BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108L05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 18,784,521 - 18,934,316
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCypt12, LOC545508, Bhlhb5, Cyp7b1, LOC622921, LOC100040153
Downstream geneArmc1, Mtfr1, Pde7a, Dnajc5b, EG620290, Trim55, Crh, LOC665002, LOC100039304, LOC100040237, 4632415L05Rik, Cp, Hps3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108L05.bB6Ng01-108L05.g
ACCDH915818DH915819
length6681,118
definitionDH915818|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108L05, 5' end.DH915819|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,933,649 - 18,934,316)(18,784,521 - 18,785,659)
sequence
gaattctggcctcagattgctgagaggaaccccagggcaagctgggtcat
gcaggcagccaagacagcaacttttatgcttgattgagagatcgatccta
cctcattgaataaggtagaagactgatttggggtgggtcctgactttaac
cttcagcctccacaagcatgcaggtttggtgacgctggtggtgagctctg
cctatatgtgtcctcatacataaaacatggaaaaagattaaaaaaaagag
atgaaattatacatgtgaatcctcttgacatcactgtttggtcactagag
ctcatcacatcgtttgggtagtgtgaacacttagttttaaacagatgttg
acttttgggcgatacacaaagagacacttagaaattcactcccattggaa
ctgatgctacatctttaaatatgagaaaacaatatcctttctctgtgtct
ctctgtctctctgtatctcacacatactctctgtctctctgtctctgtct
ctctcaaataccaaagggtacacgtggagggacccatggctctgcctgca
taagtgggagaggatggccttgttggacttcagtggaaggagagaccctt
gggcctgaggttgttcaatgcctcagtgtagggaaataccagggtgggaa
gatgggagtgggtgggca
gaattccttaagattaacaagcctcaggacatacaaaacataacagggga
tgtggttagcatgaccctgctgtgagtcaagttatttttctgtgtcaatg
actggtaggaatattatatcaaaacatgaaatagctggcaggcatggaac
aaaatggctacagctatgctgtgggggaaggagggggtcagacctcaata
ccaagtttggttcctatgacaggcaaatcacaactgtctataactccagc
tctaagtgaactgataccctctcctgactttctcagacacctgcacccat
gtgcacatatccacacagatacacaattaaaataaaataaatatttttta
aacactaagtcaggttgccccagaatggtagtcactgatctaaaccagaa
cacactgatttaaatttatatttgtatttgtgtgtatgtaggtagtctgt
ccatgagagattaggtactcaaaaacccacagaagacagacacattgact
ttccccagaactggagttacagtaagttgtaaagcattggagacagatgc
tgggaactgatatcaagtcctctgcaaaagcatccatgctttctctcatc
cactgagccatttgtccagccacactgaattttttactcttttaaaacca
tggagttgagtaaatgcaatcatttctagaaaagatgaattaagtaagtt
aaatacctgaaattcttctttacagaatagatattaaattgatttcttct
atgttttaacttcctatatgtcatatgtcaatattagcaaaggtttacta
gcatttaccacaagctggatgttctgtttaaccactgtggtggtttgaat
atgcttggcccaacaagggacactgctgggaagtgttgccttgtgggagt
aggtgtggccttgttggtgaaatatatcactctagagtgggcaaagctac
attcatagctgcctggagatgacagtttctctagttcacttggaacaaga
gtagatctctcagctcttctctagagtcatgcctaactggacactgacat
gactccctcttgatgaaatgactgatctctaaactgtaagaagtcagtat
attgtctttaagagttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_18933649_18934316
seq2: B6Ng01-108L05.b_43_710 (reverse)

seq1  TGCCCACCCACTCCCATCTTCCCACCCTGGTATTTCCCTACACTGAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACCCACTCCCATCTTCCCACCCTGGTATTTCCCTACACTGAGGCA  50

seq1  TTGAACAACCTCAGGCCCAAGGGTCTCTCCTTCCACTGAAGTCCAACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACAACCTCAGGCCCAAGGGTCTCTCCTTCCACTGAAGTCCAACAAG  100

