BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110D15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,802,556 - 118,926,036
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110D15.bB6Ng01-110D15.g
ACCDH916909DH916910
length1,1211,094
definitionDH916909|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110D15, 5' end.DH916910|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,802,556 - 118,803,582)(118,924,924 - 118,926,036)
sequence
gaattctttgttcagctctgagccccatttttaatggggttatttgattt
tctggagtccaccttcttgagttctttatatatgtcggatattagtcccc
tatctgatttaggagaggtaaagatcctttcccaatctgttggtggcctt
tttgtcttattgacggtgtcttttgccttacagaagctttgcaactttat
gaggtcccatttgtcgattctcgatcttacagcacaagccattgctcttc
tattcaggaatttttcccctgtatccatatctttgagggttttccctact
ttctcctctataagtttcagaaacaattatgggtcagaggtgtgactgtg
ggatgtcaaccccacccctcacttgatggcctgtcttcctgctggaggtg
ggttctatgggcctttcatcaaaggtctctccctatgagtcctgggagtc
tctcacctccgaggtctctgttgcattctgggggggtggtcgccccaaag
tttctaaggttgcctgtttacattctttctggtggccctcagggcttctt
ttgtcatgcagatctttcatttgcttagttagagtcacaccaaggtattt
tatattggcttggtgcttcttgactataaaacacaaatggaagactggca
agcacagtgcgcgggatgatcccccagacacatgaggccagttataaaga
actacttacattgggatcacagtgtcaactttggtctggagagaaagaga
tctactgagaggtctcattcatggatgtacatatgatcccacctgtatgc
tgcaaatgcttcaaggatgggtgctgcagaacgtggtagaaggaaagcaa
gaacagcatacctaaagatattgacaatggaaaataatacaaaaagcagg
gtgacagggtacagtgctcatagcatctacatgttcacatgcacttgatt
gtctactatgaaacttacatatgcactggatcttttcaatttattgtctt
ggtccactctcttctcttacatgccctgtctgtgactgatctatgtcttg
tatgagcatactaatgggaaaaggctccttcaatgtagaatatggcttgt
aatgacacatccccgtctgtc
gaattcactactaaaacttaggaactctgctaatggaagatttaggaatg
gactgagaggccaattcaatgttgaaatggctttccaacaaataagaaaa
atatacaaagaaataaaaaccacacaaaatagcaacttgcttgatagaag
tataatgagtcgggtggaaggactttaaaagcagcatccaacttatccga
agaaacccagacaaggttcctttacattgaaggaacccgggatgttgcag
ataagagattttgtgtatgtgcagatatgtgtttgtgtgtgtgtttgtgt
gcatgaatgtgtgttcacccttgcccacaaatgcaaatgcctggatgcat
aggaaaataaggtgccttagaaaagcagaaggtgaccccctctgtcttac
tgagtatagttaaatcttgggcaggcaaggttatcaagaatagaagggag
ggggctggggagatggctcagggcttcagagcactggctgaaaggagcca
ggctatgatggtgcatgactttttccccatctctcagaaagcagttctca
gcatataagccttgggctgaagcctgccagtaatttagttccagaggaac
tcaacacttctggtctttatgggcacctgcattcatgggcatccatgtgt
gtgcataaacagacatacacactcacacacgcacttaaaataataataaa
aaacaggctttttaatagcttagtggatactactgctttgctgcacaagg
ctaatgacctgaggtcagtggctggcgcaccactgtagacttagagaatt
gactccacaaagttgccctctgaattcactgtgtgttgctgttctctctc
acacacatagtaaaagacaaaatttgagtttctaagagttcttagaagcc
tttttgttagcatcattatgatgttttttttttaataggaaaagaaattg
acttaggtggcgcttgacgggagacaggagacgatgacagaatgcatggg
aaagagtttgcttgggtatatcttgtggactggaatagaacgtcatctca
agaactttaccatgtaagacccaacgacgggagcatcctgagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118802556_118803582
seq2: B6Ng01-110D15.b_153_1165

seq1  TTAGGAGAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTT  50

seq1  ATTGACGGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAACTTTATGAGGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACGGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAACTTTATGAGGTCCC  100

seq1  ATTTGTCGATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTCTTCTATTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCGATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTCTTCTATTCAGG  150

seq1  AATTTTTCCCCTGTATCCATATCTTTGAGGGTTTTCCCTACTTTCTCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCCCCTGTATCCATATCTTTGAGGGTTTTCCCTACTTTCTCCTC  200

seq1  TATAAGTTTCAGAAACAATTATGGGTCAGAGGTGTGACTGTGGGATGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTTTCAGAAACAATTATGGGTCAGAGGTGTGACTGTGGGATGTCA  250

