcacatatcactccc
ctttatttttcttatggaaacataatatactttattatatctgttggaaa
ctggggccttttcaattcacttactcaaagtgttatgaggagagactaaa
acacattataggttcagatctgtcaacttcctgagtctattccttgatcc
tcaagataatatgagatgctaaagtcttgcaggaggaatgacaaatggct
ttagaaatcatggaatatgacccacaagatagcacaggcagtatgggtga
gcctctgtgaggcatgaccccgcagactaagtgccctaaggacttcatgc
catcatggagattttctgtacttgttgcttcacatccctcttaaaactct
aaggaggcttctagaccctcacagggtattatctctggcactcacaataa
cagtgtgttatctctttcaggcattgctgttgtagcagattaatcattca
atcaccaccctaagaaagaacttagagatatagattgtcagctacaagct
tagaaagcacttggaaaaataaaattgttagtacaactaggttaagatgt
ttttgctcctggctctgatgtagagtatcttagggaaaggcacactctga
atcgttaagctagggacattttatggtcagagaacaatggcagcactggc
tgacttgactctcacggaggctggactggtgaggattgactccttctacc
cagttttgccctcagcttcctgatatgatttaataagaacttctgatgag
tagtctacattctaaggatttacagtacatatgactgatttttatataaa
agtttagatttgtgattctttttaggatgcttacaaggttatacttaaag
ataaa
gaattccacttccttctgttgggtcaactttcattaaataggatccattg
cacacagtgggagctcaataggtattattgattaacagacttagccacat
tttgaaaatattacttatttaaaattaaactctttctattgtacttacaa
taaaaatcccatatttcctcttataacttctactaatacattcttcttgc
aaagaacatatggaaattggcccagagatggtaggtgacttcccagtaat
gtcatggtcatggtagtgagaggagaatgaaaaccatgactctaaacaac
acctaccactcacagtagaatgattagcctcatgtggcagtgagtggccc
tgctcatgtagtagctaatgtcttacagatacactgctccagatacactg
actgctgtttacacatggatctctttgatccatgtactctgtccagtgcc
tagctgtttaaaatatacctgaattccatatactccctgtaaactgggaa
gtcaatctgcaatccttcagccataaaatttgccactaagaaaattacat
attcataatttatgaacctgtaacagcacattgtaactgagatgatctaa
tctccaggcatatgatgcttttaggtcgatttatttaagatggaagagat
tcacttcttctatgacaggtcattatatagtttttatgaatcatagtgtc
attcagataaaattaagaaattccattgatttcgttaatgcatgacttgt
gcaccaggctcaacagacttatacaatttgtttatacataattcatttca
ctatccatagcacagtcagagatcagggagacatgtgaaaaaatcttaaa
gttgctttgggagtaaaaacgaactttgaagaatagctcaaagcatcata
tttgtaggagtaaaatcaataaagattgatattaactttatatcagcttt
agtgataatgagcttcttgtagagcctggagagtttgctcagctgtaaaa
gcacttaccgctgcagagggcctgagtttgagctcctcagtacccaattg
ggcagttcacaaaagaactgtgattcaacgtggggaatattgaatgcctt
ttggtgatcttaaagccactgccatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_24635104_24635916
seq2: B6Ng01-103P20.b_45_857

seq1  GAATTCATCTATAATAAAATTGCAAATATCATTTGAAATGTATTATAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTATAATAAAATTGCAAATATCATTTGAAATGTATTATAACT  50

seq1  GAATTTTACCTTTGTGAGAAAAAAACTTTTCTTTCTCAAGGAATTTCCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTACCTTTGTGAGAAAAAAACTTTTCTTTCTCAAGGAATTTCCAT  100

seq1  GATATTTAAAGAACTATGGCATGTTCAGACACACTGCACATATCACTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTAAAGAACTATGGCATGTTCAGACACACTGCACATATCACTCCC  150

seq1  CTTTATTTTTCTTATGGAAACATAATATACTTTATTATATCTGTTGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTTTCTTATGGAAACATAATATACTTTATTATATCTGTTGGAAA  200

