BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111A17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 153,205,969 - 153,331,607
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt6galnac3
Upstream geneAk5, LOC100040705, Pigk, Rpl29-ps1, St6galnac5, LOC100040750
Downstream geneEG545578, Asb17, Msh4, Rabggtb, Acadm, Slc44a5, LOC100040980, Lhx8, LOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111A17.bB6Ng01-111A17.g
ACCDH917497DH917498
length2691,135
definitionDH917497|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111A17, 5' end.DH917498|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111A17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,331,341 - 153,331,607)(153,205,969 - 153,207,120)
sequence
agcagtccttagtctgtatctgtactgaccggtatttgcgtgaaagccgc
attgcgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgggcgtgtgtgagagtgggcgcgtgcgcgtaagctctgtcatgcc
tacagagactaaagaaagcttccattgttttcctctgaagggaactggcc
tgtgtgggaccatgggcccaagatgacgattctcttaggtgaaagtcttt
tcaagggttttaacttttt
gaattctccctgtgagcaggtctggtccatgggacaactgacccaggatg
caggcagaaagccggactgggctctcacagtctttcctttctcctggttt
ctttctggcttcttgcagagcttctggaaaaggtaacaaagctatagggc
gatctacctgcttaccagcaaacgtgcaccggctcgccaacaggacgagt
gctgcacctaccatcagttctctggagatgcactggtgttgtacgacggt
aaagctcgtgtgtctgcttggagtccaggcagaataatgacacacagggt
gactacccgtaattatgatgccttcgctgtgatcatccataacagtggcc
ctcggaagccttagacatgtcacctgtaactgtgtcactcggaggcctta
gacatgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctg
taactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaactgtgacact
cagaagccttagatatgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttaga
catgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgta
actgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcg
gaagccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagaca
tgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaac
tgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcaga
agccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcggaaggccttagacat
gtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaact
gtgacactcgaggccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcggagg
ctagaaatgtcacctgtaactggtgaccctcgagcttagacatgtcacct
gtaactgtgacactcgaaggctagacagttcacctgtaactgtgaaactc
ggaggcctaactgtcacctgtacttgtgacactcgaagctagacagttac
ctgtacctggaattcggagccttcaatgaactctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_153331341_153331607
seq2: B6Ng01-111A17.b_50_318 (reverse)

seq1  AAAAAGTTAAAACCCTTGAAAAGACTTTCACCTCAGAGAATCGTCATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTAAAACCCTTGAAAAGACTTTCACCTAAGAGAATCGTCATCTT  50

seq1  GGGCCCATGGTCCCACACAGGCCAGTTCCCTTCAGAGGAAAACAATGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCATGGTCCCACACAGGCCAGTTCCCTTCAGAGGAAAACAATGGAA  100

seq1  GCTTTCTTTAGTCTCCGTAGGCATGACAGAGCTTACGTGCAAGTGCCCAT  150
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||| 
seq2  GCTTTCTTTAGTCTCTGTAGGCATGACAGAGCTTACGCGCACGCGCCCAC  150

seq1  TCTCTCACACGGC--CATACACACACACACACACACACACACACACACAC  198
      |||| |||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACACGCCCACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  200

seq1  ACACACACGCACACGCAATGCGGCTTTCACGCAAATACCGGTCAGTACAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACGCACACGCAATGCGGCTTTCACGCAAATACCGGTCAGTACAG  250

seq1  ATACAGACTAAGGACTGCT  267
      |||||||||||||||||||
seq2  ATACAGACTAAGGACTGCT  269

seq1: chr3_153205969_153207120
seq2: B6Ng01-111A17.g_69_1203

seq1  GAATTCTCCCTGTGAGCAGGTCTGGTCCATGGGACAACTGACCCAGGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTGTGAGCAGGTCTGGTCCATGGGACAACTGACCCAGGATG  50

seq1  CAGGCAGAAAGCCGGACTGGGCTCTCACAGTCTTTCCTTTCTCCTGGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGAAAGCCGGACTGGGCTCTCACAGTCTTTCCTTTCTCCTGGTTT  100

seq1  CTTTCTGGCTTCTTGCAGAGCTTCTGGAAAAGGTAACAAAGCTATAGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGCTTCTTGCAGAGCTTCTGGAAAAGGTAACAAAGCTATAGGGC  150

seq1  GATCTACCTGCTTACCAGCAAACGTGCACCGGCTCGCCAACAGGACGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACCTGCTTACCAGCAAACGTGCACCGGCTCGCCAACAGGACGAGT  200

seq1  GCTGCACCTACCATCAGTTCTCTGGAGATGCACTGGTGTTGTACGACGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCACCTACCATCAGTTCTCTGGAGATGCACTGGTGTTGTACGACGGT  250

seq1  AAAGCTCGTGTGTCTGCTTGGAGTCCAGGCAGAATAATGACACACAGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCGTGTGTCTGCTTGGAGTCCAGGCAGAATAATGACACACAGGGT  300

seq1  GACTACCCGTAATTATGATGCCTTCGCTGTGATCATCCATAACAGTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCCGTAATTATGATGCCTTCGCTGTGATCATCCATAACAGTGGCC  350

seq1  CTCGGAAGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGTCACTCGGAGGCCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGAAGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGTCACTCGGAGGCCTTA  400

seq1  GACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTG  450

seq1  TAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACT  500

seq1  CAGAAGCCTTAGATATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCTTAGATATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGA  550

seq1  CATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTA  600

seq1  ACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCG  650

seq1  GAAGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACA  700

seq1  TGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAAC  750

seq1  TGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCAGA  800

seq1  AGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGG-AGGCCTTAGACAT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAAGGCCTTAGACAT  850

seq1  GTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACT  900

seq1  GTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAG  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACTC-GAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAG  949

seq1  GCCTTAGACATGTCACCTGTAACT-GTGACACTCGGAGGCCTTAGACATG  998
      ||  |||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||
seq2  GC--TAGAAATGTCACCTGTAACTGGTGACCCTC-GAG--CTTAGACATG  994

seq1  TCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACAGGTCACCTGTAACTG  1048
      |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||
seq2  TCACCTGTAACTGTGACACTCGAAGGC--TAGACAGTTCACCTGTAACTG  1042

seq1  TGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCAGAAG  1098
      ||| ||||||||||||   |  |||||||||||  |||||||||| ||||
seq2  TGAAACTCGGAGGCCT---AACTGTCACCTGTACTTGTGACACTC-GAAG  1088

seq1  CCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACATTCGGAAGCCTTACATGAACA  1148
      |  |||||| || ||||||| ||| || |||||| ||||||  |||||| 
seq2  C--TAGACA-GTTACCTGTACCTG-GA-ATTCGG-AGCCTTCAATGAAC-  1131

seq1  TCTT  1152
      ||||
seq2  TCTT  1135