BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104D05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 66,460,634 - 66,631,139
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040978, EG624866, Ccnl1, LOC625048, Veph1, Tpi-rs2, Ptx3
Downstream geneLOC625115, Shox2, Rsrc1, Mlf1, Gfm1, Lxn, Rarres1, Mfsd1, LOC667207, Gm412
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104D05.bB6Ng01-104D05.g
ACCDH912570DH912571
length1,1071,099
definitionDH912570|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104D05, 5' end.DH912571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,630,014 - 66,631,139)(66,460,634 - 66,461,744)
sequence
tccagtcatcaattccataacaaataagtgtttatcagcatctattccta
aatcatccatctagagttgttggctctgtctgctgtcatctattagcaat
caatgtgcactatcatttccactggaagttcttcagagggaaagacttgg
tctatttgctgttccctgtctatatattactttgtagtacagcaaacagt
ttgcagtagataggccacagagggaacaagtctcccaggaagtttgcatt
ttgtccttggccagatttggggacaactgcactcggaacataacaaatga
aataaccacacacaacgtattaaggccaaacactgagctcagcacttttc
tgggttctccatacatttcccctcatttgatctgaagaggctgtgagaac
aatgttattttctccacttttcagatgaagaaacagacttctaaaggaga
ctcactccaggatactgaaccagtaagccaaagtgcaggggactgggaac
aagtgcttctcactcagggtgctggttcctgtcccacattgcatctgtgt
aaacctattcagacgtcttatgctcacatgggggcttgcccaatatatag
agaagaagattgcaagtagattctcccagaatccaggctacctttgtctt
catcaccagcatctcacaacacctgaaaggtgtttttccatgcctgaccc
acataccctatggactttaggactcaacctgagcctgagctcaacttgct
tctccaaattgtagaggttctcagacactattccctagccatctaattca
aaggttcctgttaaatgcttacagtgataaagatctttgaaggggcactt
gttgtgagatataaaccgatgtacttaggaaactgttctaattatgacta
ttatagaaacaaaaacctctggtaagtttacctatgcacttatagcagag
cggtttggacaaaatccaggctgctcacttgtatatatattatactacaa
accaaacctagactttataccaagtttccccttctatacatggtgtttct
aaagctgtctgcctcataagctctggtatacttgcaataaaaatttctga
ggctctt
gaattcttgaagaaatagcttcccagcagctaacttgtccaaactctctt
aaatgccaaatgaggctgacggacgcagggcttccagtgacacccgcttc
ttcaaatgaatgctgtagcagccattgtcactgacaggcacctgaaacat
cccacagaggatggagcaaatgcctaagacaagcagagttcccctaaccg
gttgggcagttaaggcacagagcacaaagaaaactcacccaagctctgcc
gtaatcaggttgaaatggcaatctcaagcttagatgacggcacctataat
taaacaaacggacttaaaatacttattccacacacagaagtagatataga
gcagtaactgagagatacttggggattatgggcgttatcgccatgaacaa
aaactgcccttgaaaaggcacagctctcctcaccagctctgtcccagtgt
gaataagaaaaggggaaagagtgcatcaggaattcagattcaggttgaac
tgtatcgtaaaccaaagctcaacaacgacctaacccaaggccttctaccc
cacggtacacgccaccaaaggcagagaaagtcaattacttcataaatgct
tggtcagattagttttaaaatcatcgcaacaaaattatttttttcatcca
attaaacaagtaaaagtcagggttattaaatgcaactttccttagcacag
acaaatctcgagtttgcaacataagaccgaggggggagtgaagggcccaa
atcattgtgctggcatccaccatatccacaaacgtgacgccatgagcgtt
gaatgctctatctgtgaataccaccgagcttacagtaagcagtgtgtttt
cttctttgaaataagaactcaacaagctactttctcacctcaaggtgaaa
cccaacggcaggcttctagatagctctgacatgagcctgtgtatctcaaa
agtagaggaatgccactataatcaccgtgtatctttaaagctgggatgag
aagtggcatttggacaggattaaacttggcttgccatgcagaggattaaa
ctggacttcgattctccttacctagttttttccatattagatgtcacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_66630014_66631139
seq2: B6Ng01-104D05.b_58_1164 (reverse)

seq1  AAGAGCCTCAGAAATTTTTATTTGGCAAGTAATTACCAAGGAAGGCTATG  50
      ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||    ||  ||||
seq2  AAGAGCCTCAGAAATTTTTATT--GCAAGTA--TACCA---GAGCTTATG  43

seq1  GAGGGCAGACAGCTTTAGAAAACACATGGTATTAGAGGGGGAAACTTGGT  100
         ||||||||||||||| ||||||   ||| |||| |||||||||||||
seq2  --AGGCAGACAGCTTTAG-AAACACCATGTA-TAGAAGGGGAAACTTGGT  89

