BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108J01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 79,533,863 - 79,654,856
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRxfp1, Tmem144
Upstream geneLOC383883, LOC100041748, LOC100041716, LOC100041725, LOC100041766, Rapgef2, LOC100041741, LOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik
Downstream gene1110032E23Rik, EG626797, Gria2, Glrb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108J01.bB6Ng01-108J01.g
ACCDH915718DH915719
length876818
definitionDH915718|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108J01, 5' end.DH915719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,533,863 - 79,534,737)(79,654,042 - 79,654,856)
sequence
gaattcagctgtccggaatattgttgaaaccaaaaatgaaatcaatctct
ttttcacagacttaaattgggctgttagcttacaaggtcaggggtaagaa
ctacagtcagaagagcagaaataaaaaaataaatttaactgagccactgg
caacttctttggaccttaacacaaagaggagagattaggagaagctggca
gaaagcatgcctgatccacatcatcttcctaagtttgaaatgtgtgagaa
agtagaaatatttatataccaccaggccatttgcaatttctaacaaatta
gccacaactgggaaagtaaaaatgcccagccaatcttctggaccattcaa
aatgcaccaagcattaacagtccactttgggaaaacacattaaagcattc
acagccaagaagccataacaaataaaatagcagcaatgaatgagaagaga
atgtgacagaaaggcaaagggccaggatttgtgaggggacatggggacag
agatttgtgctcagtgcctgaagcgagtgcttgatgcaccgagaacttga
tcagctgctttcattaacatatcaaatatatgtggcctggatggaaactc
tcaggaaatcactacatgacagcttatttgatctaagtagatcaagacat
gtacagttttttattaagatctgtaagctcatattcatttttatcccata
acattttaatttcaaacccatgaagtcaagtttatctgtttatatgggtg
aagctacagaaacctgaaggataatagcttccttatatgtttaggaaaga
tggtggaaccaacttagccccaatgtttatgaattctgataacgtgtatg
tgtgtatgtgagtgtgttgtggggga
gaattccctcctgagaatggcctccagccacaatccgcaggggcttataa
gggcaaacctacaggtcgctgtgctttcccatgatgctttgttaatttcc
caagaactacaattcccagcattccaggaagttaccctcggtgggcaggt
gggaccttataggttaatttggggcattactaacctttattgttaaacat
tttgtgtggaaattaccccctacaaagggcagaaacatttatttcaactt
taacccagcaccatcaatattcaataatttcctaatcccaaattgctttt
gaaaatgttaataaatttaagctcttcttgaaaagaatacattgaagatg
atagaattgattgttgtttttttattagtggctttaaataaccccgctcc
caacacatcaataaggtgacaaggtcatattagcaaactaccagttcaaa
gtgagggagagaaggcctcagtggtggtggtagggggcatcacatcccct
gccttcaaggcagatgctgaagagccaggttctggggaagtaggtggtgg
cagagccacatgcagagaccccacaggtcttgtctcccgcttttagttgt
cctgcccaaggtacttatatggaacaaatcaaggaacactcagaaaaccc
tcacatgaccaacactctgacccatcaaggaaggagtgcacatctctgca
tactttccttcacttcatagcatttggccacctctaaggcaggtgcctca
atccttccatgtatccagggtgttacctgtctcagaaccttcaaaccaac
aacaaggggtcagaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_79533863_79534737
seq2: B6Ng01-108J01.b_47_922

seq1  GAATTCAGCTGTCCGGAATATTGTTGAAACCAAAAATGAAATCAATCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTGTCCGGAATATTGTTGAAACCAAAAATGAAATCAATCTCT  50

seq1  TTTTCACAGACTTAAATTGGGCTGTTAGCTTACAAGGTCAGGGGTAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACAGACTTAAATTGGGCTGTTAGCTTACAAGGTCAGGGGTAAGAA  100

seq1  CTACAGTCAGAAGAGCAGAAATAAAAAAATAAATTTAACTGAGCCACTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTCAGAAGAGCAGAAATAAAAAAATAAATTTAACTGAGCCACTGG  150

seq1  CAACTTCTTTGGACCTTAACACAAAGAGGAGAGATTAGGAGAAGCTGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTCTTTGGACCTTAACACAAAGAGGAGAGATTAGGAGAAGCTGGCA  200

seq1  GAAAGCATGCCTGATCCACATCATCTTCCTAAGTTTGAAATGTGTGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCATGCCTGATCCACATCATCTTCCTAAGTTTGAAATGTGTGAGAA  250

seq1  AGTAGAAATATTTATATACCACCAGGCCATTTGCAATTTCTAACAAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAATATTTATATACCACCAGGCCATTTGCAATTTCTAACAAATTA  300

seq1  GCCACAACTGGGAAAGTAAAAATGCCCAGCCAATCTTCTGGACCATTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAACTGGGAAAGTAAAAATGCCCAGCCAATCTTCTGGACCATTCAA  350

seq1  AATGCACCAAGCATTAACAGTCCACTTTGGGAAAACACATTAAAGCATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACCAAGCATTAACAGTCCACTTTGGGAAAACACATTAAAGCATTC  400

seq1  ACAGCCAAGAAGCCATAACAAATAAAATAGCAGCAATGAATGAGAAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAAGAAGCCATAACAAATAAAATAGCAGCAATGAATGAGAAGAGA  450

seq1  ATGTGACAGAAAGGCAAAGGGCCAGGATTTGTGAGGGGACATGGGGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACAGAAAGGCAAAGGGCCAGGATTTGTGAGGGGACATGGGGACAG  500

