BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105D22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 25,382,971 - 25,541,263
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlgn1
Upstream geneEG635702, LOC100039592
Downstream geneLOC621017, LOC229152, Spata16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105D22.bB6Ng01-105D22.g
ACCDH913320DH913321
length1,1561,124
definitionDH913320|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105D22, 5' end.DH913321|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105D22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,382,971 - 25,384,102)(25,540,145 - 25,541,263)
sequence
gaattccaataattcacgtgaaaaacaacttgatgtctcatttgtgctca
agatacagcaatatgcatagatgagctgaagacatggctctgcagttaac
agtgcttactactcctgtagaggactcgagttcacttcctagcacacaca
ttaggatgattacaactgcctgtaactttagttccacagaatctagtacc
tctattgcctacaattgcccagactcacacgcgcgcgcacacacacacac
acacacacacacacacacacacacaaggtatacaaaataaatcttaaaat
attaaataaaaactaaggcatacactattcctgtctacaaagacatgctt
tatgttcaatggtgggttctattcacttatccctcacagaagtggctctc
catatttggaaggtttcatgatcatgcaggattctgttgaagtgttaggg
ttctgcaccccattccagacttgttgaacttgcaccttcaaggttagggt
atataagcttgcctcagcgagcaacaactgtgattgggtggcagttgtta
gcaggacattactgtgaagagcagcattgtatggagtgttttctaattat
catttacaggtggtgatggtaaggatagggaagacatgaaactttccttg
ccatagagcaaaacaggacaaacagtggagacccaagtctttcagtctac
aggtttctcttcttggttaacgaccttcagacctatctcacaaatccaat
gtagtgtttcagaccatcatattaatttaatcaatagaaatggttggtaa
ttttgaacatatatgccagaatgtttgaaaaccaaaattatatatatata
tacatatgcaatataaaatatatacatataaataacatcccaaatacatc
tcaagactacatacatatatgtatatgggtcttgagatgtatttggatat
tattttactttatttaaaggaaggatacagtcactaagcaaataagggag
aggaatttatttgggcccagaagttgaatcagcagctgatcacaaaccag
gattgtttccatcaaaagtggaggtgcacttcttctcagtcctcaataac
actcaagaaggcaactctcccacaccatcagaagaatccacgggaatatg
gtcaga
gaattctatcccaggcatcaacatggaaagctgggtgtgcaatgaagaca
cgtgggtcctaggaacttctggacacacccagtctgttcaatagagaagt
tacaacgagtgaaggtccatgttttcaaaaataatggacggagacagatc
atattcaatgacacttgatgctgacctttggggcacacacacatgcacac
acacacacacacacacacacacacacacaggtgtacaaactatttgcagc
tttgcagtacagggtaggatcagaccaatcacacaagtaggtacagaata
cagagatgttagctgtttacaaattaaaggttaaagggtggatgtgaagc
tccctgaagagcaagaccacggagttgatggaagaacatcgcttcaaccc
caggggatgtgagtgagtcaggacccatggggtgagacatcaccagggtt
tagatggggttgcagggggaatgactctacctgaagacatggaattgact
gatgctctcagtgtgcacaaccacactgttgacatcaaaataacagtgga
atattctccatcctgaatagaatttcttgaatgtagaaaatggctttatt
gtctgaatccttccttaggagccatctaattatatttttaagggagtagt
aaatcaatgaactgttgtttatttacttatttatttttttagatttcatg
gctctcttaatgttatatattgtcaaggctgtacatagaatatttttaat
ttaacttttatggaaggagactggaaatagaaaacaaagtcattttgtat
taggagcacatagatgtatgttctttcaatatgtcacattatcttattct
acttttgggtatatacacaaatgatggagattttattattgtatttaata
ttatttgtaatattttgctatatatgctatgtttgatatatttaaaaata
gagctttagaattgtcagagtgagtccttttcattctaaaacaattatca
aacaggaacattttagagcatatttaatacttcttcctcttgtttcccga
cattacccataacctgaatcctgttccccattttccattctcagcaggtc
ccttacctctgcctccttgattgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_25382971_25384102
seq2: B6Ng01-105D22.b_44_1199

seq1  GAATTCCAATAATTCACGTGAAAAACAACTTGATGTCTCATTTGTGCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATAATTCACGTGAAAAACAACTTGATGTCTCATTTGTGCTCA  50

seq1  AGATACAGCAATATGCATAGATGAGCTGAAGACATGGCTCTGCAGTTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGCAATATGCATAGATGAGCTGAAGACATGGCTCTGCAGTTAAC  100

seq1  AGTGCTTACTACTCCTGTAGAGGACTCGAGTTCACTTCCTAGCACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTACTACTCCTGTAGAGGACTCGAGTTCACTTCCTAGCACACACA  150