seq1  ATAAAGTCTAAGGTTTGGTTTTGTTAGTATAAATAATATATTAACAAGTG  150
      ||||||||| |||||||||||   ||||    |||||||||  |||||||
seq2  ATAAAGTCT-AGGTTTGGTTT--GTAGT----ATAATATATATACAAGTG  132

seq1  AGCAGCCTGGATTTTGTCCAAACCGCTCTGCTATAAGTGCATAGGTAAAA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCAGCCTGGATTTTGTCCAAACCGCTCTGCTATAAGTGCATAGGT-AAA  181

seq1  CTTACCAGAGGTTTTTGTTTCTATAATAGTCATAATTAGAACAGTTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCAGAGGTTTTTGTTTCTATAATAGTCATAATTAGAACAGTTTCCT  231

seq1  AAGTACATCGGTTTATATCTCACAACAAGTGCCCCTTCAAAGATCTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACATCGGTTTATATCTCACAACAAGTGCCCCTTCAAAGATCTTTAT  281

seq1  CACTGTAAGCATTTAACAGGAACCTTTGAATTAGATGGCTAGGGAATAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAAGCATTTAACAGGAACCTTTGAATTAGATGGCTAGGGAATAGT  331

seq1  GTCTGAGAACCTCTACAATTTGGAGAAGCAAGTTGAGCTCAGGCTCAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGAACCTCTACAATTTGGAGAAGCAAGTTGAGCTCAGGCTCAGGT  381

seq1  TGAGTCCTAAAGTCCATAGGGTATGTGGGTCAGGCATGGAAAAACACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCTAAAGTCCATAGGGTATGTGGGTCAGGCATGGAAAAACACCTT  431

seq1  TCAGGTGTTGTGAGATGCTGGTGATGAAGACAAAGGTAGCCTGGATTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGTTGTGAGATGCTGGTGATGAAGACAAAGGTAGCCTGGATTCTG  481

seq1  GGAGAATCTACTTGCAATCTTCTTCTCTATATATTGGGCAAGCCCCCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATCTACTTGCAATCTTCTTCTCTATATATTGGGCAAGCCCCCATG  531

seq1  TGAGCATAAGACGTCTGAATAGGTTTACACAGATGCAATGTGGGACAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATAAGACGTCTGAATAGGTTTACACAGATGCAATGTGGGACAGGA  581

seq1  ACCAGCACCCTGAGTGAGAAGCACTTGTTCCCAGTCCCCTGCACTTTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCACCCTGAGTGAGAAGCACTTGTTCCCAGTCCCCTGCACTTTGGC  631

seq1  TTACTGGTTCAGTATCCTGGAGTGAGTCTCCTTTAGAAGTCTGTTTCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGTTCAGTATCCTGGAGTGAGTCTCCTTTAGAAGTCTGTTTCTTC  681

seq1  ATCTGAAAAGTGGAGAAAATAACATTGTTCTCACAGCCTCTTCAGATCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAAAGTGGAGAAAATAACATTGTTCTCACAGCCTCTTCAGATCAA  731

seq1  ATGAGGGGAAATGTATGGAGAACCCAGAAAAGTGCTGAGCTCAGTGTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGGAAATGTATGGAGAACCCAGAAAAGTGCTGAGCTCAGTGTTTG  781

seq1  GCCTTAATACGTTGTGTGTGGTTATTTCATTTGTTATGTTCCGAGTGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAATACGTTGTGTGTGGTTATTTCATTTGTTATGTTCCGAGTGCAG  831

seq1  TTGTCCCCAAATCTGGCCAAGGACAAAATGCAAACTTCCTGGGAGACTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCCAAATCTGGCCAAGGACAAAATGCAAACTTCCTGGGAGACTTG  881

seq1  TTCCCTCTGTGGCCTATCTACTGCAAACTGTTTGCTGTACTACAAAGTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTGTGGCCTATCTACTGCAAACTGTTTGCTGTACTACAAAGTAA  931

seq1  TATATAGACAGGGAACAGCAAATAGACCAAGTCTTTCCCTCTGAAGAACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGACAGGGAACAGCAAATAGACCAAGTCTTTCCCTCTGAAGAACT  981

seq1  TCCAGTGGAAATGATAGTGCACATTGATTGCTAATAGATGACAGCAGACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGGAAATGATAGTGCACATTGATTGCTAATAGATGACAGCAGACA  1031

seq1  GAGCCAACAACTCTAGATGGATGATTTAGGAATAGATGCTGATAAACACT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAACAACTCTAGATGGATGATTTAGGAATAGATGCTGATAAACACT  1081

seq1  TATTTGTTATGGAATTGATGACTGGA  1126
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTATGGAATTGATGACTGGA  1107

seq1: chr3_66460634_66461744
seq2: B6Ng01-104D05.g_69_1167

seq1  GAATTCTTGAAGAAATAGCTTCCCAGCAGCTAACTTGTCCAAACTCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAAGAAATAGCTTCCCAGCAGCTAACTTGTCCAAACTCTCTT  50

