BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108P12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 123,032,933 - 123,174,846
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSec24d, G430022H21Rik, Prss12
Upstream geneLOC100043726, Bcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2, Synpo2
Downstream geneEG668804, Ndst3, LOC100043333, EG668809, Tram1l1, LOC100043740, 1700006A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108P12.bB6Ng01-108P12.g
ACCDH916011DH916012
length1,0941,216
definitionDH916011|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108P12, 5' end.DH916012|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108P12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,032,933 - 123,034,070)(123,173,623 - 123,174,846)
sequence
gaattccaggcagattgatttgactataaaaaaatcaaaatgtatatatg
gcaaaactattacaaacataattaattggcaaaattgtagtggtttacaa
catatacaagagccaaaaagttagtgagtttaaaaaagagaaaactcata
tttttaacatatttcaaagacatgctctcaaaatgatagatactgagaac
agcttgtcttcttatcataattcctttcctttaggatgcattttggggat
ttattgggttgtctgcttatgaaaacaaaggatttcctgccctgttttgt
tttccttagtcccaccattctatttccaacatctggaccacattggaagg
agattggaccactatgagaagccagagctgtcgctgggatcctatgaata
tgttgctacattggattactgcagagtgagtgttggcgggacttaagtgt
ttctgtgatgctgttgattttcagcgagcggcttctgtatgtaaagatat
gtatgacttggttcacagacagacatttccagggcatgtggacatatgtc
agaaacagatctgacctaagtcattagcatgaatgggctcctgagctgtc
tcattgtagtatagaaaaggaaacgattctttctattgtttgtttgtttg
tttgtttgtttttgtttgtttgtttgtttgcttgcttgcttgctgtggtt
tggtttctgagacagggtctcatttagtttgggccttgacctcgctgaag
atgaccttgaaccctgatcatccatctcccaaatgctccactcagatctc
ttcttttggttggttaatgacttctctacctaggcagaaatgtaaccagt
attcttagagcgctgctggcttcctggctttaatgtatccttcggagact
catttgactagcagaatggaatgagtatgtggccttgctaatgtgctctt
ctaaacctttgggttccactgacagcttcacctgggaggagccacagctt
tacttctttagctaagatgaagcttgacagcactcagaagctcagagtgg
tcctgaggaccagcctcaaggaactcttcctccttccttcctcc
gaattctccttaaaaagggacggggtttcgttttctctctctcttgcttc
ttgctctcttgcttcctgcaccctggctcctgaagatgtaagaaataaag
ctttgccgcagaagattctggtctgtggtgttcttcctggccggtcgtga
gaacgcgtctaataacaagggagtggcaattccaaaccatgactggagag
aagtcatgccaaagtatttctaaagcaccaatgtgtattttattttctgt
cttatctatttccatatttgccactgaaacaatatcatgttaaaatattt
aaataaaataatggatcatgaaaacaataataaacatgaggggggaagca
ctaaccagaaaaacatgtcatacaacattaacttggttttctactttaat
atttgcatttatcaacatcaggataacatgtgcatgtttatgcatatata
tatatacacacacaggcacatacatagacacattccttcaaccaggattt
tctattgacctgctgctggttttcacgggaaaaacaaagaaatgtatgac
ttctcctaaagagatcagacagtactgaggaaagaggcaaaacttacaag
ctaggacttcaaagagttctatgtgaattcagtgagccatgtgtgctctg
tccttcccttatggaaataattttcacactagcctgccagtttcatgctg
aagctccgggggttcacacctttcatgccttgaccacagagaaagcgtac
gggaaacactgttgtgatataacaataatgcactggctggttctgtgcga
agccatttgaccttggtgacagcaagtcccgaggaacactgcctagtctc
attctgtgtctgacccttatccaatgtgttcccttcactaatcaaagtgg
atgcactcattatagatagacgaggcaaataaacaccaccatctgaccca
cacttgggcactacttgaagtagacaggtaggtaggccagataagcataa
tacactttaggaattaaaggactgctttttaactgcacatacagtttgtg
agacttgcctctgctatagggactcattttactgatcagggtacttggtt
attctggagcagttcccctcccatacacagtgactccggatactggcgaa
gacttctatgacctgctggcatggcctaagaacgccgtgcatttacttat
ttaatctctccctgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_123032933_123034070
seq2: B6Ng01-108P12.b_45_1138