seq1  TTAGGATGATTACAACTGCCTGTAACTTTAGTTCCACAGAATCTAGTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATGATTACAACTGCCTGTAACTTTAGTTCCACAGAATCTAGTACC  200

seq1  TCTATTGCCTACAATTGCCCAGACTCACACGCGCGCGCACACACACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGCCTACAATTGCCCAGACTCACACGCGCGCGCACACACACACAC  250

seq1  ACACACACACACACACACACACACAAGGTATACAAAATAAATCTTAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACAAGGTATACAAAATAAATCTTAAAAT  300

seq1  ATTAAATAAAAACTAAGGCATACACTATTCCTGTCTACAAAGACATGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAAAAACTAAGGCATACACTATTCCTGTCTACAAAGACATGCTT  350

seq1  TATGTTCAATGGTGGGTTCTATTCACTTATCCCTCACAGAAGTGGCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCAATGGTGGGTTCTATTCACTTATCCCTCACAGAAGTGGCTCTC  400

seq1  CATATTTGGAAGGTTTCATGATCATGCAGGATTCTGTTGAAGTGTTAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTGGAAGGTTTCATGATCATGCAGGATTCTGTTGAAGTGTTAGGG  450

seq1  TTCTGCACCCCATTCCAGACTTGTTGAACTTGCACCTTCAAGGTTAGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCACCCCATTCCAGACTTGTTGAACTTGCACCTTCAAGGTTAGGGT  500

seq1  ATATAAGCTTGCCTCAGCGAGCAACAACTGTGATTGGGTGGCAGTTGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGCTTGCCTCAGCGAGCAACAACTGTGATTGGGTGGCAGTTGTTA  550

seq1  GCAGGACATTACTGTGAAGAGCAGCATTGTATGGAGTGTTTTCTAATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACATTACTGTGAAGAGCAGCATTGTATGGAGTGTTTTCTAATTAT  600

seq1  CATTTACAGGTGGTGATGGTAAGGATAGGGAAGACATGAAACTTTCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACAGGTGGTGATGGTAAGGATAGGGAAGACATGAAACTTTCCTTG  650

seq1  CCATAGAGCAAAACAGGACAAACAGTGGAGACCCAAGTCTTTCAGTCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGAGCAAAACAGGACAAACAGTGGAGACCCAAGTCTTTCAGTCTAC  700

seq1  AGGTTTCTCTTCTTGGTTAACGACCTTCAGACCTATCTCACAAATCCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTCTTCTTGGTTAACGACCTTCAGACCTATCTCACAAATCCAAT  750

seq1  GTAGTGTTTCAGACCATCATATTAATTTAATCAATAGAAATGGTTGGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTTTCAGACCATCATATTAATTTAATCAATAGAAATGGTTGGTAA  800

seq1  TTTTGAACATATATGCCAGAATGTTTGAAAACC-AAATTATATATATATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTTGAACATATATGCCAGAATGTTTGAAAACCAAAATTATATATATATA  850

seq1  TACATATGC-ATAT-AAATATATACATATAAATAACAT-CCAAATACATC  896
      ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TACATATGCAATATAAAATATATACATATAAATAACATCCCAAATACATC  900

seq1  TCAAGACCACATACATATATGTATAT-GGTCTTGAGATGTATTTGGATAT  945
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACTACATACATATATGTATATGGGTCTTGAGATGTATTTGGATAT  950

seq1  TATTTTAC-TTATTTAAAGAAAGAATACAGTCACT-AGCAAATAAGGGAG  993
      |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATTTTACTTTATTTAAAGGAAGGATACAGTCACTAAGCAAATAAGGGAG  1000

seq1  AG--AATTATCTGGG-CCAGA--GTGAATCAGCAGCTGATCACAAACCAG  1038
      ||  | |||| |||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTATTTGGGCCCAGAAGTTGAATCAGCAGCTGATCACAAACCAG  1050

seq1  GATTG-TTCCATC-AAAGTG--AGTGCACT--CTCCCAGT-CTCAATAAC  1081
      ||||| ||||||| ||||||   |||||||   || |||| |||||||||
seq2  GATTGTTTCCATCAAAAGTGGAGGTGCACTTCTTCTCAGTCCTCAATAAC  1100

seq1  ACCCA--GAGGCAACCCTCCCACA-CATCAG-AGAACCCAC-GGAATATG  1126
      || ||   ||||||| |||||||| |||||| |||| |||| ||||||||
seq2  ACTCAAGAAGGCAACTCTCCCACACCATCAGAAGAATCCACGGGAATATG  1150

seq1  GCCAGA  1132
      | ||||
seq2  GTCAGA  1156

seq1: chr3_25540145_25541263
seq2: B6Ng01-105D22.g_69_1192 (reverse)

seq1  GCAATCAAGGGAGGCAGAGGTAGGGGGACCTGGCTGAGAAAGGGAAAAGG  50
      |||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||| || |||||| |
seq2  GCAATCAA-GGAGGCAGAGGTA-AGGGACCT-GCTGAG-AATGGAAAATG  46

