BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111H04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 45,176,123 - 45,296,496
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcdh10, LOC100039282
Upstream geneLOC676484, LOC100039296
Downstream geneLOC433580, LOC671801, EG241989
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111H04.bB6Ng01-111H04.g
ACCDH917790DH917791
length1,1331,042
definitionDH917790|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111H04, 5' end.DH917791|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,295,345 - 45,296,496)(45,176,123 - 45,177,185)
sequence
gaattcattaatgcctcttcataaagttattcatagcagccatgccctcc
tctatctcctttctgaactcttttttcctaatagtgagaaattatatttt
ggttctttgttttctggcattgatatgggagttgatcacagttagagagc
tccttgtagttgaagagaatgaaggaatatagaaggttgccaatatgggc
tcagtgcttcacaaacatatttctggccttgaattaagccaggaaggtaa
taatattttttggaactgctcctgatgagtgaaaggctctctctcaaggg
agaagagcagaagtcacaaagcatcagacctcatgactttctatggcccc
tgtgcacatgtgcacccacatgaacatatgtgtgcatgcacacatacata
catctgtaccaatatgtatgtgtatctcacacgtgtaagaaaacttttta
aaaatccactctttgtttaaatatcactttaaacattaatattttaatat
atgtgaatatattatcaataactcacttctaaagtttcccttatatttaa
aatcaatgttaagaattacatgttttgaagctttttactaccattgtaaa
tgcctgagatcatcaatttaatgaagcaggtttatttgggctaacagttt
ggagtatttcaaacaaagattagttggccctattgcttgaggcctgtaac
agcatatcatgtagcaacaagcacatacatatattaaaactgttcacatc
ataggaagagaaagtcgaaaacaaagagagaaaggctgaggtcccactgt
aatcttacaagttttctctctaagttccattcctgaaagattatcttaac
tctcagcaacaccttcacagaggcctttggagggcacttgggaactaaac
taagcataccaaatgaatagaacattgttgtagacttatattaaacccat
ctaaccaggtctagatgggttcctgcatccatgcccatgtgcaccactgt
cttagtgtcttcccggatgtacatcttgcttgatagctctattcattgga
aagaaccagtgtagtttacaggaacaacagggggaaaggagctggtgaga
ggatgcatatcccagcactggaaagatcaatgc
gaattccactcatccagatgggcttcgggaataccatggggttggctagg
catgtggacatatgactttgatacatgcccctggaaggcagaggcagatg
gcattacaatataacctggtccacgtagtgagtttcaggctactctggac
aacatagtgagaccatacctcaaaattcaaaataaatttcagatatcatg
tgatagtaaaatgagcctgggcagaaatatcaaaagacctggatttgaaa
ggtggtttcatgagttctttagtcatcctctttggccttgtctaaagtgg
aggggtggttacagctctgaaatctgggaagtgaaaataaatatctgtac
ttttcaaaaaaagtaattagttgcattcatcttaatatccacaacaatcc
agtgaaatcaagcactgtagaatatagtccattgctaacccatttaaata
ggatagtgcagggaaaaagtttctttaaataatgaatttcactaacaagt
cagtgagactgagggatctttttattgaagtattagattcactctctgtt
gtgatttattgctgtaattataattattaatgcaattctgaagccacttt
ggatattatttccatacagcccttgtctaagattattttcaaatgattca
gaacagagctgtatggtttataacctcaatcacaatttgagtcatcttat
tctctatctgtaagatcaagggacttcccctaagaaaacaatttatgctt
ccttagcaagagctgggaccaagctggatttctatctgtgtcaaatgaga
actcaggcactggggaagagagaggcggagctctttctgaatttctttct
tgctcatataaacttaatcaagacttgcaattaatttttgaaattgttct
gtatcgaccccagtgtttgagcttcatttctgctctgggtccatcagtaa
atgcacacatctcctgtagtgcgcagctgctttaaaatctgatgctgtac
tcttatttacatctatcacatcatgattcagtatctttagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_45295345_45296496
seq2: B6Ng01-111H04.b_46_1178 (reverse)

seq1  GCATTGATTCTTTTCCAGTGCTGGGATTATGCATCCTCTCAACAAGCTTC  50
      ||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||
seq2  GCATTGAT--CTTTCCAGTGCTGGGA-TATGCATCCTCTC-ACCAGC-TC  45

seq1  CTTTCCCCCTTGTTTGTTTCCTGTAAACTACACTGGTTTCTTTTCCAAAT  100
      ||||||||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||||  | |||
seq2  CTTTCCCCC-TGTT--GTTCCTGTAAACTACACTGG-TTCTTT--CCAAT  89

seq1  GAATAGAGCTATTCAAGCAAGATGGTTACAATCCGGGAAGACACTAAGAC  150
      ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAGCTA-TCAAGCAAGATG--TAC-ATCCGGGAAGACACTAAGAC  135