seq1  GAATTCCAGGCAGATTGATTTGACTATAAAAAAATCAAAATGTATATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCAGATTGATTTGACTATAAAAAAATCAAAATGTATATATG  50

seq1  GCAAAACTATTACAAACATAATTAATTGGCAAAATTGTAGTGGTTTACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACTATTACAAACATAATTAATTGGCAAAATTGTAGTGGTTTACAA  100

seq1  CATATACAAGAGCCAAAAAGTTAGTGAGTTTAAAAAAGAGAAAACTCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACAAGAGCCAAAAAGTTAGTGAGTTTAAAAAAGAGAAAACTCATA  150

seq1  TTTTTAACATATTTCAAAGACATGCTCTCAAAATGATAGATACTGAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAACATATTTCAAAGACATGCTCTCAAAATGATAGATACTGAGAAC  200

seq1  AGCTTGTCTTCTTATCATAATTCCTTTCCTTTAGGATGCATTTTGGGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTCTTCTTATCATAATTCCTTTCCTTTAGGATGCATTTTGGGGAT  250

seq1  TTATTGGGTTGTCTGCTTATGAAAACAAAGGATTTCCTGCCCTGTTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGGTTGTCTGCTTATGAAAACAAAGGATTTCCTGCCCTGTTTTGT  300

seq1  TTTCCTTAGTCCCACCATTCTATTTCCAACATCTGGACCACATTGGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTAGTCCCACCATTCTATTTCCAACATCTGGACCACATTGGAAGG  350

seq1  AGATTGGACCACTATGAGAAGCCAGAGCTGTCGCTGGGATCCTATGAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGACCACTATGAGAAGCCAGAGCTGTCGCTGGGATCCTATGAATA  400

seq1  TGTTGCTACATTGGATTACTGCAGAGTGAGTGTTGGCGGGACTTAAGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTACATTGGATTACTGCAGAGTGAGTGTTGGCGGGACTTAAGTGT  450

seq1  TTCTGTGATGCTGTTGATTTTCAGCGAGCGGCTTCTGTATGTAAAGATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGATGCTGTTGATTTTCAGCGAGCGGCTTCTGTATGTAAAGATAT  500

seq1  GTATGACTTGGTTCACAGACAGACATTTCCAGGGCATGTGGACATATGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGACTTGGTTCACAGACAGACATTTCCAGGGCATGTGGACATATGTC  550

seq1  AGAAACAGATCTGACCTAAGTCATTAGCATGAATGGGCTCCTGAGCTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGATCTGACCTAAGTCATTAGCATGAATGGGCTCCTGAGCTGTC  600

seq1  TCATTGTAGTATAGAAAAGGAAACGATTCTTTCTATTGTTTGTTTGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTAGTATAGAAAAGGAAACGATTCTTTCTATTGTTTGTTTGTTTG  650

seq1  TTTGTTTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGCTTGCTGTGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGCTTGCTGTGGTT  700

seq1  TGGTTTCTGAGACAGGGTCTCATTTAGTTTGGGCCTTGACCTCGCTGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCTGAGACAGGGTCTCATTTAGTTTGGGCCTTGACCTCGCTGAAG  750

seq1  ATGACCTTGAACCCTGATCATCCATCTCCCAAATGCTCCACTCAGATCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTTGAACCCTGATCATCCATCTCCCAAATGCTCCACTCAGATCTC  800