seq1  GGGAACAGGA-TCAGG-TATGGGTAATGT-GGGGAACAAGAG--AGAAGT  95
      |||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||
seq2  GGGAACAGGATTCAGGTTATGGGTAATGTCGGGAAACAAGAGGAAGAAGT  96

seq1  ATTAAATATGCTCTTAAATGTTCCTG-TTGAT-ATTG-TTTAGAATTGAA  142
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||
seq2  ATTAAATATGCTCTAAAATGTTCCTGTTTGATAATTGTTTTAGAA-TGAA  145

seq1  AGGGACTCACTCTGACAATTCTAAAGCTCTATTTTTAAAATATATCAAAC  192
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGGACTCACTCTGACAATTCTAAAGCTCTATTTTT-AAATATATCAAAC  194

seq1  ATAGCATATATAGC-AAATATAACAAATAATATTAAATACAATAATAAAA  241
      |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATATATAGCAAAATATTACAAATAATATTAAATACAATAATAAAA  244

seq1  TCTCCATCATTTGTGTATATACCCAAAAGTAGAATAAGATAATGTGACAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCATTTGTGTATATACCCAAAAGTAGAATAAGATAATGTGACAT  294

seq1  ATTGAAAGAACATACATCTATGTGCTCCTAATACAAAATGACTTTGTTTT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAGAACATACATCTATGTGCTCCTAATACAAAATGACTTTGTTTT  344

seq1  CTATTTCCAGTCTCCTTCCAT-AAAGTTAAATT-AAAATATTCTATGTAC  389
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTATTTCCAGTCTCCTTCCATAAAAGTTAAATTAAAAATATTCTATGTAC  394

seq1  AGCCTTGACAATATATAACATTAAGAGAGCCATGAAATCTAAAAAAATAA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGACAATATATAACATTAAGAGAGCCATGAAATCTAAAAAAATAA  444

seq1  ATAAGTAAATAAACAACAGTTCATTGATTTACTACTCCCTTAAAAATATA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAAATAAACAACAGTTCATTGATTTACTACTCCCTTAAAAATATA  494

seq1  ATTAGATGGCTCCTAAGGAAGGATTCAGACAATAAAGCCATTTTCTACAT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATGGCTCCTAAGGAAGGATTCAGACAATAAAGCCATTTTCTACAT  544

seq1  TCAAGAAATTCTATTCAGGATGGAGAATATTCCACTGTTATTTTGATGTC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAATTCTATTCAGGATGGAGAATATTCCACTGTTATTTTGATGTC  594

seq1  AACAGTGTGGTTGTGCACACTGAGAGCATCAGTCAATTCCATGTCTTCAG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGTGGTTGTGCACACTGAGAGCATCAGTCAATTCCATGTCTTCAG  644

seq1  GTAGAGTCATTCCCCCTGCAACCCCATCTAAACCCTGGTGATGTCTCACC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTCATTCCCCCTGCAACCCCATCTAAACCCTGGTGATGTCTCACC  694

seq1  CCATGGGTCCTGACTCACTCACATCCCCTGGGGTTGAAGCGATGTTCTTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGTCCTGACTCACTCACATCCCCTGGGGTTGAAGCGATGTTCTTC  744

seq1  CATCAACTCCGTGGTCTTGCTCTTCAGGGAGCTTCACATCCACCCTTTAA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAACTCCGTGGTCTTGCTCTTCAGGGAGCTTCACATCCACCCTTTAA  794

seq1  CCTTTAATTTGTAAACAGCTAACATCTCTGTATTCTGTACCTACTTGTGT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAATTTGTAAACAGCTAACATCTCTGTATTCTGTACCTACTTGTGT  844

seq1  GATTGGTCTGATCCTACCCTGTACTGCAAAGCTGCAAATAGTTTGTACAC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGTCTGATCCTACCCTGTACTGCAAAGCTGCAAATAGTTTGTACAC  894

seq1  CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGCCC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGCCC  944

seq1  CAAAGGTCAGCATCAAGTGTCATTGAATATGATCTGTCTCCGTCCATTAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTCAGCATCAAGTGTCATTGAATATGATCTGTCTCCGTCCATTAT  994

seq1  TTTTGAAAACATGGACCTTCACTCGTTGTAACTTCTCTATTGAACAGACT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAAACATGGACCTTCACTCGTTGTAACTTCTCTATTGAACAGACT  1044

seq1  GGGTGTGTCCAGAAGTTCCTAGGACCCACGTGTCTTCATTGCACACCCAG  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGTCCAGAAGTTCCTAGGACCCACGTGTCTTCATTGCACACCCAG  1094

seq1  CTTTCCATGTTGATGCCTGGGATAGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATGTTGATGCCTGGGATAGAATTC  1124