seq1  AAATGCCAAATGAGGCTGACGGACGCAGGGCTTCCAGTGACACCCGCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCAAATGAGGCTGACGGACGCAGGGCTTCCAGTGACACCCGCTTC  100

seq1  TTCAAATGAATGCTGTAGCAGCCATTGTCACTGACAGGCACCTGAAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGAATGCTGTAGCAGCCATTGTCACTGACAGGCACCTGAAACAT  150

seq1  CCCACAGAGGATGGAGCAAATGCCTAAGACAAGCAGAGTTCCCCTAACCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGAGGATGGAGCAAATGCCTAAGACAAGCAGAGTTCCCCTAACCG  200

seq1  GTTGGGCAGTTAAGGCACAGAGCACAAAGAAAACTCACCCAAGCTCTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCAGTTAAGGCACAGAGCACAAAGAAAACTCACCCAAGCTCTGCC  250

seq1  GTAATCAGGTTGAAATGGCAATCTCAAGCTTAGATGACGGCACCTATAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCAGGTTGAAATGGCAATCTCAAGCTTAGATGACGGCACCTATAAT  300

seq1  TAAACAAACGGACTTAAAATACTTATTCCACACACAGAAGTAGATATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAACGGACTTAAAATACTTATTCCACACACAGAAGTAGATATAGA  350

seq1  GCAGTAACTGAGAGATACTTGGGGATTATGGGCGTTATCGCCATGAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAACTGAGAGATACTTGGGGATTATGGGCGTTATCGCCATGAACAA  400

seq1  AAACTGCCCTTGAAAAGGCACAGCTCTCCTCACCAGCTCTGTCCCAGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCCCTTGAAAAGGCACAGCTCTCCTCACCAGCTCTGTCCCAGTGT  450

seq1  GAATAAGAAAAGGGGAAAGAGTGCATCAGGAATTCAGATTCAGGTTGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGAAAAGGGGAAAGAGTGCATCAGGAATTCAGATTCAGGTTGAAC  500

seq1  TGTATCGTAAACCAAAGCTCAACAACGACCTAACCCAAGGCCTTCTACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCGTAAACCAAAGCTCAACAACGACCTAACCCAAGGCCTTCTACCC  550

seq1  CACGGTACACGCCACCAAAGGCAGAGAAAGTCAATTACTTCATAAATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGTACACGCCACCAAAGGCAGAGAAAGTCAATTACTTCATAAATGCT  600

seq1  TGGTCAGATTAGTTTTAAAATCATCGCAACAAAATTATTTTTTTCATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGATTAGTTTTAAAATCATCGCAACAAAATTATTTTTTTCATCCA  650

seq1  ATTAAACAAGTAAAAGTCAGGGTTATTAAATGCAACTTTCCTTAGCACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAAGTAAAAGTCAGGGTTATTAAATGCAACTTTCCTTAGCACAG  700

seq1  ACAAATCTCGAGTTTGCAACATAAGACCGAGGGGGGAGTGAAGGGCCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCTCGAGTTTGCAACATAAGACCGAGGGGGGAGTGAAGGGCCCAA  750

seq1  ATCATTGTGCTGGCATCCACCATATCCACAAACGTGACGCCATGAGCGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGTGCTGGCATCCACCATATCCACAAACGTGACGCCATGAGCGTT  800

seq1  GAATGCTCTATCTGTGAATACCACCGAGCTTACAGTAAGCAGTGTGTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTCTATCTGTGAATACCACCGAGCTTACAGTAAGCAGTGTGTTTT  850

seq1  CTTCTTTGAAATAAGAACTCAACAAGCTACTTTCTCACCTCAAAGGTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTCTTTGAAATAAGAACTCAACAAGCTACTTTCTCACCTC-AAGGTGAA  899

seq1  ACCCAACGGCAGGCTTCTAGATAGCTCTGACATGAGCCTGTGTATCTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACGGCAGGCTTCTAGATAGCTCTGACATGAGCCTGTGTATCTCAA  949

seq1  AAGTAGAGAAATGCCACTATAATCA-CGTGTAATCTTTTAAAGCTGGGAT  999
      |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| 
seq2  AAGTAGAGGAATGCCACTATAATCACCGTGT-ATC-TTTAAAGCTGGGA-  996

seq1  TGAGAAGTGGCATTTGGACAGGATTTAAACTTGGCTTTGGCCATGGCAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||
seq2  TGAGAAGTGGCATTTGGACAGGA-TTAAACTTGGCTT--GCCAT-GCAGA  1042

seq1  -GATTAAAACTGACTCCGATTCTCCCTTACCCTAATTTTTTTCTCATTAT  1098
       |||||||   |||| ||||||| ||||| |||| |||||| |  |    
seq2  GGATTAAACTGGACTTCGATTCT-CCTTA-CCTAGTTTTTTCCATA----  1086

seq1  TTAGATGTCACAT  1111
      |||||||||||||
seq2  TTAGATGTCACAT  1099