seq1  CTGGGGCCTTTTCAATTCACTTACTCAAAGTGTTATGAGGAGAGACTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCCTTTTCAATTCACTTACTCAAAGTGTTATGAGGAGAGACTAAA  250

seq1  ACACATTATAGGTTCAGATCTGTCAACTTCCTGAGTCTATTCCTTGATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTATAGGTTCAGATCTGTCAACTTCCTGAGTCTATTCCTTGATCC  300

seq1  TCAAGATAATATGAGATGCTAAAGTCTTGCAGGAGGAATGACAAATGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATAATATGAGATGCTAAAGTCTTGCAGGAGGAATGACAAATGGCT  350

seq1  TTAGAAATCATGGAATATGACCCACAAGATAGCACAGGCAGTATGGGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATCATGGAATATGACCCACAAGATAGCACAGGCAGTATGGGTGA  400

seq1  GCCTCTGTGAGGCATGACCCCGCAGACTAAGTGCCCTAAGGACTTCATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGTGAGGCATGACCCCGCAGACTAAGTGCCCTAAGGACTTCATGC  450

seq1  CATCATGGAGATTTTCTGTACTTGTTGCTTCACATCCCTCTTAAAACTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGGAGATTTTCTGTACTTGTTGCTTCACATCCCTCTTAAAACTCT  500

seq1  AAGGAGGCTTCTAGACCCTCACAGGGTATTATCTCTGGCACTCACAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGCTTCTAGACCCTCACAGGGTATTATCTCTGGCACTCACAATAA  550

seq1  CAGTGTGTTATCTCTTTCAGGCATTGCTGTTGTAGCAGATTAATCATTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTTATCTCTTTCAGGCATTGCTGTTGTAGCAGATTAATCATTCA  600

seq1  ATCACCACCCTAAGAAAGAACTTAGAGATATAGATTGTCAGCTACAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCACCCTAAGAAAGAACTTAGAGATATAGATTGTCAGCTACAAGCT  650

seq1  TAGAAAGCACTTGGAAAAATAAAATTGTTAGTACAACTAGGTTAAGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGCACTTGGAAAAATAAAATTGTTAGTACAACTAGGTTAAGATGT  700

seq1  TTTTGCTCCTGGCTCTGATGTAGAGTATCTTAGGGAAAGGCACACTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTCCTGGCTCTGATGTAGAGTATCTTAGGGAAAGGCACACTCTGA  750

seq1  ATCGTTAAGCTAGGGACATTTTATGGTCAGAGAACAATGGCAGCACTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTTAAGCTAGGGACATTTTATGGTCAGAGAACAATGGCAGCACTGGC  800

seq1  TGACTTGACTCTC  813
      |||||||||||||
seq2  TGACTTGACTCTC  813

seq1: chr3_24749943_24751068
seq2: B6Ng01-103P20.g_70_1196 (reverse)

seq1  GTATGTGCAGTGGCTTT-AGATCACCAAAAAGGCAT--CATATTCCCCAA  47
      ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||   ||||||||| |
seq2  GTATG-GCAGTGGCTTTAAGATCACC-AAAAGGCATTCAATATTCCCC-A  47

seq1  CGTTGGATTCACAG-TCTTTTGTGAACTGCCCAATTTGGGTACTGAGGAG  96
      |||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CGTT-GAATCACAGTTCTTTTGTGAACTGCCCAA-TTGGGTACTGAGGAG  95

seq1  CTCAAACTCAGGCCCTCTGCAGCGGTAAGTGCTTTTAACAGCTGAGCAAA  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCAAACTCAGGCCCTCTGCAGCGGTAAGTGCTTTT-ACAGCTGAGCAAA  144

seq1  CTCTCCAGGCTCTACAAG-AGCTCATTATCACTAAAGCTGATATAAAGTT  195
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAGGCTCTACAAGAAGCTCATTATCACTAAAGCTGATATAAAGTT  194