seq1  TTCTTTTGGTTGGTTAATGACTTCTCTACCTAGGCAGAAATGTAACCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGGTTGGTTAATGACTTCTCTACCTAGGCAGAAATGTAACCAGT  850

seq1  ATTCTTAGAGCGCTGCTGGCTTCCTGGCTTTAATGTATCCTTCGGAGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAGAGCGCTGCTGGCTTCCTGGCTTTAATGTATCCTTCGGAGACT  900

seq1  CATTTGACTAGCAGAATGGGAATGAGTATGTGGCCTTGCTAATGTGCTCT  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGACTAGCAGAAT-GGAATGAGTATGTGGCCTTGCTAATGTGCTCT  949

seq1  TCTAAACCTTTGGGTTCCACTGACAGCCTCCACCTGGGAGGAGCCCACCA  1000
      |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||   ||
seq2  TCTAAACCTTTGGGTTCCACTGACAG-CTTCACCTGGGAGGAGCC--ACA  996

seq1  GCTTTACTCTTTAAGCTAAAGATGAAGCTTGACAGCACTTCAGAAGCCTC  1050
      ||||||||  || |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GCTTTACTTCTTTAGCT-AAGATGAAGCTTGACAGCAC-TCAGAAG-CTC  1043

seq1  AGGAGTGGTCCTGAGGACCCAGCTCACAGGGAACTCCTTCCTTCCTTCCT  1100
      | ||||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| ||||||||
seq2  A-GAGTGGTCCTGAGGA-CCAGC-CTCAAGGAACT-CTTCC-TCCTTCCT  1088

seq1  TCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCC  1138
      |||| |                                
seq2  TCCTCC--------------------------------  1094

seq1: chr3_123173623_123174846
seq2: B6Ng01-108P12.g_69_1284 (reverse)

seq1  TGCAGGGAGAGATTAAATAAGTTAATATGCACAGCGCTCTTAGGCCAATG  50
      ||||||||||||||||||||||  | |||||| ||| ||||||||| |||
seq2  TGCAGGGAGAGATTAAATAAGT--AAATGCACGGCGTTCTTAGGCC-ATG  47

seq1  CCAAGCAAGTCATTAGGAGTCATCG-CAG-ATCGGGAGTCACTG-GTGAT  97
      || |||| |||| ||| |||| ||| ||| ||| |||||||||| ||   
seq2  CC-AGCAGGTCA-TAGAAGTCTTCGCCAGTATCCGGAGTCACTGTGTATG  95

seq1  GGAGGGG-ACTGCCTTCCAGATAGACCCAGTACACTGATCAGTAAAATGA  146
      ||||||| |||||  ||||||   ||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGAACTGC--TCCAGAATAACCAAGTACCCTGATCAGTAAAATGA  143

seq1  GTTCCTATAGCCAGAGGCCAAGTCTCACAAACTGGTATGTGCAGTTAAAG  196
      || ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GTCCCTATAG-CAGAGG-CAAGTCTCACAAACT-GTATGTGCAGTTAAAA  190

seq1  AGCCAGTCCTTTATATCCTAAAGTGTA-TATGCTTATCTGGCCTACCTAC  245
      || ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AG-CAGTCCTTTAATTCCTAAAGTGTATTATGCTTATCTGGCCTACCTAC  239

seq1  CTTGTCTACTTCAAGTAGTGGCCAAGTGTGGGTCAGATGGTGGTGTTTAT  295
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TGTCTACTTCAAGTAGTGCCCAAGTGTGGGTCAGATGGTGGTGTTTAT  288

seq1  TTGGCCTCGTCTATCTATAATGAGTGCATCCACTTTGATTAGTGAAGGGA  345
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-GCCTCGTCTATCTATAATGAGTGCATCCACTTTGATTAGTGAAGGGA  337

seq1  ACACATTGGATAAGGGTCAGACACAGAATGAGACTAGGCAGTGTTCCTCG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTGGATAAGGGTCAGACACAGAATGAGACTAGGCAGTGTTCCTCG  387