seq1  GCCATCCTCTCCCACTTATGCAGGCAGAGCCATGGGTCCCTCCACGTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCTCTCCCACTTATGCAGGCAGAGCCATGGGTCCCTCCACGTGTA  150

seq1  CCCTTTGGTATTTGAGAGAGACAGAGACAGAGAGACAGAGAGTATGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGGTATTTGAGAGAGACAGAGACAGAGAGACAGAGAGTATGTGTG  200

seq1  AGATACAGAGAGACAGAGAGACACAGAGAAAGGATATTGTTTTCTCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGAGAGACAGAGAGACACAGAGAAAGGATATTGTTTTCTCATAT  250

seq1  TTAAAGATGTAGCATCAGTTCCAATGGGAGTGAATTTCTAAGTGTCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATGTAGCATCAGTTCCAATGGGAGTGAATTTCTAAGTGTCTCTT  300

seq1  TGTGTATCGCCCAAAAGTCAACATCTGTTTAAAACTAAGTGTTCACACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATCGCCCAAAAGTCAACATCTGTTTAAAACTAAGTGTTCACACTA  350

seq1  CCCAAACGATGTGATGAGCTCTAGTGACCAAACAGTGATGTCAAGAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACGATGTGATGAGCTCTAGTGACCAAACAGTGATGTCAAGAGGAT  400

seq1  TCACATGTATAATTTCATCTCTTTTTTTTAATCTTTTTCCATGTTTTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGTATAATTTCATCTCTTTTTTTTAATCTTTTTCCATGTTTTATG  450

seq1  TATGAGGACACATATAGGCAGAGCTCACCACCAGCGTCACCAAACCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGACACATATAGGCAGAGCTCACCACCAGCGTCACCAAACCTGCA  500

seq1  TGCTTGTGGAGGCTGAAGGTTAAAGTCAGGACCCACCCCAAATCAGTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTGGAGGCTGAAGGTTAAAGTCAGGACCCACCCCAAATCAGTCTT  550

seq1  CTACCTTATTCAATGAGGTAGGATCGATCTCTCAATCAAGCATAAAAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTATTCAATGAGGTAGGATCGATCTCTCAATCAAGCATAAAAGTT  600

seq1  GCTGTCTTGGCTGCCTGCATGACCCAGCTTGCCCTGGGGTTCCTCTCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTGGCTGCCTGCATGACCCAGCTTGCCCTGGGGTTCCTCTCAGC  650

seq1  AATCTGAGGCCAGAATTC  668
      ||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAGGCCAGAATTC  668

seq1: chr3_18784521_18785659
seq2: B6Ng01-108L05.g_68_1185

seq1  GAATTCCTTAAGATTAACAAGCCTCAGGACATACAAAACATAACAGGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAAGATTAACAAGCCTCAGGACATACAAAACATAACAGGGGA  50

seq1  TGTGGTTAGCATGACCCTGCTGTGAGTCAAGTTATTTTTCTGTGTCAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTAGCATGACCCTGCTGTGAGTCAAGTTATTTTTCTGTGTCAATG  100

seq1  ACTGGTAGGAATATTATATCAAAACATGAAATAGCTGGCAGGCATGGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTAGGAATATTATATCAAAACATGAAATAGCTGGCAGGCATGGAAC  150

seq1  AAAATGGCTACAGCTATGCTGTGGGGGAAGGAGGGGGTCAGACCTCAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGCTACAGCTATGCTGTGGGGGAAGGAGGGGGTCAGACCTCAATA  200

seq1  CCAAGTTTGGTTCCTATGACAGGCAAATCACAACTGTCTATAACTCCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTTGGTTCCTATGACAGGCAAATCACAACTGTCTATAACTCCAGC  250

seq1  TCTAAGTGAACTGATACCCTCTCCTGACTTTCTCAGACACCTGCACCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTGAACTGATACCCTCTCCTGACTTTCTCAGACACCTGCACCCAT  300