seq1  ACCCCACCCCTCACTTGATGGCCTGTCTTCCTGCTGGAGGTGGGTTCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACCCCTCACTTGATGGCCTGTCTTCCTGCTGGAGGTGGGTTCTAT  300

seq1  GGGCCTTTCATCAAAGGTCTCTCCCTATGAGTCCTGGGAGTCTCTCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTTCATCAAAGGTCTCTCCCTATGAGTCCTGGGAGTCTCTCACCT  350

seq1  CCGAGGTCTCTGTTGCATTCTGGGGGGGTGGTCGCCCCAAAGTTTCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGTCTCTGTTGCATTCTGGGGGGGTGGTCGCCCCAAAGTTTCTAAG  400

seq1  GTTGCCTGTTTACATTCTTTCTGGTGGCCCTCAGGGCTTCTTTTGTCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCTGTTTACATTCTTTCTGGTGGCCCTCAGGGCTTCTTTTGTCATG  450

seq1  CAGATCTTTCATTTGCTTAGTTAGAGTCACACCAAGGTATTTTATATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTTTCATTTGCTTAGTTAGAGTCACACCAAGGTATTTTATATTGG  500

seq1  CTTGGTGCTTCTTGACTATAAAACACAAATGGAAGACTGGCAAGCACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGCTTCTTGACTATAAAACACAAATGGAAGACTGGCAAGCACAGT  550

seq1  GCGCGGGATGATCCCCCAGACACATGAGGCCAGTTATAAAGAACTACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCGGGATGATCCCCCAGACACATGAGGCCAGTTATAAAGAACTACTTA  600

seq1  CATTGGGATCACAGTGTCAACTTTGGTCTGGAGAGAAAGAGATCTACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGATCACAGTGTCAACTTTGGTCTGGAGAGAAAGAGATCTACTGA  650

seq1  GAGGTCTCATTCATGGATGTACATATGATCCCACCTGTATGCTGCAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTCATTCATGGATGTACATATGATCCCACCTGTATGCTGCAAATG  700

seq1  CTTCAAAGGATGGGTGCTGCAGAACGTGGTAGAAGGGAAAGCAAGAACAG  750
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  CTTC-AAGGATGGGTGCTGCAGAACGTGGTAGAA-GGAAAGCAAGAACA-  747

seq1  GCATACCTAAAGATATTGACAATGGAAAATATAACAAAAAGCAGGGTGAC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  GCATACCTAAAGATATTGACAATGGAAAATAATACAAAAAGCAGGGTGAC  797

seq1  AGGGTACAGTGCTCATAGCATCTACATGTTCACATGCACTTGA-TGTCTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGGTACAGTGCTCATAGCATCTACATGTTCACATGCACTTGATTGTCTA  847

seq1  CTATGAAAACTTACAATATGCACTGGATCTTTTCAATTTATTGTCCTGGT  899
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTATG-AAACTTAC-ATATGCACTGGATCTTTTCAATTTATTGTCTTGGT  895

seq1  CCACTCTCTTCTCTTACATGCCCTGTCTGTGACTGATCTATGTCTTTGTA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCACTCTCTTCTCTTACATGCCCTGTCTGTGACTGATCTATGTC-TTGTA  944

seq1  TGGAGCAATACTAATGGGAAAAGGGGCTTCCCTTC-ATGTAGAATATGGC  998
      | |||| |||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||||||||||
seq2  T-GAGC-ATACTAATGGGAAAA--GGCT--CCTTCAATGTAGAATATGGC  988

seq1  -TGTAGATGCACCAACATCCCCCTTCTGTC  1027
       |||| ||| ||  |||| |||| ||||||
seq2  TTGTA-ATG-AC--ACAT-CCCCGTCTGTC  1013

seq1: chr3_118924924_118926036
seq2: B6Ng01-110D15.g_68_1161 (reverse)

seq1  TCCTCAGGATTGCTGCCGTCTGTTGGGTCTCTACATGGTTAAATGTTTCT  50
      ||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||| ||    ||||
seq2  TCCTCAGGA-TGCTCCCGTC-GTTGGGTCT-TACATGGTAAA---GTTCT  44

seq1  CTGAGATGACGTTTCTATTCCAGTCCCACAGGATATACTCAAGCAAACTC  100
       |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| 
seq2  -TGAGATGACG-TTCTATTCCAGT-CCACAAGATATACCCAAGCAAACT-  90

seq1  CTTTCCCATGGCAATCCTGTCATCGGTCTCCTGTCTCCCGCTCAAGCGCC  150
      ||||||||||   || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTTTCCCATG--CATTCTGTCATC-GTCTCCTGTCTCCCG-TCAAGCGCC  136