seq1  GGACTTGCTGTCACCAAGGTCAAATGGCTTCGCACAGAACCAGCCAGTGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGCTGTCACCAAGGTCAAATGGCTTCGCACAGAACCAGCCAGTGC  437

seq1  ATTATTGTTATATCACAACAGTGTTTCCCGTACGCTTTCTCTGTGGTCAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGTTATATCACAACAGTGTTTCCCGTACGCTTTCTCTGTGGTCAA  487

seq1  GGCATGAAAGGTGTGAACCCCCGGAGCTTCAGCATGAAACTGGCAGGCTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGAAAGGTGTGAACCCCCGGAGCTTCAGCATGAAACTGGCAGGCTA  537

seq1  GTGTGAAAATTATTTCCATAAGGGAAGGACAGAGCACACATGGCTCACTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAAATTATTTCCATAAGGGAAGGACAGAGCACACATGGCTCACTG  587

seq1  AATTCACATAGAACTCTTTGAAGTCCTAGCTTGTAAGTTTTGCCTCTTTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACATAGAACTCTTTGAAGTCCTAGCTTGTAAGTTTTGCCTCTTTC  637

seq1  CTCAGTACTGTCTGATCTCTTTAGGAGAAGTCATACATTTCTTTGTTTTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTACTGTCTGATCTCTTTAGGAGAAGTCATACATTTCTTTGTTTTT  687

seq1  CCCGTGAAAACCAGCAGCAGGTCAATAGAAAATCCTGGTTGAAGGAATGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGAAAACCAGCAGCAGGTCAATAGAAAATCCTGGTTGAAGGAATGT  737

seq1  GTCTATGTATGTGCCTGTGTGTGTATATATATATATGCATAAACATGCAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGTATGTGCCTGTGTGTGTATATATATATATGCATAAACATGCAC  787

seq1  ATGTTATCCTGATGTTGATAAATGCAAATATTAAAGTAGAAAACCAAGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATCCTGATGTTGATAAATGCAAATATTAAAGTAGAAAACCAAGTT  837

seq1  AATGTTGTATGACATGTTTTTCTGGTTAGTGCTTCCCCCCTCATGTTTAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGTATGACATGTTTTTCTGGTTAGTGCTTCCCCCCTCATGTTTAT  887

seq1  TATTGTTTTCATGATCCATTATTTTATTTAAATATTTTAACATGATATTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTTCATGATCCATTATTTTATTTAAATATTTTAACATGATATTG  937

seq1  TTTCAGTGGCAAATATGGAAATAGATAAGACAGAAAATAAAATACACATT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTGGCAAATATGGAAATAGATAAGACAGAAAATAAAATACACATT  987

seq1  GGTGCTTTAGAAATACTTTGGCATGACTTCTCTCCAGTCATGGTTTGGAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTTAGAAATACTTTGGCATGACTTCTCTCCAGTCATGGTTTGGAA  1037

seq1  TTGCCACTCCCTTGTTATTAGACGCGTTCTCACGACCGGCCAGGAAGAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACTCCCTTGTTATTAGACGCGTTCTCACGACCGGCCAGGAAGAAC  1087

seq1  ACCACAGACCAGAATCTTCTGCGGCAAAGCTTTATTTCTTACATCTTCAG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGACCAGAATCTTCTGCGGCAAAGCTTTATTTCTTACATCTTCAG  1137

seq1  GAGCCAGGGTGCAGGAAGCAAGAGAGCAAGAAGCAAGAGAGAGAGAAAAC  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGGGTGCAGGAAGCAAGAGAGCAAGAAGCAAGAGAGAGAGAAAAC  1187

seq1  GAAACCCCGTCCCTTTTTAAGGAGAATTC  1224
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCCGTCCCTTTTTAAGGAGAATTC  1216