BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105M23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 136,628,348 - 136,813,274
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039350, LOC383923, Bank1, LOC100039477, LOC668868, Ppp3ca, LOC668870
Downstream geneLOC100039447, Emcn, EG229862, Ddit4l, LOC668874, H2afz, Dnajb14, Map2k1ip1, Dapp1, EG329763, LOC100039528, Mttp, Rg9mtd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105M23.bB6Ng01-105M23.g
ACCDH913728DH913729
length5471,021
definitionDH913728|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105M23, 5' end.DH913729|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105M23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,812,722 - 136,813,274)(136,628,348 - 136,629,380)
sequence
tggattgccaaaaatattatctgcattctgagtttgtcagttattaaagg
gttatgatgctgtgtgtataaaaatctcaattaactgaaagtcaaaatta
tgacttagctcttccaaatatagacagtaatacagttgtaaaaaccctat
acattatgacccaaacatttcttatgcagacaagtcttgaaggatagaac
attatctggtgttattcagtaggtaagtgttcatgacattattagaactt
accagccacttttaagatatgtctagcaatctgggttattgtgtttcaca
ggaagaaaaaatactactgtccatgcttctgaatggtgactgaaggcagc
aacataacaattcaaaatctcctatggatatttagtcataaaagtgagtc
gacaatgaatctgctgtggtagttcatggctgtaatcctagcacttaaaa
cagagagagacaagagaatcacaagttctaagttctaggccagccaggac
tgtatagaggatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcg
gaattcagtcttaaggacagtaagatagaaatctggaggtagatgacatt
gcaaaccaaaaacaagtagaagaaaagttgcttatggcttcttgcttgtg
gtcatttctctgagaacctaatagctcacatcttcagagaaaccataagg
attaatatcataaattaaggtagaatgtgaaagcaaagtagaaaaaaaaa
ttaagtctctcacatgggtctatagagtgtgcactgcactgtgcacatac
tcccttctatgtagagtaacttccaggtaagcacaagtatgaatggacaa
gctgcatgcagatgcccagtggtcaacccactctgtttccgagttaacta
ttaaatcccttgggcttaataataaatgaagagagggcgtcctagtactc
tttcttgcagtactgacatcgttctaactcaactttcagccttaactacc
agggctcatatttaggatgctaaaagacataaacagagaccagttccaac
aggaagtctcctctgcttcattgttgcttatgtgttttgatggttatatt
tgctaaatataatgacgcaggcatcagatgagatgctggaactgaagttt
actttgtatactgagtgtacatataggtcacaggaaatggagtttatctc
atatagtatggttttccacagataattatttttgatttgtctggtcatct
tcttaggatactatgacctacactacataccaacataggaaactgtgatg
aaatcaaattgacagagccagatctgccaagaagtccttgaagcatggct
taactagttaagatcaaaagttctagctttgtcttagtggatgatttaaa
aactagccagcttcccttgcgtgcatcctcgtgttaaatcgcatgtgtgt
gctctgggaggaaaaactattttttcatggaagatgcttaaccctcaccc
agctgagaagcaaagatggtggcttaaagcatgaaaataaaaattgctgg
ggaaaaggcttggggacgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_136812722_136813274
seq2: B6Ng01-105M23.b_42_594 (reverse)

seq1  CGCACACACACACACACACACACACACACACACACATCCTCTATACAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACACACACACACACACACACACACACACACATCCTCTATACAGTC  50

seq1  CTGGCTGGCCTAGAACTTAGAACTTGTGATTCTCTTGTCTCTCTCTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGCCTAGAACTTAGAACTTGTGATTCTCTTGTCTCTCTCTGTTT  100

seq1  TAAGTGCTAGGATTACAGCCATGAACTACCACAGCAGATTCATTGTCGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCTAGGATTACAGCCATGAACTACCACAGCAGATTCATTGTCGAC  150

seq1  TCACTTTTATGACTAAATATCCATAGGAGATTTTGAATTGTTATGTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTTATGACTAAATATCCATAGGAGATTTTGAATTGTTATGTTGCT  200

seq1  GCCTTCAGTCACCATTCAGAAGCATGGACAGTAGTATTTTTTCTTCCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAGTCACCATTCAGAAGCATGGACAGTAGTATTTTTTCTTCCTGT  250

seq1  GAAACACAATAACCCAGATTGCTAGACATATCTTAAAAGTGGCTGGTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACAATAACCCAGATTGCTAGACATATCTTAAAAGTGGCTGGTAAG  300

seq1  TTCTAATAATGTCATGAACACTTACCTACTGAATAACACCAGATAATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATAATGTCATGAACACTTACCTACTGAATAACACCAGATAATGTT  350

seq1  CTATCCTTCAAGACTTGTCTGCATAAGAAATGTTTGGGTCATAATGTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTTCAAGACTTGTCTGCATAAGAAATGTTTGGGTCATAATGTATA  400

seq1  GGGTTTTTACAACTGTATTACTGTCTATATTTGGAAGAGCTAAGTCATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTACAACTGTATTACTGTCTATATTTGGAAGAGCTAAGTCATAA  450

seq1  TTTTGACTTTCAGTTAATTGAGATTTTTATACACACAGCATCATAACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGACTTTCAGTTAATTGAGATTTTTATACACACAGCATCATAACCCT  500

