BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106A05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 114,150,210 - 114,245,878
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043220
Upstream geneLOC100043688, LOC100043207, Amy1, Rnpc3, Col11a1
Downstream geneOlfm3, EG546808
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106A05.bB6Ng01-106A05.g
ACCDH913872DH913873
length1,171902
definitionDH913872|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106A05, 5' end.DH913873|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,244,687 - 114,245,878)(114,150,210 - 114,151,109)
sequence
gaattcattagtgctgagatagtattttgtttcataagccacatggggcc
aaccgaggaataagtaaagaatttaaaagtcacacaaggagtcactgact
tagccccaaggctctataaacatttaccattttgaaagacacaaaaagta
gaggccatgacttctttttttgtttacaacttcattgaacttgagaagag
gcctaaagcatgatcagaaggaaattaagacagtactgtgcctttaaaag
tgtactgaacctgtacttttagagacagactaatacattttaatgaaggc
taatgaatattcaataaaatgagtagttataaattaacagtcaaatttag
ctacaaagatgtatttggtaacctagataaagttatttttaaaagggttc
tgaggaaacaatctttttgagtgaagtaacccagacacaaaaagacaaac
tcatatatttcttctcatttgtataattccacaaacatatatgtgaatat
gaacagggtaataatttttgaaatgttacaccatataaaattaatgctga
tatctgtatttattaattttaaagatacattttattttaattattctttc
tctgtgtgggtatatatgcataagtacaggtgcatccagaaactgaaggc
attggatcctatagttgtcagtataggtggttgtgagctggtctgtgtga
ttgtgagtattgaattcaggtccctgtaagagcagtatgtgctcataacc
attagtctgtctctcaagtccttattcatggcttgaaaataaaaatatta
gttattctaaattctatcctgtatcacaaggtgtcatatttttatataat
gtataattgaactagacataatggcatataaccatatcaactattatcct
ccatgaacagataaaatatttcttaaaatactcatttaactcataaatag
tacatataatcaatgatggcttagatgatgaacaatttgaccattttctt
gagaatattatatgcatcttcctctatgaatagatagaattcaagagtga
catggaggagattaggatattcaatgaagtagacattgttgcatctttat
tagtttcaacctcccctggtgtaatagattgactagatgctcctaaacag
tgctaaactaacttggtcaat
gaattctcttactgtggatatggctaattttccataaaaaccttgctgtt
ttgattattttcagatttgattctctaaaaggatttggttttgattgtat
ttttaaacattaaaatataattacatatttccccccttttctttcttccc
tctatactttttatctgtatggtaacttcctcctaaattccagcttcatt
ttccttagttgtcattaaatactgttacttaggctccatttctccacctg
ttatggcatgactaaacttctgccacaacaggtagcaccggagcagggaa
ggaaggcaggaacacctgggggatggatgtttcaggtgtcgactgagtga
catgaaaacagactcttgagagacaggcttcagtgagatagttcatttaa
tgcaaggataggtggtggcaaaggctatttaaacctttgggggatgagta
ggagcttttggggtgaatgtacatccttggccagggccagtgtgctgagg
atgcttcatttccatgaagaggaattctgggtgctgctagacattacctt
ataagggaagagagagtttaacctggctaccaagctatattatctcttgt
gaggcaaaatttaggacatagagctacatgcactgggacatgcaggacca
ggtggagttggggggagcaaacgagatttccctaggtttgatacacattg
acaagcttgggcagttccagccctgctcgccaaagctccccaacacctct
gacctcacatctctccctttttgttttataaaggggaggtatcatcacag
tcatcatcagcttttttggttgggagtcgtttgggtactgaaccaaagct
tgcttcgttgtgactttggcaatgtcgcttacttgccaaaataatataat
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_114244687_114245878
seq2: B6Ng01-106A05.b_46_1216 (reverse)

seq1  ATTGACCCAAGTTAGTATTAGCACTGTTTAGGGAGCATCTTAGTCAAATC  50
      ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||
seq2  ATTGA-CCAAGTTAGT-TTAGCACTGTTTA-GGAGCATC-TAGTC-AATC  45

seq1  TAATTTACACCAGGTGATGTTTGTAACTTAATAAAGATGCACAATTGTCT  100
      ||  |||||||||| || | ||| ||| |||||||||||||  | |||||
seq2  TA--TTACACCAGGGGA-GGTTGAAAC-TAATAAAGATGCAACAATGTCT  91