seq1  AGATTTGTGCTCAGTGCCTGAAGCGAGTGCTTGATGCACCGAGAACTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGTGCTCAGTGCCTGAAGCGAGTGCTTGATGCACCGAGAACTTGA  550

seq1  TCAGCTGCTTTCATTAACATATCAAATATATGTGGCCTGGATGGAAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGCTTTCATTAACATATCAAATATATGTGGCCTGGATGGAAACTC  600

seq1  TCAGGAAATCACTACATGACAGCTTATTTGATCTAAGTAGATCAAGACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAATCACTACATGACAGCTTATTTGATCTAAGTAGATCAAGACAT  650

seq1  GTACAGTTTTTTATTAAGATCTGTAAGCTCATATTCATTTTTATCCCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTTTTTTATTAAGATCTGTAAGCTCATATTCATTTTTATCCCATA  700

seq1  ACATTTTAATTTCAAACCCATGAAGTCAAGTTTATCTGTTTATATGGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTAATTTCAAACCCATGAAGTCAAGTTTATCTGTTTATATGGGTG  750

seq1  AAGCTACAGAAACCTGAAGGATAATAGCTTCCTTATATGTTTAGGAAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACAGAAACCTGAAGGATAATAGCTTCCTTATATGTTTAGGAAAGA  800

seq1  TGGTGGAACCAACTTAGCCCCAATGTTTATGAATTCTGATAACGTGTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAACCAACTTAGCCCCAATGTTTATGAATTCTGATAACGTGTATG  850

seq1  TGTGTATGTGAGTGTG-TGTGGGGTA  875
      |||||||||||||||| ||||||| |
seq2  TGTGTATGTGAGTGTGTTGTGGGGGA  876

seq1: chr3_79654042_79654856
seq2: B6Ng01-108J01.g_71_888 (reverse)

seq1  ACAATCTGA-CCCTTGTTGTTGGTCTGAAGGTTCTGAGACAGGTGACA-C  48
      ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |
seq2  ACATTCTGACCCCTTGTTGTTGGTTTGAAGGTTCTGAGACAGGTAACACC  50

seq1  CTTGATACATGGAAGGATTGAGGCACCTGCCTTAGGAGGTGGCCAAATGC  98
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGGATACATGGAAGGATTGAGGCACCTGCCTTA-GAGGTGGCCAAATGC  99

seq1  TCTGAAGTGAAGG-AAGTATGCAGAGATGTGCACTCCTTCCTTGATGGGT  147
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGTGAAGGAAAGTATGCAGAGATGTGCACTCCTTCCTTGATGGGT  149

seq1  CAGAGTGTTGGTCATGTGAGGGTTTTCTGAGTGTTCCTTGATTTGTTCCA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGTTGGTCATGTGAGGGTTTTCTGAGTGTTCCTTGATTTGTTCCA  199

seq1  TATAAGTACCTTGGGCAGGACAACT-AAAGCGGGAGACAAGACCTGTGGG  246
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTACCTTGGGCAGGACAACTAAAAGCGGGAGACAAGACCTGTGGG  249

seq1  GTCTCTGCATGTGGCTCTGCCACCACCTACTTCCCCAGAACCTGGCTCTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGCATGTGGCTCTGCCACCACCTACTTCCCCAGAACCTGGCTCTT  299

seq1  CAGCATCTGCCTTGAAGGCAGGGGATGTGATGCCCCCTACCACCACCACT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTGCCTTGAAGGCAGGGGATGTGATGCCCCCTACCACCACCACT  349

seq1  GAGGCCTTCTCTCCCTCACTTTGAACTGGTAGTTTGCTAATATGACCTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTTCTCTCCCTCACTTTGAACTGGTAGTTTGCTAATATGACCTTG  399

seq1  TCACCTTATTGATGTGTTGGGAGCGGGGTTATTTAAAGCCACTAATAAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTATTGATGTGTTGGGAGCGGGGTTATTTAAAGCCACTAATAAAA  449

seq1  AAACAACAATCAATTCTATCATCTTCAATGTATTCTTTTCAAGAAGAGCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACAATCAATTCTATCATCTTCAATGTATTCTTTTCAAGAAGAGCT  499

seq1  TAAATTTATTAACATTTTCAAAAGCAATTTGGGATTAGGAAATTATTGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTATTAACATTTTCAAAAGCAATTTGGGATTAGGAAATTATTGAA  549

seq1  TATTGATGGTGCTGGGTTAAAGTTGAAATAAATGTTTCTGCCCTTTGTAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATGGTGCTGGGTTAAAGTTGAAATAAATGTTTCTGCCCTTTGTAG  599

seq1  GGGGTAATTTCCACACAAAATGTTTAACAATAAAGGTTAGTAATGCCCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAATTTCCACACAAAATGTTTAACAATAAAGGTTAGTAATGCCCCA  649

seq1  AATTAACCTATAAGGTCCCACCTGCCCACCGAGGGTAACTTCCTGGAATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACCTATAAGGTCCCACCTGCCCACCGAGGGTAACTTCCTGGAATG  699

seq1  CTGGGAATTGTAGTTCTTGGGAAATTAACAAAGCATCATGGGAAAGCACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAATTGTAGTTCTTGGGAAATTAACAAAGCATCATGGGAAAGCACA  749

seq1  GCGACCTGTAGGTTTGCCCTTATAAGCCCCTGCGGATTGTGGCTGGAGGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACCTGTAGGTTTGCCCTTATAAGCCCCTGCGGATTGTGGCTGGAGGC  799

seq1  CATTCTCAGGAGGGAATTC  815
      |||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCAGGAGGGAATTC  818