seq1  AATATCAATCTTTATTGATTTTACTCCTACAAATATGATGCTTTGAGCTA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAATCTTTATTGATTTTACTCCTACAAATATGATGCTTTGAGCTA  244

seq1  TTCTTCAAAGTTCGTTTTTACT-CCAAAGCAACTTTAAGATTTTTTCACA  294
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAAAGTTCGTTTTTACTCCCAAAGCAACTTTAAGATTTTTTCACA  294

seq1  TGTCTCCCTGATCTCTGACTGTGCTATGGATAGTGAAATGAATTATGTAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCCTGATCTCTGACTGTGCTATGGATAGTGAAATGAATTATGTAT  344

seq1  AAAC-AATTGTATAAGTCTGTTGAGCCTGGTGCACAAGTCATGCATTAAC  393
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATTGTATAAGTCTGTTGAGCCTGGTGCACAAGTCATGCATTAAC  394

seq1  GAAATCAATGGAATTTCTTAATTTTATCTGAATGACACTATGATTCATAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAATGGAATTTCTTAATTTTATCTGAATGACACTATGATTCATAA  444

seq1  AAACTATATAATGACCTGTCATAGAAGAAGTGAATCTCTTCCATCTTAAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATATAATGACCTGTCATAGAAGAAGTGAATCTCTTCCATCTTAAA  494

seq1  TAAATCGACCTAAAAGCATCATATGCCTGGAGATTAGATCATCTCAGTTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCGACCTAAAAGCATCATATGCCTGGAGATTAGATCATCTCAGTTA  544

seq1  CAATGTGCTGTTACAGGTTCATAAATTATGAATATGTAATTTTCTTAGTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGCTGTTACAGGTTCATAAATTATGAATATGTAATTTTCTTAGTG  594

seq1  GCAAATTTTATGGCTGAAGGATTGCAGATTGACTTCCCAGTTTACAGGGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTTTATGGCTGAAGGATTGCAGATTGACTTCCCAGTTTACAGGGA  644

seq1  GTATATGGAATTCAGGTATATTTTAAACAGCTAGGCACTGGACAGAGTAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGGAATTCAGGTATATTTTAAACAGCTAGGCACTGGACAGAGTAC  694

seq1  ATGGATCAAAGAGATCCATGTGTAAACAGCAGTCAGTGTATCTGGAGCAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCAAAGAGATCCATGTGTAAACAGCAGTCAGTGTATCTGGAGCAG  744

seq1  TGTATCTGTAAGACATTAGCTACTACATGAGCAGGGCCACTCACTGCCAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGTAAGACATTAGCTACTACATGAGCAGGGCCACTCACTGCCAC  794

seq1  ATGAGGCTAATCATTCTACTGTGAGTGGTAGGTGTTGTTTAGAGTCATGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCTAATCATTCTACTGTGAGTGGTAGGTGTTGTTTAGAGTCATGG  844

seq1  TTTTCATTCTCCTCTCACTACCATGACCATGACATTACTGGGAAGTCACC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTCTCCTCTCACTACCATGACCATGACATTACTGGGAAGTCACC  894

seq1  TACCATCTCTGGGCCAATTTCCATATGTTCTTTGCAAGAAGAATGTATTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCTCTGGGCCAATTTCCATATGTTCTTTGCAAGAAGAATGTATTA  944

seq1  GTAGAAGTTATAAGAGGAAATATGGGATTTTTATTGTAAGTACAATAGAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGTTATAAGAGGAAATATGGGATTTTTATTGTAAGTACAATAGAA  994

seq1  AGAGTTTAATTTTAAATAAGTAATATTTTCAAAATGTGGCTAAGTCTGTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTAATTTTAAATAAGTAATATTTTCAAAATGTGGCTAAGTCTGTT  1044

seq1  AATCAATAATACCTATTGAGCTCCCACTGTGTGCAATGGATCCTATTTAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATAATACCTATTGAGCTCCCACTGTGTGCAATGGATCCTATTTAA  1094

seq1  TGAAAGTTGACCCAACAGAAGGAAGTGGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTGACCCAACAGAAGGAAGTGGAATTC  1127