seq1  ACTTTCATTGAATTATTCCTTAAATCTTCACTCCATGTCACTCCTGAATT  150
      || ||||||||||   ||||  |||||   ||||||||||||| ||||||
seq2  AC-TTCATTGAAT--ATCCT--AATCT--CCTCCATGTCACTCTTGAATT  134

seq1  TCTTATCTTATTTCATAAGAGGAAAGATGCATATAATATTCTCAAG-AAA  199
         |||||   ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  --CTATCT--ATTCAT-AGAGG-AAGATGCATATAATATTCTCAAGAAAA  178

seq1  TGGTCAAATTGTTCATCATCTAAGCCATCATTGATTATATGTACTATTTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAAATTGTTCATCATCTAAGCCATCATTGATTATATGTACTATTTA  228

seq1  TGAGTTACATGAGTATTTTAAAGAAATATTTTATCTGTTCATTGAGGATA  299
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGAGTTAAATGAGTATTTT-AAGAAATATTTTATCTGTTCATGGAGGATA  277

seq1  ATAGTTGATATGGTTATATGCCATTATGTCTAGTTCAATTATACATTATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGATATGGTTATATGCCATTATGTCTAGTTCAATTATACATTATA  327

seq1  TAAAAATATGACA-CTTGTGATACAGGATAGAATTTAGAATAACTAATAT  398
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATATGACACCTTGTGATACAGGATAGAATTTAGAATAACTAATAT  377

seq1  TTTTATTTTCAAGCCATGAATAAGGACTTGAGAGACAGACTAATGGTTAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTCAAGCCATGAATAAGGACTTGAGAGACAGACTAATGGTTAT  427

seq1  GAGCACATACTGCTCTTACAGGGACCTGAATTCAATACTCACAATCACAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATACTGCTCTTACAGGGACCTGAATTCAATACTCACAATCACAC  477

seq1  AGACCAGCTCACAACCACCTATACTGACAACTATAGGATCCAATGCCTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGCTCACAACCACCTATACTGACAACTATAGGATCCAATGCCTTC  527

seq1  AGTTTCTGGATGCACCTGTACTTATGCATATATACCCACACAGAGAAAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTGGATGCACCTGTACTTATGCATATATACCCACACAGAGAAAGA  577

seq1  ATAATTAAAATAAAATGTATCTTTAAAATTAATAAATACAGATATCAGCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAAAATAAAATGTATCTTTAAAATTAATAAATACAGATATCAGCA  627

seq1  TTAATTTTATATGGTGTAACATTTCAAAAATTATTACCCTGTTCATATTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTATATGGTGTAACATTTCAAAAATTATTACCCTGTTCATATTC  677

seq1  ACATATATGTTTGTGGAATTATACAAATGAGAAGAAATATATGAGTTTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATGTTTGTGGAATTATACAAATGAGAAGAAATATATGAGTTTGT  727

seq1  CTTTTTGTGTCTGGGTTACTTCACTCAAAAAGATTGTTTCCTCAGAACCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGTGTCTGGGTTACTTCACTCAAAAAGATTGTTTCCTCAGAACCC  777

seq1  TTTTAAAAATAACTTTATCTAGGTTACCAAATACATCTTTGTAGCTAAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAATAACTTTATCTAGGTTACCAAATACATCTTTGTAGCTAAAT  827

seq1  TTGACTGTTAATTTATAACTACTCATTTTATTGAATATTCATTAGCCTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGTTAATTTATAACTACTCATTTTATTGAATATTCATTAGCCTTC  877

seq1  ATTAAAATGTATTAGTCTGTCTCTAAAAGTACAGGTTCAGTACACTTTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATGTATTAGTCTGTCTCTAAAAGTACAGGTTCAGTACACTTTTA  927

seq1  AAGGCACAGTACTGTCTTAATTTCCTTCTGATCATGCTTTAGGCCTCTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACAGTACTGTCTTAATTTCCTTCTGATCATGCTTTAGGCCTCTTC  977

seq1  TCAAGTTCAATGAAGTTGTAAACAAAAAAAGAAGTCATGGCCTCTACTTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTCAATGAAGTTGTAAACAAAAAAAGAAGTCATGGCCTCTACTTT  1027

seq1  TTGTGTCTTTCAAAATGGTAAATGTTTATAGAGCCTTGGGGCTAAGTCAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCTTTCAAAATGGTAAATGTTTATAGAGCCTTGGGGCTAAGTCAG  1077

seq1  TGACTCCTTGTGTGACTTTTAAATTCTTTACTTATTCCTCGGTTGGCCCC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCTTGTGTGACTTTTAAATTCTTTACTTATTCCTCGGTTGGCCCC  1127