seq1  TTAATAACTGACAAACTCAGAATGCAGATAATATTTTTGGCAATCCAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAACTGACAAACTCAGAATGCAGATAATATTTTTGGCAATCCAGAA  550

seq1  TTC  553
      |||
seq2  TTC  553

seq1: chr3_136628348_136629380
seq2: B6Ng01-105M23.g_69_1089

seq1  GAATTCAGTCTTAAGGACAGTAAGATAGAAATCTGGAGGTAGATGACATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTTAAGGACAGTAAGATAGAAATCTGGAGGTAGATGACATT  50

seq1  GCAAACCAAAAACAAGTAGAAGAAAAGTTGCTTATGGCTTCTTGCTTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCAAAAACAAGTAGAAGAAAAGTTGCTTATGGCTTCTTGCTTGTG  100

seq1  GTCATTTCTCTGAGAACCTAATAGCTCACATCTTCAGAGAAACCATAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTCTCTGAGAACCTAATAGCTCACATCTTCAGAGAAACCATAAGG  150

seq1  ATTAATATCATAAATTAAGGTAGAATGTGAAAGCAAAGTAGAAAAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATATCATAAATTAAGGTAGAATGTGAAAGCAAAGTAGAAAAAAAAA  200

seq1  TTAAGTCTCTCACATGGGTCTATAGAGTGTGCACTGCACTGTGCACATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCTCTCACATGGGTCTATAGAGTGTGCACTGCACTGTGCACATAC  250

seq1  TCCCTTCTATGTAGAGTAACTTCCAGGTAAGCACAAGTATGAATGGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTATGTAGAGTAACTTCCAGGTAAGCACAAGTATGAATGGACAA  300

seq1  GCTGCATGCAGATGCCCAGTGGTCAACCCACTCTGTTTCCGAGTTAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATGCAGATGCCCAGTGGTCAACCCACTCTGTTTCCGAGTTAACTA  350

seq1  TTAAATCCCTTGGGCTTAATAATAAATGAAGAGAGGGCGTCCTAGTACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCCCTTGGGCTTAATAATAAATGAAGAGAGGGCGTCCTAGTACTC  400

seq1  TTTCTTGCAGTACTGACATCGTTCTAACTCAACTTTCAGCCTTAACTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGCAGTACTGACATCGTTCTAACTCAACTTTCAGCCTTAACTACC  450

seq1  AGGGCTCATATTTAGGATGCTAAAAGACATAAACAGAGACCAGTTCCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCATATTTAGGATGCTAAAAGACATAAACAGAGACCAGTTCCAAC  500

seq1  AGGAAGTCTCCTCTGCTTCATTGTTGCTTATGTGTTTTGATGGTTATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTCTCCTCTGCTTCATTGTTGCTTATGTGTTTTGATGGTTATATT  550

seq1  TGCTAAATATAATGACGCAGGCATCAGATGAGATGCTGGAACTGAAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAATATAATGACGCAGGCATCAGATGAGATGCTGGAACTGAAGTTT  600

seq1  ACTTTGTATACTGAGTGTACATATAGGTCACAGGAAATGGAGTTTATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTATACTGAGTGTACATATAGGTCACAGGAAATGGAGTTTATCTC  650

seq1  ATATAGTATGGTTTTCCACAGATAAATTATTTTTGATTTGTCTGGTCATC  700
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTATGGTTTTCCACAGAT-AATTATTTTTGATTTGTCTGGTCATC  699

seq1  TTCTTAGGATACTATGACCTACACTACATACCAACATAGGAAACTGTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGGATACTATGACCTACACTACATACCAACATAGGAAACTGTGAT  749

seq1  GAAATCAAATTGACAGAGCCAGATCTGCCAAGAAGTCCTTGAAGCATGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAAATTGACAGAGCCAGATCTGCCAAGAAGTCCTTGAAGCATGGC  799

seq1  TTAACTAGTTAAGATCAAAAGTTCTAGCTTTGTTCTTAGTGGATGATTTT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TTAACTAGTTAAGATCAAAAGTTCTAGCTTTG-TCTTAGTGGATGA-TTT  847

seq1  AAAAACTAGCCAGGCTTCCCTTGCGTGCATCCTCGTGTTAAAATCCGCAT  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  AAAAACTAGCCA-GCTTCCCTTGCGTGCATCCTCGTGTTAAA--TCGCAT  894

seq1  GTGTGTGCTCTGGGAGGAAAAAACTATTTTTCATTGGAAAGATGCTTAAA  950
      ||||||||||||||||| |||||||||||||   ||| ||||||||| ||
seq2  GTGTGTGCTCTGGGAGG-AAAAACTATTTTTTCATGG-AAGATGCTT-AA  941

seq1  CCCTCACCCAGCTGAGAAGCAGAGATGGTGGCTTAAAAGCAATGGAAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||   ||||| 
seq2  CCCTCACCCAGCTGAGAAGCAAAGATGGTGGCTT-AAAGCA--TGAAAAT  988

seq1  TAAAATTGCCTGGGAAAAGGCTTGGGGACGTTT  1033
       ||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTGCTGGGGAAAAGGCTTGGGGACGTTT  1021