seq1  GTGCACATATCCACACAGATACACAATTAAAATAAAATAAATATTTTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACATATCCACACAGATACACAATTAAAATAAAATAAATATTTTTTA  350

seq1  AACACTAAGTCAGGTTGCCCCAGAATGGTAGTCACTGATCTAAACCAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTAAGTCAGGTTGCCCCAGAATGGTAGTCACTGATCTAAACCAGAA  400

seq1  CACACTGATTTAAATTTATATTTGTATTTGTGTGTATGTAGGTAGTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGATTTAAATTTATATTTGTATTTGTGTGTATGTAGGTAGTCTGT  450

seq1  CCATGAGAGATTAGGTACTCAAAAACCCACAGAAGACAGACACATTGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGAGATTAGGTACTCAAAAACCCACAGAAGACAGACACATTGACT  500

seq1  TTCCCCAGAACTGGAGTTACAGTAAGTTGTAAAGCATTGGAGACAGATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAGAACTGGAGTTACAGTAAGTTGTAAAGCATTGGAGACAGATGC  550

seq1  TGGGAACTGATATCAAGTCCTCTGCAAAAGCATCCATGCTTTCTCTCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTGATATCAAGTCCTCTGCAAAAGCATCCATGCTTTCTCTCATC  600

seq1  CACTGAGCCATTTGTCCAGCCACACTGAATTTTTTACTCTTTTAAAACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGCCATTTGTCCAGCCACACTGAATTTTTTACTCTTTTAAAACCA  650

seq1  TGGAGTTGAGTAAATGCAATCATTTCTAGAAAAGATGAATTAAGTAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTGAGTAAATGCAATCATTTCTAGAAAAGATGAATTAAGTAAGTT  700

seq1  AAATACCTGAAATTCTTCTTTACAGAATAGATATTAAATTGATTTCTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCTGAAATTCTTCTTTACAGAATAGATATTAAATTGATTTCTTCT  750

seq1  ATGTTTTAACTTCCTATATGTCATATGTCAATATTAGCAAAGGTTTACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTAACTTCCTATATGTCATATGTCAATATTAGCAAAGGTTTACTA  800

seq1  GCATTTACCACAAGCTGGATGTTCTGTTTAACCACTGTGGTGGTTTGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTACCACAAGCTGGATGTTCTGTTTAACCACTGTGGTGGTTTGAAT  850

seq1  ATGCTTGGCCCAACAAGGGACACTGCTGGGAAGTGTTGCCTTGTTGGAGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGCTTGGCCCAACAAGGGACACTGCTGGGAAGTGTTGCCTTGTGGGAGT  900

seq1  AGGTGTGGCCTTGTTGGGTGAAATATATCACTCTAGGAGTGGGCAAAGCT  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGTGTGGCCTTGTT-GGTGAAATATATCACTCTA-GAGTGGGCAAAGCT  948

seq1  ACATTCCATAGCTGCCTGGAGATGACAGTTTTCTCCTAGTTCACTTTGGA  1000
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||
seq2  ACATT-CATAGCTGCCTGGAGATGACAG-TTTCT-CTAGTTCAC-TTGGA  994

seq1  ACAAGATGTAGATCTCTCAGCTCCTTCTCTAGAGTCATGCCTAACTGGAC  1050
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGA-GTAGATCTCTCAGCT-CTTCTCTAGAGTCATGCCTAACTGGAC  1042

seq1  ACTGACATGACTCCCCTCTTGATGAAAATGAACTGAATCTCTAAACCTGT  1100
      |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||
seq2  ACTGACATGACT-CCCTCTTGATG-AAATG-ACTG-ATCTCTAAA-CTGT  1087

seq1  AAGAAAGTCCCAGTTATTATTGTCTTTTATAAGAGTTGC  1139
      ||| ||||  ||||   |||||||||   ||||||||||
seq2  AAG-AAGT--CAGT--ATATTGTCTT---TAAGAGTTGC  1118