seq1  AGTGGTTGCACATGGGCATGGATGCAGGAACCCATCTTAGACCTGGTTAG  200
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGTGG-TGCACATGGGCATGGATGCAGGAACCCATC-TAGACCTGGTTAG  183

seq1  ATGGGTTTAATATTAAGTTCTACAACAATGTTCTATTCATTTGGTATGCT  250
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTTAATA-TAAG-TCTACAACAATGTTCTATTCATTTGGTATGCT  231

seq1  TAGTTTAGTTCCCAAGTGCCCTCCAAAGGCCTCTGTGAAGGTGTTGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAGTTCCCAAGTGCCCTCCAAAGGCCTCTGTGAAGGTGTTGCTGA  281

seq1  GAGTTAAGATAATCTTTCAGGAATGGAACTTAGAGAGAAAACTTGTAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAGATAATCTTTCAGGAATGGAACTTAGAGAGAAAACTTGTAAGA  331

seq1  TTACAGTGGGACCTCAGCCTTTCTCTCTTTGTTTTCGACTTTCTCTTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTGGGACCTCAGCCTTTCTCTCTTTGTTTTCGACTTTCTCTTCCT  381

seq1  ATGATGTGAACAGTTTTAATATATGTATGTGCTTGTTGCTACATGATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTGAACAGTTTTAATATATGTATGTGCTTGTTGCTACATGATATG  431

seq1  CTGTTACAGGCCTCAAGCAATAGGGCCAACTAATCTTTGTTTGAAATACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACAGGCCTCAAGCAATAGGGCCAACTAATCTTTGTTTGAAATACT  481

seq1  CCAAACTGTTAGCCCAAATAAACCTGCTTCATTAAATTGATGATCTCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTGTTAGCCCAAATAAACCTGCTTCATTAAATTGATGATCTCAGG  531

seq1  CATTTACAATGGTAGTAAAAAGCTTCAAAACATGTAATTCTTAACATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACAATGGTAGTAAAAAGCTTCAAAACATGTAATTCTTAACATTGA  581

seq1  TTTTAAATATAAGGGAAACTTTAGAAGTGAGTTATTGATAATATATTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATATAAGGGAAACTTTAGAAGTGAGTTATTGATAATATATTCAC  631

seq1  ATATATTAAAATATTAATGTTTAAAGTGATATTTAAACAAAGAGTGGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTAAAATATTAATGTTTAAAGTGATATTTAAACAAAGAGTGGATT  681

seq1  TTTAAAAAGTTTTCTTACACGTGTGAGATACACATACATATTGGTACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAGTTTTCTTACACGTGTGAGATACACATACATATTGGTACAGA  731

seq1  TGTATGTATGTGTGCATGCACACATATGTTCATGTGGGTGCACATGTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTGTGCATGCACACATATGTTCATGTGGGTGCACATGTGCA  781

seq1  CAGGGGCCATAGAAAGTCATGAGGTCTGATGCTTTGTGACTTCTGCTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCCATAGAAAGTCATGAGGTCTGATGCTTTGTGACTTCTGCTCTT  831

seq1  CTCCCTTGAGAGAGAGCCTTTCACTCATCAGGAGCAGTTCCAAAAAATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTGAGAGAGAGCCTTTCACTCATCAGGAGCAGTTCCAAAAAATAT  881

seq1  TATTACCTTCCTGGCTTAATTCAAGGCCAGAAATATGTTTGTGAAGCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCTTCCTGGCTTAATTCAAGGCCAGAAATATGTTTGTGAAGCACT  931

seq1  GAGCCCATATTGGCAACCTTCTATATTCCTTCATTCTCTTCAACTACAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCATATTGGCAACCTTCTATATTCCTTCATTCTCTTCAACTACAAG  981

seq1  GAGCTCTCTAACTGTGATCAACTCCCATATCAATGCCAGAAAACAAAGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTCTAACTGTGATCAACTCCCATATCAATGCCAGAAAACAAAGAA  1031

seq1  CCAAAATATAATTTCTCACTATTAGGAAAAAAGAGTTCAGAAAGGAGATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATATAATTTCTCACTATTAGGAAAAAAGAGTTCAGAAAGGAGATA  1081

seq1  GAGGAGGGCATGGCTGCTATGAATAACTTTATGAAGAGGCATTAATGAAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGCATGGCTGCTATGAATAACTTTATGAAGAGGCATTAATGAAT  1131

seq1  TC  1152
      ||
seq2  TC  1133

seq1: chr3_45176123_45177185
seq2: B6Ng01-111H04.g_68_1109

seq1  GAATTCCACTCATCCAGATGGGCTTCGGGAATACCATGGGGTTGGCTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCATCCAGATGGGCTTCGGGAATACCATGGGGTTGGCTAGG  50