seq1  ATGTGGCTTATGAAACAAAATACTATCTCAGCACTAATGAATTC  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCTTATGAAACAAAATACTATCTCAGCACTAATGAATTC  1171

seq1: chr3_114150210_114151109
seq2: B6Ng01-106A05.g_66_967

seq1  GAATTCTCTTACTGTGGATATGGCTAATTTTCCATAAAAACCTTGCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTACTGTGGATATGGCTAATTTTCCATAAAAACCTTGCTGTT  50

seq1  TTGATTATTTTCAGATTTGATTCTCTAAAAGGATTTGGTTTTGATTGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTATTTTCAGATTTGATTCTCTAAAAGGATTTGGTTTTGATTGTAT  100

seq1  TTTTAAACATTAAAATATAATTACATATTTCCCCCCTTTTCTTTCTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACATTAAAATATAATTACATATTTCCCCCCTTTTCTTTCTTCCC  150

seq1  TCTATACTTTTTATCTGTATGGTAACTTCCTCCTAAATTCCAGCTTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATACTTTTTATCTGTATGGTAACTTCCTCCTAAATTCCAGCTTCATT  200

seq1  TTCCTTAGTTGTCATTAAATACTGTTACTTAGGCTCCATTTCTCCACCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAGTTGTCATTAAATACTGTTACTTAGGCTCCATTTCTCCACCTG  250

seq1  TTATGGCATGACTAAACTTCTGCCACAACAGGTAGCACCGGAGCAGGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGCATGACTAAACTTCTGCCACAACAGGTAGCACCGGAGCAGGGAA  300

seq1  GGAAGGCAGGAACACCTGGGGGATGGATGTTTCAGGTGTCGACTGAGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCAGGAACACCTGGGGGATGGATGTTTCAGGTGTCGACTGAGTGA  350

seq1  CATGAAAACAGACTCTTGAGAGACAGGCTTCAGTGAGATAGTTCATTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAACAGACTCTTGAGAGACAGGCTTCAGTGAGATAGTTCATTTAA  400

seq1  TGCAAGGATAGGTGGTGGCAAAGGCTATTTAAACCTTTGGGGGATGAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGATAGGTGGTGGCAAAGGCTATTTAAACCTTTGGGGGATGAGTA  450

seq1  GGAGCTTTTGGGGTGAATGTACATCCTTGGCCAGGGCCAGTGTGCTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTTTGGGGTGAATGTACATCCTTGGCCAGGGCCAGTGTGCTGAGG  500

seq1  ATGCTTCATTTCCATGAAGAGGAATTCTGGGTGCTGCTAGACATTACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCATTTCCATGAAGAGGAATTCTGGGTGCTGCTAGACATTACCTT  550

seq1  ATAAGGGAAGAGAGAGTTTAACCTGGCTACCAAGCTATATTATCTCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGGAAGAGAGAGTTTAACCTGGCTACCAAGCTATATTATCTCTTGT  600

seq1  GAGGCAAAATTTAGGACATAGAGCTACATGCACTGGGACATGCAGGACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAAATTTAGGACATAGAGCTACATGCACTGGGACATGCAGGACCA  650

seq1  GGTGGAGTTGGGGGGAGCAAACGAGATTTCCCTAGGTTTGATACACATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGTTGGGGGGAGCAAACGAGATTTCCCTAGGTTTGATACACATTG  700

seq1  ACAAGCTTGGGCAGTTCCAGCCCTGCTCGCCAAAGCTCCCCAACACCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTTGGGCAGTTCCAGCCCTGCTCGCCAAAGCTCCCCAACACCTCT  750

seq1  GACCTCACATCTCTCCCTTTTTGTTTTATAAAGGGGAGGTATCATCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCACATCTCTCCCTTTTTGTTTTATAAAGGGGAGGTATCATCACAG  800

seq1  TCATCATCAGC-TTTTTGGTTGGGAATCGTTT-GGTACTGAACCAAAGCC  848
      ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| 
seq2  TCATCATCAGCTTTTTTGGTTGGGAGTCGTTTGGGTACTGAACCAAAGCT  850

seq1  TGCTTCGTTGTGACTTTGGCAATGTTGCTTACTTGCCAAAATAAAATAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCTTCGTTGTGACTTTGGCAATGTCGCTTACTTGCCAAAATAATATAAT  900

seq1  AA  900
      ||
seq2  AA  902