seq1  ACCCTAAGTTCAATTTTCTTTTCCTATTAAAAAAAAAAACATCATTAATG  200
      | |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  A-CCTAAG-TCAA-TTTCTTTTCCTATT-AAAAAAAAAACATCA-TAATG  181

seq1  ATGCTAACAAAAAGGCTTTCTAAGAACTCTTAGAAAACTCAAATTTTGTC  250
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGCTAACAAAAAGGC-TTCTAAGAACTCTTAG-AAACTCAAATTTTGTC  229

seq1  TTTTACTATGTGTGTGAGAGAGAACAGC-ACACACAGTGAATTCAGAGGG  299
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTATGTGTGTGAGAGAGAACAGCAACACACAGTGAATTCAGAGGG  279

seq1  CAACTTTGTGGAGTCAATTCTCTAAGTCTACAGTGGTGCGCCAGCCACTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTGTGGAGTCAATTCTCTAAGTCTACAGTGGTGCGCCAGCCACTG  329

seq1  ACCTCAGGTCATTAGCCTTGTGCAGC-AAGCAGTAGTATCCACTAAGCTA  398
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGGTCATTAGCCTTGTGCAGCAAAGCAGTAGTATCCACTAAGCTA  379

seq1  TTAAAAAGCCTGTTTTTTATTATTATTTTAAGTGCGTGTGTGAGTGTGTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGCCTGTTTTTTATTATTATTTTAAGTGCGTGTGTGAGTGTGTA  429

seq1  TGTCTGTTTATGCACACACATGGATGCCCATGAATGCAGGTGCCCATAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTTATGCACACACATGGATGCCCATGAATGCAGGTGCCCATAAA  479

seq1  GACCAGAAGTGTTGAGTTCCTCTGGAACTAAATTACTGGCAGGCTTCAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAAGTGTTGAGTTCCTCTGGAACTAAATTACTGGCAGGCTTCAGC  529

seq1  CCAAGGCTTATATGCTGAGAACTGCTTTCTGAGAGATGGGGAAAAAGTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCTTATATGCTGAGAACTGCTTTCTGAGAGATGGGGAAAAAGTCA  579

seq1  TGCACCATCATAGCCTGGCTCCTTTCAGCCAGTGCTCTGAAGCCCTGAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCATCATAGCCTGGCTCCTTTCAGCCAGTGCTCTGAAGCCCTGAGC  629

seq1  CATCTCCCCAGCCCCCTCCCTTCTATTCTTGATAACCTTGCCTGCCCAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCCAGCCCCCTCCCTTCTATTCTTGATAACCTTGCCTGCCCAAG  679

seq1  ATTTAACTATACTCAGTAAGACAGAGGGGGTCACCTTCTGCTTTTCTAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACTATACTCAGTAAGACAGAGGGGGTCACCTTCTGCTTTTCTAAG  729

seq1  GCACCTTATTTTCCTATGCATCCAGGCATTTGCATTTGTGGGCAAGGGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTATTTTCCTATGCATCCAGGCATTTGCATTTGTGGGCAAGGGTG  779

seq1  AACACACATTCATGCACACAAACACACACACAAACACATATCTGCACATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACATTCATGCACACAAACACACACACAAACACATATCTGCACATA  829

seq1  CACAAAATCTCTTATCTGCAACATCCCGGGTTCCTTCAATGTAAAGGAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAATCTCTTATCTGCAACATCCCGGGTTCCTTCAATGTAAAGGAAC  879

seq1  CTTGTCTGGGTTTCTTCGGATAAGTTGGATGCTGCTTTTAAAGTCCTTCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGGGTTTCTTCGGATAAGTTGGATGCTGCTTTTAAAGTCCTTCC  929

seq1  ACCCGACTCATTATACTTCTATCAAGCAAGTTGCTATTTTGTGTGGTTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGACTCATTATACTTCTATCAAGCAAGTTGCTATTTTGTGTGGTTTT  979

seq1  TATTTCTTTGTATATTTTTCTTATTTGTTGGAAAGCCATTTCAACATTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTTGTATATTTTTCTTATTTGTTGGAAAGCCATTTCAACATTGA  1029

seq1  ATTGGCCTCTCAGTCCATTCCTAAATCTTCCATTAGCAGAGTTCCTAAGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCCTCTCAGTCCATTCCTAAATCTTCCATTAGCAGAGTTCCTAAGT  1079

seq1  TTTAGTAGTGAATTC  1113
      |||||||||||||||
seq2  TTTAGTAGTGAATTC  1094