seq1  CATGTGGACATATGACTTTGATACATGCCCCTGGAAGGCAGAGGCAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGACATATGACTTTGATACATGCCCCTGGAAGGCAGAGGCAGATG  100

seq1  GCATTACAATATAACCTGGTCCACGTAGTGAGTTTCAGGCTACTCTGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACAATATAACCTGGTCCACGTAGTGAGTTTCAGGCTACTCTGGAC  150

seq1  AACATAGTGAGACCATACCTCAAAATTCAAAATAAATTTCAGATATCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGTGAGACCATACCTCAAAATTCAAAATAAATTTCAGATATCATG  200

seq1  TGATAGTAAAATGAGCCTGGGCAGAAATATCAAAAGACCTGGATTTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTAAAATGAGCCTGGGCAGAAATATCAAAAGACCTGGATTTGAAA  250

seq1  GGTGGTTTCATGAGTTCTTTAGTCATCCTCTTTGGCCTTGTCTAAAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTTCATGAGTTCTTTAGTCATCCTCTTTGGCCTTGTCTAAAGTGG  300

seq1  AGGGGTGGTTACAGCTCTGAAATCTGGGAAGTGAAAATAAATATCTGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGGTTACAGCTCTGAAATCTGGGAAGTGAAAATAAATATCTGTAC  350

seq1  TTTTCAAAAAAAGTAATTAGTTGCATTCATCTTAATATCCACAACAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAAAAAGTAATTAGTTGCATTCATCTTAATATCCACAACAATCC  400

seq1  AGTGAAATCAAGCACTGTAGAATATAGTCCATTGCTAACCCATTTAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAATCAAGCACTGTAGAATATAGTCCATTGCTAACCCATTTAAATA  450

seq1  GGATAGTGCAGGGAAAAAGTTTCTTTAAATAATGAATTTCACTAACAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGTGCAGGGAAAAAGTTTCTTTAAATAATGAATTTCACTAACAAGT  500

seq1  CAGTGAGACTGAGGGATCTTTTTATTGAAGTATTAGATTCACTCTCTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGACTGAGGGATCTTTTTATTGAAGTATTAGATTCACTCTCTGTT  550

seq1  GTGATTTATTGCTGTAATTATAATTATTAATGCAATTCTGAAGCCACTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTATTGCTGTAATTATAATTATTAATGCAATTCTGAAGCCACTTT  600

seq1  GGATATTATTTCCATACAGCCCTTGTCTAAGATTATTTTCAAATGATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTATTTCCATACAGCCCTTGTCTAAGATTATTTTCAAATGATTCA  650

seq1  GAACAGAGCTGTATGGTTTATAACCTCAATCACAATTTGAGTCATCTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAGCTGTATGGTTTATAACCTCAATCACAATTTGAGTCATCTTAT  700

seq1  TCTCTATCTGTAAGATCAAGGGACTTCCCCTAAGAAAACAATTTATGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATCTGTAAGATCAAGGGACTTCCCCTAAGAAAACAATTTATGCTT  750

seq1  CCTTAGCAAGAGCTGGGACCAAGCTGGATTTCTATCTGTGTCAAATGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCAAGAGCTGGGACCAAGCTGGATTTCTATCTGTGTCAAATGAGA  800

seq1  ACTCAGGCCACTGGGGAAGAGAGAGGCGGAGCTCTTTCTGAATTTCTTTC  850
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGG-CACTGGGGAAGAGAGAGGCGGAGCTCTTTCTGAATTTCTTTC  849

seq1  TTGCTCATATAAACTTAATCAAGACTTGCAATTAATTTTTGAAATTGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCATATAAACTTAATCAAGACTTGCAATTAATTTTTGAAATTGTTC  899

seq1  TGTATCGACCCCAGTGTTTGAAGCTTCATTTTCTGCCTCTGGGTCCCATC  950
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||
seq2  TGTATCGACCCCAGTGTTTG-AGCTTCA-TTTCTG-CTCTGGGT-CCATC  945

seq1  AGTAAAATGCACACATCTCCCTGTTAGTGGCGCAGCTGGCTTTTAAAATC  1000
      ||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||   |||||||||
seq2  AGT-AAATGCACACATCT-CCTG-TAGT-GCGCAGCTG--CTTTAAAATC  989

seq1  TGATGCCTTGTACTTCTTATTTACAATCCTAATCACATCATTGATTTCAG  1050
      ||||||  ||||| |||||||||| |||   ||||||||| ||| |||||
seq2  TGATGC--TGTAC-TCTTATTTAC-ATC--TATCACATCA-TGA-TTCAG  1031

seq1  TAATCTTTTAGTA  1063
      | ||| |||||||
seq2  T-ATC-TTTAGTA  1042